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鸭源马尿气球菌的鉴定及全基因组测序分析
被引量：
3
1
作者
张菡
舒静超
+4 位作者
张晓静
董青
彭志锋
边传周
乔宏兴
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期128-139,共12页
为鉴定一株鸭源分离菌,并探究其生物信息学特性,本研究分别通过Pacbio Sequel三代测序技术和Illumina NovaSeq二代测序技术对该株鸭源分离菌进行全基因组测序;基于该分离菌16S rRNA基因序列构建进化树;通过GTDB基于基因组之间的平均核...
为鉴定一株鸭源分离菌,并探究其生物信息学特性,本研究分别通过Pacbio Sequel三代测序技术和Illumina NovaSeq二代测序技术对该株鸭源分离菌进行全基因组测序;基于该分离菌16S rRNA基因序列构建进化树;通过GTDB基于基因组之间的平均核苷酸相似性及采用infer软件构建120个单拷贝基因序列进化树并对其分类;利用NR数据库比对分离菌全基因组蛋白编码基因序列;采用VFDB数据库分析该分离菌相关毒力基因;采用K-B纸片法测定分离菌对21种药物的药敏性试验;采用CARD数据库分析分离菌的耐药基因;利用GO、KEGG、COG数据库对分离菌进行基因功能、信号通路及基因的注释。测序结果显示分离菌由一个环形染色体和一个环形质粒组成,大小分别为2 133 811 bp和37 505 bp,GC含量分别为39.04%和35.03%;通过GTDB分类及NR数据库比对分析显示,该菌为马尿气球菌亚种;VFDB数据库比对发现6种致病毒力基因;药敏试验结果显示分离菌对红霉素、多西环素、庆大霉素、卡那霉素等多种药物耐药,CARD数据库比对发现6种耐药基因;基因功能分析显示,1 277个基因参与25类代谢通路,1 767个基因编码蛋白质,3 304个基因与分子功能相关,1 977个基因与细胞组分相关,4 421个基因与生物学过程相关。本研究对鸭源分离菌进行全基因组测序及基因组结构、功能分析,丰富了鸭源马尿气球菌全基因组数据库资料,完善了该菌的系统进化信息,分析了其毒力因子和相关耐药基因,为后续对该菌株分子生物学特征、致病性和耐药基因筛选提供了基因组信息和基因资源。
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关键词
马尿气球菌
全基因组序列
耐药性
致病性
在线阅读
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职称材料
鸭源绿色气球菌的分离鉴定及16S rRNA基因序列测定与遗传进化分析
被引量：
5
2
作者
乔宏兴
丁勇
+4 位作者
张立恒
宋予震
董青
边传周
赵俊强
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2022年第2期435-442,共8页
【目的】研究河南某鸭场雏鸭发生急性死亡的致病菌及其系统发育地位。【方法】采集发病鸭场病死鸭肝脏、脾脏,进行细菌形态学观察、革兰氏染色、生化特性鉴定、16S rRNA基因的序列分析、药敏试验及致病性试验。【结果】分离菌在鲜血琼...
