-
题名金银花大毛花叶绿体基因组密码子的偏好性分析
被引量：6
- 1
-
-
作者
张加强
刘慧春
王杰
许雯婷
周江华
朱开元
-
机构
浙江省园林植物与花卉研究所
浙江省丽水市遂昌县农作物技术推广中心
-
出处
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2023年第4期821-830,共10页
-
基金
浙江省农业科学院科技新成果示范推广项目(tg2021009)
浙江省农业科学院地方科技合作项目(PJ202104)
2020年度萧山区重大科技计划项目(2020219)。
-
文摘
通过分析金银花大毛花叶绿体基因组密码子使用偏好性,探讨影响其密码子偏性形成的主要因素,为金银花系统发育及叶绿体基因组密码子进化研究提供参考。利用生物信息学手段对金银花大毛花50个叶绿体蛋白编码基因的密码子使用偏好性进行分析。金银花大毛花叶绿体基因组GC含量为39.18%,有效密码子数(ENc)为48.81,密码子的使用偏好性较弱;GC与GC1、GC2、GC3、GC3s、GC和CAI之间的相关系数均达到显著或极显著水平;同义密码子的相对使用频率(RSCU)大于1的密码子有30个,其中,28个以A/T结尾;综合ENc-plot分析、PR2-plot分析、中性绘图分析及对应性分析表明,在金银花大毛花叶绿体基因组密码子使用偏好性的形成过程中,选择压力和突变及其他因素共同发挥着重要作用。基于相对同义密码子使用分析,确定了30个高频密码子和5个最优密码子,最优密码子均以A或T结尾。本研究明确了金银花大毛花叶绿体基因组密码子使用偏好性受选择压力和突变等因素的共同影响,并筛选出5个最优密码子。
-
关键词
金银花
密码子使用模式
叶绿体基因组
最优密码子
-
Keywords
Lonicera japonica
codon usage pattern
chloroplast genome
optimal codon
-
分类号
S567
[农业科学—中草药栽培]
-
