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WW结构域E3泛素连接酶1调控卵巢癌肿瘤微环境中的免疫浸润
1
作者 郭晓娟 杜瑞娟 +4 位作者 陈丽平 郭克磊 周彪 卞华 韩立 《南方医科大学学报》 北大核心 2025年第5期1063-1073,共11页
目的探讨WW结构域E3泛素连接酶1(WWP1)表达与卵巢癌肿瘤微环境(TME)免疫浸润调控的关系。方法从TCGA获取卵巢癌患者数据,以中位值为截断值分为WWP1高表达和低表达组。生物信息学方法分析WWP1表达与卵巢癌预后关系;TISCH2比较WWP1在卵巢... 目的探讨WW结构域E3泛素连接酶1(WWP1)表达与卵巢癌肿瘤微环境(TME)免疫浸润调控的关系。方法从TCGA获取卵巢癌患者数据,以中位值为截断值分为WWP1高表达和低表达组。生物信息学方法分析WWP1表达与卵巢癌预后关系;TISCH2比较WWP1在卵巢癌转移和化疗后TME不同免疫细胞亚型的差异;TIMER分析WWP1表达对TME免疫细胞浸润和体细胞拷贝数变异的影响;TIGER分析WWP1表达与卵巢癌不同免疫细胞亚型演化的关系;深度学习模型分析TCGA病理染色图像,确定WWP1对卵巢癌患者TME的影响;WWP1高表达前后的SKOV3细胞进行转录组测序,比较差异基因并进行免疫浸润验证分析;在SKOV3和SKOV3/DDP裸鼠肿瘤组织中采用多色免疫荧光比较分析免疫标志物差异。结果WWP1高表达卵巢癌患者的整体生存率低于WWP1低表达患者(P=0.0012)。高表达WWP1、Stage IV等与卵巢癌不良预后相关(P<0.05)。卵巢癌转移或化疗后,TME中恶性肿瘤细胞、肿瘤相关成纤维细胞比例明显升高,WWP1表达比例亦明显增高(P<0.05)。WWP1表达与TME中促肿瘤免疫抑制性细胞正相关(r=0.1323~0.3955,P<0.05),与抑制肿瘤的免疫浸润细胞负相关(r=-0.1949~-0.1333,P<0.05)。CD8^(+)T细胞浸润水平与WWP1的深度缺失和染色体水平缺失有关,中性粒细胞浸润水平与WWP1高度扩增有关(P<0.05)。随着WWP1表达升高,TME中CD8^(+)、NK T细胞比例逐渐减少,髓样细胞和B细胞逐渐演化为不同细胞亚型。TCGA患者病理标本HE染色、高表达WWP1的SKOV3细胞转录组测序和裸鼠肿瘤组织多色免疫荧光分析确认了与生信分析相似的TME免疫细胞浸润结果。结论WWP1可能是卵巢癌的一个预后预测因子和潜在的TME免疫调控靶点。 展开更多
关键词 卵巢癌 WW结构域E3泛素连接酶1 免疫浸润 肿瘤微环境
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基于系统性硬化症溶酶体相关基因的人工神经网络模型的构建及实验验证
2
作者 左志威 卞博 +5 位作者 崔家康 耿玉鑫 王一晨 郭克磊 孟庆良 卞华 《海南医科大学学报》 北大核心 2025年第2期109-117,共9页
目的:建立基于GEO数据库硬皮病溶酶体相关基因的随机森林和人工神经网络(artificial neural network,ANN)联合诊断模型并评价其效果。方法:通过GEO数据库获取4份硬皮病芯片,从AmiGO2数据库中获取875个溶酶体相关基因。其中GSE95065及GSE... 目的:建立基于GEO数据库硬皮病溶酶体相关基因的随机森林和人工神经网络(artificial neural network,ANN)联合诊断模型并评价其效果。方法:通过GEO数据库获取4份硬皮病芯片,从AmiGO2数据库中获取875个溶酶体相关基因。其中GSE95065及GSE76807合并作为实验组数据集,使用随机森林算法筛选硬皮病溶酶体相关特征基因,并用特征基因构建人工神经网络模型,用10折交叉验证模型准确性。再用验证数据集GSE32413与GSE59787对模型进一步验证,利用ROC曲线下面积值评估模型准确性。最后用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)进行实验验证。结果:共获取差异基因46个,其中上调基因16个,下调基因30个。进一步通过随机森林筛选得到最相关的6个特征基因(LYN、TNFAIP3、RNF128、MCOLN3、ANKFY1、PLD3),并构建ANN诊断模型。使用该模型绘制了实验组和验证组诊断的ROC曲线,AUC值为0.999。10折交叉验证AUC平均值大于0.980。验证组AUC为0.740和0.732。RT-qPCR结果表明与对照组相比,硬皮病中LYN(P=0.004)、TNFAIP3(P=0.0001)表达量明显上调,而RNF128(P=0.0002)、MCOLN3(P=0.001)、ANKFY1(P=0.02)、PLD3(P<0.0001)表达量在硬皮病组中明显下调。与机器学习算法结果相一致。结论:构建了硬皮病溶酶体相关特征基因的ANN诊断模型,为探索硬皮病发病机制提供了一个新视角。 展开更多
关键词 系统性硬化症 溶酶体 人工神经网络 随机森林 诊断模型
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基于人工神经网络模型分析硬皮病关键基因和免疫浸润机制及靶向中药预测
3
作者 左志威 杨梦蝶 +3 位作者 尚炳锃 刘畅 郭克磊 卞华 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2024年第8期2055-2068,共14页
