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中华鳖(Pelodiscus sinensis)5个不同地理种群细胞色素b基因序列变异及种群遗传结构分析 被引量:18
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作者 张永正 张海琪 +3 位作者 何中央 徐晓林 李智强 杜建明 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期234-239,共6页
利用线粒体细胞色素b基因序列对中华鳖5个不同地理种群(太湖群体、日本群体、江西群体、台湾群体和乌鳖群体)的种群遗传结构进行分析。以特异引物进行PCR扩增,获得了408bp的基因片断序列。序列分析结果表明,在31个中华鳖个体中,共检测... 利用线粒体细胞色素b基因序列对中华鳖5个不同地理种群(太湖群体、日本群体、江西群体、台湾群体和乌鳖群体)的种群遗传结构进行分析。以特异引物进行PCR扩增,获得了408bp的基因片断序列。序列分析结果表明,在31个中华鳖个体中,共检测到17个变异位点,获得8种单倍型。日本群体的2种单倍型在其他4个群体中都未检测到,为该群体所特有,日本种群与其他4个群体的遗传距离最远。除日本群体缺乏主体单倍型外,其他4个群体共同拥有主体单倍型Hap.1,江西群体、台湾群体和乌鳖群体的单倍型类型都和其他群体共同享有,没有其特异的单倍型。MP法和NJ法构建的系统发生树显示日本群体的两种单倍型以很高的置信度聚成一支,这与其地理分布存在一定的相关性,其序列上的差异,可以成为种群鉴别的分子标记;另外4个群体的6种单倍型聚合成一大支,但同一个地理区域的群体并未聚成一类,未按照地理位置形成明显的地理格局。 展开更多
关键词 中华鳖 线粒体DNA 细胞色素B基因 序列分析 种群遗传结构
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澥浦大弹涂鱼群体生化遗传分析 被引量:3
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作者 张春丹 李明云 +2 位作者 黄福勇 汪美贞 张海琪 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期47-50,68,共5页
于2004年4月,在浙江省宁波市镇海区澥浦滩涂采集野生大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)30尾,采用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳方法,分析了乳酸脱氢酶(LDH)、甲酸脱氢酶(FDH)、谷氨酸脱氢酶(GDH)、D-葡糖脱氢酶(GCDH)、葡萄糖-6-磷... 于2004年4月,在浙江省宁波市镇海区澥浦滩涂采集野生大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)30尾,采用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳方法,分析了乳酸脱氢酶(LDH)、甲酸脱氢酶(FDH)、谷氨酸脱氢酶(GDH)、D-葡糖脱氢酶(GCDH)、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)、苹果酸脱氢酶(MDH)、苹果酸酶(ME)、超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)和酯酶(EST)等10种酶在大弹涂鱼肝脏组织中的表达,并对同工酶表型进行了生化遗传分析。实验结果表明,大弹涂鱼10种同工酶中除CAT外的另9种酶都得到了清晰的酶谱。该9种酶共记录了23个基因座位,筛选出LDH-1,FDH-1,G6PDH-1,ME-1,SOD-1,EST-1,EST-2,EST-3等8个多态基因座位。澥浦大弹涂鱼多态座位比例(P)为34.78%,平均杂合度(H)为0.0594,与其他海水鱼类相比,遗传多样性水平相对较低。 展开更多
关键词 大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris) 自然群体 同工酶 遗传多样性
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中华鳖(Pelodiscus sinensis)不同种群酪氨酸酶(TYR)基因的克隆及其多态性分析 被引量:6
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作者 张永正 张海琪 +1 位作者 黄利英 丁诗华 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期361-366,共6页
以中华鳖4个种群80个个体(太湖种群、日本品系种群、台湾引进种群和"清溪乌鳖"种群)肌肉基因组DNA为模板,利用已知酪氨酸酶(Tyrosinase,TYR)基因部分序列设计合成特异引物进行PCR扩增,克隆并测定了TYR基因的核苷酸序列。扩增... 以中华鳖4个种群80个个体(太湖种群、日本品系种群、台湾引进种群和"清溪乌鳖"种群)肌肉基因组DNA为模板,利用已知酪氨酸酶(Tyrosinase,TYR)基因部分序列设计合成特异引物进行PCR扩增,克隆并测定了TYR基因的核苷酸序列。扩增所得的696bp序列中共有13个多态性核苷酸位点。中华鳖体色变异种群的3个个体均在第186核苷酸位点出现相同的变异。以此设计酶切位点,选用SmaI内切酶进行RFLP,结果显示80个中华鳖个体的TYR基因存在多态性。AA型基因除在中华鳖体色变异种群内未发现外,其余三个种群内的频率大小顺序为日本品系种群(60%)>台湾引进种群(30%)>太湖种群(20%),以省外品种为丰富;AB基因型频率大小顺序为"清溪乌鳖"种群(70%)>台湾引进种群(50%)>太湖种群(40%)>日本品系种群(30%)。 展开更多
关键词 中华鳖 酪氨酸酶基因 RFLP
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大弹涂鱼基因组DNA两种提取法的比较 被引量:2
