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基于GEO数据库的近端与远端结肠癌特征基因生物信息学研究
被引量：
6
1
作者
张轶雯
楼倩雯
+3 位作者
钟里科
潘宗富
方罗
黄萍
《中国临床药理学与治疗学》
CAS
CSCD
2018年第4期422-427,共6页
目的:通过分析近端与远端结直肠癌的差异基因集和其集中的关键通路,区分不同部位结肠癌的分子表达特征基因谱。方法:利用GEO数据库中高通量基因芯片数据筛选出具有结肠癌患者肿瘤部位近远端信息的芯片。采用GO基因功能注释和KEGG通路富...
目的:通过分析近端与远端结直肠癌的差异基因集和其集中的关键通路,区分不同部位结肠癌的分子表达特征基因谱。方法:利用GEO数据库中高通量基因芯片数据筛选出具有结肠癌患者肿瘤部位近远端信息的芯片。采用GO基因功能注释和KEGG通路富集分析,筛选出可表征远端与近端结肠癌生物特性的特征基因簇和通路,并进行蛋白质相互作用网络可视化分析。结果:经差异基因分析后,发现不同部位结肠癌基因表达具有显著差异,且主要存在于一些重要的肿瘤相关信号通路,如Wnt信号通路,细胞外基质相关通路和免疫调控通路等。结论:本文利用生物信息学方法,从多种角度定义了近端和远端结肠癌的差异分子表达特征,为结肠癌的精准治疗提供理论依据。
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关键词
近端结肠癌
远端结肠癌
差异基因
生物信息学分析
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职称材料
革兰阳性菌及革兰阴性菌感染脓毒症患者外周血单个核细胞关键基因鉴定及共表达网络分析
2
作者
李璐
方俊君
+3 位作者
李志涛
沈磊星
王国彬
傅水桥
《浙江大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期732-742,共11页
目的:探讨革兰阳性菌与革兰阴性菌感染脓毒症患者相关的生物标志物。方法:在美国国立生物技术信息中心平台获取GSE9960表达谱芯片,包含16例非感染全身炎症反应综合征(SIRS)患者外周血单个核细胞(PBMC)样本,17例革兰阳性菌感染脓毒症患者...
目的:探讨革兰阳性菌与革兰阴性菌感染脓毒症患者相关的生物标志物。方法:在美国国立生物技术信息中心平台获取GSE9960表达谱芯片,包含16例非感染全身炎症反应综合征(SIRS)患者外周血单个核细胞(PBMC)样本,17例革兰阳性菌感染脓毒症患者PBMC样本,以及18例革兰阴性菌感染脓毒症患者PBMC样本。利用基因集富集分析和加权基因共表达网络分析探索GSE9960基因表达谱芯片中革兰阳性菌感染与革兰阴性菌感染脓毒症富集功能通路与共表达网络模块,并对高度相关模块进行通路注释。利用R语言分析革兰阳性菌与革兰阴性菌感染脓毒症中差异表达基因,探索差异表达基因蛋白-蛋白相互作用网络。将高度相关模块中的枢纽基因与差异表达基因重叠,确定为主要差异表达基因,并进一步针对主要差异表达基因在临床样本中进行验证。结果:革兰阳性菌感染脓毒症与革兰阴性菌感染脓毒症间富集通路存在显著差异,非感染SIRS和革兰阴性菌感染脓毒症存在相反的共表达网络;而革兰阳性菌感染和革兰阴性菌感染脓毒症存在完全不同的共表达网络。进一步在临床样本中验证显示,主要差异表达基因TYMS在革兰阳性菌感染脓毒症患者PBMC中显著上调(P<0.05);CD3D在革兰阴性菌感染脓毒症中表达下调(P<0.01),而IRAK3则显著上调(P<0.05)。结论:本研究结果有利于加深对不同细菌感染脓毒症发病机制的理解,并为脓毒症诊断、分型及经验性抗菌药物治疗提供潜在生物标志物。
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关键词
脓毒症
全身炎症反应综合征
革兰阳性菌
革兰阴性菌
外周血单个核细胞
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职称材料
题名
基于GEO数据库的近端与远端结肠癌特征基因生物信息学研究
被引量：
6
1
作者
张轶雯
楼倩雯
钟里科
潘宗富
方罗
黄萍
机构
浙江
省肿瘤医院药剂科
浙江大学城市学院药学院
出处
《中国临床药理学与治疗学》
CAS
CSCD
2018年第4期422-427,共6页
基金
国家自然科学基金(81503165)
浙江省医药卫生科技计划项目(2017RC001)