目的建立基于基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)硬皮病相关基因的机器学习和人工神经网络(Artificial neural network,ANN)联合诊断模型并评价其效果及预测和分析靶向中药。方法通过GEO数据库获取两份硬皮病芯片GSE23741... 目的建立基于基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)硬皮病相关基因的机器学习和人工神经网络(Artificial neural network,ANN)联合诊断模型并评价其效果及预测和分析靶向中药。方法通过GEO数据库获取两份硬皮病芯片GSE23741与GSE95065合并作为训练组数据集,使用随机森林和lasso回归算法筛选硬皮病关键基因并构建用于诊断硬皮病的ANN模型。使用验证数据集GSE76807、GSE32413和GSE59785对模型进行验证,通过曲线下面积(Area under the curve,AUC)分析评价ANN模型的临床应用价值。用实时荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR,RT-qPCR)验证关键基因mRNA相对表达量。利用CIBERSORT算法预估硬皮病与筛选出的潜在生物标志物的生物信息学关联。最后用关键基因进行靶向中药筛选。结果共获取差异基因167个。进一步通过机器学习筛选得到5个关键基因(SERPINE2、SFRP4、SUGCT、FBLN5、NRXN2),并构建了ANN诊断模型。使用该模型绘制了训练组和验证组诊断的受试者操作特征(Receiver operating characteristic,ROC)曲线,训练组AUC值为1.000。验证组AUC为0.770、0.795及0.872。RT-qPCR验证结果与机器学习算法相一致。免疫细胞浸润分析显示硬皮病组记忆CD4+T细胞激活相对含量明显增加,而正常组γδT细胞的相对含量明显增加。关键基因与巨噬细胞M1、T细胞、记忆激活CD4+T细胞、静息肥大细胞、CD8+T细胞等相关。根据关键基因筛选出12味中药,其四气五味多属温、寒、平,甘、辛、苦,多归肝、脾、肺经,功效多为补虚祛风湿药。结论构建了硬皮病关键基因的人工神经网络诊断模型,可用于临床诊断硬皮病,并预测出了潜在治疗硬皮病的靶向中药,为探索其发病机制和治疗方向提供了一个新视角。 展开更多
关键词 硬皮病 人工神经网络 免疫细胞浸润 机器学习 中药预测
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益气养阴化浊通络方通过调控miR-21a-5p/FoxO1/PINK1介导 的线粒体自噬减轻糖尿病肾病小鼠的足细胞损伤 被引量：1
4
作者 郭克磊 李颖利 +6 位作者 宣晨光 侯紫君 叶松山 李林运 陈丽平 韩立 卞华 《南方医科大学学报》 北大核心 2025年第1期27-34,共8页
目的探讨益气养阴化浊通络方(YYHT)对高糖诱导小鼠肾足细胞(MPC5)损伤的保护作用及潜在机制。方法大鼠分别灌胃19、38、76 g/kg YYHT及生理盐水1周制备低、中、高浓度含药血清和空白血清。体外培养MPC5,分为对照组(5.5 mmol/L D-葡萄糖+... 目的探讨益气养阴化浊通络方(YYHT)对高糖诱导小鼠肾足细胞(MPC5)损伤的保护作用及潜在机制。方法大鼠分别灌胃19、38、76 g/kg YYHT及生理盐水1周制备低、中、高浓度含药血清和空白血清。体外培养MPC5,分为对照组(5.5 mmol/L D-葡萄糖+miR-21a-5p-inhibitor-NC+空白血清)、模型组(30 mmol/L D-葡萄糖+miR-21a-5p-inhibitor-NC+空白血清)、YYHT-L(30 mmol/L D-葡萄糖+miR-21a-5p-inhibitor-NC+低浓度含药血清)、YYHT-M(30 mmol/L D-葡萄糖+miR-21a-5p-inhibitor-NC+中浓度含药血清)、YYHT-H(30 mmol/L D-葡萄糖+NC+高浓度含药血清)、miR-21a-5p抑制剂组(30 mmol/L D-葡萄糖+miR-21a-5pinhibitor+空白血清)。qRT-PCR检测miR-21a-5p表达及FoxO1、PINK1、Parkin的mRNA表达,Western blotting检测足细胞标志蛋白(Nephrin、Podocin)及FoxO1、PINK1、Parkin蛋白表达,MDC染色检测自噬荧光。将MPC5分为阴性对照组(30 mmol/L D-葡萄糖+miR-21a-5p-NC+空白血清)、miR-21a-5p-mimic组(30 mmol/L D-葡萄糖+miR-21a-5p-mimic+空白血清)、YYHT-L(30 mmol/L D-葡萄糖+miR-21a-5p-mimic+低浓度含药血清)、YYHT-M(30 mmol/L D-葡萄糖+miR-21a-5pmimic+中浓度含药血清)、YYHT-H(30 mmol/L D-葡萄糖+miR-21a-5p-mimic+高浓度含药血清),荧光素酶报告基因实验检测miR-21a-5p/FoxO1转录调控,RIP检测miR-21a-5p与靶基因FoxO1结合。结果与对照组相比,模型组miR-21a-5p表达升高(P<0.05),FoxO1、PINK1、Parkin mRNA表达降低(P<0.05),FoxO1、PINK1、Parkin、Nephrin、Podocin蛋白表达及自噬荧光降低(P<0.05);与模型组相比,不同剂量YYHT含药血清及miR-21a-5p-inhibitor促进Nephrin及Podocin蛋白表达(P<0.05),抑制miR-21a-5p表达(P<0.05),增强FoxO1、PINK1、Parkin的mRNA和蛋白表达及自噬荧光(P<0.05)。与miR-21a-5p-NC组相比,miR-21a-5p-mimic组抑制FoxO1转录(P<0.05),促进miR-21a-5p与FoxO1的结合(P<0.05);与miR-21a-5p组相比,YYHT含药血清组促进FoxO1转录(P<0.05),抑制miR-21a-5p与FoxO1的结合(P<0.05)。结论益气养阴化浊通络方可能通过调节miR-21a-5p/FoxO1/PINK1介导的线粒体自噬,减轻高糖诱导的小鼠肾足细胞损伤。 展开更多
