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基于CRISPR对大肠埃希菌O157∶H7的检测
被引量：
5
1
作者
梁文娟
张荣光
+6 位作者
段广才
王颖芳
洪丽娟
张冰
王鹏飞
郗园林
杨海燕
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第5期748-753,共6页
目的基于成簇的规律间隔短回文重复序列（CRISPR）,建立对大肠埃希菌O157∶H7的新型检测方法。方法应用PCR扩增实验室保存的443株肠道细菌（310株非O157∶H7大肠埃希菌、35株大肠埃希菌O157∶H7、89株志贺菌和9株沙门菌）的CRISPR1和CRI...
目的基于成簇的规律间隔短回文重复序列（CRISPR）,建立对大肠埃希菌O157∶H7的新型检测方法。方法应用PCR扩增实验室保存的443株肠道细菌（310株非O157∶H7大肠埃希菌、35株大肠埃希菌O157∶H7、89株志贺菌和9株沙门菌）的CRISPR1和CRISPR2,并将PCR产物测序;提取CRISPR database数据库中（标准法）100株肠道细菌（47株非O157∶H7大肠埃希菌、5株大肠埃希菌O157∶H7、9株志贺菌和39株沙门菌）的CRISPR1和CRISPR2序列。使用CRISPR Finder在线软件分析PCR产物测序序列和CRISPR database数据库的CRISPR序列。Clustal X软件进行间隔序列比对。比较标准法和PCR扩增CRISPR两种方法检测大肠埃希菌O157∶H7的一致性。结果共分析543株肠道细菌,其中75.6%的非O157∶H7大肠埃希菌、75.5%志贺菌、91.7%沙门菌和95%O157∶H7大肠埃希菌含有CRISPR1,其间隔序列数目为3～26、2～9、2～32、3。57.1%的非O157∶H7大肠埃希菌、77.6%志贺菌、85.4%沙门菌和100%O157∶H7大肠埃希菌含有CRISPR2,其间隔序列数目为1～20、1～6、2～27、1或4个。95%的O157∶H7大肠埃希菌的CRISPR1和90%CRISPR2分别含有3条独特间隔序列（S1-1,S1-2,S1-3）和1条独特间隔序列（S2-1）。间隔序列比对结果显示,S1-1＋S1-2＋S1-3和S2-1检测O157∶H7大肠埃希菌的特异性分别是100%和99.6%。标准法检测和PCR扩增CRISPR1和CRISPR2检测大肠埃希菌O157∶H7的一致性分别达99.6%和99.3%。基于CRISPR检测大肠埃希菌O157∶H7在模拟样品中的应用,结果显示在原样品大肠埃希菌O157∶H7浓度约2.3CFU/mL时,经12h增菌后即能检测出来。大肠埃希菌O157∶H7聚类分析显示,40株O157∶H7大肠埃希菌可分为3类。结论基于CRISPR的大肠埃希菌O157∶H7的检测方法,可以作为监测大肠埃希菌O157∶H7感染和高毒株大肠埃希菌O157∶H7有价值的流行病学工具。
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关键词
大肠埃希菌O157∶H7
成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)
聚合酶链反应
检测
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职称材料
霍乱弧菌O139和ElTor菌株毒力岛区域分子特征比较
被引量：
1
2
作者
王颖芳
段广才
+2 位作者
谢婧
郗园林
范清堂
《郑州大学学报（医学版）》
CAS
北大核心
2007年第6期1123-1125,共3页
目的:比较O139霍乱弧菌(VCO139)菌株MO45基因组与O1群ElTor霍乱弧菌(EVC)菌株N16961基因组中毒力岛(VPI)区域分子特征。方法:制备霍乱弧菌VPI上游VC0815基因探针。从VCO139菌株MO45基因组文库中筛选一个既含有VC0815基因又含有tcpA基因...
