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旋毛虫plancitoxin-1-like基因的序列分析与编码蛋白结构预测
1
作者
廖成水
王晓利
+7 位作者
田文静
杨亚东
张梦珂
王安琪
张春杰
刘明远
Boireau Pascal
程相朝
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第1期218-222,共5页
基因组预测旋毛虫拥有125种庞大的DNase II家族蛋白,但只有plancitoxin-1唯一在C端含有一个保守的DNase II活性位点(HKD基序)。为研究旋毛虫plancitoxin-1基因的序列结构特征,以旋毛虫总RNA为模板进行RT-PCR,获得plancitoxin-1基因的序...
基因组预测旋毛虫拥有125种庞大的DNase II家族蛋白,但只有plancitoxin-1唯一在C端含有一个保守的DNase II活性位点(HKD基序)。为研究旋毛虫plancitoxin-1基因的序列结构特征,以旋毛虫总RNA为模板进行RT-PCR,获得plancitoxin-1基因的序列,并利用生物信息学方法进行系统性分析。结果显示,扩增得到的核苷酸序列比GenBank中相关序列短210bp,编码294个氨基酸,由20种氨基酸组成,重新命名为plancitoxin-1-like,且氨基酸序列中在N端和C端都具有HKD基序。蛋白质理论相对分子质量为33.19ku,等电点为9.17,是稳定存在的亲水性蛋白。Plancitoxin-1-like的氨基酸序列与其他物种DNase II的相似性为35%左右。Plancitoxin-1-like含有4个N-糖基化位点、3个O-糖基化位点、31个磷酸化位点、17个B细胞线性结合位点和9个T细胞结合位点以及3个二硫键。二级结构中,α-螺旋占14.29%(42个),延伸链占28.23%(83个),无规卷曲占55.10%(162个)。本研究成功克隆旋毛虫plancitoxin-1-like基因,对其序列结构进行分析,为进一步研究庞大的DNase II家族蛋白在旋毛虫发育和感染中的作用奠定基础。
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关键词
旋毛虫
DNASE
II
克隆
生物信息学
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题名
旋毛虫plancitoxin-1-like基因的序列分析与编码蛋白结构预测
1
作者
廖成水
王晓利
田文静
杨亚东
张梦珂
王安琪
张春杰
刘明远
Boireau Pascal
程相朝
机构
河南科技大学
动物
科技学院/洛阳市活载体生物材料与
动物
疫病防控重点
实验室
河南科技大学医学院
洛阳职业技术学院
吉林大学人兽共患病研究所/人兽共患病研究教育部重点
实验室
法国国家食品、环境及劳动卫生署动物卫生实验室
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第1期218-222,共5页
基金
国家自然科学基金(31030064)
国家自然科学基金面上项目(31572489)
+1 种基金
河南科技大学博士启动基金(13480071)
河南省高等学校重点科研项目计划(17A230009)
文摘
基因组预测旋毛虫拥有125种庞大的DNase II家族蛋白,但只有plancitoxin-1唯一在C端含有一个保守的DNase II活性位点(HKD基序)。为研究旋毛虫plancitoxin-1基因的序列结构特征,以旋毛虫总RNA为模板进行RT-PCR,获得plancitoxin-1基因的序列,并利用生物信息学方法进行系统性分析。结果显示,扩增得到的核苷酸序列比GenBank中相关序列短210bp,编码294个氨基酸,由20种氨基酸组成,重新命名为plancitoxin-1-like,且氨基酸序列中在N端和C端都具有HKD基序。蛋白质理论相对分子质量为33.19ku,等电点为9.17,是稳定存在的亲水性蛋白。Plancitoxin-1-like的氨基酸序列与其他物种DNase II的相似性为35%左右。Plancitoxin-1-like含有4个N-糖基化位点、3个O-糖基化位点、31个磷酸化位点、17个B细胞线性结合位点和9个T细胞结合位点以及3个二硫键。二级结构中,α-螺旋占14.29%(42个),延伸链占28.23%(83个),无规卷曲占55.10%(162个)。本研究成功克隆旋毛虫plancitoxin-1-like基因,对其序列结构进行分析,为进一步研究庞大的DNase II家族蛋白在旋毛虫发育和感染中的作用奠定基础。
关键词
旋毛虫
DNASE
II
克隆
生物信息学
Keywords
Trichinella spiralis
DNase II
clone
bioinformatics
分类号
S852.731 [农业科学—基础兽医学]
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题名
作者
出处
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被引量
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1
旋毛虫plancitoxin-1-like基因的序列分析与编码蛋白结构预测
廖成水
王晓利
田文静
杨亚东
张梦珂
王安琪
张春杰
刘明远
Boireau Pascal
程相朝
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
0
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