浙江省中医药科技计划项目(2015ZA038)
文摘
目的:通过分析近端与远端结直肠癌的差异基因集和其集中的关键通路,区分不同部位结肠癌的分子表达特征基因谱。方法:利用GEO数据库中高通量基因芯片数据筛选出具有结肠癌患者肿瘤部位近远端信息的芯片。采用GO基因功能注释和KEGG通路富集分析,筛选出可表征远端与近端结肠癌生物特性的特征基因簇和通路,并进行蛋白质相互作用网络可视化分析。结果:经差异基因分析后,发现不同部位结肠癌基因表达具有显著差异,且主要存在于一些重要的肿瘤相关信号通路,如Wnt信号通路,细胞外基质相关通路和免疫调控通路等。结论:本文利用生物信息学方法,从多种角度定义了近端和远端结肠癌的差异分子表达特征,为结肠癌的精准治疗提供理论依据。
关键词
近端结肠癌
远端结肠癌
差异基因
生物信息学分析
Keywords
distal colon cancer
proximal coloncancer
differential gene expression
bioinformatics
分类号
R735.3 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
革兰阳性菌及革兰阴性菌感染脓毒症患者外周血单个核细胞关键基因鉴定及共表达网络分析
2
作者
李璐
方俊君
李志涛
沈磊星
王国彬
傅水桥
机构
浙江大学
医
学院
附属第一医院临床
药学
部
浙江大学
医
学院
附属第一医院外科重症监护室
浙江大学城市学院药学院
出处
《浙江大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期732-742,共11页
基金
浙江省自然科学基金(LYY20H280004)
浙江省医药卫生科技计划(2020381061)。
文摘
目的:探讨革兰阳性菌与革兰阴性菌感染脓毒症患者相关的生物标志物。方法:在美国国立生物技术信息中心平台获取GSE9960表达谱芯片,包含16例非感染全身炎症反应综合征(SIRS)患者外周血单个核细胞(PBMC)样本,17例革兰阳性菌感染脓毒症患者PBMC样本,以及18例革兰阴性菌感染脓毒症患者PBMC样本。利用基因集富集分析和加权基因共表达网络分析探索GSE9960基因表达谱芯片中革兰阳性菌感染与革兰阴性菌感染脓毒症富集功能通路与共表达网络模块,并对高度相关模块进行通路注释。利用R语言分析革兰阳性菌与革兰阴性菌感染脓毒症中差异表达基因,探索差异表达基因蛋白-蛋白相互作用网络。将高度相关模块中的枢纽基因与差异表达基因重叠,确定为主要差异表达基因,并进一步针对主要差异表达基因在临床样本中进行验证。结果:革兰阳性菌感染脓毒症与革兰阴性菌感染脓毒症间富集通路存在显著差异,非感染SIRS和革兰阴性菌感染脓毒症存在相反的共表达网络;而革兰阳性菌感染和革兰阴性菌感染脓毒症存在完全不同的共表达网络。进一步在临床样本中验证显示,主要差异表达基因TYMS在革兰阳性菌感染脓毒症患者PBMC中显著上调(P<0.05);CD3D在革兰阴性菌感染脓毒症中表达下调(P<0.01),而IRAK3则显著上调(P<0.05)。结论:本研究结果有利于加深对不同细菌感染脓毒症发病机制的理解,并为脓毒症诊断、分型及经验性抗菌药物治疗提供潜在生物标志物。
关键词
脓毒症
全身炎症反应综合征
革兰阳性菌
革兰阴性菌
外周血单个核细胞
Keywords
Sepsis
Systemic inflammatory response syndrome
Gram-positive bacterium
Gram-negative bacterium
Peripheral blood mononuclear cell
分类号
R447 [医药卫生—诊断学]
R631 [医药卫生—外科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于GEO数据库的近端与远端结肠癌特征基因生物信息学研究
张轶雯
楼倩雯
钟里科
潘宗富
方罗
黄萍
《中国临床药理学与治疗学》
CAS
CSCD
2018
6
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
革兰阳性菌及革兰阴性菌感染脓毒症患者外周血单个核细胞关键基因鉴定及共表达网络分析
李璐
方俊君
李志涛
沈磊星
王国彬
傅水桥
《浙江大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2020
0
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