关键词 糖尿病肾病 益气养阴化浊通络方 线粒体自噬 足细胞损伤 miR-21a-5p/FoxO1/PINK1
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基于IL-17A/TNF-a信号通路的桔梗汤有效部位群干预COPD模型大鼠的实验研究 被引量：16
5
作者 张超云 李宏艺 +2 位作者 郝鹏飞 高丽 张仲鸣 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2021年第6期1951-1957,共7页
目的研究桔梗汤不同部位基于IL-17A/TNF-a信号通路对COPD模型大鼠的影响,初步筛选桔梗汤治疗COPD的有效部位。方法建立COPD大鼠模型,将40只SD大鼠分为生理盐水组、模型组、桔梗汤总皂苷组、桔梗汤总多糖组和桔梗汤总黄酮组,经过28天的... 目的研究桔梗汤不同部位基于IL-17A/TNF-a信号通路对COPD模型大鼠的影响,初步筛选桔梗汤治疗COPD的有效部位。方法建立COPD大鼠模型,将40只SD大鼠分为生理盐水组、模型组、桔梗汤总皂苷组、桔梗汤总多糖组和桔梗汤总黄酮组,经过28天的治疗后,观察分析大鼠一般情况及体重变化、大鼠肺组织病理学改变及气管壁厚度变化、大鼠血清中IL-17A、TNF-a、IFN-α和IFN-β的表达。结果桔梗汤总皂苷和总黄酮对大鼠体重变化、大鼠气管壁厚度变化、大鼠血清中IL-17A、TNF-a、IFN-α和IFN-β的表达和模型组比较有显著性差异(P<0.05),桔梗汤总多糖对上述指标和模型组比较无显著性差异(P>0.05)。结论桔梗汤总皂苷和总黄酮可通过IL-17A/TNF-a信号通路显著改善COPD大鼠肺功能,并初步确定桔梗汤防治COPD的有效部位为总皂苷和总黄酮。 展开更多
关键词 桔梗汤 慢性阻塞性肺炎 IL-17A因子 TNF-a因子 有效部位
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基于对NOD小鼠颌下腺RORγt、Foxp3及其mRNA调节探讨白芍总苷治疗干燥综合征的作用机制 被引量：6
6
作者 吴国琳 王庆 +3 位作者 卢雯雯 熊福林 高丽 卞华 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 2021年第3期462-467,共6页
为了探讨白芍总苷治疗干燥综合征的作用机制,本实验以BALB/c小鼠为正常对照组,将8周龄雌性NOD小鼠24只随机分为模型组、羟氯喹组、白芍总苷组、联合组,每组各6只,白芍总苷组每日灌胃白芍总苷稀释液0.4 mL,羟氯喹组每日灌胃羟氯喹稀释液0... 为了探讨白芍总苷治疗干燥综合征的作用机制,本实验以BALB/c小鼠为正常对照组,将8周龄雌性NOD小鼠24只随机分为模型组、羟氯喹组、白芍总苷组、联合组,每组各6只,白芍总苷组每日灌胃白芍总苷稀释液0.4 mL,羟氯喹组每日灌胃羟氯喹稀释液0.4 mL,联合组每日灌胃白芍总苷+羟氯喹稀释液0.4 mL,模型组和正常组灌胃等体积的生理盐水0.4 mL。8周后摘取颌下腺组织,观察各组小鼠颌下腺病理变化,并用RT-PCR法检测颌下腺组织RORγt mRNA、FoxP3 mRNA的表达。结果显示:小鼠颌下腺病理损害模型组明显较正常组严重,其他组经药物干预后得到不同程度的改善,且联合组明显优于羟氯喹组和白芍总苷组。模型组NOD小鼠颌下腺RORγt mRNA的表达明显高于正常组,而Foxp3 mRNA的表达明显低于正常组,各给药组颌下腺RORγt mRNA的表达高于模型组,且联合组的表达明显低于羟氯喹组和白芍总苷组。联合组颌下腺Foxp3 mRNA的表达低于模型组、羟氯喹组和白芍总苷组,且与模型组相比有显著性差异。研究表明白芍总苷能改善干燥综合征NOD小鼠颌下腺的病理损害,可能通过RORγt/FoxP3介导的Thl7/Treg之间的免疫平衡而起到治疗SS的作用。 展开更多
关键词 白芍总苷 干燥综合征 RORγt mRNA Foxp3 mRNA
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11批次白芷药材的HPLC和GC指纹图谱实验研究 被引量：7
7
作者 张超云 高丽 刘建勇 《科学技术与工程》 北大核心 2018年第3期195-199,共5页
建立白芷GC及HPLC指纹图谱,为白芷药材的质量评价提供参考。运用HPLC及GC法对白芷药材水提液及挥发油进行指纹图谱研究。HPLC采用Diamonsil C_(18)(250 mm×4.6 mm,5μm)色谱柱,A相:乙腈,B相:0.2%冰醋酸溶液(三乙胺调p H 5.0);柱温3... 建立白芷GC及HPLC指纹图谱,为白芷药材的质量评价提供参考。运用HPLC及GC法对白芷药材水提液及挥发油进行指纹图谱研究。HPLC采用Diamonsil C_(18)(250 mm×4.6 mm,5μm)色谱柱,A相:乙腈,B相:0.2%冰醋酸溶液(三乙胺调p H 5.0);柱温30℃,进样量10μL,波长245 nm;流速:1 m L/min。乙腈比例为0~35 min;10~25;35~55 min:25~58;55~70 min:58~80;70~75 min:80~100。GC采用HP—5毛细管气相色谱柱(30 m×0.25 mm×0.25μm)。采用程序升温模式,升温程序为55℃(10 min)以4℃/min的速度线性升温至250℃(8 min)。通过建立11批白芷药材HPLC及GC指纹图谱,对白芷药材的质量进行控制。HPLC实验各批次之间相似度0.9以上,GC实验中各批次之间相似度高于0.8,各批次相似度较佳。首次建立了11批白芷药材HPLC及GC指纹图谱分析方法;该法稳定可靠、重复性好,对白芷药材的质量控制提供了全面可靠的科学依据。 展开更多
