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藻类基因组研究进展与EST技术的应用: 1; 作者方永军范晓蕾 +1 位作者王广策胡松年《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第12期76-82,共7页; 关键词 EST技术藻类基因组应用先锋植物土壤表面适应能力光合作用; 在线阅读下载PDF 职称材料

蜜蜂基因组中miRNA的研究进展被引量：1: 2; 作者陈璇郑火青 +1 位作者余东亮胡福良《中国蜂业》 2008年第3期12-13,共2页; MiRNA是一种大小为21～24nt的非编码单链小分子RNA,是生物体内功能基因表达的重要调控分子,其相关研究已成为基因表达调控研究的热点领域。本文对miRNA的特点、功能及其两面性、蜜蜂基因组中miRNA研究的意义及其进展进行了综述。; 关键词蜜蜂基因组 MIRNA 基因表达调控; 在线阅读下载PDF 职称材料

水稻和拟南芥NBS-LRR基因家族同义密码子使用偏好的比较被引量：34: 3; 作者张晓峰薛庆中《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期596-602,共7页; 应用软件CodonW ,对全基因组进行分析,鉴定出水稻和拟南芥NBS -LRR基因家族的最优密码子分别为2 5和16种。NBS- LRR基因家族与其全基因组的最优密码子一致,但两个物种间彼此完全不一致,密码子使用上发生偏向的程度也不尽相同,说明NBS- ... 展开更多; 关键词水稻拟南芥 NBS-LRR基因密码子用法; 在线阅读下载PDF 职称材料

寻找水稻DNA编码与非编码区边界方法的比较研究被引量：1: 4; 作者孙奕钢高雷 +1 位作者张忠华薛庆中《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期629-635,共7页; 在分析DNA序列复杂度、预测基因编码区和非编码的DNA边界识别等问题中,以熵为基础构造的离散量度量提供了一种强有力的工具。为改进寻找水稻基因编码与非编码区边界的效率,提出了两个新的离散量度量(αKL离散量与αJensenShannon离散量)... 展开更多; 关键词 Jensen-Shannon离散量 Jensen-Renyi离散量 α-KL离散量 α-Jensen-Shannon离散量 GO含量编码与非编码区水稻; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于离散Hopfield网络求解极大独立集的茎区选择算法以及在RNA二级结构预测中的应用被引量：7: 5; 作者刘琦张引 +1 位作者叶修梓俞荣栋《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2008年第1期51-58,共8页; 提出了一种利用离散Hopfield网络求解图论极大独立集的启发式算法,并将其应用于RNA二级结构的茎区选择和预测当中.算法通过映射RNA序列的茎区为无向图中的节点,将预测RNA二级结构的问题转化为求解图的极大独立集的问题.定义了合理的能... 展开更多; 关键词 RNA 二级结构极大独立集离散HOPFIELD神经网络茎区; 在线阅读下载PDF 职称材料

LZ-8蛋白的原核密码子优化表达及免疫调节功能的初步检测被引量：4: 6; 作者黄俊张灵霞 +1 位作者胡松年于军《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期7-12,共6页; 为研究LZ-8蛋白的免疫调节活性,设计合成12个寡核苷酸片段,并用PCR方法将它们连接为经密码子优化的新LZ-8基因;将该新基因克隆至原核表达载体pET-28b,构建重组表达质粒pET-28b_lz8,并在大肠杆菌BL21中进行诱导表达.表达产物经Ni离子亲... 展开更多; 关键词原核表达密码子优化真菌免疫调节蛋白 LZ-8蛋白免疫抑制活性; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于奇异值分解的RNA二级结构相似度计算方法: 7; 作者刘琦张引 +1 位作者叶修梓俞荣栋《浙江大学学报（工学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第8期1249-1254,共6页; 针对传统的核糖核酸(RNA)分子结构相似度计算方法存在复杂度高、未能充分考虑二级结构全局信息的缺点,基于一种7维序列编码方法,提出了一种利用矩阵奇异值分解提取RNA二级结构数据分布特征的算法,利用提取出的奇异值向量,基于向量距离进... 