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基于文献计量学的国内外转化医学研究热点与前沿分析 被引量:3
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作者 鄢闻 刘文庸 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期1021-1031,共11页
目的揭示国内外转化医学领域的研究热点与前沿,为我国相关机构开展转化医学研究提供借鉴。方法基于文献计量学方法,利用Web of Science数据库及中国知网数据库,分别以“translational medicine”和“转化医学”为主题词,检索国内外2001-... 目的揭示国内外转化医学领域的研究热点与前沿,为我国相关机构开展转化医学研究提供借鉴。方法基于文献计量学方法,利用Web of Science数据库及中国知网数据库,分别以“translational medicine”和“转化医学”为主题词,检索国内外2001-2020年转化医学领域相关文献。利用可视化软件CiteSpace和VOSviewer进行计量分析。结果国内外转化医学研究热点相对吻合,研究热点主要集中在转化医学理念与发展模式、肿瘤诊断与精准治疗、干细胞转化研究、3D生物打印与组织工程、精准医学与基因组学5个方面,其中3D生物打印与组织工程、组学数据分析逐渐成为新的研究趋势。国外研究成果以研究型为主,主要研究内容为肿瘤、干细胞、组织工程、基因组学;而我国研究成果以综述型居多,研究主题侧重探讨转化医学学科建设与人才培养、转化医学平台建设及协作机制等。结论目前国内外涉及转化医学的研究成果较为丰富,但从总体发展趋势看,我国转化医学研究在发展水平上与国外存在一定的差距。随着精准医疗、大数据分析等前沿技术的发展,我国转化医学应借助创新技术加强资源整合与多方协作,加快技术转化,搭建起基础和临床沟通的桥梁。 展开更多
关键词 转化医学研究 文献计量学 研究热点 精准医学 生物打印 干细胞
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转化医学研究领域的super “STAR”:外泌体相关诊疗技术现状与前景 被引量:1
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作者 黎力 王越 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期697-703,共7页
近年来,外泌体在生物医药研究领域受到高度关注,尤其是在精准医学相关的诊断技术研发和临床转化中被寄予厚望,例如在疾病无创性诊断、肿瘤液态活组织检查、精准药物研发和临床疗效监测等方面均有大量的外泌体相关研究报道。外泌体具有稳... 近年来,外泌体在生物医药研究领域受到高度关注,尤其是在精准医学相关的诊断技术研发和临床转化中被寄予厚望,例如在疾病无创性诊断、肿瘤液态活组织检查、精准药物研发和临床疗效监测等方面均有大量的外泌体相关研究报道。外泌体具有稳定(stable)、示踪(trackable)、活性(active)和实时(real-time)4个生物学特性,有望成为转化医学下一代"STAR"的关键因素。2014年以来,外泌体相关研究呈爆发式增长,已经有不少外泌体相关的新型诊疗专利技术或产品出现。本文简要概述外泌体的研究历史、生物学特性及诊疗技术的研发现状,并初步分析外泌体相关技术的转化研究发展趋势及前景。 展开更多
关键词 外泌体 细胞间通讯 诊疗技术 转化医学 精准医学
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单细胞转录组测序技术及其在免疫学研究中的应用 被引量:2
3
作者 朱玉茹晨 李宇 王越 《海军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期145-154,共10页
免疫系统具有复杂性、多变性以及可塑性,目前其组成和动态变化的研究只局限在群体效应,无法体现其异质性。单细胞技术的出现革新了研究者们对免疫学问题的认识。单细胞RNA测序技术是目前应用最广泛的单细胞技术,它能够在单细胞和单分子... 免疫系统具有复杂性、多变性以及可塑性,目前其组成和动态变化的研究只局限在群体效应,无法体现其异质性。单细胞技术的出现革新了研究者们对免疫学问题的认识。单细胞RNA测序技术是目前应用最广泛的单细胞技术,它能够在单细胞和单分子的水平进行免疫学分析,揭示生理或病理条件下的免疫反应过程。本文对单细胞RNA测序技术的一般流程、发展及其在免疫学方面的应用进展进行综述,并展望其在免疫学方面的发展前景。 展开更多
