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全基因组关联分析研究进展 被引量:14
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作者 段忠取 朱军 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期385-393,共9页
全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)是近年来兴起的遗传分析方法,在人类和动植物复杂性状遗传研究中已取得初步成果。本文论述了GWAS研究的基本原理、主要分析方法及常用软件,在人类和动植物复杂性状研究中的应用;... 全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)是近年来兴起的遗传分析方法,在人类和动植物复杂性状遗传研究中已取得初步成果。本文论述了GWAS研究的基本原理、主要分析方法及常用软件,在人类和动植物复杂性状研究中的应用;分析了GWAS研究中"丢失遗传率"的主要影响因素;介绍了上位性分析的新策略和基于GPU并行计算和混合线性模型的分析软件QTXNetwork;展望了GWAS研究的发展方向。 展开更多
关键词 全基因组关联分析 复杂性状 单核苷酸多态性 关联位点
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烟草核心种质库构建及遗传多样性研究(英文) 被引量:2
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作者 周佳萍 杨春元 +6 位作者 吴春 王仁刚 史跃伟 谢升东 王志红 徐海明 任学良 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期440-450,共11页
为有效地研究烟草遗传多样性和筛选潜在的繁殖材料,以贵州省烟草科学研究院805份烟草种质为实验材料,分别在贵州省金沙和福泉2个试验点进行多点田间试验,并采用混合线性模型预测12个农艺性状的基因型效应值,以构建烟草的核心种质库并研... 为有效地研究烟草遗传多样性和筛选潜在的繁殖材料,以贵州省烟草科学研究院805份烟草种质为实验材料,分别在贵州省金沙和福泉2个试验点进行多点田间试验,并采用混合线性模型预测12个农艺性状的基因型效应值,以构建烟草的核心种质库并研究其遗传多样性.结果表明,待预测的12个农艺性状中,11个性状有显著的基因型效应,10个性状有显著的基因型与环境互作效应.利用预测的基因型值,比较不同抽样方法、抽样比率和系统聚类方法下核心子集多样性的结果表明,在10%抽样比率下,重心法聚类结合优先取样获得的S1C3_10子集成为烟草种质库的核心子集.通过主成分分析法比较核心种质与原始群体样本分布的空间结构和特征,运用相关系数检验原始群体性状间的遗传关系是否被核心种质很好地保留.结果表明,核心种质库能很好地代表烟草农艺性状的遗传多样性.一些潜在的高产育种材料如Y177和Y178也被包含在内.综上表明,作为种质资源的一个核心子集,烟草核心种质库的构建将有利于烟草育种者对整个资源的了解,促进遗传多样性在今后烟草育种计划中的利用. 展开更多
关键词 烟草 遗传多样性 核心种质 基因与环境互作
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通过多基因组比较的方法在5种绿球蓝细菌中识别基因组岛(英文)
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作者 刘海岚 朱军 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期473-484,共12页
为探索水平基因转移在绿球蓝细菌基因组多样性中的作用,5个高光适应性绿球蓝细菌基因组被比较.先用BLASTP两两最佳匹配搜索和基因位置保守性的方法预测直系同源基因,并进一步计算每个基因组中所有基因在其他4种绿球蓝细菌基因组中直系... 为探索水平基因转移在绿球蓝细菌基因组多样性中的作用,5个高光适应性绿球蓝细菌基因组被比较.先用BLASTP两两最佳匹配搜索和基因位置保守性的方法预测直系同源基因,并进一步计算每个基因组中所有基因在其他4种绿球蓝细菌基因组中直系同源基因的数量,从而达到识别外源基因的目的;而基因组岛是指由1个或几个连续外源基因组成的区域.结果表明:在5个绿球蓝细菌基因组中共识别出了16至52个不等的基因组岛,它们中的许多基因在病毒基因组或富含病毒的环境样本中都有同源基因.以上这些结果显示,在绿球蓝细菌中,病毒可能介导了基因的水平转移,从而导致了基因组的多样性. 展开更多
关键词 绿球蓝细菌 基因组岛 水平基因转移 外源基因
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基于四交群体的连锁图谱构建(英文)
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作者 蒋蓓蓓 余世洲 +2 位作者 肖炳光 楼向阳 徐海明 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期387-396,共10页
目前,遗传连锁图谱构建主要基于两纯系亲本交配的衍生群体,存在遗传多样性不足等局限,不适合于烟草等基因组多样性较低的物种,因为往往没有足够的多态性标记可用于图谱的构图,稀疏的标记图谱很难有效用于标记辅助选择及基因定位.本研究... 目前,遗传连锁图谱构建主要基于两纯系亲本交配的衍生群体,存在遗传多样性不足等局限,不适合于烟草等基因组多样性较低的物种,因为往往没有足够的多态性标记可用于图谱的构图,稀疏的标记图谱很难有效用于标记辅助选择及基因定位.本研究提出了基于四交群体的遗传图谱构建方法,通过计算机模拟验证了该方法的可行性和有效性,研制了配套的计算机分析程序.该方法的主要步骤及特点如下:1)基于最大似然法估计成对标记间的遗传距离;2)基于标记距离矩阵进行聚类分析,将标记分成不同的类群(连锁群);3)对每一连锁群,先确定连锁群两端的标记,再通过3标记间遗传距离的比较,将其他标记逐步插入到合适的排列位置,最终确定整个连锁群的标记顺序.蒙特卡洛模拟证实了该方法可行、有效,且适用于其他2个自交系亲本交配的衍生群体. 展开更多
关键词 四交群体 遗传距离 遗传图谱 连锁分析 蒙特卡洛模拟
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