目的:应用生物信息学技术探索肾移植术后抗体介导排斥反应(antibody-mediated rejection,AMR)的差异表达基因,筛选出miRNA参与肾移植术后AMR的可能发生机制及潜在治疗靶点,以期为移植后AMR靶向治疗提供新思路。方法:从基因表达数据库(G...目的:应用生物信息学技术探索肾移植术后抗体介导排斥反应(antibody-mediated rejection,AMR)的差异表达基因,筛选出miRNA参与肾移植术后AMR的可能发生机制及潜在治疗靶点,以期为移植后AMR靶向治疗提供新思路。方法:从基因表达数据库(GEO)中下载数据集GSE115816,使用DESeq2R包在线分析肾移植术后移植肾功能稳定(SGF)组和AMR组的差异表达miRNAs,Targetscan软件预测miRNA的相关作用靶点,差异性表达基因(DEGs)进行基因本体(gene ontology,GO)分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析;利用String数据库cytohubba进行关键基因(Hub基因)筛选,最后TargetScan在线分析进行验证。结果:与SGF组相比,AMR组共发现10个差异性表达的miRNA,其中miR-144-5p的表达差异最具有显著性。使用Targetscan软件预测miR-144-5p的相关作用靶点,共143个。GO分析表明,DEGs主要参与血管生成、突触信号传递、转录共激活因子调控。KEGG通路富集分析表明,DEGs主要富集于甲状腺激素信号通路、人类乳头瘤病毒感染、PI3K-AKT信号通路。蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络筛选出10个Hug基因。基于cytoHubba中的6种算法,取各个算法的前10个Hug基因取交集后得到5个关键基因,分别是NCOA2、NCOA1、FOXO1、PAX3、PPARGC1A。经过文献调研发现FoxO1在免疫系统疾病及肾脏疾病中发挥重要作用,本研究选择FoxO1作为miR-144-5P的潜在作用靶点蛋白。最终,TargetScan在线分析结果显示,miR-144-5p与FoxO1的3'UTR区有靶向结合的位点。结论:miR-144-5p是参与肾移植术后AMR的关键miRNA,miR-144-5p靶向FoxO1可能作为AMR的潜在治疗靶点及预后生物标志物。展开更多
文摘目的:应用生物信息学技术探索肾移植术后抗体介导排斥反应(antibody-mediated rejection,AMR)的差异表达基因,筛选出miRNA参与肾移植术后AMR的可能发生机制及潜在治疗靶点,以期为移植后AMR靶向治疗提供新思路。方法:从基因表达数据库(GEO)中下载数据集GSE115816,使用DESeq2R包在线分析肾移植术后移植肾功能稳定(SGF)组和AMR组的差异表达miRNAs,Targetscan软件预测miRNA的相关作用靶点,差异性表达基因(DEGs)进行基因本体(gene ontology,GO)分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析;利用String数据库cytohubba进行关键基因(Hub基因)筛选,最后TargetScan在线分析进行验证。结果:与SGF组相比,AMR组共发现10个差异性表达的miRNA,其中miR-144-5p的表达差异最具有显著性。使用Targetscan软件预测miR-144-5p的相关作用靶点,共143个。GO分析表明,DEGs主要参与血管生成、突触信号传递、转录共激活因子调控。KEGG通路富集分析表明,DEGs主要富集于甲状腺激素信号通路、人类乳头瘤病毒感染、PI3K-AKT信号通路。蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络筛选出10个Hug基因。基于cytoHubba中的6种算法,取各个算法的前10个Hug基因取交集后得到5个关键基因,分别是NCOA2、NCOA1、FOXO1、PAX3、PPARGC1A。经过文献调研发现FoxO1在免疫系统疾病及肾脏疾病中发挥重要作用,本研究选择FoxO1作为miR-144-5P的潜在作用靶点蛋白。最终,TargetScan在线分析结果显示,miR-144-5p与FoxO1的3'UTR区有靶向结合的位点。结论:miR-144-5p是参与肾移植术后AMR的关键miRNA,miR-144-5p靶向FoxO1可能作为AMR的潜在治疗靶点及预后生物标志物。
