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大环内酯类抗生素的生物合成及其装配线的组合生物合成研究进展
1
作者
陈姜
明咸旭
张骊駻
《中国抗生素杂志》
北大核心
2025年第9期1068-1081,共14页
大环内酯类化合物属于聚酮类天然产物,由模块型聚酮合酶合成,是临床抗生素类药物的重要组成部分。然而,其复杂的大环内酯聚酮骨架使得化学合成十分困难,因此基于生物合成的结构修饰策略受到了研究者们的青睐。模块型聚酮合酶利用具备不...
大环内酯类化合物属于聚酮类天然产物,由模块型聚酮合酶合成,是临床抗生素类药物的重要组成部分。然而,其复杂的大环内酯聚酮骨架使得化学合成十分困难,因此基于生物合成的结构修饰策略受到了研究者们的青睐。模块型聚酮合酶利用具备不同催化功能的模块,根据其排序从前往后依次进行装配线式的生物合成,故可通过装配线的重新设计来合成新骨架结构化合物,为新型抗生素的研发提供丰富的化学实体。近30多年来,众多研究者在大环内酯类抗生素的生物合成机制解析和聚酮合酶改造方面均取得了一定的研究进展,实现了聚酮骨架的定向结构改造。本文在此对其进行归纳总结,期望能助力于大环内酯类抗生素的研发工作。
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关键词
大环内酯类抗生素
聚酮合酶
生物合成
组合生物合成
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职称材料
基于蛋白质二级结构热稳定性的正交方法
被引量:
3
2
作者
陈中
卢星宇
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期236-245,共10页
对蛋白质热稳定性的研究是解析蛋白高级结构,开发蛋白功能及新药物研发过程中的一个重要环节,是对其结构分析的一个重要关切点。观测蛋白质的圆二色光谱随温度程序变化而改变是研究其热稳定性的常用手段,传统的实验方法为选用某一单波...
对蛋白质热稳定性的研究是解析蛋白高级结构,开发蛋白功能及新药物研发过程中的一个重要环节,是对其结构分析的一个重要关切点。观测蛋白质的圆二色光谱随温度程序变化而改变是研究其热稳定性的常用手段,传统的实验方法为选用某一单波长作为测试点,通过连续升温测试蛋白在单波长下的圆二色变温曲线,然后拟合出Tm值,此方法所得的信息有限,并且如何选取该单波长点是一个有争论的问题。本实验开发和优化了蛋白质二级结构热稳定性测试的一种正交方法,以牛血清蛋白及血红蛋白为研究对象,利用180-260 nm范围内的圆二色全光谱热变性测试来考察蛋白质构象随温度的变化而改变的过程。结果显示,当吸光度在合适的范围内,蛋白的热变性中点温度(Tm值)不受浓度的影响。作为对比,在180-260 nm范围内采用单波长法重复牛血清蛋白的热变性测试,结果表明,除了端点和交叉点外,其余波长的单点法的结果与全光谱正交法所测出的蛋白的Tm值是一致的,说明此两种方法在Tm值的测定上都是可靠的。以上通过对两种方法的全面对比发现,全光谱正交法不仅可以测定选定范围的每个波长的变温曲线,而且可以观测蛋白质的整体结构热变性过程,而用单波长法在同样的实验时间不能有效地记录蛋白构象在热变性过程中的变化过程。
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关键词
圆二色
热变性
程序升温
蛋白
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职称材料
进化与大数据导向生物信息学在天然产物研究中的发展及应用
被引量:
3
3
作者
张凡忠
相长君
张骊駻
《合成生物学》
CSCD
2023年第4期629-650,共22页
自然界亿万年的进化孕育出了丰富的天然产物资源,进而为药物研发提供了巨大的分子宝库。进化导向生物信息学方法在微生物天然产物研究中发挥着越来越重要的作用。微生物基因组数据的快速增长为生物合成基因簇的大数据分析以及进化分析...
