目的运用生物信息学分析白三烯B4受体(LTB4R)在急性髓系白血病(AML)患者中的表达模式、预后价值和潜在生物学功能。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库和美国国立生物技术信息中心(NCBI)公共基因芯片数据平台(GEO)下载mRNA基因芯片数据...目的运用生物信息学分析白三烯B4受体(LTB4R)在急性髓系白血病(AML)患者中的表达模式、预后价值和潜在生物学功能。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库和美国国立生物技术信息中心(NCBI)公共基因芯片数据平台(GEO)下载mRNA基因芯片数据集和临床基线资料数据集,利用R studio进行表达分析、生存分析、Cox风险回归分析、相关性分析研究LTB4R的表达模式和预后价值。利用UALCAN平台研究LTB4R表达水平与临床特征的关联。利用linkedomics平台筛选出LTB4R共表达基因进行GO和KEGG信号通路富集分析。应用STRING平台构建蛋白质相互作用网络。基于LTB4R表达水平将LAML数据集分组并筛选差异表达基因,继而进行GSEA分析。收集临床30例AML患者及21例健康对照者外周静脉抗凝血2 mL,分离单个核细胞,采用qRT-PCR对LTB4R和免疫检查点基因表达水平、相关性进行验证;分离外周血500μL血清,采用酶联免疫吸附实验(ELISA)检测LTB4R蛋白表达水平。结果LTB4R表达水平在AML患者骨髓样本中显著增强(4.898±1.220 vs 2.252±0.215,P<0.001),与不良预后相关[P=0.004,风险指数(HR)=1.74],并可做为AML预后的独立风险因素(P=0.019,HR=1.66)。同时LTB4R与FAB分型、细胞遗传学风险、染色体异常、NPM1突变相关。LTB4R的共表达基因富集到多个肿瘤发生相关的信号途径,例如粒细胞炎症、淋巴细胞激活、免疫反应信号传导、能量代谢等。GSEA分析显示差异基因富集于免疫细胞分化、活化、细胞因子信号途径等。临床实验证实AML患者样本中LTB4RmRNA(P=0.044)及蛋白表达水平增高(P=0.008),并且mRNA表达水平与HAVCR2呈正相关(r=0.466,P=0.040)。结论LTB4R可做为AML的新型标志物和独立预后指标,潜在功能富集于肿瘤免疫、代谢相关信号通路,可为AML疾病进程相关信号通路和分子网络研究提供线索。展开更多
文摘目的运用生物信息学分析白三烯B4受体(LTB4R)在急性髓系白血病(AML)患者中的表达模式、预后价值和潜在生物学功能。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库和美国国立生物技术信息中心(NCBI)公共基因芯片数据平台(GEO)下载mRNA基因芯片数据集和临床基线资料数据集,利用R studio进行表达分析、生存分析、Cox风险回归分析、相关性分析研究LTB4R的表达模式和预后价值。利用UALCAN平台研究LTB4R表达水平与临床特征的关联。利用linkedomics平台筛选出LTB4R共表达基因进行GO和KEGG信号通路富集分析。应用STRING平台构建蛋白质相互作用网络。基于LTB4R表达水平将LAML数据集分组并筛选差异表达基因,继而进行GSEA分析。收集临床30例AML患者及21例健康对照者外周静脉抗凝血2 mL,分离单个核细胞,采用qRT-PCR对LTB4R和免疫检查点基因表达水平、相关性进行验证;分离外周血500μL血清,采用酶联免疫吸附实验(ELISA)检测LTB4R蛋白表达水平。结果LTB4R表达水平在AML患者骨髓样本中显著增强(4.898±1.220 vs 2.252±0.215,P<0.001),与不良预后相关[P=0.004,风险指数(HR)=1.74],并可做为AML预后的独立风险因素(P=0.019,HR=1.66)。同时LTB4R与FAB分型、细胞遗传学风险、染色体异常、NPM1突变相关。LTB4R的共表达基因富集到多个肿瘤发生相关的信号途径,例如粒细胞炎症、淋巴细胞激活、免疫反应信号传导、能量代谢等。GSEA分析显示差异基因富集于免疫细胞分化、活化、细胞因子信号途径等。临床实验证实AML患者样本中LTB4RmRNA(P=0.044)及蛋白表达水平增高(P=0.008),并且mRNA表达水平与HAVCR2呈正相关(r=0.466,P=0.040)。结论LTB4R可做为AML的新型标志物和独立预后指标,潜在功能富集于肿瘤免疫、代谢相关信号通路,可为AML疾病进程相关信号通路和分子网络研究提供线索。
