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河南省2021年境外输入SARS-CoV-2全基因组测序分析
被引量：
1
1
作者
毋碧聪
宋云
+14 位作者
卢世栋
胡晓
朱琳
范威
李懿
张白帆
李东晓
卫海燕
李金月
潘静静
许玉玲
叶莹
黄学勇
郭万申
马红霞
《郑州大学学报（医学版）》
CAS
北大核心
2023年第5期623-627,共5页
目的:分析河南省2021年境外输入新型冠状病毒SARS-CoV-2的全基因组特征和变异情况。方法:收集河南省2021年85份境外输入SARS-CoV-2阳性标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合二代测序技术进行全基因组测序,应用CLC Genomics Workbench...
目的:分析河南省2021年境外输入新型冠状病毒SARS-CoV-2的全基因组特征和变异情况。方法:收集河南省2021年85份境外输入SARS-CoV-2阳性标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合二代测序技术进行全基因组测序,应用CLC Genomics Workbench 20软件进行变异分析,应用进化分析在线平台,采用邻近法构建系统发育进化树。结果:共获得85株病毒,其中非关切变异株(VOC)、Alpha、Beta、Delta和Omicron变异株占比分别为4.71%、10.59%、2.35%、76.47%和5.88%,未发现Gamma变异株输入。非VOC、Alpha、Beta、Delta和Omicron病毒株累计核苷酸突变数和氨基酸突变数分别为59、77、36、288、72个和40、46、20、171、50个。85株均存在C241T、C3037T、C14408T、A23403G核苷酸突变和P4715L、D614G氨基酸突变。系统发育树显示,85株具有基因型多样性,各VOC型病毒株序列形成不同的进化分支,Delta病毒株可形成多种类型的亚分支,且入境来源具有明显的地域性。结论:2021年河南省境外输入的SARS-CoV-2以Delta病毒株为主,基因组突变呈现随机性和多样性。
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关键词
新型冠状病毒
基因组序列分析
河南省
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职称材料
题名
河南省2021年境外输入SARS-CoV-2全基因组测序分析
被引量：
1
1
作者
毋碧聪
宋云
卢世栋
胡晓
朱琳
范威
李懿
张白帆
李东晓
卫海燕
李金月
潘静静
许玉玲
叶莹
黄学勇
郭万申
马红霞
机构
河南省疾病预防控制中心传染病预防控制所河南省传染病病原生物重点实验室
出处
《郑州大学学报（医学版）》
CAS
北大核心
2023年第5期623-627,共5页
基金
河南省省部共建重大专项(SBGJ202001003)
河南省科技厅和财政厅联合项目(201100310800)
+3 种基金
河南省中青年卫生健康科技创新领军人才培养项目(YXKC2020006)
河南省科技厅河南省疫情防控应急科研攻关项目(221111311300)
河南省中青年卫生健康科技创新人才培养项目(2021-KY-002-02)
河南省疾病预防控制中心科研基金项目(01030455)。
文摘
目的:分析河南省2021年境外输入新型冠状病毒SARS-CoV-2的全基因组特征和变异情况。方法:收集河南省2021年85份境外输入SARS-CoV-2阳性标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合二代测序技术进行全基因组测序,应用CLC Genomics Workbench 20软件进行变异分析,应用进化分析在线平台,采用邻近法构建系统发育进化树。结果:共获得85株病毒,其中非关切变异株(VOC)、Alpha、Beta、Delta和Omicron变异株占比分别为4.71%、10.59%、2.35%、76.47%和5.88%,未发现Gamma变异株输入。非VOC、Alpha、Beta、Delta和Omicron病毒株累计核苷酸突变数和氨基酸突变数分别为59、77、36、288、72个和40、46、20、171、50个。85株均存在C241T、C3037T、C14408T、A23403G核苷酸突变和P4715L、D614G氨基酸突变。系统发育树显示,85株具有基因型多样性,各VOC型病毒株序列形成不同的进化分支,Delta病毒株可形成多种类型的亚分支,且入境来源具有明显的地域性。结论:2021年河南省境外输入的SARS-CoV-2以Delta病毒株为主,基因组突变呈现随机性和多样性。
关键词
新型冠状病毒
基因组序列分析
河南省
Keywords
SARS-CoV-2
genome sequence alignment
Henan Province
分类号
R183.3 [医药卫生—流行病学]
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作者
出处
发文年
被引量
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1
河南省2021年境外输入SARS-CoV-2全基因组测序分析
毋碧聪
宋云
卢世栋
胡晓
朱琳
范威
李懿
张白帆
李东晓
卫海燕
李金月
潘静静
许玉玲
叶莹
黄学勇
郭万申
马红霞
《郑州大学学报（医学版）》
CAS
北大核心
2023
1
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