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结肠腺瘤-正常文库的生物信息学分析
被引量：
2
1
作者
吕炳建
崔晶
+4 位作者
徐静
张昊
罗敏捷
朱益民
来茂德
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第4期385-392,共8页
为进一步分析腺瘤相对正常SSH文库(A-N)的差异表达候选基因的表达谱,结合通用的生物信息学软件,自行开发、搭建包括核酸自动分析平台及GetUni软件包的生物信息学平台,实现了将A-N文库109个差异克隆序列与本地下载的非冗余核酸数据库、人...
为进一步分析腺瘤相对正常SSH文库(A-N)的差异表达候选基因的表达谱,结合通用的生物信息学软件,自行开发、搭建包括核酸自动分析平台及GetUni软件包的生物信息学平台,实现了将A-N文库109个差异克隆序列与本地下载的非冗余核酸数据库、人UniGene数据库比对、聚类,至获取差异表达候选基因的自动化分析。对这些基因进行GOTM(GOTree Machine)初步生物信息学分析及RT-PCR验证。结果共发现62个候选基因,包括6个核糖体蛋白成员,6个免疫相关基因。Reg4和FAM46A两个基因出现频次最高,分别为13次和4次,半定量RT-PCR显示这两个基因分别在10/10和9/10例腺瘤相对正常黏膜表达上调。对于这些差异表达候选基因的进一步分析和研究将有助于揭示结肠腺瘤发生的分子机制。
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关键词
结肠腺瘤
黏膜
基因表达
UNIGENE
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题名
结肠腺瘤-正常文库的生物信息学分析
被引量：
2
1
作者
吕炳建
崔晶
徐静
张昊
罗敏捷
朱益民
来茂德
机构
浙江大学
医
学院
病理
学
与病理生理
学
系
浙江大学
计算机科
学
与技术
学院
计算机系
浙江大学公共卫生学院流行病学教研室
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第4期385-392,共8页
基金
国家自然科学基金资助项目(编号:30371605
30370636)~~
文摘
为进一步分析腺瘤相对正常SSH文库(A-N)的差异表达候选基因的表达谱,结合通用的生物信息学软件,自行开发、搭建包括核酸自动分析平台及GetUni软件包的生物信息学平台,实现了将A-N文库109个差异克隆序列与本地下载的非冗余核酸数据库、人UniGene数据库比对、聚类,至获取差异表达候选基因的自动化分析。对这些基因进行GOTM(GOTree Machine)初步生物信息学分析及RT-PCR验证。结果共发现62个候选基因,包括6个核糖体蛋白成员,6个免疫相关基因。Reg4和FAM46A两个基因出现频次最高,分别为13次和4次,半定量RT-PCR显示这两个基因分别在10/10和9/10例腺瘤相对正常黏膜表达上调。对于这些差异表达候选基因的进一步分析和研究将有助于揭示结肠腺瘤发生的分子机制。
关键词
结肠腺瘤
黏膜
基因表达
UNIGENE
Keywords
colonic adenoma
mucosa
gene expression
UniGene
分类号
R735.3 [医药卫生—肿瘤]
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作者
出处
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被引量
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1
结肠腺瘤-正常文库的生物信息学分析
吕炳建
崔晶
徐静
张昊
罗敏捷
朱益民
来茂德
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2006
2
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