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基于单细胞测序技术揭示2'-5'-寡腺苷酸合成酶2在胰腺导管腺癌肿瘤相关巨噬细胞中的作用
1
作者
汪子欣
杨玉洁
+1 位作者
王越
赵云鹏
《海军军医大学学报》
北大核心
2025年第5期567-576,共10页
目的 基于早期和晚期胰腺导管腺癌(PDAC)患者肿瘤组织巨噬细胞相关的差异基因,探索PDAC肿瘤免疫微环境的特征,为PDAC提供早诊早治新靶点。方法 收集3例早期与4例晚期PDAC患者肿瘤组织样本,利用单细胞测序技术分析组织转录组数据,结合癌...
目的 基于早期和晚期胰腺导管腺癌(PDAC)患者肿瘤组织巨噬细胞相关的差异基因,探索PDAC肿瘤免疫微环境的特征,为PDAC提供早诊早治新靶点。方法 收集3例早期与4例晚期PDAC患者肿瘤组织样本,利用单细胞测序技术分析组织转录组数据,结合癌症基因组图谱(TCGA)数据库,获取与预后有关的早期与晚期PDAC差异表达的巨噬细胞相关基因,采用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)-Cox回归方法构建预后风险评分模型。利用基因表达谱交互分析2(GEPIA2)在线生存分析工具筛选出与PDAC预后相关的风险基因,使用通过估计RNA转录本相对子集进行细胞类型鉴定(CIBERSORT)方法对其免疫浸润情况进行分析,通过t-分布随机近邻嵌入(tSNE)聚类降维和Monocle包对其在不同时期不同亚群巨噬细胞中的表达情况进行解析,并进一步借助STRING数据库及人类蛋白质图谱(HPA)数据库对其蛋白质-蛋白质相互作用和免疫组织化学染色图片进行分析。结果 共发现48个早期与晚期PDAC差异表达的巨噬细胞相关基因与预后有关。筛选出11个差异表达的巨噬细胞基因作为PDAC预后基因,并利用这11个基因构建PDAC预后风险评分模型。筛选出2个不良预后基因,其中2'-5'-寡腺苷酸合成酶2(OAS2)基因主要在分泌型磷蛋白1(SPP1)阳性巨噬细胞中表达,人类异常纺锤体样小头畸形相关蛋白(ASPM)基因主要在增殖标志物Ki-67(MKI67)阳性巨噬细胞中表达,并且OAS2在不同时期PDAC巨噬细胞中的表达具有明显差异。免疫浸润研究表明OAS2和ASPM在调节性T细胞、M2型巨噬细胞中高表达(均P<0.05)。蛋白质-蛋白质相互作用网络显示了OAS2和ASPM间的表达关系以及更多其他共表达的蛋白。免疫组织化学分析表明OAS2在肿瘤组织中的表达水平高于正常组织。结论 OAS2和ASPM均为不良预后基因,分别在SPP1阳性巨噬细胞和MKI67阳性巨噬细胞中特异性表达并发挥负性免疫调节作用,进而促进PDAC的进展并导致不良预后,这有望为PDAC的防治提供新的靶点。
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关键词
胰腺导管腺癌
巨噬细胞
预后
肿瘤微环境
单细胞测序
拟时序分析
2'-5'-寡腺苷酸合成酶2
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题名
基于单细胞测序技术揭示2'-5'-寡腺苷酸合成酶2在胰腺导管腺癌肿瘤相关巨噬细胞中的作用
1
作者
汪子欣
杨玉洁
王越
赵云鹏
机构
海军
军医大学
(
第二军医大学
)
基础
医学院
六大
队
海军
军医大学
(
第二军医大学
)
基础
医学院
人体解剖学教研室
海军
军医大学
(
第二军医大学
)转化
医学
研究中心干细胞与再生
医学
研究室
出处
《海军军医大学学报》
北大核心
2025年第5期567-576,共10页
基金
国家自然科学基金面上项目(82273317)
上海市科技创新行动计划生物医药科技支撑项目(22S11901600)
上海市细胞工程重点实验室项目(14DZ2272300)。
文摘
目的 基于早期和晚期胰腺导管腺癌(PDAC)患者肿瘤组织巨噬细胞相关的差异基因,探索PDAC肿瘤免疫微环境的特征,为PDAC提供早诊早治新靶点。方法 收集3例早期与4例晚期PDAC患者肿瘤组织样本,利用单细胞测序技术分析组织转录组数据,结合癌症基因组图谱(TCGA)数据库,获取与预后有关的早期与晚期PDAC差异表达的巨噬细胞相关基因,采用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)-Cox回归方法构建预后风险评分模型。利用基因表达谱交互分析2(GEPIA2)在线生存分析工具筛选出与PDAC预后相关的风险基因,使用通过估计RNA转录本相对子集进行细胞类型鉴定(CIBERSORT)方法对其免疫浸润情况进行分析,通过t-分布随机近邻嵌入(tSNE)聚类降维和Monocle包对其在不同时期不同亚群巨噬细胞中的表达情况进行解析,并进一步借助STRING数据库及人类蛋白质图谱(HPA)数据库对其蛋白质-蛋白质相互作用和免疫组织化学染色图片进行分析。结果 共发现48个早期与晚期PDAC差异表达的巨噬细胞相关基因与预后有关。筛选出11个差异表达的巨噬细胞基因作为PDAC预后基因,并利用这11个基因构建PDAC预后风险评分模型。筛选出2个不良预后基因,其中2'-5'-寡腺苷酸合成酶2(OAS2)基因主要在分泌型磷蛋白1(SPP1)阳性巨噬细胞中表达,人类异常纺锤体样小头畸形相关蛋白(ASPM)基因主要在增殖标志物Ki-67(MKI67)阳性巨噬细胞中表达,并且OAS2在不同时期PDAC巨噬细胞中的表达具有明显差异。免疫浸润研究表明OAS2和ASPM在调节性T细胞、M2型巨噬细胞中高表达(均P<0.05)。蛋白质-蛋白质相互作用网络显示了OAS2和ASPM间的表达关系以及更多其他共表达的蛋白。免疫组织化学分析表明OAS2在肿瘤组织中的表达水平高于正常组织。结论 OAS2和ASPM均为不良预后基因,分别在SPP1阳性巨噬细胞和MKI67阳性巨噬细胞中特异性表达并发挥负性免疫调节作用,进而促进PDAC的进展并导致不良预后,这有望为PDAC的防治提供新的靶点。
关键词
胰腺导管腺癌
巨噬细胞
预后
肿瘤微环境
单细胞测序
拟时序分析
2'-5'-寡腺苷酸合成酶2
Keywords
pancreatic ductal adenocarcinoma
macrophages
prognosis
tumor microenvironment
single cell sequencing
pseudotime analysis
2'-5'-oligoadenylate synthetase 2
分类号
R735.9 [医药卫生—肿瘤]
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作者
出处
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被引量
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1
基于单细胞测序技术揭示2'-5'-寡腺苷酸合成酶2在胰腺导管腺癌肿瘤相关巨噬细胞中的作用
汪子欣
杨玉洁
王越
赵云鹏
《海军军医大学学报》
北大核心
2025
0
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