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题名结肠正常黏膜和腺癌中差异表达基因的生物信息学分析
被引量：7
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作者
谷雪梅
张昊
来茂德
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机构
浙江大学医学院病理学与病理生理学系、环境基因组学研究中心
浙江大学计算机系
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出处
《浙江大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
2004年第2期95-101,124,共8页
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基金
国家自然科学基金 (30 3716 0 5 )资助项目
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文摘
目的 :系统地分析由 SSH方法获得的结肠正常黏膜和腺癌的差异表达基因。方法 :构建基于 L inux的核酸自动分析平台 ,对用 SSH方法获得的 3个文库之一的 T- N差减文库进行分析。用半定量 RT- PCR对部分结果进行验证。结果 :成功构建了基于 Linux的核酸自动分析平台 ,得到了 15个 contigs,其中与已知基因相匹配的有 13个(T- N) ,未与已知基因匹配或者意义未明的有 2个 ;部分基因的半定量 RT- PCR发现 ,人胸腺素 β4 (H omo Sapiensthymosin beta4 ,THY)和人乙型肝炎病毒 x抗原反式活化蛋白 2 (H omo Sapiens H bx Ag transactivated protein2 ,XTP)的表达从正常黏膜 -腺癌有逐步增高的趋势。结论 :构建基于 L inux的核酸自动分析平台是系统分析核酸序列的有效方法 ,根据对 3个文库的系统分析结果 ,为进一步阐明结肠肿瘤分子机制提供了许多有价值的信息。
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关键词
肠黏膜/病理学
腺癌/病理学
结肠肿瘤/病理学
基因表达
结肠腺癌
生物信息学
Linux
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Keywords
Intestinal mucosa/pathol
Adenocarcinoma/pathol
Colonic neoplastic/pathol
Gene expression
Colon adenocarcinoma
Bioinformatics
Linux
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分类号
R735.3
[医药卫生—肿瘤]
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