关键词 白芷 高效液相 气相 指纹图谱 质量评价
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赛里木湖来源链霉菌Streptomyces sp.A5的次级代谢产物研究
8
作者 周彪 李英 +3 位作者 陈晴 余海谦 李超 卞华 《天然产物研究与开发》 北大核心 2025年第4期674-677,666,共5页
研究赛里木湖来源放线菌Streptomyces sp.A5的次级代谢产物。采用正相硅胶柱、Sephadex LH-20凝胶柱以及半制备高效液相色谱等分离方法,从该菌株的大米固体培养基发酵产物中分离得到5个化合物,通过NMR、MS等波谱方法鉴定为(±)-4′-... 研究赛里木湖来源放线菌Streptomyces sp.A5的次级代谢产物。采用正相硅胶柱、Sephadex LH-20凝胶柱以及半制备高效液相色谱等分离方法,从该菌株的大米固体培养基发酵产物中分离得到5个化合物,通过NMR、MS等波谱方法鉴定为(±)-4′-methoxydehydroaltenusin(1)、alternariol 4-methyl ether(2)、6,8-dihydroxy-3-methylisocoumarin(3)、吲哚-3-甲酸甲酯(4)、streptcytosine H(5)。其中,化合物1为新的脱氢阿霉素类化合物,并对分离得到的化合物进行抗菌活性筛选。结果表明,化合物1对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌以及白色念珠菌均呈现出中等的抑制活性,最小抑菌浓度(minimal inhibitory concentration,MIC)分别为12.5、6.25和6.25μg/mL,化合物2对这3种细菌表现出较弱抑制活性,其MIC均为25μg/mL。 展开更多
关键词 赛里木湖 链霉菌A5 化学成分 抗菌活性
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基于改进YOLOv3的中药饮片智能鉴别模型研究
9
作者 高爽 周志强 +1 位作者 钟思羽 黄显章 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2025年第2期364-374,共11页
目的针对中药饮片鉴别研究中的饮片漏检、误检、定位不精准、置信度低等问题,通过对小目标和重叠度高的目标具有良好检测效果的YOLOv3算法进行改进,提升中药饮片智能检测识别的准确率。方法采集常见的148种中药饮片图像,构建中药饮片RG... 目的针对中药饮片鉴别研究中的饮片漏检、误检、定位不精准、置信度低等问题,通过对小目标和重叠度高的目标具有良好检测效果的YOLOv3算法进行改进,提升中药饮片智能检测识别的准确率。方法采集常见的148种中药饮片图像,构建中药饮片RGB图像数据集。在原始YOLOv3算法模型基础上,通过K-means聚类算法选取合适的锚点框尺寸;引入CIoU损失函数进行边界框回归,提高边界框的定位精度、置信度等;将传统的非极大值抑制NMS改进为DIoUNMS,降低YOLOv3算法对重叠度高的密集目标的漏检、误检等问题。结果对148种中药饮片进行测试,改进后的算法实现了98.47%的平均检测精度均值,相比原始YOLOv3算法提升了1.83%;对密集、重叠度高等复杂情况下的饮片实现了更好的检测效果,饮片漏检、误检、定位不精准、置信度低等问题在一定程度上得到了相应的缓解。结论改进后的算法有效提升了中药饮片的识别精度和泛化能力,为中药饮片实现自动化智能检测提供新的参考。 展开更多
关键词 中药饮片 深度学习 YOLOv3 损失函数 非极大值抑制
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基于生物信息学探讨骨关节炎相关分子机制及免疫细胞浸润分析 被引量：2
10
作者 刘畅 卞华 许博 《中国医科大学学报》 CAS 北大核心 2023年第5期385-391,397,共8页
目的利用生物信息学技术探讨骨关节炎发病的相关分子机制。方法通过基因表达综合(GEO)数据库获取2份骨关节炎芯片(GSE51588、GSE98918)作为对照样品组,并筛选出骨关节炎与正常对照组的差异表达基因,对其行基因本体(GO)和疾病本体(DO)富... 目的利用生物信息学技术探讨骨关节炎发病的相关分子机制。方法通过基因表达综合(GEO)数据库获取2份骨关节炎芯片(GSE51588、GSE98918)作为对照样品组,并筛选出骨关节炎与正常对照组的差异表达基因,对其行基因本体(GO)和疾病本体(DO)富集分析。通过LASSO回归模型和SVM-RFE算法识别筛选生物标志物,在验证组GSE117999芯片中行受试者操作特征(ROC)曲线验证,再利用ROC曲线下面积值评估辨别能力。利用CIBERSORT算法预估骨关节炎与筛选出的生物标志物的生物信息学关联。结果共鉴定出骨关节炎差异基因96个,其中上调、下调基因分别为47、49个,GO和DO富集分析涉及多种信号通路、细胞组分、分子功能和疾病。LASSO回归算法和SVM-RFE算法筛选并经过验证组验证后得到的特征基因为CSN1S1、CXCL14、MTHFD2、NMNAT2、TLR7,且ROC曲线验证结果符合预期。免疫细胞浸润分析显示,正常对照组幼稚B细胞、单核细胞、激活的肥大细胞、中性粒细胞相对含量明显增加,而骨关节炎组幼稚CD4^(+)T细胞、滤泡辅助细胞、巨噬细胞M1、静息树突状细胞相对含量明显增加;特征基因与单核细胞、巨噬细胞M1、浆细胞、CD8^(+)T细胞、幼稚B细胞、调节性T细胞、静息肥大细胞等相关。结论基于免疫细胞浸润的模型可用于预测骨关节炎的发病机制,为骨关节炎治疗提供新靶点。 展开更多