展开更多; 关键词 RNA二级结构相似度奇异值分解特征提取; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名藻类基因组研究进展与EST技术的应用: 1; 作者方永军范晓蕾王广策胡松年; 机构浙江大学沃森基因组科学研究院中国科学院海洋研究所; 出处《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第12期76-82,共7页; 关键词 EST技术藻类基因组应用先锋植物土壤表面适应能力光合作用; 分类号 Q949.2 [生物学—植物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名蜜蜂基因组中miRNA的研究进展被引量：1: 2; 作者陈璇郑火青余东亮胡福良; 机构浙江大学动物科学学院浙江大学沃森基因组科学研究院; 出处《中国蜂业》 2008年第3期12-13,共2页; 文摘 MiRNA是一种大小为21～24nt的非编码单链小分子RNA,是生物体内功能基因表达的重要调控分子,其相关研究已成为基因表达调控研究的热点领域。本文对miRNA的特点、功能及其两面性、蜜蜂基因组中miRNA研究的意义及其进展进行了综述。; 关键词蜜蜂基因组 MIRNA 基因表达调控; 分类号 S891 [农业科学—特种经济动物饲养]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名水稻和拟南芥NBS-LRR基因家族同义密码子使用偏好的比较被引量：34: 3; 作者张晓峰薛庆中; 机构浙江大学农业与生物技术学院农学系浙江大学沃森基因组科学研究院; 出处《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期596-602,共7页; 基金国家自然科学基金 (3 9870 42 1) 浙江重点课题 (2 0 0 3C2 2 0 0 7) 浙江省 0 4 0 6水稻品种改良攻关项目资助; 文摘应用软件CodonW ,对全基因组进行分析,鉴定出水稻和拟南芥NBS -LRR基因家族的最优密码子分别为2 5和16种。NBS- LRR基因家族与其全基因组的最优密码子一致,但两个物种间彼此完全不一致,密码子使用上发生偏向的程度也不尽相同,说明NBS- LRR基因家族的密码子使用偏好受物种自身的影响很大。同时,同一物种内基因家族对密码子的使用也存在一定变异性。水稻以G或C结尾的密码子发生强烈偏向使用,而拟南芥中则是以A或T结尾的密码子。密码子中位于第一、三位的G +C含量明显高于第二位的G +C的含量。最适密码子使用频率Fop (frequencyofoptimumcodons )与基因的G +C含量、第三位密码子的G +C百分含量GC3S以及物种特定的密码子适合性因子CAI均极显著相关。; 关键词水稻拟南芥 NBS-LRR基因密码子用法; Keywords Rice Arabidopsis NBS-LRR gene Codon usage; 分类号 S511 [农业科学—作物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名寻找水稻DNA编码与非编码区边界方法的比较研究被引量：1: 4; 作者孙奕钢高雷张忠华薛庆中; 机构浙江大学理学院数学系中国科学院理论物理研究所浙江大学沃森基因组科学研究院; 出处《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期629-635,共7页; 基金国家自然科学基金(编号:39870421) 浙江省重点科研项目(编号:2003C22007)~~; 文摘在分析DNA序列复杂度、预测基因编码区和非编码的DNA边界识别等问题中,以熵为基础构造的离散量度量提供了一种强有力的工具。为改进寻找水稻基因编码与非编码区边界的效率,提出了两个新的离散量度量(αKL离散量与αJensenShannon离散量),根据密码子的GC含量对氨基酸对应密码子构建了粗粒化向量。比较了融合JensenShannon离散量、JensenRenyi离散量、αKL离散量和αJensenShannon离散量等不同向量所获得的精度,结果表明,在对水稻基因编码区‘终止子’的识别效率上,构建的密码子粗粒化向量融合新引进的度量方法比Bernaola等人的方法(2000)提高了4～5倍。; 关键词 Jensen-Shannon离散量 Jensen-Renyi离散量 α-KL离散量 α-Jensen-Shannon离散量 GO含量编码与非编码区水稻; Keywords Jensen-Shannon divergence Jensen-Renyi divergence~ a-KL divergence modified Jensen Shannon divergence GC content coding and non-coding rice; 分类号 S511 [农业科学—作物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于离散Hopfield网络求解极大独立集的茎区选择算法以及在RNA二级结构预测中的应用被引量：7: 5; 作者刘琦张引叶修梓俞荣栋; 机构浙江大学沃森基因组科学研究院浙江大学计算机科学与技术学院; 出处《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2008年第1期51-58,共8页; 文摘提出了一种利用离散Hopfield网络求解图论极大独立集的启发式算法,并将其应用于RNA二级结构的茎区选择和预测当中.算法通过映射RNA序列的茎区为无向图中的节点,将预测RNA二级结构的问题转化为求解图的极大独立集的问题.