关键词 免疫系统 单细胞测序 RNA测序 免疫反应
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干细胞基础研究和临床研究的现状分析 被引量:3
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作者 李梦诗 王越 +2 位作者 徐莎 王灵 刘文庸 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第8期949-956,共8页
目的了解近5年干细胞领域基础研究与临床转化现状,为相关领域学科发展提供参考。方法干细胞基础研究部分,于2020年5月15日检索Web of Science核心合集数据库中2015年至2020年干细胞相关文献,选择该领域的高被引论文及热点论文共计1954篇... 目的了解近5年干细胞领域基础研究与临床转化现状,为相关领域学科发展提供参考。方法干细胞基础研究部分,于2020年5月15日检索Web of Science核心合集数据库中2015年至2020年干细胞相关文献,选择该领域的高被引论文及热点论文共计1954篇,通过CiteSpace软件进行关键词分析和聚类分析。干细胞临床研究部分,于2020年5月23日检索美国临床试验数据库(ClinicalTrials.gov)及国家药品监督管理局药品审评中心、中国医药生物技术协会官方网站公布的数据,利用Excel 2007进行汇总整理。结果在基础研究方面,“表达”“分化”“多能干细胞”“T细胞”和“祖细胞”为干细胞研究的热点,并聚类为“胚胎干细胞”“肿瘤干细胞”“抗宿主病”“细胞来源外泌体”“骨组织工程”“克隆性造血”和“创伤性脑损伤”7个主题。在临床研究方面,检索到全球有5506项干细胞相关临床试验,其中我国有482项。全球已批准上市的干细胞产品有18个,以间充质干细胞为主,国内干细胞产品尚处于临床试验阶段。国内已完成备案的73项干细胞临床研究项目中约2/3(49项)为间充质干细胞相关项目,33项(45.2%)涉及脐带来源间充质干细胞,研究疾病类型主要有银屑病、狼疮性肾炎、急性心肌梗死、骨关节炎等。结论对于干细胞研究热点和7个热点主题领域应予以关注。无论是全球已上市的干细胞产品,还是国内开展的干细胞临床研究均以间充质干细胞居多。 展开更多
关键词 干细胞 基础研究 临床研究 转化医学 文献计量学
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基于单细胞测序技术揭示2'-5'-寡腺苷酸合成酶2在胰腺导管腺癌肿瘤相关巨噬细胞中的作用
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作者 汪子欣 杨玉洁 +1 位作者 王越 赵云鹏 《海军军医大学学报》 北大核心 2025年第5期567-576,共10页
目的 基于早期和晚期胰腺导管腺癌(PDAC)患者肿瘤组织巨噬细胞相关的差异基因,探索PDAC肿瘤免疫微环境的特征,为PDAC提供早诊早治新靶点。方法 收集3例早期与4例晚期PDAC患者肿瘤组织样本,利用单细胞测序技术分析组织转录组数据,结合癌... 目的 基于早期和晚期胰腺导管腺癌(PDAC)患者肿瘤组织巨噬细胞相关的差异基因,探索PDAC肿瘤免疫微环境的特征,为PDAC提供早诊早治新靶点。方法 收集3例早期与4例晚期PDAC患者肿瘤组织样本,利用单细胞测序技术分析组织转录组数据,结合癌症基因组图谱(TCGA)数据库,获取与预后有关的早期与晚期PDAC差异表达的巨噬细胞相关基因,采用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)-Cox回归方法构建预后风险评分模型。利用基因表达谱交互分析2(GEPIA2)在线生存分析工具筛选出与PDAC预后相关的风险基因,使用通过估计RNA转录本相对子集进行细胞类型鉴定(CIBERSORT)方法对其免疫浸润情况进行分析,通过t-分布随机近邻嵌入(tSNE)聚类降维和Monocle包对其在不同时期不同亚群巨噬细胞中的表达情况进行解析,并进一步借助STRING数据库及人类蛋白质图谱(HPA)数据库对其蛋白质-蛋白质相互作用和免疫组织化学染色图片进行分析。结果 共发现48个早期与晚期PDAC差异表达的巨噬细胞相关基因与预后有关。筛选出11个差异表达的巨噬细胞基因作为PDAC预后基因,并利用这11个基因构建PDAC预后风险评分模型。