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毛头鬼伞漆酶基因Cc_lac21的克隆及生物信息学和组织表达分析
1
作者
牛鑫
赵倩
+4 位作者
赵鑫
柯善文
郭金宝
马振
张建宁
《山东农业科学》
北大核心
2024年第9期13-21,共9页
为了确定毛头鬼伞基因组中漆酶基因Cc_lac21的“缺口”序列及可能的生理功能,本研究对其进行克隆和生物信息学分析,并以18S rDNA为内参基因,检测菌丝阶段以及商品成熟阶段子实体的菌盖、菌柄顶端和菌柄基部Cc_lac21的表达水平。结果表明...
为了确定毛头鬼伞基因组中漆酶基因Cc_lac21的“缺口”序列及可能的生理功能,本研究对其进行克隆和生物信息学分析,并以18S rDNA为内参基因,检测菌丝阶段以及商品成熟阶段子实体的菌盖、菌柄顶端和菌柄基部Cc_lac21的表达水平。结果表明,Cc_lac21基因全长2243 bp,含有12个内含子、13个外显子,编码序列为1452 bp,编码483个氨基酸。Cc_Lac21为稳定的亲水性蛋白,N端前17个氨基酸为信号肽序列,分泌到胞外;二级结构以无规则卷曲和延伸链为主;在28个丝氨酸(S)、21个苏氨酸(T)和5个酪氨酸(Y)上可能发生磷酸化修饰;在第286位的苏氨酸和第381位的丝氨酸处可能发生O-糖基化修饰;含有3个铜氧化蛋白结构域,分别是2个铜氧化还原蛋白超家族(cupredoxin super family)和1个云芝Tv-LCC样真菌漆酶的第三个铜氧化还原域(CuRO_(3)_Tv-LCC9);与鳞白环蘑漆酶的亲缘关系最近,包含3个基序。通过RT-qPCR分析发现,Cc_lac21在菌丝体阶段和成熟菌柄基部表达量高,在菌盖和伸长生长的菌柄顶端表达量低,推测Cc_lac21可能参与基质木质素的降解以及菌柄中菌丝细胞壁的成熟过程。本研究结果可为探究漆酶基因参与菌柄细胞壁成熟机制奠定基础。
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关键词
毛头鬼伞
漆酶基因Cc_lac21
生物信息学分析
表达分析
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职称材料
毛头鬼伞漆酶基因的预测及其生物信息学分析
被引量：
3
2
作者
牛鑫
冯九海
+7 位作者
席亚丽
宋利茹
梁倩倩
单华佳
陈艳霞
柯善文
柴倩囡
魏生龙
《江苏农业科学》
北大核心
2021年第5期67-74,共8页
毛头鬼伞培养液具有较强的漆酶活性,漆酶在基质中木质素的降解和子实体的发育中发挥着重要作用。目前,人们已经完成毛头鬼伞基因组的测序,且数据已经释放至公共数据库中,但并未注释。为了掌握毛头鬼伞中漆酶的基因数量及其特征,基于已...
毛头鬼伞培养液具有较强的漆酶活性,漆酶在基质中木质素的降解和子实体的发育中发挥着重要作用。目前,人们已经完成毛头鬼伞基因组的测序,且数据已经释放至公共数据库中,但并未注释。为了掌握毛头鬼伞中漆酶的基因数量及其特征,基于已报道的毛头鬼伞漆酶蛋白的氨基酸序列,通过同源预测的方法从其基因组上预测获得21个漆酶基因,并采用ProtParam、SignalP5.0、Sompa、TMHMM2.0、SWISS-MODEL和WoLF PSORT等生物信息学工具对其中20个相应漆酶蛋白进行预测,分析其基本理化特性、信号肽、二级结构、跨膜结构、三级结构和亚细胞定位等。研究结果可为毛头鬼伞漆酶基因的克隆及分子作用机制等研究提供参考。
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关键词
毛头鬼伞
基因预测
生物信息学
序列分析
三维结构
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职称材料
4种鬼伞β-1,3-葡聚糖转移酶的生物信息学分析
3
作者
牛鑫
柴倩囡
+4 位作者
冯九海
单华佳
柯善文
汉佳昕
魏生龙
《江苏农业科学》
北大核心
2021年第6期33-39,共7页
鬼伞是一类菌柄能在短时间内快速伸长并且伞盖易自溶形成墨汁的蘑菇,菌柄在伸长过程中细胞壁以伸长生长为主,细胞壁组分β-1,3-葡聚糖发生重构修饰,GH72家族的β-1,3-葡聚糖转移酶能够将较低聚合度的寡糖转化生成更高聚合度的糖链。β-1...
