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题名黄瓜R2R3-MYB亚家族鉴定及生物信息学分析
被引量：1
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作者
郭玉婷
杜长霞
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机构
浙江农林大学园艺科学学院浙江省山区农业高效绿色生产协同创新中心
浙江农林大学农业农村部亚热带果品蔬菜质量安全控制重点实验室
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出处
《浙江农林大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期286-296,共11页
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基金
浙江省自然科学基金资助项目(LY23C150005)。
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文摘
【目的】深入研究黄瓜Cucumis sativus R2R3-MYB亚家族成员的相关功能。【方法】利用生物信息学手段分析黄瓜全基因组,鉴定R2R3-MYB亚家族成员,对其系统进化关系、蛋白理化性质、染色体定位、基因结构、保守基序、顺式作用元件、蛋白质互作进行分析。【结果】黄瓜全基因组中含99个具有典型结构域的R2R3-MYB转录因子,蛋白序列含195~552个氨基酸,有保守基序及氨基酸位点;基因在染色体上分布不均匀;大部分亚家族成员蛋白质的不稳定指数大于40,属于不稳定蛋白。顺式作用调控元件分析发现:大部分基因启动子区所含元件与激素调节、MYB结合位点、胁迫密切相关。【结论】通过黄瓜全基因组鉴定,获得黄瓜基因组99个R2R3-MYB家族成员,分为30个亚组,映射于7条染色体上,该家族成员的上游启动子区含逆境相关作用元件。
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关键词
黄瓜
R2R3-MYB
转录因子
全基因组鉴定
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Keywords
Cucumis sativus
R2R3-MYB
transcription factor
whole genome identification
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分类号
S642.2
[农业科学—蔬菜学]
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