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电子基因表达谱分析平台的建立及其应用
被引量：
3
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作者
徐静
吕炳建
+4 位作者
张昊
陈俭
朱益民
谷雪梅
来茂德
《浙江大学学报（工学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2006年第2期186-191,共6页
建立了利用美国国立生物技术信息中心(NCBI)序列表达标签(EST)数据库(dbEST)电子EST构建特定组织电子基因表达谱的生物信息学分析平台,并利用该平台构建了人正常结直肠组织电子基因表达谱.从dbEST获取人正常结直肠电子EST 20 370条,利...
建立了利用美国国立生物技术信息中心(NCBI)序列表达标签(EST)数据库(dbEST)电子EST构建特定组织电子基因表达谱的生物信息学分析平台,并利用该平台构建了人正常结直肠组织电子基因表达谱.从dbEST获取人正常结直肠电子EST 20 370条,利用自行开发的GetUni程序包,与下载于本地的人类同一基因转录子(UniGene)数据库匹配,获得了含有4 196个非冗余基因的正常结直肠组织电子基因表达谱.经在线基因组分析工具(Webgestalt)证实,表达谱中97%的基因在结直肠组织中表达,除涉及细胞生长、发育、分化、凋亡等基因外,还包括人正常结直肠功能特异性基因;3%未得到Webgestalt证实的基因经手工回溯查找,确证其EST均来自人正常结直肠.GetUni程序包是一个高效准确的高通量电子EST数据分析平台,构建的人正常结直肠组织基因表达谱将为结直肠特异性标志物的筛选提供大量数据.
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关键词
dbEST
UNIGENE
结直肠
基因表达谱
生物信息学
PERL
5.0
GetUni程序包
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职称材料
题名
电子基因表达谱分析平台的建立及其应用
被引量：
3
1
作者
徐静
吕炳建
张昊
陈俭
朱益民
谷雪梅
来茂德
机构
浙江大学病理学与病理生理学系
浙江大学
计算机科学与工程学
系
出处
《浙江大学学报（工学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2006年第2期186-191,共6页
基金
国家自然科学基金资助项目(30371605
30370636)
文摘
建立了利用美国国立生物技术信息中心(NCBI)序列表达标签(EST)数据库(dbEST)电子EST构建特定组织电子基因表达谱的生物信息学分析平台,并利用该平台构建了人正常结直肠组织电子基因表达谱.从dbEST获取人正常结直肠电子EST 20 370条,利用自行开发的GetUni程序包,与下载于本地的人类同一基因转录子(UniGene)数据库匹配,获得了含有4 196个非冗余基因的正常结直肠组织电子基因表达谱.经在线基因组分析工具(Webgestalt)证实,表达谱中97%的基因在结直肠组织中表达,除涉及细胞生长、发育、分化、凋亡等基因外,还包括人正常结直肠功能特异性基因;3%未得到Webgestalt证实的基因经手工回溯查找,确证其EST均来自人正常结直肠.GetUni程序包是一个高效准确的高通量电子EST数据分析平台,构建的人正常结直肠组织基因表达谱将为结直肠特异性标志物的筛选提供大量数据.
关键词
dbEST
UNIGENE
结直肠
基因表达谱
生物信息学
PERL
5.0
GetUni程序包
Keywords
dbEST
UniGene
colorectum
gene expression profile
bioinformatics
Perl 5. 0
GetUni software package
分类号
TP317 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
TP319 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
电子基因表达谱分析平台的建立及其应用
徐静
吕炳建
张昊
陈俭
朱益民
谷雪梅
来茂德
《浙江大学学报（工学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2006
3
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