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基于RNA-seq的冰草EST-SSR标记开发及验证
1
作者
杨东升
李冉
+4 位作者
宝格日乐
王海伟
卢倩倩
郝水源
刘建华
《麦类作物学报》
北大核心
2025年第7期891-901,共11页
冰草是小麦抗逆遗传改良的重要近缘植物,开发冰草基因组分子标记对于加快冰草的遗传育种效率和利用具有重要意义。本研究基于转录组测序(RNA-seq)技术,对2个冰草材料的幼嫩根、茎、叶片及结实期的花穗、种子进行生物信息学分析,开发高...
冰草是小麦抗逆遗传改良的重要近缘植物,开发冰草基因组分子标记对于加快冰草的遗传育种效率和利用具有重要意义。本研究基于转录组测序(RNA-seq)技术,对2个冰草材料的幼嫩根、茎、叶片及结实期的花穗、种子进行生物信息学分析,开发高多态性的EST-SSR标记并进行验证。结果表明,共获得23491793条高质量序列,其碱其长7.03 Gb,GC含量56.44%,Q30为93.04%。共获得33993条Unigene,总长度为29309958 bp。将所获Unigene与9大功能数据库进行比对,共有25614条Unigene获得功能注释,其中Nr数据库共注释24557条,GO数据库注释到66193条Unigene,按功能分为3个大类和42个亚类;共14412条Unigene注释到KEGG数据库的136条代谢通路;有11321条Unigene在KOG数据库获得注释,归属为25个功能类别;共预测到大于100 bp的CDS有7288条,SSR位点2443个,其中三碱基重复1439个,占总数的58.90%;获得EST-SSR多态性引物42对,从中随机选择10对在冰草的30个F_(2)代分离单株进行有效性验证,平均多态性比率为48.33%。以上结果说明利用RNA-seq技术大量开发的EST-SSR引物,可高效地应用于四倍体冰草产量、品质性状相关的标记开发、优异新种质指纹图谱构建及精准分子标记辅助育种。
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关键词
冰草
RNA-SEQ
生物信息学分析
EST-SSR标记开发
验证
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题名
基于RNA-seq的冰草EST-SSR标记开发及验证
1
作者
杨东升
李冉
宝格日乐
王海伟
卢倩倩
郝水源
刘建华
机构
河套学院/硬质小麦技术创新中心/河套地区绿色农产品安全生产与预警控制实验室
巴彦淖尔市临河区农牧和科技局
出处
《麦类作物学报》
北大核心
2025年第7期891-901,共11页
基金
内蒙古自治区自然科学基金面上项目(2023MS03049)
河套学院高层次人才引进科研启动经费资助项目(HYRC202310)
+1 种基金
内蒙古自治区“科技兴蒙”行动重点专项(NMKJXM202201)
巴彦淖尔市科技计划项目(NMKJXM202408)。
文摘
冰草是小麦抗逆遗传改良的重要近缘植物,开发冰草基因组分子标记对于加快冰草的遗传育种效率和利用具有重要意义。本研究基于转录组测序(RNA-seq)技术,对2个冰草材料的幼嫩根、茎、叶片及结实期的花穗、种子进行生物信息学分析,开发高多态性的EST-SSR标记并进行验证。结果表明,共获得23491793条高质量序列,其碱其长7.03 Gb,GC含量56.44%,Q30为93.04%。共获得33993条Unigene,总长度为29309958 bp。将所获Unigene与9大功能数据库进行比对,共有25614条Unigene获得功能注释,其中Nr数据库共注释24557条,GO数据库注释到66193条Unigene,按功能分为3个大类和42个亚类;共14412条Unigene注释到KEGG数据库的136条代谢通路;有11321条Unigene在KOG数据库获得注释,归属为25个功能类别;共预测到大于100 bp的CDS有7288条,SSR位点2443个,其中三碱基重复1439个,占总数的58.90%;获得EST-SSR多态性引物42对,从中随机选择10对在冰草的30个F_(2)代分离单株进行有效性验证,平均多态性比率为48.33%。以上结果说明利用RNA-seq技术大量开发的EST-SSR引物,可高效地应用于四倍体冰草产量、品质性状相关的标记开发、优异新种质指纹图谱构建及精准分子标记辅助育种。
关键词
冰草
RNA-SEQ
生物信息学分析
EST-SSR标记开发
验证
Keywords
Wheatgrass
RNA-seq
Bioinformatics analysis
EST-SSR marker development
Validation
分类号
S512.9 [农业科学—作物学]
S336 [农业科学—作物遗传育种]
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作者
出处
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1
基于RNA-seq的冰草EST-SSR标记开发及验证
杨东升
李冉
宝格日乐
王海伟
卢倩倩
郝水源
刘建华
《麦类作物学报》
北大核心
2025
0
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