采用基因分型测序(GBS)技术对堇叶紫金牛[Ardisia violacea(T.Suzuki)W.Z.Fang et K.Yao]13个野生居群77份样本进行单核苷酸多态性(SNP)位点挖掘,在此基础上,对13个居群77份样本的遗传多样性、系统发育树、亲缘关系等进行分析。结果表明...采用基因分型测序(GBS)技术对堇叶紫金牛[Ardisia violacea(T.Suzuki)W.Z.Fang et K.Yao]13个野生居群77份样本进行单核苷酸多态性(SNP)位点挖掘,在此基础上,对13个居群77份样本的遗传多样性、系统发育树、亲缘关系等进行分析。结果表明:共获得有效SNP位点246307个,每份样本检测到SNP位点1154~3789个。13个居群的观测杂合度为0.1569~0.4289,多态信息含量为0.0785~0.3244,核苷酸多样性指数为0.0002~0.0007,Tajima’s D值为0.2247~1.0936,Shannon’s多样性指数为0.2175~0.6649,表明堇叶紫金牛整体遗传多样性水平偏低。系统发育树、主成分分析和遗传结构分析结果显示77份样本可划分为6组。亲缘关系分析结果显示:居群内个体间的亲缘关系整体较近;居群间的亲缘关系与地理距离有一定的相关性。遗传分化和基因流分析结果显示:大部分居群间存在较高的遗传分化,各居群间存在一定程度的基因交流。综上所述,堇叶紫金牛13个居群的整体遗传多样性偏低,但居群间的遗传分化程度较高,这与居群间的地理距离较远、基因交流较少有关。建议优先保护安徽省黄山市祁门县牯牛降、浙江省舟山市定海区蔡家岙和浙江省宁波市象山县屠家园村3个遗传多样性较高的居群,并开展相关繁育工作以维持和扩大居群数量。展开更多
文摘采用基因分型测序(GBS)技术对堇叶紫金牛[Ardisia violacea(T.Suzuki)W.Z.Fang et K.Yao]13个野生居群77份样本进行单核苷酸多态性(SNP)位点挖掘,在此基础上,对13个居群77份样本的遗传多样性、系统发育树、亲缘关系等进行分析。结果表明:共获得有效SNP位点246307个,每份样本检测到SNP位点1154~3789个。13个居群的观测杂合度为0.1569~0.4289,多态信息含量为0.0785~0.3244,核苷酸多样性指数为0.0002~0.0007,Tajima’s D值为0.2247~1.0936,Shannon’s多样性指数为0.2175~0.6649,表明堇叶紫金牛整体遗传多样性水平偏低。系统发育树、主成分分析和遗传结构分析结果显示77份样本可划分为6组。亲缘关系分析结果显示:居群内个体间的亲缘关系整体较近;居群间的亲缘关系与地理距离有一定的相关性。遗传分化和基因流分析结果显示:大部分居群间存在较高的遗传分化,各居群间存在一定程度的基因交流。综上所述,堇叶紫金牛13个居群的整体遗传多样性偏低,但居群间的遗传分化程度较高,这与居群间的地理距离较远、基因交流较少有关。建议优先保护安徽省黄山市祁门县牯牛降、浙江省舟山市定海区蔡家岙和浙江省宁波市象山县屠家园村3个遗传多样性较高的居群,并开展相关繁育工作以维持和扩大居群数量。
