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基于网络药理学与分子对接技术的荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎的作用机制研究
被引量：
4
1
作者
蔡孟成
俞超芹
《第二军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期261-269,共9页
目的应用网络药理学和分子对接的方法,探讨荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子靶点及可能机制。方法利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索荆银合剂的潜在入血活性成分和靶点。通过GeneCard数据库检索COVID-19相关...
目的应用网络药理学和分子对接的方法,探讨荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子靶点及可能机制。方法利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索荆银合剂的潜在入血活性成分和靶点。通过GeneCard数据库检索COVID-19相关靶点。利用STRING 10.5软件构建荆银合剂成分靶点与COVID-19靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。利用R 3.6软件进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;采用AutoDock Tools 1.5.6和AutoDock Vina 1.1.2软件进行分子对接研究。结果根据药动学参数口服生物利用度和类药性筛选出120种活性成分,并获得了与这些成分相关的232个靶点。从GeneCard数据库中获得350个与COVID-19直接相关的靶点,从成分靶点与疾病靶点网络的交集中获得47个靶点,这些靶点主要参与细胞内脂多糖反应、氧化应激反应、对机械刺激的反应等生物学过程。分子功能主要包括细胞因子受体结合、细胞因子活性、受体配体活性等,其机制与低氧诱导因子1信号通路、NF-κB信号通路、细胞凋亡等有关。分子对接结果显示荆银合剂中槲皮素、木樨草素与6LU7和6M3M蛋白具有一定的亲和力。结论荆银合剂的活性成分可能通过抗病毒、抗炎、调控细胞周期对COVID-19及其导致的炎症和肺损伤具有潜在的干预作用,研究结果可为中医药干预COVID-19提供一定的理论基础与科学依据。
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关键词
新型冠状病毒肺炎
荆银合剂
网络药理学
分子对接
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职称材料
基于古文献挖掘与网络药理学的二陈汤治疗肥胖型多囊卵巢综合征的机制研究
被引量：
1
2
作者
蔡孟成
周志浩
+1 位作者
金永生
俞超芹
《海军军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第10期1233-1239,共7页
目的利用数据挖掘的方法探究历代医家治疗肥胖型多囊卵巢综合征(PCOS)的处方规律,归纳核心处方与药物,并利用网络药理学探讨核心处方的潜在物质基础与作用机制,为中医药治疗肥胖型PCOS提供参考。方法以《中华医典》为资料来源,利用Excel...
目的利用数据挖掘的方法探究历代医家治疗肥胖型多囊卵巢综合征(PCOS)的处方规律,归纳核心处方与药物,并利用网络药理学探讨核心处方的潜在物质基础与作用机制,为中医药治疗肥胖型PCOS提供参考。方法以《中华医典》为资料来源,利用Excel 2018建立肥胖型PCOS处方数据库,借助SPSS Modeler 18及Gephi 0.9.7软件对符合肥胖型PCOS表现的处方药物进行关联分析。利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取核心药对的成分及靶基因,利用人类基因数据库(GeneCard)和在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)获取肥胖型PCOS靶基因,进一步获取核心药物靶基因与肥胖型PCOS靶基因的交集基因。利用Cytoscape 3.7.1软件构建核心药物活性成分-交集基因网络,并利用可视化和集成发现数据库(DAVID)进行组织富集分析。结果共得到符合肥胖型PCOS的处方47首,涉及中药98味,使用频次≥5的中药为茯苓、半夏、甘草、陈皮、川芎、香附、白术、当归、苍术、南星、人参、滑石、枳壳、白芍、黄连、地黄、橘红、砂仁;有强关联的核心药对组合为半夏、陈皮、茯苓、甘草(二陈汤)。利用TCMSP数据库获得二陈汤的药物成分125个、靶基因218个,利用GeneCard数据库及OMIM获得肥胖型PCOS靶基因2962个,获得肥胖型PCOS靶基因与核心药物靶基因的交集基因149个。网络药理学分析显示,度值较高的药物活性成分有槲皮素、山奈酚、芒柄花素等,度值较高的靶基因包括前列腺素内过氧化物合酶2、雌激素受体1、雄激素受体等。组织富集分析结果显示,交集靶基因主要富集在胎盘、肝脏、肺、上皮等组织。结论数据挖掘结果提示,历代医家治疗肥胖型PCOS时以益气健脾、燥湿化痰为主要原则,同时佐以养血调经的药物。网络药理学结果验证了古文献分析结果,提示黄酮类化合物可能通过调控激素受体改善肥胖型PCOS。
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关键词
多囊卵巢综合征
痰湿
闭经
不孕
组织富集分析
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职称材料
题名
基于网络药理学与分子对接技术的荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎的作用机制研究
被引量：
4
1
作者
蔡孟成
俞超芹
机构
海军
军医大学
(
第二军医大学
)基础医学院学员一队
海军
军医大学
(
第二军医大学
)
中医系
中医
妇科
教研室
出处
《第二军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期261-269,共9页
