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应用基因芯片筛选胃癌淋巴转移相关基因及TLN1的初步研究
被引量：
1
1
作者
张黎
赵仲生
+2 位作者
马杰
茹国庆
董来华
《中国病理生理杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第7期1271-1278,共8页
目的:应用基因表达谱芯片筛选胃癌正常胃黏膜、胃癌原发灶和淋巴结转移灶的差异表达基因,并结合生物信息学方法筛选胃癌淋巴结转移相关基因,探讨TLN1与胃癌淋巴结转移的关系。方法:应用Affy-metrix芯片筛选癌旁正常胃黏膜(A组)、胃癌原...
目的:应用基因表达谱芯片筛选胃癌正常胃黏膜、胃癌原发灶和淋巴结转移灶的差异表达基因,并结合生物信息学方法筛选胃癌淋巴结转移相关基因,探讨TLN1与胃癌淋巴结转移的关系。方法:应用Affy-metrix芯片筛选癌旁正常胃黏膜(A组)、胃癌原发灶(B组)和淋巴结转移灶(C组)的差异表达基因,利用队列试验的基因表达谱分析、基于聚类分析结果的基因功能(基于Gene Ontology分类)集群分析和Pathway分析等生物信息学方法对结果进行分析,并用RT-PCR检测TLN1在胃癌原发灶和淋巴结转移灶的表达情况。结果:A、B、C3组呈连续上调的差异表达基因278个,其功能主要集中在免疫应答、细胞黏附、磷酸盐转运、阴离子转移、细胞趋化和移动、信号转导等方面;连续下调的387个基因其功能主要集中在消化、糖类代谢、脂质代谢、蛋白代谢、一氧化氮复合物代谢、一氧化碳复合物代谢、细胞黏附等方面。Pathway分析显示在整合素介导的细胞黏附信号通路异常激活,THBS1、TLN1、CAPN3、ITGAX、SORBS1、CAPN6、CAPN9在3组中呈连续梯度改变。TLN1在癌旁非肿瘤胃黏膜、胃癌原发灶和淋巴结转移灶表达量分别为:0.0000342±0.0000711、0.1064±0.1251和0.2886±0.3529;在胃癌淋巴结转移灶显著高表达(P<0.05)。结论:基因芯片技术结合生物信息学方法筛选胃癌淋巴转移相关基因,有助于找到胃癌淋巴道转移的关键基因或通路,为寻找肿瘤淋巴道转移的早期诊断指标及新的治疗靶点奠定了实验基础,本研究结果初步表明在整合素信号通路中扮演重要角色的TLN1基因异常表达与胃癌淋巴结转移密切相关。
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关键词
胃肿瘤
基因
TLN1
肿瘤转移
基因表达芯片
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职称材料
题名
应用基因芯片筛选胃癌淋巴转移相关基因及TLN1的初步研究
被引量：
1
1
作者
张黎
赵仲生
马杰
茹国庆
董来华
机构
浙江绍兴文理学院附属医院病理科
浙江
省人民
医院
病理科
出处
《中国病理生理杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第7期1271-1278,共8页
基金
浙江省自然科学基金资助项目(No.M303843)
浙江省医药卫生科学研究基金资助项目(No.2007A013)
浙江省绍兴文理学院重点课题资助项目(No.06CG1009)
文摘
目的:应用基因表达谱芯片筛选胃癌正常胃黏膜、胃癌原发灶和淋巴结转移灶的差异表达基因,并结合生物信息学方法筛选胃癌淋巴结转移相关基因,探讨TLN1与胃癌淋巴结转移的关系。方法:应用Affy-metrix芯片筛选癌旁正常胃黏膜(A组)、胃癌原发灶(B组)和淋巴结转移灶(C组)的差异表达基因,利用队列试验的基因表达谱分析、基于聚类分析结果的基因功能(基于Gene Ontology分类)集群分析和Pathway分析等生物信息学方法对结果进行分析,并用RT-PCR检测TLN1在胃癌原发灶和淋巴结转移灶的表达情况。结果:A、B、C3组呈连续上调的差异表达基因278个,其功能主要集中在免疫应答、细胞黏附、磷酸盐转运、阴离子转移、细胞趋化和移动、信号转导等方面;连续下调的387个基因其功能主要集中在消化、糖类代谢、脂质代谢、蛋白代谢、一氧化氮复合物代谢、一氧化碳复合物代谢、细胞黏附等方面。Pathway分析显示在整合素介导的细胞黏附信号通路异常激活,THBS1、TLN1、CAPN3、ITGAX、SORBS1、CAPN6、CAPN9在3组中呈连续梯度改变。TLN1在癌旁非肿瘤胃黏膜、胃癌原发灶和淋巴结转移灶表达量分别为:0.0000342±0.0000711、0.1064±0.1251和0.2886±0.3529;在胃癌淋巴结转移灶显著高表达(P<0.05)。结论:基因芯片技术结合生物信息学方法筛选胃癌淋巴转移相关基因,有助于找到胃癌淋巴道转移的关键基因或通路,为寻找肿瘤淋巴道转移的早期诊断指标及新的治疗靶点奠定了实验基础,本研究结果初步表明在整合素信号通路中扮演重要角色的TLN1基因异常表达与胃癌淋巴结转移密切相关。
关键词
胃肿瘤
基因
TLN1
肿瘤转移
基因表达芯片
Keywords
Stomach neoplasms
Genes,TLN1
Neoplasm metastasis
Gene expression chips
分类号
R363 [医药卫生—病理学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
应用基因芯片筛选胃癌淋巴转移相关基因及TLN1的初步研究
张黎
赵仲生
马杰
茹国庆
董来华
《中国病理生理杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2009
1
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