鬼伞是一类菌柄能在短时间内快速伸长并且伞盖易自溶形成墨汁的蘑菇,菌柄在伸长过程中细胞壁以伸长生长为主,细胞壁组分β-1,3-葡聚糖发生重构修饰,GH72家族的β-1,3-葡聚糖转移酶能够将较低聚合度的寡糖转化生成更高聚合度的糖链。β-1,3-葡聚糖转移酶可能参与鬼伞菌柄细胞壁中β-葡聚糖组分的重构修饰。以完成测序并有注释信息的灰盖拟鬼伞(Coprinopsis cinerea)、拟鬼伞(Coprinopsis marcescibilis)、晶粒小鬼伞(Coprinellus micaceus)和小脆柄菇(Psathyrella aberdarensis)等4种鬼伞的β-1,3-葡聚糖转移酶的氨基酸序列为基础,采用TargetP、WOLF PSORT、SignalP、Sompa、TMHMM 2.0、Big-PI Fungal Predictor、MEME和SISS-MODEL等生物信息学分析工具对其开展蛋白质亚细胞定位、细胞信号肽、二级结构、跨膜螺旋、糖基化磷脂酰肌醇(GPI)锚定位点、基序以及三级结构等进行分析,同时对上述序列开展遗传进化关系分析。研究结果可为进一步深入开展该蛋白在菌柄伸长过程中细胞壁β-葡聚糖组分的重构修饰研究作基础。
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关键词
真菌细胞壁
菌柄伸长
Β-1
3-葡聚糖
细胞壁重构
多序列比对
生物信息学
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职称材料
题名
毛头鬼伞漆酶基因Cc_lac21的克隆及生物信息学和组织表达分析
1
作者
牛鑫
赵倩
赵鑫
柯善文
郭金宝
马振
张建宁
机构
河西学院甘肃省应用真菌工程实验室/甘肃省食用菌遗传育种重点实验室/祁连山食用菌产业协同创新中心
河西
学院
农业与生态
工程
学院
出处
《山东农业科学》
北大核心
2024年第9期13-21,共9页
基金
甘肃省重点研发计划项目(21YF5NA127)
河西学院高层次人才科研启动项目(KYQD2020038)
+1 种基金
甘肃省大学生创新创业训练计划项目(S202210740104)
河西学院第十三批大学生科技创新项目(144)。
文摘
为了确定毛头鬼伞基因组中漆酶基因Cc_lac21的“缺口”序列及可能的生理功能,本研究对其进行克隆和生物信息学分析,并以18S rDNA为内参基因,检测菌丝阶段以及商品成熟阶段子实体的菌盖、菌柄顶端和菌柄基部Cc_lac21的表达水平。结果表明,Cc_lac21基因全长2243 bp,含有12个内含子、13个外显子,编码序列为1452 bp,编码483个氨基酸。Cc_Lac21为稳定的亲水性蛋白,N端前17个氨基酸为信号肽序列,分泌到胞外;二级结构以无规则卷曲和延伸链为主;在28个丝氨酸(S)、21个苏氨酸(T)和5个酪氨酸(Y)上可能发生磷酸化修饰;在第286位的苏氨酸和第381位的丝氨酸处可能发生O-糖基化修饰;含有3个铜氧化蛋白结构域,分别是2个铜氧化还原蛋白超家族(cupredoxin super family)和1个云芝Tv-LCC样真菌漆酶的第三个铜氧化还原域(CuRO_(3)_Tv-LCC9);与鳞白环蘑漆酶的亲缘关系最近,包含3个基序。通过RT-qPCR分析发现,Cc_lac21在菌丝体阶段和成熟菌柄基部表达量高,在菌盖和伸长生长的菌柄顶端表达量低,推测Cc_lac21可能参与基质木质素的降解以及菌柄中菌丝细胞壁的成熟过程。本研究结果可为探究漆酶基因参与菌柄细胞壁成熟机制奠定基础。
关键词
毛头鬼伞
漆酶基因Cc_lac21
生物信息学分析
表达分析
Keywords
Coprinus comatus
Laccase gene Cc_lac21
Bioinformatics analysis
Expression analysis
分类号
Q781 [生物学—分子生物学]
S567.3 [农业科学—中草药栽培]
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职称材料
题名
毛头鬼伞漆酶基因的预测及其生物信息学分析
被引量：
3
2
作者
牛鑫
冯九海
席亚丽
宋利茹
梁倩倩
单华佳
陈艳霞
柯善文
柴倩囡
魏生龙
机构
河西学院甘肃省应用真菌工程实验室/甘肃省食用菌遗传育种重点实验室/祁连山食用菌产业协同创新中心
出处
《江苏农业科学》
北大核心
2021年第5期67-74,共8页
基金