文摘
目的应用网络药理学和分子对接的方法,探讨荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子靶点及可能机制。方法利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索荆银合剂的潜在入血活性成分和靶点。通过GeneCard数据库检索COVID-19相关靶点。利用STRING 10.5软件构建荆银合剂成分靶点与COVID-19靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。利用R 3.6软件进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;采用AutoDock Tools 1.5.6和AutoDock Vina 1.1.2软件进行分子对接研究。结果根据药动学参数口服生物利用度和类药性筛选出120种活性成分,并获得了与这些成分相关的232个靶点。从GeneCard数据库中获得350个与COVID-19直接相关的靶点,从成分靶点与疾病靶点网络的交集中获得47个靶点,这些靶点主要参与细胞内脂多糖反应、氧化应激反应、对机械刺激的反应等生物学过程。分子功能主要包括细胞因子受体结合、细胞因子活性、受体配体活性等,其机制与低氧诱导因子1信号通路、NF-κB信号通路、细胞凋亡等有关。分子对接结果显示荆银合剂中槲皮素、木樨草素与6LU7和6M3M蛋白具有一定的亲和力。结论荆银合剂的活性成分可能通过抗病毒、抗炎、调控细胞周期对COVID-19及其导致的炎症和肺损伤具有潜在的干预作用,研究结果可为中医药干预COVID-19提供一定的理论基础与科学依据。
关键词
新型冠状病毒肺炎
荆银合剂
网络药理学
分子对接
Keywords
coronavirus disease 2019
Jingyin mixture
network pharmacology
molecular docking
分类号
R511 [医药卫生—内科学]
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职称材料
题名
基于古文献挖掘与网络药理学的二陈汤治疗肥胖型多囊卵巢综合征的机制研究
被引量：
1
2
作者
蔡孟成
周志浩
金永生
俞超芹
机构
海军
军医大学
(
第二军医大学
)
海军
特色医学中心康复医学与理疗科
海军
第九二九医院
中医
科
海军
军医大学
(
第二军医大学
)药学系有机化学
教研室
海军
军医大学
(
第二军医大学
)
中医系
中医
妇科
教研室
出处
《海军军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第10期1233-1239,共7页
基金
国家自然科学基金(81973896,82004408)
上海市科学技术委员会中医引导项目(19401930200)
+2 种基金
上海市青年科技英才扬帆计划项目(20YF1448600)
中国博士后科学基金面上项目(2020M68681337)
上海市名老中医学术经验研究工作室建设项目(SHGZS-202240).
文摘
目的利用数据挖掘的方法探究历代医家治疗肥胖型多囊卵巢综合征(PCOS)的处方规律,归纳核心处方与药物,并利用网络药理学探讨核心处方的潜在物质基础与作用机制,为中医药治疗肥胖型PCOS提供参考。方法以《中华医典》为资料来源,利用Excel 2018建立肥胖型PCOS处方数据库,借助SPSS Modeler 18及Gephi 0.9.7软件对符合肥胖型PCOS表现的处方药物进行关联分析。利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取核心药对的成分及靶基因,利用人类基因数据库(GeneCard)和在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)获取肥胖型PCOS靶基因,进一步获取核心药物靶基因与肥胖型PCOS靶基因的交集基因。利用Cytoscape 3.7.1软件构建核心药物活性成分-交集基因网络,并利用可视化和集成发现数据库(DAVID)进行组织富集分析。结果共得到符合肥胖型PCOS的处方47首,涉及中药98味,使用频次≥5的中药为茯苓、半夏、甘草、陈皮、川芎、香附、白术、当归、苍术、南星、人参、滑石、枳壳、白芍、黄连、地黄、橘红、砂仁;有强关联的核心药对组合为半夏、陈皮、茯苓、甘草(二陈汤)。利用TCMSP数据库获得二陈汤的药物成分125个、靶基因218个,利用GeneCard数据库及OMIM获得肥胖型PCOS靶基因2962个,获得肥胖型PCOS靶基因与核心药物靶基因的交集基因149个。网络药理学分析显示,度值较高的药物活性成分有槲皮素、山奈酚、芒柄花素等,度值较高的靶基因包括前列腺素内过氧化物合酶2、雌激素受体1、雄激素受体等。组织富集分析结果显示,交集靶基因主要富集在胎盘、肝脏、肺、上皮等组织。结论数据挖掘结果提示,历代医家治疗肥胖型PCOS时以益气健脾、燥湿化痰为主要原则,同时佐以养血调经的药物。网络药理学结果验证了古文献分析结果,提示黄酮类化合物可能通过调控激素受体改善肥胖型PCOS。
关键词
多囊卵巢综合征
痰湿
闭经
不孕
组织富集分析
Keywords
polycystic ovary syndrome
phlegm dampness
amenorrhea
infertility
tissue enrichment analysis
分类号
R285 [医药卫生—中药学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于网络药理学与分子对接技术的荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎的作用机制研究
蔡孟成
俞超芹
《第二军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
4
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于古文献挖掘与网络药理学的二陈汤治疗肥胖型多囊卵巢综合征的机制研究
蔡孟成
周志浩
金永生
俞超芹
《海军军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
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