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淇河鲫Runx2b基因克隆、序列分析及时空表达
1
作者
闪金研
连凯琪
+5 位作者
马峻
刘玉玲
聂竹兰
李斌顺
彭仁海
魏杰
《中国畜牧兽医》
北大核心
2025年第6期2717-2728,共12页
【目的】成骨分化特异转录因子2b(Runx2b)基因在调节鱼类骨骼发育方面具有重要作用。本研究旨在探究淇河鲫(Qihe crucian carp,Carassius auratus)Runx2b基因的特征和表达情况。【方法】参考银鲫Runx2b基因序列(GeneBank登录号:NC_06841...
【目的】成骨分化特异转录因子2b(Runx2b)基因在调节鱼类骨骼发育方面具有重要作用。本研究旨在探究淇河鲫(Qihe crucian carp,Carassius auratus)Runx2b基因的特征和表达情况。【方法】参考银鲫Runx2b基因序列(GeneBank登录号:NC_068415.1)结合本地基因组数据进行BLAST比对设计引物,通过PCR分段克隆Runx2b基因,并分别通过DNAStar和Mega 11.0软件进行序列相似性比对及系统发育树构建。通过ORF finder和ProtParam等在线网站进行生物信息学分析。利用实时荧光定量PCR技术检测Runx2b基因在淇河鲫不同发育时期和不同组织中的表达水平。【结果】测序拼接比对后得到Runx2b-A和Runx2b-B基因,其CDS区均为1 392 bp,编码463个氨基酸。两基因的CDS序列相似性为95.33%,Runx2b-A和Runx2b-B氨基酸序列均与银鲫对应的氨基酸序列相似性最高,分别为98.0%和99.1%。系统进化树分析显示,淇河鲫与银鲫亲缘关系最近。生物信息学分析表明,两个Runx2b蛋白分子式分别为C_(2206)H_(3409)N_(637)O_(685)S_(18)和C_(2196)H_(3395)N_(633)O_(695)S_(16),均属于亲水性不稳定蛋白,且蛋白质结构主要以无规则卷曲为主,两个蛋白质序列中都存在Runx家族蛋白特征性的Runt-dom和RunxⅠ保守结构域。实时荧光定量PCR检测结果表明,Runx2b-A和Runx2b-B基因在淇河鲫整个肌间刺发育阶段整体表达趋势较为一致,肌间刺发育前期(1~5 dph)表达量较高,在肌间刺开始发育后(5~13 dph)表达量逐渐降低,在后期表达量出现上升趋势,尤其在肌间刺发育晚期(25~45 dph)仍有较高的表达量;Runx2b-A和Runx2b-B基因在淇河鲫脑、肝脏、背部肌肉、尾部肌肉等9个组织中均有表达,二者均在脑和肝脏中表达量较高,且显著高于其他组织(P<0.05),二者在尾部肌肉中的相对表达量均显著高于背部(P<0.05),但在不同组织中呈现差异表达,具有不同的表达水平。【结论】本研究成功克隆获得两条淇河鲫同源基因Runx2b-A和Runx2b-B的CDS序列,二者氨基酸序列与鲤科鱼类的相似较高,蛋白质序列中存在Runx家族蛋白特征性的Runt-dom和RunxⅠ保守结构域。淇河鲫两个Runx2b基因表达具有广泛的组织分布,但在不同组织中呈现差异表达,具有不同的表达模式;在不同发育时期整体表达趋势较为一致,在肌间刺发育晚期仍有较高的表达量,可为后续深入研究肌间刺发育机制和创制无肌间刺淇河鲫奠定基础。
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关键词
淇河鲫
Runx2b基因
克隆
序列分析
时空表达
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职称材料
淇河鲫bmp6基因的克隆及表达特性分析
2
作者
马峻
连凯琪
+5 位作者
闪金研
刘玉玲
李晓龙
赵黎明
李学军
彭仁海
《华北农学报》
北大核心
2025年第2期218-229,共12页
骨形态发生蛋白6(bmp6)基因对鱼类肌间刺的形成发育具有重要的调控作用。为探究淇河鲫bmp6基因的序列特征和表达特性,通过克隆获得淇河鲫bmp6基因的编码序列(CDS),并进行生物信息学分析;通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测,分析bmp6基因...
