目的:应用生物信息学技术探索肾移植术后抗体介导排斥反应(antibody-mediated rejection,AMR)的差异表达基因,筛选出miRNA参与肾移植术后AMR的可能发生机制及潜在治疗靶点,以期为移植后AMR靶向治疗提供新思路。方法:从基因表达数据库(G...目的:应用生物信息学技术探索肾移植术后抗体介导排斥反应(antibody-mediated rejection,AMR)的差异表达基因,筛选出miRNA参与肾移植术后AMR的可能发生机制及潜在治疗靶点,以期为移植后AMR靶向治疗提供新思路。方法:从基因表达数据库(GEO)中下载数据集GSE115816,使用DESeq2R包在线分析肾移植术后移植肾功能稳定(SGF)组和AMR组的差异表达miRNAs,Targetscan软件预测miRNA的相关作用靶点,差异性表达基因(DEGs)进行基因本体(gene ontology,GO)分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析;利用String数据库cytohubba进行关键基因(Hub基因)筛选,最后TargetScan在线分析进行验证。结果:与SGF组相比,AMR组共发现10个差异性表达的miRNA,其中miR-144-5p的表达差异最具有显著性。使用Targetscan软件预测miR-144-5p的相关作用靶点,共143个。GO分析表明,DEGs主要参与血管生成、突触信号传递、转录共激活因子调控。KEGG通路富集分析表明,DEGs主要富集于甲状腺激素信号通路、人类乳头瘤病毒感染、PI3K-AKT信号通路。蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络筛选出10个Hug基因。基于cytoHubba中的6种算法,取各个算法的前10个Hug基因取交集后得到5个关键基因,分别是NCOA2、NCOA1、FOXO1、PAX3、PPARGC1A。经过文献调研发现FoxO1在免疫系统疾病及肾脏疾病中发挥重要作用,本研究选择FoxO1作为miR-144-5P的潜在作用靶点蛋白。最终,TargetScan在线分析结果显示,miR-144-5p与FoxO1的3'UTR区有靶向结合的位点。结论:miR-144-5p是参与肾移植术后AMR的关键miRNA,miR-144-5p靶向FoxO1可能作为AMR的潜在治疗靶点及预后生物标志物。展开更多
结直肠手术加速康复外科(enhanced recovery after surgery,ERAS)在结直肠外科领域的应用最早可追溯到上世纪90年代,来自丹麦哥本哈根的外科团队于1995年报道了ERAS在乙状结肠手术中的应用经验。随后,结直肠外科领域出现了越来越多应用E...结直肠手术加速康复外科(enhanced recovery after surgery,ERAS)在结直肠外科领域的应用最早可追溯到上世纪90年代,来自丹麦哥本哈根的外科团队于1995年报道了ERAS在乙状结肠手术中的应用经验。随后,结直肠外科领域出现了越来越多应用ERAS的经验报道,但具体措施仍存在一定的差异。近年来,随着对ERAS理念认识的逐步深入以及相关临床研究的规范化开展,使得ERAS在结直肠外科的应用有了较多的高级别循证医学证据。因此,中华医学会外科学分会与中华医学会麻醉学分会在2018版指南的基础上,通过对近年文献的复习总结,结合循证医学证据、临床经验与国情修订本指南,以促进ERAS在我国结直肠外科的规范化应用。展开更多
文摘目的基于机器学习算法构建中老年腹膜透析(peritoneal dialysis,PD)患者肌少症发生的预测模型,为肌少症的诊治测量提供参考依据。方法选取2020年5月至2023年10月期间于海军军医大学第一附属医院(上海长海医院)住院治疗的648例中老年PD患者作为研究对象,收集患者临床资料,根据是否发生肌少症分为肌少症组169例和无肌少症组479例。基于机器学习算法,分别采用极限梯度提升树(extreme gradient boosting,XGBoost)和Logistic回归、随机森林(random forest,RF)、支持向量机(support vector machine,SVM)方法构建不同PD患者发生肌少症风险模型,并对模型进行评价比较。结果共采集患者26项指标,单因素与Logistic回归筛选出9项肌少症的影响因素。测试集上验证后的XGBoost、Logistic、RF、SVM模型构建的预测中老年PD患者发生肌少症的曲线下面积(area under the curve,AUC)分别为0.807、0.788、0.804、0.791,准确度分别为0.829、0.813、0.855、0.819,F1分数为0.733、0.659、0.728、0.653。结论基于机器学习算法XGBoost预测模型在敏感性与准确度上优于RF、Logistic、SVM模型,有助于指导临床医务人员识别PD发生肌少症高风险患者,有利于临床尽早制定干预策略。
文摘目的:应用生物信息学技术探索肾移植术后抗体介导排斥反应(antibody-mediated rejection,AMR)的差异表达基因,筛选出miRNA参与肾移植术后AMR的可能发生机制及潜在治疗靶点,以期为移植后AMR靶向治疗提供新思路。方法:从基因表达数据库(GEO)中下载数据集GSE115816,使用DESeq2R包在线分析肾移植术后移植肾功能稳定(SGF)组和AMR组的差异表达miRNAs,Targetscan软件预测miRNA的相关作用靶点,差异性表达基因(DEGs)进行基因本体(gene ontology,GO)分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析;利用String数据库cytohubba进行关键基因(Hub基因)筛选,最后TargetScan在线分析进行验证。结果:与SGF组相比,AMR组共发现10个差异性表达的miRNA,其中miR-144-5p的表达差异最具有显著性。使用Targetscan软件预测miR-144-5p的相关作用靶点,共143个。GO分析表明,DEGs主要参与血管生成、突触信号传递、转录共激活因子调控。KEGG通路富集分析表明,DEGs主要富集于甲状腺激素信号通路、人类乳头瘤病毒感染、PI3K-AKT信号通路。蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络筛选出10个Hug基因。基于cytoHubba中的6种算法,取各个算法的前10个Hug基因取交集后得到5个关键基因,分别是NCOA2、NCOA1、FOXO1、PAX3、PPARGC1A。经过文献调研发现FoxO1在免疫系统疾病及肾脏疾病中发挥重要作用,本研究选择FoxO1作为miR-144-5P的潜在作用靶点蛋白。最终,TargetScan在线分析结果显示,miR-144-5p与FoxO1的3'UTR区有靶向结合的位点。结论:miR-144-5p是参与肾移植术后AMR的关键miRNA,miR-144-5p靶向FoxO1可能作为AMR的潜在治疗靶点及预后生物标志物。
文摘结直肠手术加速康复外科(enhanced recovery after surgery,ERAS)在结直肠外科领域的应用最早可追溯到上世纪90年代,来自丹麦哥本哈根的外科团队于1995年报道了ERAS在乙状结肠手术中的应用经验。随后,结直肠外科领域出现了越来越多应用ERAS的经验报道,但具体措施仍存在一定的差异。近年来,随着对ERAS理念认识的逐步深入以及相关临床研究的规范化开展,使得ERAS在结直肠外科的应用有了较多的高级别循证医学证据。因此,中华医学会外科学分会与中华医学会麻醉学分会在2018版指南的基础上,通过对近年文献的复习总结,结合循证医学证据、临床经验与国情修订本指南,以促进ERAS在我国结直肠外科的规范化应用。