河西学院科研创新与应用校长基金(编号:XZ2017006、XZZX2020006)
甘肃省高等学校创新基金(编号:2020A-104)
+2 种基金
甘肃省高校协同创新科技团队支持计划(编号:2016C-02)
国家自然科学基金地区基金(编号:31660590)
甘肃省引导科技创新发展专项(编号:2017zx-10)。
文摘
毛头鬼伞培养液具有较强的漆酶活性,漆酶在基质中木质素的降解和子实体的发育中发挥着重要作用。目前,人们已经完成毛头鬼伞基因组的测序,且数据已经释放至公共数据库中,但并未注释。为了掌握毛头鬼伞中漆酶的基因数量及其特征,基于已报道的毛头鬼伞漆酶蛋白的氨基酸序列,通过同源预测的方法从其基因组上预测获得21个漆酶基因,并采用ProtParam、SignalP5.0、Sompa、TMHMM2.0、SWISS-MODEL和WoLF PSORT等生物信息学工具对其中20个相应漆酶蛋白进行预测,分析其基本理化特性、信号肽、二级结构、跨膜结构、三级结构和亚细胞定位等。研究结果可为毛头鬼伞漆酶基因的克隆及分子作用机制等研究提供参考。
关键词
毛头鬼伞
基因预测
生物信息学
序列分析
三维结构
分类号
S188 [农业科学—农业基础科学]
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职称材料
题名
4种鬼伞β-1,3-葡聚糖转移酶的生物信息学分析
3
作者
牛鑫
柴倩囡
冯九海
单华佳
柯善文
汉佳昕
魏生龙
机构
河西学院甘肃省应用真菌工程实验室/甘肃省食用菌遗传育种重点实验室/祁连山食用菌产业协同创新中心
河西
学院
生命科学与
工程
学院
出处
《江苏农业科学》
北大核心
2021年第6期33-39,共7页
基金
河西学院科研创新与应用校长基金(编号:XZ2017006)
河西学院科研创新与应用校长基金专题(编号:XZZX2020006)
+1 种基金
甘肃省高等学校创新基金(编号:2020A-104)
甘肃省引导科技创新发展专项资金(编号:2017zx-10)。
文摘
鬼伞是一类菌柄能在短时间内快速伸长并且伞盖易自溶形成墨汁的蘑菇,菌柄在伸长过程中细胞壁以伸长生长为主,细胞壁组分β-1,3-葡聚糖发生重构修饰,GH72家族的β-1,3-葡聚糖转移酶能够将较低聚合度的寡糖转化生成更高聚合度的糖链。β-1,3-葡聚糖转移酶可能参与鬼伞菌柄细胞壁中β-葡聚糖组分的重构修饰。以完成测序并有注释信息的灰盖拟鬼伞(Coprinopsis cinerea)、拟鬼伞(Coprinopsis marcescibilis)、晶粒小鬼伞(Coprinellus micaceus)和小脆柄菇(Psathyrella aberdarensis)等4种鬼伞的β-1,3-葡聚糖转移酶的氨基酸序列为基础,采用TargetP、WOLF PSORT、SignalP、Sompa、TMHMM 2.0、Big-PI Fungal Predictor、MEME和SISS-MODEL等生物信息学分析工具对其开展蛋白质亚细胞定位、细胞信号肽、二级结构、跨膜螺旋、糖基化磷脂酰肌醇(GPI)锚定位点、基序以及三级结构等进行分析,同时对上述序列开展遗传进化关系分析。研究结果可为进一步深入开展该蛋白在菌柄伸长过程中细胞壁β-葡聚糖组分的重构修饰研究作基础。
关键词
真菌细胞壁
菌柄伸长
Β-1
3-葡聚糖
细胞壁重构
多序列比对
生物信息学
分类号
S188.3 [农业科学—农业基础科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
毛头鬼伞漆酶基因Cc_lac21的克隆及生物信息学和组织表达分析
牛鑫
赵倩
赵鑫
柯善文
郭金宝
马振
张建宁
《山东农业科学》
北大核心
2024
0
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职称材料
2
毛头鬼伞漆酶基因的预测及其生物信息学分析
牛鑫
冯九海
席亚丽
宋利茹
梁倩倩
单华佳
陈艳霞
柯善文
柴倩囡
魏生龙
《江苏农业科学》
北大核心
2021
3
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职称材料
3
4种鬼伞β-1,3-葡聚糖转移酶的生物信息学分析
牛鑫
柴倩囡
冯九海
单华佳
柯善文
汉佳昕
魏生龙
《江苏农业科学》
北大核心
2021
0
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