骨形态发生蛋白6(bmp6)基因对鱼类肌间刺的形成发育具有重要的调控作用。为探究淇河鲫bmp6基因的序列特征和表达特性,通过克隆获得淇河鲫bmp6基因的编码序列(CDS),并进行生物信息学分析;通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测,分析bmp6基因在淇河鲫不同组织和发育时期的表达差异。结果显示,淇河鲫bmp6基因由两部分同源基因各3个等位基因组成,分别是bmp6a-1、bmp6a-2、bmp6a-3和bmp6b-1、bmp6b-2、bmp6b-3,其CDS序列全长分别为1245,1257 bp,编码414,418个氨基酸。bmp6a和bmp6b均是含有一个信号肽序列且无跨膜结构的不稳定疏水性分泌蛋白,bmp6a主要分布在线粒体、细胞核和细胞质中,而bmp6b主要分布在细胞核与线粒体上。bmp6a和bmp6b二级结构都以无规则卷曲为主,与三级结构预测的结果一致,且都具有1个TGF-β-rel家族保守结构域。氨基酸序列同源性分析表明,淇河鲫bmp6a氨基酸序列与团头鲂bmp6具有较高的相似性,与哺乳动物的相似性较低,而淇河鲫bmp6b氨基酸序列与鲫鱼和银鲫的bmp6b具有较高的相似性。系统发育树分析显示,淇河鲫bmp6a与鲤鱼bmp6a聚于同一进化支,而淇河鲫bmp6b与鲫鱼和银鲫bmp6b聚于同一进化支。qRT-PCR检测结果表明,bmp6a和bmp6b基因在淇河鲫的脑、肌肉、鳃、脾脏、肠、性腺、肝脏和肾脏组织中均有表达,但在肝脏、鳃组织和肾脏中表达量较高;二者在淇河鲫幼鱼不同发育时期具有相似的表达模式,在肌间刺骨化前,bmp6a和bmp6b的表达量最高,之后随着肌间刺的发育形成,bmp6a和bmp6b的表达量降低。综上,通过克隆获得淇河鲫bmp6基因CDS序列,并进行生物信息学分析和qRT-PCR检测,为进一步创制淇河鲫无肌间刺新品系提供了参考依据。
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关键词
淇河鲫
骨形态发生蛋白6(bmp6)
基因克隆
序列分析
基因表达
在线阅读
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职称材料
题名
淇河鲫Runx2b基因克隆、序列分析及时空表达
1
作者
闪金研
连凯琪
马峻
刘玉玲
聂竹兰
李斌顺
彭仁海
魏杰
机构
塔里木大学生命
科学
与技术学院
安阳工学院
生物
与食品工程学院
河南省海河流域水生生物多样性野外科学观测研究站
河南
师范大学水产学院
林州市水产技术推广站
出处
《中国畜牧兽医》
北大核心
2025年第6期2717-2728,共12页
基金
国家重点研发计划(2023YFD2400300)
河南省科技攻关项目(242102110065)
安阳市科技攻关项目(2023C01NY013)。
文摘
【目的】成骨分化特异转录因子2b(Runx2b)基因在调节鱼类骨骼发育方面具有重要作用。本研究旨在探究淇河鲫(Qihe crucian carp,Carassius auratus)Runx2b基因的特征和表达情况。【方法】参考银鲫Runx2b基因序列(GeneBank登录号:NC_068415.1)结合本地基因组数据进行BLAST比对设计引物,通过PCR分段克隆Runx2b基因,并分别通过DNAStar和Mega 11.0软件进行序列相似性比对及系统发育树构建。通过ORF finder和ProtParam等在线网站进行生物信息学分析。利用实时荧光定量PCR技术检测Runx2b基因在淇河鲫不同发育时期和不同组织中的表达水平。【结果】测序拼接比对后得到Runx2b-A和Runx2b-B基因,其CDS区均为1 392 bp,编码463个氨基酸。两基因的CDS序列相似性为95.33%,Runx2b-A和Runx2b-B氨基酸序列均与银鲫对应的氨基酸序列相似性最高,分别为98.0%和99.1%。系统进化树分析显示,淇河鲫与银鲫亲缘关系最近。生物信息学分析表明,两个Runx2b蛋白分子式分别为C_(2206)H_(3409)N_(637)O_(685)S_(18)和C_(2196)H_(3395)N_(633)O_(695)S_(16),均属于亲水性不稳定蛋白,且蛋白质结构主要以无规则卷曲为主,两个蛋白质序列中都存在Runx家族蛋白特征性的Runt-dom和RunxⅠ保守结构域。实时荧光定量PCR检测结果表明,Runx2b-A和Runx2b-B基因在淇河鲫整个肌间刺发育阶段整体表达趋势较为一致,肌间刺发育前期(1~5 dph)表达量较高,在肌间刺开始发育后(5~13 dph)表达量逐渐降低,在后期表达量出现上升趋势,尤其在肌间刺发育晚期(25~45 dph)仍有较高的表达量;Runx2b-A和Runx2b-B基因在淇河鲫脑、肝脏、背部肌肉、尾部肌肉等9个组织中均有表达,二者均在脑和肝脏中表达量较高,且显著高于其他组织(P<0.05),二者在尾部肌肉中的相对表达量均显著高于背部(P<0.05),但在不同组织中呈现差异表达,具有不同的表达水平。