定义了合理的能量变化函数,利用离散Hopfield网络进行迭代,以获得能量最优的预测结构.文中将算法与传统的最大匹配数算法以及最小自由能算法在运行时间上进行比较,并且选择特定的序列在茎区和碱基对水平上进行精度测试,结果证明该算法在效率和精度上具有一定的优势.算法的时间复杂性为max{O(n2),O(N2)},空间复杂度为O(N2),其中n为RNA序列长度,N为RNA的茎区段个数.; 关键词 RNA 二级结构极大独立集离散HOPFIELD神经网络茎区; Keywords RNA secondary structure Maximal Independent Set （MIS） discrete Hopfield neural network stem; 分类号 TP181 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名LZ-8蛋白的原核密码子优化表达及免疫调节功能的初步检测被引量：4: 6; 作者黄俊张灵霞胡松年于军; 机构浙江大学沃森基因组科学研究院北京基因组研究所; 出处《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期7-12,共6页; 文摘为研究LZ-8蛋白的免疫调节活性,设计合成12个寡核苷酸片段,并用PCR方法将它们连接为经密码子优化的新LZ-8基因;将该新基因克隆至原核表达载体pET-28b,构建重组表达质粒pET-28b_lz8,并在大肠杆菌BL21中进行诱导表达.表达产物经Ni离子亲和层析法纯化后,蛋白表达量达70mg·L-1.通过不同品系小鼠的皮肤移植模型检测表明:纯化的重组蛋白具有一定程度的免疫抑制功能,还需进一步实验验证.; 关键词原核表达密码子优化真菌免疫调节蛋白 LZ-8蛋白免疫抑制活性; Keywords prokaryotic expression codon usage optimization fungal immunomodulatory protein LZ-8 immunosuppressive activity; 分类号 Q78 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于奇异值分解的RNA二级结构相似度计算方法: 7; 作者刘琦张引叶修梓俞荣栋; 机构浙江大学沃森基因组科学研究院浙江大学计算机科学与技术学院; 出处《浙江大学学报（工学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第8期1249-1254,共6页; 文摘针对传统的核糖核酸(RNA)分子结构相似度计算方法存在复杂度高、未能充分考虑二级结构全局信息的缺点,基于一种7维序列编码方法,提出了一种利用矩阵奇异值分解提取RNA二级结构数据分布特征的算法,利用提取出的奇异值向量,基于向量距离进行RNA二级结构相似度比对.通过对Yeast tRNA-phe、PSTV、poliovirusmutant 3种RNA分子二级结构构象的实验分析,表明了该方法的可行性和高效性.并将这种方法推广至任意两个RNA分子之间二级结构的相似度衡量,同样取得了不错的效果.; 关键词 RNA二级结构相似度奇异值分解特征提取; Keywords Ribonucleic Acid（RNA） secondary structure similarity singular value decomposition feature extraction; 分类号 Q71 [生物学—分子生物学] TP181 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	藻类基因组研究进展与EST技术的应用	方永军范晓蕾王广策胡松年	《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心	2007	0	在线阅读下载PDF 职称材料
2	蜜蜂基因组中miRNA的研究进展	陈璇郑火青余东亮胡福良	《中国蜂业》	2008	1	在线阅读下载PDF 职称材料
3	水稻和拟南芥NBS-LRR基因家族同义密码子使用偏好的比较	张晓峰薛庆中	《作物学报》 CAS CSCD 北大核心	2005	34	在线阅读下载PDF 职称材料
4	寻找水稻DNA编码与非编码区边界方法的比较研究	孙奕钢高雷张忠华薛庆中	《遗传》 CAS CSCD 北大核心	2005	1	在线阅读下载PDF 职称材料
5	基于离散Hopfield网络求解极大独立集的茎区选择算法以及在RNA二级结构预测中的应用	刘琦张引叶修梓俞荣栋	《计算机学报》 EI CSCD 北大核心	2008	7	在线阅读下载PDF 职称材料
6	LZ-8蛋白的原核密码子优化表达及免疫调节功能的初步检测	黄俊张灵霞胡松年于军	《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心	2008	4	在线阅读下载PDF 职称材料
7	基于奇异值分解的RNA二级结构相似度计算方法	刘琦张引叶修梓俞荣栋	《浙江大学学报（工学版）》 EI CAS CSCD 北大核心	2007	0	在线阅读下载PDF 职称材料