关键词 骨关节炎 发病机制 免疫细胞浸润分析
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人参皂苷Rg3通过调控E2F1对人胃癌SGC-7901细胞生物行为学的影响 被引量：5
11
作者 王建新 王琳茜 +3 位作者 朱波 时沛 孙义长 韩立 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期853-858,共6页
目的探究人参皂苷Rg3通过调控E2F1对人胃癌SGC-7901细胞生物行为学的影响。方法MTT测定不同浓度人参皂苷Rg3(0、80、160、320μmol·L^(-1))对细胞增殖影响;流式细胞术测定不同浓度人参皂苷Rg3对细胞凋亡的影响;划痕愈合实验和Trans... 目的探究人参皂苷Rg3通过调控E2F1对人胃癌SGC-7901细胞生物行为学的影响。方法MTT测定不同浓度人参皂苷Rg3(0、80、160、320μmol·L^(-1))对细胞增殖影响;流式细胞术测定不同浓度人参皂苷Rg3对细胞凋亡的影响;划痕愈合实验和Transwell实验测定不同浓度人参皂苷Rg3对细胞迁移及侵袭的影响;Western blot测定不同浓度人参皂苷Rg3对E2F1、MMP-2、MMP-9、BCL-2、Bax表达的影响。结果80、160、320μmol·L^(-1)人参皂苷Rg3组细胞存活率与空白对照组比较明显降低,且呈浓度依赖性(P<0.05)。80、160、320μmol·L^(-1)人参皂苷Rg3组细胞凋亡率与空白对照组比较明显增加,且呈浓度依赖性(P<0.05)。80、160、320μmol·L^(-1)人参皂苷Rg3组细胞迁移数目与空白对照组比较明显降低,且呈浓度依赖性(P<0.05)。80、160、320μmol·L^(-1)人参皂苷Rg3组细胞侵袭数目与空白对照组比较明显降低,且呈浓度依赖性(P<0.05)。80、160、320μmol·L^(-1)人参皂苷Rg3组E2F1 mRNA与E2F1蛋白表达量相较空白对照组明显减少且,呈浓度依赖性(P<0.05)。80、160、320μmol·L^(-1)人参皂苷Rg3组细胞中MMP-2、MMP-9、BCL-2蛋白表达量与空白对照组比较明显降低,BCL-2与空白对照组比较明显升高,且呈浓度依赖性(P<0.05)。结论人参皂苷Rg3能降低胃癌SGC-7901细胞增殖能力,抑制细胞迁移及侵袭能力,同时还促进SGC-7901细胞凋亡,且具有浓度依赖性,其作用机制可能通过E2F1因子下调MMP-2、MMP-9、BCL-2表达,上调Bax表达有关。 展开更多
关键词 人参皂苷RG3 E2F1 胃癌 增殖 迁移和侵袭 凋亡
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基于重症支气管哮喘差异表达基因及其治疗中药筛选的生物信息学分析 被引量：1
12
作者 陈丽平 韩立 +1 位作者 卞华 庞立业 《吉林大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期411-421,共11页
目的:通过生物信息学方法探讨重症支气管哮喘[简称重症哮喘(SA)]的差异表达基因,分析其作用机制,并筛选潜在具有治疗作用的中药及活性成分。方法:在高通量基因表达(GEO)数据库中选取GSE136587和GSE158752数据集,利用R软件对数据集进行... 目的:通过生物信息学方法探讨重症支气管哮喘[简称重症哮喘(SA)]的差异表达基因,分析其作用机制,并筛选潜在具有治疗作用的中药及活性成分。方法:在高通量基因表达(GEO)数据库中选取GSE136587和GSE158752数据集,利用R软件对数据集进行差异分析获得差异表达基因,并进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析,筛选核心基因,寻找关键通路和枢纽基因。最后将核心基因提交至Coremine数据库筛选具有潜在治疗作用的中药,并通过《中华医典》检索相关中药方剂。结果:共筛选出466个差异表达基因。通过STRING平台构建PPI网络共筛选包括25 kDa突触关联蛋白(SNAP25)、谷氨酸离子型受体2(GRIA2)、轴突蛋白1(NRXN1)、钾电压门控通道亚家族A成员1(KCNA1)、突触囊泡蛋白1(SYT1)和嗜铬蛋白A(CHGA)等核心靶点25个。基因本体(GO)功能富集显示SA的生物学过程与细胞趋化性和白细胞迁移等有重要关系,京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集的通路主要涉及骨髓白细胞迁移、白细胞趋化性、细胞趋化性、白细胞迁移、对外部刺激反应的正向调节和骨髓白细胞活化等信号通路。采用网络药理学方法基于核心靶点筛选得到具有潜在治疗SA作用的中药367种,其中人参、水牛角、全蝎和黄芪等中药涉及多个核心靶点,与SA具有高度相关性,在《中华医典》中检索具有高度相关性的中药,共得到17个潜在具有治疗效果的中药方剂。结论:通过生物信息学筛选SA的潜在标志物和具有治疗作用的中药,为SA早期诊断和发病机制研究提供新的靶点,为其治疗的中药方剂研发提供思路。 展开更多
关键词 重症哮喘 差异表达基因 生物信息学 中药筛选
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基于无机元素指纹分析的桔梗产地溯源
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作者 张超云 费娜 +3 位作者 李孟芝 李丹霞 黄显章 李超 《中国无机分析化学》 CAS 北大核心 2024年第7期1006-1014,共9页