筛选出2个不良预后基因,其中2'-5'-寡腺苷酸合成酶2(OAS2)基因主要在分泌型磷蛋白1(SPP1)阳性巨噬细胞中表达,人类异常纺锤体样小头畸形相关蛋白(ASPM)基因主要在增殖标志物Ki-67(MKI67)阳性巨噬细胞中表达,并且OAS2在不同时期PDAC巨噬细胞中的表达具有明显差异。免疫浸润研究表明OAS2和ASPM在调节性T细胞、M2型巨噬细胞中高表达(均P<0.05)。蛋白质-蛋白质相互作用网络显示了OAS2和ASPM间的表达关系以及更多其他共表达的蛋白。免疫组织化学分析表明OAS2在肿瘤组织中的表达水平高于正常组织。结论 OAS2和ASPM均为不良预后基因,分别在SPP1阳性巨噬细胞和MKI67阳性巨噬细胞中特异性表达并发挥负性免疫调节作用,进而促进PDAC的进展并导致不良预后,这有望为PDAC的防治提供新的靶点。 展开更多
关键词 胰腺导管腺癌 巨噬细胞 预后 肿瘤微环境 单细胞测序 拟时序分析 2'-5'-寡腺苷酸合成酶2
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单细胞测序在干细胞生物学中的应用研究进展
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作者 肖邦 朱静 +2 位作者 徐莎 陈国栋 黄超 《海军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期792-799,共8页
细胞间的变异或异质性是干细胞群的基本和内在特征。传统的组学分析在混合细胞群体上进行,导致这些差异被掩盖。近年来,单细胞基因组、表观基因组、转录组测序等技术发展迅速,为全面解析细胞异质性和识别不同表型细胞类型提供了强有力... 细胞间的变异或异质性是干细胞群的基本和内在特征。传统的组学分析在混合细胞群体上进行,导致这些差异被掩盖。近年来,单细胞基因组、表观基因组、转录组测序等技术发展迅速,为全面解析细胞异质性和识别不同表型细胞类型提供了强有力的工具。这些方法应用于不同类型的干细胞,包括多能干细胞和组织特异性干细胞,取得了令人兴奋的新发现。本文综述了单细胞组学测序技术的最新进展,并对单细胞组学测序的方法和应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 单细胞组学 RNA测序 表观基因组测序 干细胞 细胞异质性
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基于加权基因共表达网络分析挖掘子痫前期的诊断标志物 被引量:1
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作者 姚瑞倩 喻东 薛赓 《海军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期1529-1539,共11页
目的通过生物信息学分析和机器学习模型挖掘公共数据库中的有效信息,识别子痫前期相关的候选基因,以提高子痫前期早期诊断的准确性并为发病机制和诊疗研究提供靶点。方法从基因表达综合数据库中检索子痫前期患者和正常孕妇胎盘组织样本... 目的通过生物信息学分析和机器学习模型挖掘公共数据库中的有效信息,识别子痫前期相关的候选基因,以提高子痫前期早期诊断的准确性并为发病机制和诊疗研究提供靶点。方法从基因表达综合数据库中检索子痫前期患者和正常孕妇胎盘组织样本的RNA-seq数据集,利用生物信息分析工具完成数据下载、质量控制、比对及定量后获得基因表达矩阵。采用DESeq21.38.3工具筛选差异表达基因,通过基因本体和京都基因与基因组百科全书数据库确定富集通路,利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)构建共表达网络,利用随机森林算法建立机器学习预测模型。结果4个数据集156例孕妇(70例子痫前期患者、86例正常孕妇)胎盘组织样本共筛选出49个共有差异表达基因,这些基因显著富集在细胞外区域、卵泡刺激素分泌的正向调节通路、激素活性通路及细胞因子-细胞因子受体相互作用等信号通路。通过WGCNA将49个差异表达基因分为7个共表达模块,鉴定出与子痫前期高度相关的关键模块,并筛选出6个候选关键基因,分别为fms相关受体酪氨酸激酶1(FLT1)、冠毛素2(PAPPA2)、蛋白磷酸酶1调节抑制因子亚基1C(PPP1R1C)、肌球蛋白ⅦB(MYO7B)、长基因间非蛋白编码RNA 2009(LINC02009)和抑制素亚基α(INHA)。基于这6个关键基因构建的随机森林模型对子痫前期有较好的预测价值(AUC=0.978)。结论子痫前期可能与激素分泌、免疫反应、血管生成因子、妊娠相关血浆蛋白、抑制素等有关,相关基因或可成为子痫前期诊断的候选标志物。 展开更多