目的:比较O139霍乱弧菌(VCO139)菌株MO45基因组与O1群ElTor霍乱弧菌(EVC)菌株N16961基因组中毒力岛(VPI)区域分子特征。方法:制备霍乱弧菌VPI上游VC0815基因探针。从VCO139菌株MO45基因组文库中筛选一个既含有VC0815基因又含有tcpA基因的克隆,命名为pCOSVC081545,绘制pCOSVC081545VPI上游片段的限制性酶切图谱,并与N16961同段序列的限制性酶切图谱进行比较。结果与结论:pCOSVC081545和N16961中VPI上游约1500bp片段的限制性酶切图谱基本相同,支持O139霍乱弧菌是EVC O抗原突变而来的观点。
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关键词
霍乱弧菌
毒力岛
基因
限制性酶切图谱
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职称材料
题名
基于CRISPR对大肠埃希菌O157∶H7的检测
被引量：
5
1
作者
梁文娟
张荣光
段广才
王颖芳
洪丽娟
张冰
王鹏飞
郗园林
杨海燕
机构
郑州
大学
公共卫生学院流行病与卫生统计学系
新乡
医学
院分子诊断与
医学
检验技术
河南
省协同创新中心
河南科技大学预防医学教研室
出处
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第5期748-753,共6页
基金
国家科技重大专项(No.2013ZX100046070)
新乡医学院分子诊断与医学检验技术河南省协同创新中心(No.XTCX-2015-PY4)~~
文摘
目的基于成簇的规律间隔短回文重复序列（CRISPR）,建立对大肠埃希菌O157∶H7的新型检测方法。方法应用PCR扩增实验室保存的443株肠道细菌（310株非O157∶H7大肠埃希菌、35株大肠埃希菌O157∶H7、89株志贺菌和9株沙门菌）的CRISPR1和CRISPR2,并将PCR产物测序;提取CRISPR database数据库中（标准法）100株肠道细菌（47株非O157∶H7大肠埃希菌、5株大肠埃希菌O157∶H7、9株志贺菌和39株沙门菌）的CRISPR1和CRISPR2序列。使用CRISPR Finder在线软件分析PCR产物测序序列和CRISPR database数据库的CRISPR序列。Clustal X软件进行间隔序列比对。比较标准法和PCR扩增CRISPR两种方法检测大肠埃希菌O157∶H7的一致性。结果共分析543株肠道细菌,其中75.6%的非O157∶H7大肠埃希菌、75.5%志贺菌、91.7%沙门菌和95%O157∶H7大肠埃希菌含有CRISPR1,其间隔序列数目为3～26、2～9、2～32、3。57.1%的非O157∶H7大肠埃希菌、77.6%志贺菌、85.4%沙门菌和100%O157∶H7大肠埃希菌含有CRISPR2,其间隔序列数目为1～20、1～6、2～27、1或4个。95%的O157∶H7大肠埃希菌的CRISPR1和90%CRISPR2分别含有3条独特间隔序列（S1-1,S1-2,S1-3）和1条独特间隔序列（S2-1）。间隔序列比对结果显示,S1-1＋S1-2＋S1-3和S2-1检测O157∶H7大肠埃希菌的特异性分别是100%和99.6%。标准法检测和PCR扩增CRISPR1和CRISPR2检测大肠埃希菌O157∶H7的一致性分别达99.6%和99.3%。基于CRISPR检测大肠埃希菌O157∶H7在模拟样品中的应用,结果显示在原样品大肠埃希菌O157∶H7浓度约2.3CFU/mL时,经12h增菌后即能检测出来。大肠埃希菌O157∶H7聚类分析显示,40株O157∶H7大肠埃希菌可分为3类。结论基于CRISPR的大肠埃希菌O157∶H7的检测方法,可以作为监测大肠埃希菌O157∶H7感染和高毒株大肠埃希菌O157∶H7有价值的流行病学工具。
关键词
大肠埃希菌O157∶H7
成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)
聚合酶链反应
检测
Keywords
Escherichia coli O157∶H7
clustered regularly interspaced short palindromic repeat（CRISPR）
PCR
detection
分类号
R37 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
霍乱弧菌O139和ElTor菌株毒力岛区域分子特征比较
被引量：
1
2
作者
王颖芳
段广才
谢婧
郗园林
范清堂
机构
河南科技大学预防医学教研室
郑州
大学
公共卫生学院
河南
省分子
医学
重点学科开放实验室
出处
《郑州大学学报（医学版）》
CAS
北大核心
2007年第6期1123-1125,共3页
文摘
目的:比较O139霍乱弧菌(VCO139)菌株MO45基因组与O1群ElTor霍乱弧菌(EVC)菌株N16961基因组中毒力岛(VPI)区域分子特征。方法:制备霍乱弧菌VPI上游VC0815基因探针。从VCO139菌株MO45基因组文库中筛选一个既含有VC0815基因又含有tcpA基因的克隆,命名为pCOSVC081545,绘制pCOSVC081545VPI上游片段的限制性酶切图谱,并与N16961同段序列的限制性酶切图谱进行比较。结果与结论:pCOSVC081545和N16961中VPI上游约1500bp片段的限制性酶切图谱基本相同,支持O139霍乱弧菌是EVC O抗原突变而来的观点。
关键词
霍乱弧菌
毒力岛
基因
限制性酶切图谱
Keywords
Vibrio cholerae
pathogenicity island
gene
restriction map
分类号
R378.3 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于CRISPR对大肠埃希菌O157∶H7的检测
梁文娟
张荣光
段广才
王颖芳
洪丽娟
张冰
王鹏飞
郗园林
杨海燕
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2016
5
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
霍乱弧菌O139和ElTor菌株毒力岛区域分子特征比较
王颖芳
段广才
谢婧
郗园林
范清堂
《郑州大学学报（医学版）》
CAS
北大核心
2007
1
在线阅读
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职称材料
已选择
0
条
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引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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