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作者 钟爱华 李明云 张海琪 《海洋学研究》 北大核心 2005年第4期36-40,共5页
采用传统的饱和酚提取法和上海生物工程公司的UN IQ-10柱式基因组DNA抽提试剂盒法对大弹涂鱼的总DNA进行了提取。琼脂糖凝胶电泳结果表明,得到的DNA片段分子量在21 kb以上;通过PCR扩增实验,证明了用两种方法提取的DNA均可直接用于随机... 采用传统的饱和酚提取法和上海生物工程公司的UN IQ-10柱式基因组DNA抽提试剂盒法对大弹涂鱼的总DNA进行了提取。琼脂糖凝胶电泳结果表明,得到的DNA片段分子量在21 kb以上;通过PCR扩增实验,证明了用两种方法提取的DNA均可直接用于随机扩增的DNA多态性(RAPD)遗传标记;试剂盒法具有简单、快速、高效的优点,是一种值得推荐的DNA提取方法。 展开更多
关键词 大弹涂鱼 总DNA 提取 RAPD
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中华鳖(Pelodiscus sinensis)不同品系线粒体SNP的分型与鉴定 被引量:5
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作者 张超 张海琪 +3 位作者 许晓军 何中央 王春琳 邵建忠 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期376-381,共6页
通过对四个中华鳖(Pelodiscus sinensis)养殖品系(太湖品系、台湾品系、日本品系、黄河品系)的线粒体部分序列进行测序对比,筛选出不同品系中华鳖的品系特异性SNP位点,并设计特异性引物,利用高分辨率熔解曲线法进行SNP分型与鉴定。结果... 通过对四个中华鳖(Pelodiscus sinensis)养殖品系(太湖品系、台湾品系、日本品系、黄河品系)的线粒体部分序列进行测序对比,筛选出不同品系中华鳖的品系特异性SNP位点,并设计特异性引物,利用高分辨率熔解曲线法进行SNP分型与鉴定。结果表明,所设计的7对引物组均可扩增出80—150bp大小不等的中华鳖线粒体序列,并成功用于中华鳖的SNP分型。在这7个位点中,其中可鉴定中华鳖日本品系和太湖品系的各1个,可鉴定台湾品系的有2个,可鉴定黄河品系的有3个。此方法能够快速、简便地鉴别以上四个中华鳖品系,为鉴别市场中出现的假冒鳖,并指导品种选育工作提供技术支持。 展开更多
关键词 中华鳖 线粒体 SNP 种质鉴别
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中华鳖(Pelodiscus sinensis)MITF基因的生物信息学及表达差异研究 被引量:3
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作者 田儒品 张海琪 +3 位作者 许晓军 何中央 丁雪燕 苏胜齐 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期662-670,共9页
小眼畸形相关转录因子(microphthalmia-associated transcription factor,MITF)是一种黑色素细胞重要的转录因子。本研究通过中华鳖(Pelodiscus sinensis)的肝脏组织进行转录组测序,获得MITF基因的全长序列,生物信息学分析结果显示中华... 小眼畸形相关转录因子(microphthalmia-associated transcription factor,MITF)是一种黑色素细胞重要的转录因子。本研究通过中华鳖(Pelodiscus sinensis)的肝脏组织进行转录组测序,获得MITF基因的全长序列,生物信息学分析结果显示中华鳖MITF基因5’和3’非编码区分别为32bp和175bp,开放阅读框1512bp,编码503个氨基酸,预测蛋白分子质量为56kDa,理论等点电为6.06。中华鳖MITF蛋白二级结构预测显示,α-螺旋(Alpha helix)占25.37%,延伸链(Extended strand)占20.90%,β-转角(Beta-turn)占7.76%,无规则卷曲(Random coil)占45.97%。氨基酸序列多重比对分析显示,中华鳖MITF基因核苷酸序列与绿海龟、西部锦龟、美国短吻鳄、非洲爪蟾和人的同源性分别为93%、93%、85%、58%和76%。构建进化树分析表明,中华鳖与西部锦龟、绿海龟MITF基因分子进化距离最近,亲缘关系最密切。实时荧光定量PCR对中华鳖8个组织MITF基因表达差异性研究结果表明,该基因在中华鳖的肌肉表达量最高,心脏次之,二者存在显著性差异,肝脏、脾脏、肺、肾脏、眼、皮肤等组织表达量相对较少,显著低于肌肉和心脏。这些研究结果不仅为研究中华鳖MITF基因在黑色素合成过程中的重要作用提供理论基础,还有助于了解龟鳖类体色调控的内在机理,同时也可为中华鳖等爬行动物的遗传育种提供参考。 展开更多
关键词 中华鳖 小眼畸形相关转录因子(MITF)基因 体色 转录组 基因表达
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清溪乌鳖若干生物学性状与生长研究 被引量:4
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作者 张海琪 王根连 +3 位作者 何中央 马坤 杜建明 许晓军 《浙江农业科学》 2014年第1期111-113,共3页
研究新品种清溪乌鳖的若干生物学性状与生长特性。结果表明,清溪乌鳖独特的腹部灰黑色是区分其与普通中华鳖的一个重要外部特征;幼鳖体长和吻端宽与背甲长的比值较普通中华鳖小,成鳖体高、后侧裙边宽和尾长与背甲长的比值较普通中华鳖... 研究新品种清溪乌鳖的若干生物学性状与生长特性。结果表明,清溪乌鳖独特的腹部灰黑色是区分其与普通中华鳖的一个重要外部特征;幼鳖体长和吻端宽与背甲长的比值较普通中华鳖小,成鳖体高、后侧裙边宽和尾长与背甲长的比值较普通中华鳖大。在人工配合饲料精养条件下,初孵清溪乌鳖稚鳖经450 d养殖,平均体重由初始约6.0 g增加到493.2 g,平均成活率达85%以上。雌雄个体间的生长速度差异较大,体重与背甲长呈正相关。 展开更多
关键词 清溪乌鳖 生物学性状 生长
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