为比较四川梓潼(SCZT)、云南玉龙(YNYL)、安徽太和(AHTH)、湖北英山(HBYS)、河南桐柏(HNTB)无机元素含量差异,结合计量学方法,探讨桔梗产地溯源应用的可行性,为桔梗产地溯源提供新方法。利用电感耦合等离子体质谱法(ICP-MS)和电感耦合... 为比较四川梓潼(SCZT)、云南玉龙(YNYL)、安徽太和(AHTH)、湖北英山(HBYS)、河南桐柏(HNTB)无机元素含量差异,结合计量学方法,探讨桔梗产地溯源应用的可行性,为桔梗产地溯源提供新方法。利用电感耦合等离子体质谱法(ICP-MS)和电感耦合等离子体原子发射光谱法(ICP-AES)测定四川、云南、安徽、湖北、河南5个主产区共75份桔梗样品中K、P、Fe、Mn、B等37种元素的含量,通过主成分分析对5大产区桔梗进行聚类,运用KNN、Bayes、SVM-ga、BP-NN、LS-SVM、SVM-grid算法,建立桔梗产地溯源模型。结果表明:五大产区桔梗中无机元素含量差异显著(P<0.05),其中Sb、Sn、Ge、Nb、Ag 5种元素,在不同产区间差异最为明显;由主成分分析发现不同产地桔梗样品分布集中且相对独立,SVM-grid桔梗溯源模型能够100%将五大产区桔梗进行区分;Sb、Sn、Ge、Nb、Ag 5种元素含量分布具有明显的地域特征。以无机元素结合计量学方法可以对桔梗进行有效的产区判别,且准确率高,是产地溯源的有效方法。 展开更多
关键词 桔梗 无机元素 模式识别 产地溯源
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茯苓酸通过Nrf2/SLC7A11/GPX4信号通路调控铁死亡改善阿尔茨海默病大鼠认知障碍的研究 被引量：21
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作者 樊赟 窦润鹏 +2 位作者 胡久略 侯紫君 周春祥 《中国全科医学》 北大核心 2024年第2期177-183,共7页
背景阿尔茨海默病(AD)是一种常见且不可逆转的神经退行性脑疾病,严重影响患者的生活品质和生存质量,目前仍缺乏有效的治疗方法延缓或阻止疾病进展。中药及其活性成分在防治AD方面具有重要潜力。目的探讨茯苓酸(PA)对AD大鼠认知障碍及核... 背景阿尔茨海默病(AD)是一种常见且不可逆转的神经退行性脑疾病,严重影响患者的生活品质和生存质量,目前仍缺乏有效的治疗方法延缓或阻止疾病进展。中药及其活性成分在防治AD方面具有重要潜力。目的探讨茯苓酸(PA)对AD大鼠认知障碍及核因子E2相关因子2(Nrf2)/溶质载体家族7A11(SLC7A11)/谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)信号通路的影响。方法2022年1—9月将75只6~8周龄雄性SPF级SD大鼠依据随机数字表法分为对照组(Control组)、AD模型组(Model组)、PA治疗组(PA组),PA+Nrf2抑制剂组(PA+ML385组),除Control组外制备AD大鼠模型。造模成功后,PA组腹腔注射50 mg/kg PA,PA+ML385组腹腔注射50 mg/kg PA+30 mg/kg Nrf2抑制剂ML385,Control组与Model组腹腔注射等量0.9%氯化钠溶液。末次给药24 h后进行Morris水迷宫实验,第2、4、6天进行定位航行实验,记录大鼠到达平台的时间(逃避潜伏期),第7天移走平台,记录大鼠在120 s内滞留平台时间和穿越平台次数。Nissl染色后观察各组大鼠海马神经元病理变化,普鲁士蓝染色检测海马组织铁沉积,免疫荧光染色检测海马神经元GPX4表达,检测海马组织谷胱甘肽(GSH)、丙二醛(MDA)、Fe2+含量,蛋白质印迹法(Western blotting)检测大鼠海马组织Nrf2、SLC7A11、GPX4蛋白表达。结果末次给药第2、4、6天Model组逃避潜伏期高于Control组、PA组,PA+ML385组高于PA组,差异有统计学意义(P<0.05);Model组平台停留时间、穿越平台次数低于Control组、PA组,PA+ML385组低于PA组,差异有统计学意义(P<0.05)。Nissl染色结果示Model组神经元坏死严重,细胞核皱缩,尼氏体数目减少;PA组神经元坏死减少,排列紧密且尼氏体增多;PA+ML385组神经元损伤明显加重,尼氏体数目减少。普鲁士蓝染色结果示Model组铁沉积较Control组增加,与Model组比较,PA组铁沉积减少,PA+ML385组较PA组铁沉积增多。免疫荧光染色结果示Model组绿色荧光减弱,GPX4阳性细胞减少,PA组细胞绿色荧光较Model组增强,GPX4阳性细胞增多,PA+ML385组较PA组GPX4阳性细胞减少。Model组GSH低于Control组、PA组,PA+ML385组低于PA组,差异有统计学意义(P<0.05);Model组MDA、Fe2+高于Control组、PA组,PA+ML385组高于PA组,差异均有统计学意义(P<0.05)。Model组Nrf2、SLC7A11、GPX4蛋白相对表达量低于Control组、PA组,PA+ML385组低于PA组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论PA可改善AD大鼠认知障碍,其机制可能与通过激活Nrf2/SLC7A11/GPX4信号通路抑制铁死亡有关。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 茯苓酸 核因子E2相关因子2/溶质载体家族7A11/GPX4信号通路 铁死亡 大鼠
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无机元素与计量学模型结合的半夏产地溯源研究 被引量：2
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作者 李超 申国玺 +3 位作者 徐铮锐 宗子怡 张超云 黄显章 《中国无机分析化学》 CAS 北大核心 2024年第5期652-661,共10页