【结论】本研究成功克隆获得两条淇河鲫同源基因Runx2b-A和Runx2b-B的CDS序列,二者氨基酸序列与鲤科鱼类的相似较高,蛋白质序列中存在Runx家族蛋白特征性的Runt-dom和RunxⅠ保守结构域。淇河鲫两个Runx2b基因表达具有广泛的组织分布,但在不同组织中呈现差异表达,具有不同的表达模式;在不同发育时期整体表达趋势较为一致,在肌间刺发育晚期仍有较高的表达量,可为后续深入研究肌间刺发育机制和创制无肌间刺淇河鲫奠定基础。
关键词
淇河鲫
Runx2b基因
克隆
序列分析
时空表达
Keywords
Qihe crucian carp
Runx2b gene
cloning
sequence analysis
spationtemporal expression
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
淇河鲫bmp6基因的克隆及表达特性分析
2
作者
马峻
连凯琪
闪金研
刘玉玲
李晓龙
赵黎明
李学军
彭仁海
机构
安阳工学院
生物
与食品工程学院
河南
师范大学水产学院
河南省海河流域水生生物多样性野外科学观测研究站
河南省
水产技术推广站
出处
《华北农学报》
北大核心
2025年第2期218-229,共12页
基金
国家重点研发计划项目(2023YFD2400300)
河南省科技攻关项目(242102110065)
+1 种基金
河南省大宗淡水鱼产业技术体系(HARS-22-16-G1)
安阳市科技攻关项目(2023C01NY013)。
文摘
骨形态发生蛋白6(bmp6)基因对鱼类肌间刺的形成发育具有重要的调控作用。为探究淇河鲫bmp6基因的序列特征和表达特性,通过克隆获得淇河鲫bmp6基因的编码序列(CDS),并进行生物信息学分析;通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测,分析bmp6基因在淇河鲫不同组织和发育时期的表达差异。结果显示,淇河鲫bmp6基因由两部分同源基因各3个等位基因组成,分别是bmp6a-1、bmp6a-2、bmp6a-3和bmp6b-1、bmp6b-2、bmp6b-3,其CDS序列全长分别为1245,1257 bp,编码414,418个氨基酸。bmp6a和bmp6b均是含有一个信号肽序列且无跨膜结构的不稳定疏水性分泌蛋白,bmp6a主要分布在线粒体、细胞核和细胞质中,而bmp6b主要分布在细胞核与线粒体上。bmp6a和bmp6b二级结构都以无规则卷曲为主,与三级结构预测的结果一致,且都具有1个TGF-β-rel家族保守结构域。氨基酸序列同源性分析表明,淇河鲫bmp6a氨基酸序列与团头鲂bmp6具有较高的相似性,与哺乳动物的相似性较低,而淇河鲫bmp6b氨基酸序列与鲫鱼和银鲫的bmp6b具有较高的相似性。系统发育树分析显示,淇河鲫bmp6a与鲤鱼bmp6a聚于同一进化支,而淇河鲫bmp6b与鲫鱼和银鲫bmp6b聚于同一进化支。qRT-PCR检测结果表明,bmp6a和bmp6b基因在淇河鲫的脑、肌肉、鳃、脾脏、肠、性腺、肝脏和肾脏组织中均有表达,但在肝脏、鳃组织和肾脏中表达量较高;二者在淇河鲫幼鱼不同发育时期具有相似的表达模式,在肌间刺骨化前,bmp6a和bmp6b的表达量最高,之后随着肌间刺的发育形成,bmp6a和bmp6b的表达量降低。综上,通过克隆获得淇河鲫bmp6基因CDS序列,并进行生物信息学分析和qRT-PCR检测,为进一步创制淇河鲫无肌间刺新品系提供了参考依据。
关键词
淇河鲫
骨形态发生蛋白6(bmp6)
基因克隆
序列分析
基因表达
Keywords
Carassius auratus var.Qihe
Bone morphogenetic protein 6(bmp6)
Gene cloning
Sequence analysis
Gene expression
分类号
S965.117 [农业科学—水产养殖]
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淇河鲫Runx2b基因克隆、序列分析及时空表达
闪金研
连凯琪
马峻
刘玉玲
聂竹兰
李斌顺
彭仁海
魏杰
《中国畜牧兽医》
北大核心
2025
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2
淇河鲫bmp6基因的克隆及表达特性分析
马峻
连凯琪
闪金研
刘玉玲
李晓龙
赵黎明
李学军
彭仁海
《华北农学报》
北大核心
2025
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