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胡柚新品种01-7的AS-PCR和d CAPS标记开发与应用
被引量：
1
1
作者
吴伊静
张慧艺
+5 位作者
苗长久
汪丽霞
杨兴良
陈文博
徐昌杰
陈昆松
《果树学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第7期1310-1321,共12页
【目的】挖掘胡柚新品种01-7和普通胡柚间的差异单核苷酸多态性(SNP),据此开发可区分01-7与其他胡柚的分子标记。【方法】对01-7a和普通胡柚ZZ(祖宗树)进行全基因组重测序,利用生物信息学分析方法挖掘两份材料间的纯合SNP。采用PCR、克...
【目的】挖掘胡柚新品种01-7和普通胡柚间的差异单核苷酸多态性(SNP),据此开发可区分01-7与其他胡柚的分子标记。【方法】对01-7a和普通胡柚ZZ(祖宗树)进行全基因组重测序,利用生物信息学分析方法挖掘两份材料间的纯合SNP。采用PCR、克隆结合Sanger测序对SNP的正确性进行验证,进而开发等位基因特异PCR(AS-PCR)和衍生酶切扩增多态性(dCAPS)分子标记体系,最后应用12份胡柚材料就AS-PCR和dCAPS分子标记的普适性进行评估。【结果】对01-7a和普通胡柚ZZ重测序原始数据进行过滤,共获得高质量碱基数36.06 Gb。利用生物信息学手段挖掘出一个纯合SNP:Chr1_7111834_G/A。01-7a和普通胡柚ZZ在该SNP位点的基因型分别是A/A和G/G,这一结果得到了经典的基因克隆-Sanger测序确认。基于此SNP开发了AS-PCR和dCAPS分子标记,经对12份胡柚材料测试,表现符合预期:AS-PCR-F1在所有4份01-7中扩增出特异条带,而在其他胡柚材料中无扩增;AS-PCR-F2在01-7中无扩增,在其他胡柚材料(脆红除外)中扩增出特异条带;所有4份01-7材料在dCAPS分析中出现酶切条带,而在其他胡柚材料(脆红除外)中不被酶切。脆红因突变产生天然的酶切识别位点而被酶切。经典的基因克隆-Sanger测序结果确认两种标记正确区分了基因型,并发现脆红有着不同于其他胡柚的分子标记条带是由于它在该SNP位点侧翼还有额外的序列变异。【结论】基于全基因组重测序数据挖掘出01-7a胡柚和普通胡柚ZZ间的一个纯合SNP,据此开发了ASPCR和dCAPS分子标记,该两标记可区分01-7、脆红、夏红和其他胡柚。
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关键词
胡柚
全基因组重测序
SNP
AS-PCR
dCAPS
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职称材料
题名
胡柚新品种01-7的AS-PCR和d CAPS标记开发与应用
被引量：
1
1
作者
吴伊静
张慧艺
苗长久
汪丽霞
杨兴良
陈文博
徐昌杰
陈昆松
机构
浙江
大学农业与生物技术学院
园艺
系
浙江省全省园艺作物品质调控重点实验室
常山县农业特色产业发展中心
出处
《果树学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第7期1310-1321,共12页
基金
浙江省“三农九方”科技协作计划项目(2022SNJF083)
浙江大学全国农业科技现代化先行县(常山)建设项目(588970-Y12202)
衢州市科技计划项目(2022K25)。
文摘
【目的】挖掘胡柚新品种01-7和普通胡柚间的差异单核苷酸多态性(SNP),据此开发可区分01-7与其他胡柚的分子标记。【方法】对01-7a和普通胡柚ZZ(祖宗树)进行全基因组重测序,利用生物信息学分析方法挖掘两份材料间的纯合SNP。采用PCR、克隆结合Sanger测序对SNP的正确性进行验证,进而开发等位基因特异PCR(AS-PCR)和衍生酶切扩增多态性(dCAPS)分子标记体系,最后应用12份胡柚材料就AS-PCR和dCAPS分子标记的普适性进行评估。【结果】对01-7a和普通胡柚ZZ重测序原始数据进行过滤,共获得高质量碱基数36.06 Gb。利用生物信息学手段挖掘出一个纯合SNP:Chr1_7111834_G/A。01-7a和普通胡柚ZZ在该SNP位点的基因型分别是A/A和G/G,这一结果得到了经典的基因克隆-Sanger测序确认。基于此SNP开发了AS-PCR和dCAPS分子标记,经对12份胡柚材料测试,表现符合预期:AS-PCR-F1在所有4份01-7中扩增出特异条带,而在其他胡柚材料中无扩增;AS-PCR-F2在01-7中无扩增,在其他胡柚材料(脆红除外)中扩增出特异条带;所有4份01-7材料在dCAPS分析中出现酶切条带,而在其他胡柚材料(脆红除外)中不被酶切。脆红因突变产生天然的酶切识别位点而被酶切。经典的基因克隆-Sanger测序结果确认两种标记正确区分了基因型,并发现脆红有着不同于其他胡柚的分子标记条带是由于它在该SNP位点侧翼还有额外的序列变异。【结论】基于全基因组重测序数据挖掘出01-7a胡柚和普通胡柚ZZ间的一个纯合SNP,据此开发了ASPCR和dCAPS分子标记,该两标记可区分01-7、脆红、夏红和其他胡柚。
关键词
胡柚
全基因组重测序
SNP
AS-PCR
dCAPS
Keywords
Huyou
Whole genome resequencing
SNP
AS-PCR
dCAPS
分类号
S666.3 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
胡柚新品种01-7的AS-PCR和d CAPS标记开发与应用
吴伊静
张慧艺
苗长久
汪丽霞
杨兴良
陈文博
徐昌杰
陈昆松
《果树学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
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