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高通量测序技术在转座子研究中的应用
被引量：
9
1
作者
刘振
徐建红
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第9期885-898,共14页
高通量测序技术极大地提高了测序效率,大幅度降低了测序成本,同时该技术具有特异性好、灵敏度高、精确性高等优势,目前已被广泛应用于遗传变异、转录组学和表观组学等研究。近年来,高通量测序技术也逐渐应用于转座子的研究,并取得了丰...
高通量测序技术极大地提高了测序效率,大幅度降低了测序成本,同时该技术具有特异性好、灵敏度高、精确性高等优势,目前已被广泛应用于遗传变异、转录组学和表观组学等研究。近年来,高通量测序技术也逐渐应用于转座子的研究,并取得了丰硕的成果。本文主要综述了高通量测序技术在转座子研究中的应用,包括转座子含量估算、靶点偏好性及分布、多态性及群体频率、稀有转座子的鉴定、转座子的水平转移以及转座子标签技术中的应用等,并简要介绍了目前研究中采用的主要测序策略和算法,及其存在的利弊和相应的解决方案。最后对高通量测序技术,尤其是第三代测序技术的发展趋势和它们在转座子未来的研究中的应用进行了展望,以期为相关的科研人员提供一个全面的了解和参考。
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关键词
高通量测序
转座子
偏好性
多态性
水平转移
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职称材料
甘蓝型油菜钾离子转运载体HAK/KUP/KT家族的全基因组鉴定与分析
被引量：
4
2
作者
朱乐
赵鑫泽
蒋立希
《浙江大学学报（农业与生命科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期303-313,共11页
钾离子转运载体HAK/KUP/KT(high-affinityK^(+)/K^(+)uptake permease/K^(+)transporter)家族成员在植物对钾(K)的吸收和转运以及植物生长发育、耐盐性和渗透势的调节中起着重要作用。本研究以甘蓝型油菜(Brassica napus L.)为材料,共...
钾离子转运载体HAK/KUP/KT(high-affinityK^(+)/K^(+)uptake permease/K^(+)transporter)家族成员在植物对钾(K)的吸收和转运以及植物生长发育、耐盐性和渗透势的调节中起着重要作用。本研究以甘蓝型油菜(Brassica napus L.)为材料,共鉴定出45个HAK/KUP/KT基因,分别命名为BnHAK1~BnHAK45,并对油菜中的HAK/KUP/KT基因家族进行基因结构、进化和表达以及染色体定位分析。结果表明,甘蓝型油菜中的HAK/KUP/KT基因家族在染色体上呈现不均匀分布,其中在A01号染色体上分布最多,有5个BnHAKs基因。根据不同物种HAK/KUP/KT蛋白构建系统进化树,将其分为2个组群,其中双子叶植物中的拟南芥、甘蓝、白菜和甘蓝型油菜基因的保守性更强,亲缘关系更近。在表达量分析中,尽管HAK/KUP/KT基因家族的表达模式各不相同,但是总体而言,它们在根中的表达量最高,在角果中的表达量最低,这说明不同HAK/KUP/KT基因家族成员的分工是不同的。BnHAK4、BnHAK9基因在叶中特异性高表达,BnHAK11、BnHAK18和BnHAK23在根中特异性高表达,BnHAK7和BnHAK17在花中的表达量最高,说明该基因家族的表达具有组织特异性。本研究为进一步揭示甘蓝型油菜HAK/KUP/KT基因家族的功能机制提供了相应的参考依据。
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关键词
甘蓝型油菜
钾离子转运载体HAK/KUP/KT
基因家族分析
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职称材料
题名
高通量测序技术在转座子研究中的应用
被引量：
9
1
作者
刘振
徐建红
机构
浙江大学农业与生物技术学院作物科学研究所浙江省作物种质资源重点实验室
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第9期885-898,共14页
基金
国家自然科学基金项目(编号:31171165)
中央高校自主科研计划(编号:2014QNA6019)资助
文摘
高通量测序技术极大地提高了测序效率,大幅度降低了测序成本,同时该技术具有特异性好、灵敏度高、精确性高等优势,目前已被广泛应用于遗传变异、转录组学和表观组学等研究。近年来,高通量测序技术也逐渐应用于转座子的研究,并取得了丰硕的成果。本文主要综述了高通量测序技术在转座子研究中的应用,包括转座子含量估算、靶点偏好性及分布、多态性及群体频率、稀有转座子的鉴定、转座子的水平转移以及转座子标签技术中的应用等,并简要介绍了目前研究中采用的主要测序策略和算法,及其存在的利弊和相应的解决方案。最后对高通量测序技术,尤其是第三代测序技术的发展趋势和它们在转座子未来的研究中的应用进行了展望,以期为相关的科研人员提供一个全面的了解和参考。
关键词
高通量测序
转座子
偏好性
多态性
水平转移
Keywords
high throughput sequencing
transposable element
bias
polymorphism
horizontal transfer
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
甘蓝型油菜钾离子转运载体HAK/KUP/KT家族的全基因组鉴定与分析
被引量：
4
2
作者
朱乐
赵鑫泽
蒋立希
机构
浙江大学
农业
与生物技术
学院
作物科学
研究所
/
浙江省
作物
种质
资源
重点
实验室
出处
《浙江大学学报（农业与生命科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期303-313,共11页
基金
国家自然科学基金(31961143008)。
文摘
钾离子转运载体HAK/KUP/KT(high-affinityK^(+)/K^(+)uptake permease/K^(+)transporter)家族成员在植物对钾(K)的吸收和转运以及植物生长发育、耐盐性和渗透势的调节中起着重要作用。本研究以甘蓝型油菜(Brassica napus L.)为材料,共鉴定出45个HAK/KUP/KT基因,分别命名为BnHAK1~BnHAK45,并对油菜中的HAK/KUP/KT基因家族进行基因结构、进化和表达以及染色体定位分析。结果表明,甘蓝型油菜中的HAK/KUP/KT基因家族在染色体上呈现不均匀分布,其中在A01号染色体上分布最多,有5个BnHAKs基因。根据不同物种HAK/KUP/KT蛋白构建系统进化树,将其分为2个组群,其中双子叶植物中的拟南芥、甘蓝、白菜和甘蓝型油菜基因的保守性更强,亲缘关系更近。在表达量分析中,尽管HAK/KUP/KT基因家族的表达模式各不相同,但是总体而言,它们在根中的表达量最高,在角果中的表达量最低,这说明不同HAK/KUP/KT基因家族成员的分工是不同的。BnHAK4、BnHAK9基因在叶中特异性高表达,BnHAK11、BnHAK18和BnHAK23在根中特异性高表达,BnHAK7和BnHAK17在花中的表达量最高,说明该基因家族的表达具有组织特异性。本研究为进一步揭示甘蓝型油菜HAK/KUP/KT基因家族的功能机制提供了相应的参考依据。
关键词
甘蓝型油菜
钾离子转运载体HAK/KUP/KT
基因家族分析
Keywords
Brassica napus
potassium ion transporter
HAK/KUP/KT
gene family analysis
分类号
S565.4 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
高通量测序技术在转座子研究中的应用
刘振
徐建红
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2015
9
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
甘蓝型油菜钾离子转运载体HAK/KUP/KT家族的全基因组鉴定与分析
朱乐
赵鑫泽
蒋立希
《浙江大学学报（农业与生命科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2021
4
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