关键词 子痫前期 生物标志物 加权基因共表达网络分析 随机森林模型
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颅内孤立性纤维性肿瘤/血管周细胞瘤的临床病理特征分析
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作者 周兵 张裕 +1 位作者 张剑锋 曹杰 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期1319-1323,共5页
目的探讨颅内孤立性纤维性肿瘤/血管周细胞瘤(SFT/HPC)的临床病理特征、诊断与鉴别诊断及预后。方法收集九江市第一人民医院和江西省肿瘤医院2015年6月至2020年12月确诊的7例颅内SFT/HPC患者的临床病理资料,对组织学形态、免疫组织化学... 目的探讨颅内孤立性纤维性肿瘤/血管周细胞瘤(SFT/HPC)的临床病理特征、诊断与鉴别诊断及预后。方法收集九江市第一人民医院和江西省肿瘤医院2015年6月至2020年12月确诊的7例颅内SFT/HPC患者的临床病理资料,对组织学形态、免疫组织化学染色结果进行回顾性分析。结果7例颅内SFT/HPC中男5例、女2例,年龄为23~60岁,平均年龄为46.1岁。临床表现主要为头晕、头痛、呕吐等神经受压和颅内压增高症状。影像学显示颅内占位性病变伴动脉期强化。5例WHOⅡ级SFT/HPC镜下见肿瘤由短梭形细胞构成,伴瘤组织间"鹿角样"血管及纤维组织增生;2例WHOⅢ级SFT/HPC镜下瘤细胞明显丰富且存在异型性。免疫组织化学染色显示,7例患者肿瘤细胞均弥漫表达波形蛋白、CD34和信号转导与转录激活因子6(STAT6),不同程度表达Bcl-2(3/7)、P53(3/7)、CD99(2/5)。除1例患者转院后失访外,其余6例随访5~67个月,其中1例患者于术后33个月复发,行二次手术后未见复发和转移。结论颅内SFT/HPC较为罕见且临床及影像学表现不典型,易与其他颅内肿瘤相混淆,确诊依靠其特征性的组织学形态及免疫组织化学标志物。早期诊断和完全性手术切除及放射治疗能减少SFT/HPC复发。 展开更多
关键词 颅内肿瘤 孤立性纤维性肿瘤 血管周细胞瘤 临床病理特征
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免疫检查点抑制剂治疗肝细胞癌的进展与挑战 被引量:1
9
作者 王志杰 高鹏 丁劲 《海军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期857-866,共10页
肝细胞癌(HCC)是最常见的恶性肿瘤之一,其发病率和死亡率近年来不断攀升。随着肿瘤免疫学的快速发展,以免疫检查点抑制剂(ICI)为主的免疫疗法为HCC的治疗带来了新的曙光。针对程序性死亡受体1等免疫检查点分子的ICI已在HCC相关治疗临床... 肝细胞癌(HCC)是最常见的恶性肿瘤之一,其发病率和死亡率近年来不断攀升。随着肿瘤免疫学的快速发展,以免疫检查点抑制剂(ICI)为主的免疫疗法为HCC的治疗带来了新的曙光。针对程序性死亡受体1等免疫检查点分子的ICI已在HCC相关治疗临床试验中显示出很好的疗效和安全性,但不同的治疗方案也存在各自的局限性。本文将介绍目前ICI在HCC治疗中的研究进展,并概述其在临床治疗中面临的挑战。 展开更多
关键词 肝细胞癌 免疫检查点抑制剂 联合治疗 辅助治疗 新辅助治疗
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缺血性脑卒中后小鼠脑组织中星形胶质细胞的异质性分析 被引量:1
10
作者 范杏飞 赵云鹏 +2 位作者 王多祥 付瑞锋 王越 《海军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期778-784,共7页