为建立不同产地半夏无机元素的分析方法和溯源体系,为半夏药材的质量控制和道地性评价提供技术支持。采用电感耦合等离子体质谱法(ICP-MS)和电感耦合等离子体原子发射光谱法(ICP-AES)对我国6个主产区72份半夏样品中K、Ca、Na、Mg、Al等3... 为建立不同产地半夏无机元素的分析方法和溯源体系,为半夏药材的质量控制和道地性评价提供技术支持。采用电感耦合等离子体质谱法(ICP-MS)和电感耦合等离子体原子发射光谱法(ICP-AES)对我国6个主产区72份半夏样品中K、Ca、Na、Mg、Al等37种无机元素的含量进行测定,并采用方差分析、主成分分析、因子分析等计量学方法进行统计与评价。通过对比BP-神经网络算法、K-最近邻算法、最小二乘支持向量机等多种模式识别方法,探索适合半夏产地溯源的最佳模型。结果表明:不同产地半夏中无机元素的构成各具特征,各无机元素含量在产地间差异显著(P<0.05),其中La、Pb、As、Na、Bi、Hg、Sn、Cd、Ag 9种元素在不同产区间的差异最为明显;3D-plots图显示不同产地半夏样品分布相对集中,具备产地分类的可行性;KNN分类模型(曼哈顿距离)是半夏产地溯源的最佳方法,测试集的正确率达到100%。无机元素分析技术结合适当的计量学模型可以实现半夏的产地溯源。 展开更多
关键词 半夏 无机元素 模式识别 产地溯源 计量学模型
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不同产地半夏主要药理作用分析 被引量：4
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作者 李超 申国玺 +3 位作者 项丽玲 贾琦 张愈甜 黄显章 《安徽农业科学》 CAS 2024年第9期147-151,共5页
[目的]比较不同产地半夏主要药理作用,为半夏的质量评价和临床用药提供试验依据。[方法]分别对国内6个主产区(湖北天门、江苏南通、河南唐河、四川蓬溪、河北安国、贵州赫章)半夏进行主要药效研究,采用气管酚红排泌法、浓氨水引咳法、... [目的]比较不同产地半夏主要药理作用,为半夏的质量评价和临床用药提供试验依据。[方法]分别对国内6个主产区(湖北天门、江苏南通、河南唐河、四川蓬溪、河北安国、贵州赫章)半夏进行主要药效研究,采用气管酚红排泌法、浓氨水引咳法、冰醋酸致小鼠扭体、二甲苯致小鼠耳肿胀试验方法建立痰液分泌模型、咳嗽模型、镇痛模型及炎症模型,探讨不同产地半夏的祛痰、镇咳、镇痛及抗炎作用的差异。[结果]在止咳祛痰作用方面,贵州赫章、江苏南通、四川蓬溪3个产区半夏能够明显增加小鼠气管酚红排泌量,显著减少小鼠咳嗽次数及延长咳嗽潜伏期(P<0.01);在镇痛抗炎作用方面,四川蓬溪、湖北天门、河南唐河3个产区半夏均能够明显延长疼痛潜伏期及减少扭体次数,显著降低小鼠耳肿胀度(P<0.01);贵州赫章、河北安国产半夏镇痛抗炎作用次之,江苏南通产半夏镇痛抗炎作用弱于其他产地。[结论]6个产区半夏均有不同程度的祛痰、镇咳、镇痛、抗炎作用,其中贵州赫章、江苏南通、四川蓬溪3个产区半夏在止咳祛痰作用明显优于湖北天门、河南唐河、河北安国;在镇痛抗炎作用方面,四川蓬溪、湖北天门所产半夏强于其他产地。 展开更多
关键词 半夏 不同产地 祛痰 镇咳 镇痛 抗炎
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不同连作年限西红花种植土壤微生物多样性及网络特征的差异 被引量：1
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作者 李孟芝 封貌 +4 位作者 高丽 梁鹏 谢锐 申皓天 黄显章 《安徽农业科学》 CAS 2024年第24期137-144,176,共9页
[目的]探究不同连作年限西红花种植土壤中细菌和真菌群落多样性以及网络结构特征。[方法]采用高通量测序技术分析不同连作年限西红花种植土壤微生物群落的多样性、组成以及网络特征差异。[结果]不同连作年限西红花种植土壤细菌和真菌的... [目的]探究不同连作年限西红花种植土壤中细菌和真菌群落多样性以及网络结构特征。[方法]采用高通量测序技术分析不同连作年限西红花种植土壤微生物群落的多样性、组成以及网络特征差异。[结果]不同连作年限西红花种植土壤细菌和真菌的多样性发生明显变化,尤其是真菌的OTUs、Shannon、Simpson、Chao和ACE指数,随着连作年限增加呈现明显增加的趋势。主坐标分析(PCoA)和非度量多维尺度分析(NMDS)结果表明,不同连作年限西红花种植土壤中细菌和真菌群落组成均有明显差异。放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、酸酐菌门(Acidobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)和浮霉菌门(Planctomycetes)为4个不同连作年限西红花种植土壤中丰度前5位的细菌门。子囊菌门(Ascomycota)在4个连作年限中均为第一大真菌门(相对丰度>55%)。种植4年的土壤中放线菌门(Actinobacteria)和芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)的丰度低于种植1年、2年和3年。产油菌属(Solicoccozyma)在连作4年西红花土壤中丰度显著高于其他年限(P<0.05)。细菌和真菌的共发生网络分析表明,不同连作年限西红花种植土壤细菌和真菌呈现不同的连接模式。[结论]该研究描绘了不同连作年限西红花种植土壤微生物多样性、组成以及网络结构的差异,从微生物角度探讨西红花连作障碍机制,为解决西红花的连作障碍提供参考。 展开更多
关键词 西红花 连作年限 土壤微生物 多样性 网络特征