自然界亿万年的进化孕育出了丰富的天然产物资源,进而为药物研发提供了巨大的分子宝库。进化导向生物信息学方法在微生物天然产物研究中发挥着越来越重要的作用。微生物基因组数据的快速增长为生物合成基因簇的大数据分析以及进化分析提供了新机遇,不仅让我们对天然产物全景图有了更清晰的认识,还能够揭示天然产物的进化规律,利用进化分析方法和大数据资源挖掘新型的药物先导天然产物,理解生物合成酶,甚至设计改造生物合成体系创造非天然分子。本文综述了近年来进化和大数据导向生物信息学应用于天然产物研究中的相关进展,强调了进化与大数据在生物合成酶的功能预测、进化机理、基因挖掘以及生物合成改造方面的应用,最后分析了目前面临的问题并对未来发展趋势进行了展望。
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关键词
天然产物
进化
基因挖掘
生物合成改造
生物信息学
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职称材料
题名
大环内酯类抗生素的生物合成及其装配线的组合生物合成研究进展
1
作者
陈姜
明咸旭
张骊駻
机构
浙江省功能分子精准合成重点实验室
浙江
西湖高等研究院
浙江
大学
出处
《中国抗生素杂志》
北大核心
2025年第9期1068-1081,共14页
基金
浙江省全省功能分子精准合成重点实验室建设项目。
文摘
大环内酯类化合物属于聚酮类天然产物,由模块型聚酮合酶合成,是临床抗生素类药物的重要组成部分。然而,其复杂的大环内酯聚酮骨架使得化学合成十分困难,因此基于生物合成的结构修饰策略受到了研究者们的青睐。模块型聚酮合酶利用具备不同催化功能的模块,根据其排序从前往后依次进行装配线式的生物合成,故可通过装配线的重新设计来合成新骨架结构化合物,为新型抗生素的研发提供丰富的化学实体。近30多年来,众多研究者在大环内酯类抗生素的生物合成机制解析和聚酮合酶改造方面均取得了一定的研究进展,实现了聚酮骨架的定向结构改造。本文在此对其进行归纳总结,期望能助力于大环内酯类抗生素的研发工作。
关键词
大环内酯类抗生素
聚酮合酶
生物合成
组合生物合成
Keywords
Macrolide antibiotics
Polyketide synthase
Biosynthesis
Combinatorial biosynthesis
分类号
R978.1 [医药卫生—药品]
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职称材料
题名
基于蛋白质二级结构热稳定性的正交方法
被引量:
3
2
作者
陈中
卢星宇
机构
中山大学化学学院
西湖大学
分子
科学公共
实验
平台
浙江省功能分子精准合成重点实验室
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期236-245,共10页
基金
国家自然科学基金青年科学基金项目(51703255)。
文摘
对蛋白质热稳定性的研究是解析蛋白高级结构,开发蛋白功能及新药物研发过程中的一个重要环节,是对其结构分析的一个重要关切点。观测蛋白质的圆二色光谱随温度程序变化而改变是研究其热稳定性的常用手段,传统的实验方法为选用某一单波长作为测试点,通过连续升温测试蛋白在单波长下的圆二色变温曲线,然后拟合出Tm值,此方法所得的信息有限,并且如何选取该单波长点是一个有争论的问题。本实验开发和优化了蛋白质二级结构热稳定性测试的一种正交方法,以牛血清蛋白及血红蛋白为研究对象,利用180-260 nm范围内的圆二色全光谱热变性测试来考察蛋白质构象随温度的变化而改变的过程。结果显示,当吸光度在合适的范围内,蛋白的热变性中点温度(Tm值)不受浓度的影响。作为对比,在180-260 nm范围内采用单波长法重复牛血清蛋白的热变性测试,结果表明,除了端点和交叉点外,其余波长的单点法的结果与全光谱正交法所测出的蛋白的Tm值是一致的,说明此两种方法在Tm值的测定上都是可靠的。以上通过对两种方法的全面对比发现,全光谱正交法不仅可以测定选定范围的每个波长的变温曲线,而且可以观测蛋白质的整体结构热变性过程,而用单波长法在同样的实验时间不能有效地记录蛋白构象在热变性过程中的变化过程。
关键词
圆二色
热变性
程序升温
蛋白
Keywords
circular dichroism
thermal denaturation
temperature-ramping
protein
分类号
Q518.1 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
进化与大数据导向生物信息学在天然产物研究中的发展及应用
被引量:
3
3
作者
张凡忠
相长君
张骊駻
机构
西湖大学理学院化学系
浙江
西湖高等研究院
复旦大学化学系
出处
《合成生物学》
CSCD
2023年第4期629-650,共22页
基金
国家自然科学基金(22177092,82003631,82104026)
浙江省领军型创新创业团队(2020R01004)
杭州市科技发展计划(20201203B122)。
文摘
自然界亿万年的进化孕育出了丰富的天然产物资源,进而为药物研发提供了巨大的分子宝库。进化导向生物信息学方法在微生物天然产物研究中发挥着越来越重要的作用。微生物基因组数据的快速增长为生物合成基因簇的大数据分析以及进化分析提供了新机遇,不仅让我们对天然产物全景图有了更清晰的认识,还能够揭示天然产物的进化规律,利用进化分析方法和大数据资源挖掘新型的药物先导天然产物,理解生物合成酶,甚至设计改造生物合成体系创造非天然分子。本文综述了近年来进化和大数据导向生物信息学应用于天然产物研究中的相关进展,强调了进化与大数据在生物合成酶的功能预测、进化机理、基因挖掘以及生物合成改造方面的应用,最后分析了目前面临的问题并对未来发展趋势进行了展望。
关键词
天然产物
进化
基因挖掘
生物合成改造
生物信息学
Keywords
natural products
evolution
genome mining
biosynthetic engineering
bioinformatics
分类号
Q31 [生物学—遗传学]
Q819 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
大环内酯类抗生素的生物合成及其装配线的组合生物合成研究进展
陈姜
明咸旭
张骊駻
《中国抗生素杂志》
北大核心
2025
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于蛋白质二级结构热稳定性的正交方法
陈中
卢星宇
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
进化与大数据导向生物信息学在天然产物研究中的发展及应用
张凡忠
相长君
张骊駻
《合成生物学》
CSCD
2023
3
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职称材料
已选择
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