目的 基于单细胞测序技术对缺血性脑卒中(IS)后脑组织中星形胶质细胞的动态变化进行研究,以更好地理解星形胶质细胞在IS发生、发展中的作用。方法 利用基因表达汇编(GEO)数据库下载IS小鼠脑组织测序数据(GSE227651),采用典型关联分析(C... 目的 基于单细胞测序技术对缺血性脑卒中(IS)后脑组织中星形胶质细胞的动态变化进行研究,以更好地理解星形胶质细胞在IS发生、发展中的作用。方法 利用基因表达汇编(GEO)数据库下载IS小鼠脑组织测序数据(GSE227651),采用典型关联分析(CCA)法进行数据整合,通过t-分布随机近邻嵌入(tSNE)聚类降维分析获取不同的细胞亚群,使用SingleR包对不同细胞亚群进行注释;进一步通过tSNE聚类降维分析获取不同的星形胶质细胞亚群,并对不同星形胶质细胞亚群的数量改变和功能状态进行分析;利用Monocle包对不同星形胶质细胞亚群所处的发育阶段进行分析;利用CellChat包对星形胶质细胞与其他细胞亚群之间的配体-受体相互作用情况进行动态分析。结果 下载获得GSE227651测序数据,整合聚类分析后将小鼠脑组织细胞聚类为19个细胞亚群,注释为16种不同的细胞类型。进一步对星形胶质细胞进行聚类分析,分为6个星形胶质细胞亚群,其中亚群0和亚群3在IS后第1天的数目占比相较于健侧对照降低,在IS后第3和第7天的占比逐渐升高;而亚群2和亚群5在IS后第1天的数目占比相较于健侧对照升高,在IS后第3和第7天的占比逐渐降低;亚群1和亚群4在IS后不同时间点的变化不大。根据功能分析将星形胶质细胞亚群2和亚群5定义为反应性星形胶质细胞,亚群0和亚群3定义为修复性星形胶质细胞,亚群1和亚群4定义为静息性星形胶质细胞。根据拟时序分析结果进一步将星形胶质细胞亚群2定义为急性反应性星形胶质细胞,亚群0定义为缺血损伤后修复性星形胶质细胞。细胞配体-受体相互作用分析显示,星形胶质细胞与星形胶质细胞、B细胞、自然杀伤(NK)细胞、内皮细胞、巨噬细胞、上皮细胞和神经元的配体-受体作用关系随时间动态改变,在IS后第1天主要通过与NK细胞建立联系介导炎症反应,而在IS后第3天开始通过与内皮细胞和神经元联系介导神经血管功能的恢复。结论 星形胶质细胞的功能状态在IS后随时间动态改变,在IS后的早期可能主要通过急性反应性星形胶质细胞介导损伤后的急性炎症反应,而从IS后第3天开始可能主要通过缺血损伤后修复性星形胶质细胞参与损伤后脑组织的功能重建。 展开更多
关键词 缺血性脑卒中 星形胶质细胞 单细胞测序 拟时序分析
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基于单细胞测序数据揭示铁死亡相关差异基因白细胞介素33在肝细胞癌发育早期阶段内皮细胞中的作用
11
作者 罗淑丹 王多祥 +3 位作者 付瑞锋 王灵 王腾蛟 王越 《海军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期785-791,共7页
目的 基于单细胞测序数据对肝细胞癌(HCC)铁死亡相关预后基因的表达状态进行分析,为HCC的精准治疗提供有效靶点。方法 利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库和铁死亡相关基因数据库获取HCC患者和正常组织样本的铁死亡相关差异基因,采用最小... 目的 基于单细胞测序数据对肝细胞癌(HCC)铁死亡相关预后基因的表达状态进行分析,为HCC的精准治疗提供有效靶点。方法 利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库和铁死亡相关基因数据库获取HCC患者和正常组织样本的铁死亡相关差异基因,采用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归分析构建风险预后评估模型;利用单细胞测序数据,通过t-分布随机近邻嵌入(tSNE)聚类降维和Monocle包对预后风险基因在不同发育阶段细胞中的表达情况进行分析,并进一步通过CellChat包对预后风险基因在HCC细胞间的相互作用进行分析。结果 共发现25个铁死亡相关差异基因与HCC患者的预后相关。筛选出含5'-核苷酸酶结构域2(NT5DC2)、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)、微管解聚蛋白1(STMN1)和白细胞介素(IL)33(IL-33)4个基因作为HCC预后基因。其中NT5DC2主要在上皮细胞和内皮细胞中表达,IL-33主要在内皮细胞中表达,G6PD和STMN1在细胞中广泛表达;IL-33主要在发育早期阶段的内皮细胞中表达,NT5DC2、G6PD、STMN在不同的发育阶段均有表达;此外IL-33只在发育早期阶段的内皮细胞中与受体存在广泛交互。结论 IL-33作为良性预后基因,在HCC患者发育早期阶段的内皮细胞中特异性表达并发挥作用,提示维持血管内皮细胞的这种原始状态或促进IL-33介导的原始状态内皮细胞铁死亡可能是有效的HCC治疗靶点。 展开更多
关键词 肝细胞癌 预后 铁死亡 单细胞测序 拟时序分析 细胞互作分析 白细胞介素33
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