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基于硬皮病线粒体相关基因的人工神经网络模型的构建 被引量：1
18
作者 左志威 孟庆良 +2 位作者 崔家康 郭克磊 卞华 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期920-929,共10页
目的建立基于GEO数据库硬皮病线粒体相关基因的机器学习和人工神经网络联合诊断模型并评价其效果。方法通过GEO数据库获取3份硬皮病芯片。其中GSE95065及GSE59785合并作为实验数据集并提取线粒体相关基因表达量,使用随机森林、LASSO回归... 目的建立基于GEO数据库硬皮病线粒体相关基因的机器学习和人工神经网络联合诊断模型并评价其效果。方法通过GEO数据库获取3份硬皮病芯片。其中GSE95065及GSE59785合并作为实验数据集并提取线粒体相关基因表达量,使用随机森林、LASSO回归和SVM算法筛选硬皮病线粒体相关特征基因,并用特征基因构建人工神经网络模型,用10折交叉验证模型准确性。来用验证数据集GSE76807对模型进一步验证,利用ROC曲线下面积值评估模型准确性。用RT-qPCR实验验证关键基因mRNA相对表达量。最后用CIBERSORT算法预估硬皮病与筛选出的潜在生物标志物的生物信息学关联。结果共获取差异基因24个,其中上调基因11个,下调基因13个。通过3种机器学习算法筛选到最相关的7个线粒体相关特征基因(POLB、GSR、KRAS、NT5DC2、NOX4、IGF1、TGM2),并构建人工神经网络诊断模型。使用该模型绘制了实验组和验证组诊断的ROC曲线,AUC值为0.984。验证组AUC为0.740。10折交叉验证AUC平均值大于0.980。RT-qPCR结果显示,与对照组相比,硬皮病中POLB(P=0.004)、GSR(P=0.029)、KRAS(P=0.007)、NOX4(P=0.019)、IGF1(P=0.008)、TGM2(P<0.0001)表达量明显上调,而NT5DC2(P=0.001)表达量在硬皮病组中明显下调。免疫细胞浸润显示,特征基因与滤泡辅助T细胞、幼稚B细胞、静息树突状细胞、记忆激活CD4+T细胞、巨噬细胞M0、单核细胞、记忆静息CD4+T细胞和肥大细胞激活等相关。结论构建了硬皮病特征基因的人工神经网络诊断模型,为探索硬皮病发病机制提供了一个新视角。 展开更多
关键词 硬皮病 线粒体 人工神经网络 免疫细胞浸润 机器学习
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气相色谱结合化学计量在核桃油、菜籽油掺伪混合物含量判别分析中的应用 被引量：3
19
作者 吴史博 刘延奇 +3 位作者 李超 马宁 姚恒 王萌萌 《食品与机械》 CSCD 北大核心 2024年第2期63-68,73,共7页
目的:识别核桃油中同时掺入多种其他植物油的多元掺伪。方法:采用气相色谱技术分析核桃油、菜籽油掺伪混合物中脂肪酸含量,结合化学计量方法对气相色谱数据进行建模,并对不同比例核桃油、菜籽油混合物进行判别分析。结果:主成分分析法(P... 目的:识别核桃油中同时掺入多种其他植物油的多元掺伪。方法:采用气相色谱技术分析核桃油、菜籽油掺伪混合物中脂肪酸含量,结合化学计量方法对气相色谱数据进行建模,并对不同比例核桃油、菜籽油混合物进行判别分析。结果:主成分分析法(PCA)能快速鉴别出纯核桃油和掺伪核桃油,并在一定程度上反映样本的掺伪比例;Bayes判别分析将83.33%的样品归入正确的分类;偏最小二乘判别分析法(PLS-DA)的判别准确率达87.50%;基于BP神经网络模型的判别分析,其训练集的正确率为84.21%,测试集的正确率为80.00%;基于遗传算法优化支持向量机(SVM-ga)的判别分析,其训练集和测试集的正确率均为100%。结论:多种分析模型均能不同程度地识别核桃油、菜籽油掺伪比例,其中SVM-ga模型的预测精度最佳。 展开更多
关键词 核桃油 菜籽油 掺伪混合物 气相色谱 化学计量 判别分析
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南阳艾内生菌与关键次生代谢产物的相关性探究 被引量：1
20
作者 李孟芝 李超 +3 位作者 崔占虎 韦艳 朱琳 黄显章 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2024年第5期1202-1212,共11页
目的通过分析南阳艾不同部位内生菌菌群结构多样性及其与关键次生代谢产物含量之间的关系,探究南阳艾内生菌对其药材品质的影响。方法本研究采用高通量测序技术分析南阳艾不同组织内生菌群落的多样性和组成;利用高效液相色谱技术检测南... 目的通过分析南阳艾不同部位内生菌菌群结构多样性及其与关键次生代谢产物含量之间的关系,探究南阳艾内生菌对其药材品质的影响。方法本研究采用高通量测序技术分析南阳艾不同组织内生菌群落的多样性和组成;利用高效液相色谱技术检测南阳艾不同组织中关键代谢产物的含量;进而通过皮尔逊相关性分析,筛选与南阳艾关键次生代谢产物显著相关的内生菌群落。结果南阳艾内生细菌和真菌多样性和组成具有显著组织差异,根中细菌和真菌多样性指数(Chao和Ace)均显著高于茎和叶。通过LEfSe分析,确定根瘤菌属、链霉菌属、黄单胞菌科、子囊菌纲等为南阳艾生物标记物。相关性分析的结果表明,根瘤菌属、假单胞菌属、黄杆菌属、链霉菌属、曲霉属、油壶菌属等属的丰度与部分苯丙素类和黄酮类代谢物的含量呈现显著正相关(P<0.05)。结论本研究筛选了一些南阳艾次生代谢物显著相关的内生菌群落,为进一步分离南阳艾关键次生代谢产物相关的内生菌株,提升南阳艾的品质提供了科学依据。 展开更多
关键词 南阳艾 内生菌 多样性 组成 次生代谢产物
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