【目的】研究河南某鸭场雏鸭发生急性死亡的致病菌及其系统发育地位。【方法】采集发病鸭场病死鸭肝脏、脾脏,进行细菌形态学观察、革兰氏染色、生化特性鉴定、16S rRNA基因的序列分析、药敏试验及致病性试验。【结果】分离菌在鲜血琼脂培养基上长出表面光滑,凸起,乳白色,呈α-溶血的革兰氏阳性球菌。生化试验结果表明,分离菌对麦芽糖、蔗糖、棉籽糖、硝酸盐还原反应、MP-VP试验、尿素、赖氨酸脱羧酶、鸟氨酸脱羧酶、七叶苷均为阳性,对木糖、乳糖、葡萄糖、山梨醇、硫化氢、枸橼酸盐、蛋白胨、甘露醇、苯丙氨酸、甲基红试验等均为阴性。16S rRNA基因测序及BLAST比对结果显示,分离菌16S rRNA基因序列与NCBI上已发布的绿色气球菌相似性性在94.8%~99.9%之间,其中与菌株Mnlv1、Mnlv2、W66等相似性最高,达99.9%;与菌株GXBL-1相似性最低,为94.8%。系统发育树分析表明,分离菌与绿色气球菌FL0915MS、Mnlv2等绿色气球菌在同一分支上,属于同一属群,其中与FL09亲缘关系最近。药敏试验结果显示,分离菌对磷霉素、氨苄西林、阿莫西林敏感;对青霉素、新生霉素、阿米卡星等中度敏感;对利福平、新霉素、杆菌肽、红霉素、恩诺沙星等耐药。致病性试验结果表明该菌具有致死性,并随着接种浓度增大而增强。【结论】本研究确定了河南某鸭场引起雏鸭急性死亡的病原菌是绿色气球菌,为该菌引起疾病的临床诊断和治疗提供了参考依据。
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关键词
鸭
绿色气球菌
分离鉴定
16S
rRNA
遗传进化分析
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职称材料
题名
鸭源马尿气球菌的鉴定及全基因组测序分析
被引量：
3
1
作者
张菡
舒静超
张晓静
董青
彭志锋
边传周
乔宏兴
机构
河南省
动物
肠道
疫病
防控
国际
联合实验室
河南
炎黄生物工程有限公司
郑州安图生物工程股份有限公司
河南
牧业经济学院
动物
医药学院
出处
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期128-139,共12页
基金
河南重点研发专项项目(221111111300)
河南省现代农业体系岗位专家项目(HARS-22-12-G2)
+1 种基金
河南牧业经济学院校重点学科项目(XJXK202202)
河南牧业经济学院博士科研启动资金资助项目(2021HNUAHEDF004)。
文摘
为鉴定一株鸭源分离菌,并探究其生物信息学特性,本研究分别通过Pacbio Sequel三代测序技术和Illumina NovaSeq二代测序技术对该株鸭源分离菌进行全基因组测序;基于该分离菌16S rRNA基因序列构建进化树;通过GTDB基于基因组之间的平均核苷酸相似性及采用infer软件构建120个单拷贝基因序列进化树并对其分类;利用NR数据库比对分离菌全基因组蛋白编码基因序列;采用VFDB数据库分析该分离菌相关毒力基因;采用K-B纸片法测定分离菌对21种药物的药敏性试验;采用CARD数据库分析分离菌的耐药基因;利用GO、KEGG、COG数据库对分离菌进行基因功能、信号通路及基因的注释。测序结果显示分离菌由一个环形染色体和一个环形质粒组成,大小分别为2 133 811 bp和37 505 bp,GC含量分别为39.04%和35.03%;通过GTDB分类及NR数据库比对分析显示,该菌为马尿气球菌亚种;VFDB数据库比对发现6种致病毒力基因;药敏试验结果显示分离菌对红霉素、多西环素、庆大霉素、卡那霉素等多种药物耐药,CARD数据库比对发现6种耐药基因;基因功能分析显示,1 277个基因参与25类代谢通路,1 767个基因编码蛋白质,3 304个基因与分子功能相关,1 977个基因与细胞组分相关,4 421个基因与生物学过程相关。本研究对鸭源分离菌进行全基因组测序及基因组结构、功能分析,丰富了鸭源马尿气球菌全基因组数据库资料,完善了该菌的系统进化信息,分析了其毒力因子和相关耐药基因,为后续对该菌株分子生物学特征、致病性和耐药基因筛选提供了基因组信息和基因资源。
关键词
马尿气球菌
全基因组序列
耐药性
致病性
Keywords
Aerococcus urinaeequi
whole genome sequence
antimicrobial resistance
pathogenicity
分类号
S852.61 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
鸭源绿色气球菌的分离鉴定及16S rRNA基因序列测定与遗传进化分析
被引量：
5
2
作者
乔宏兴
丁勇
张立恒
宋予震
董青
边传周
赵俊强
机构
河南
牧业经济学院
动物
医药学院
河南省动物肠道疫病国际联合实验室
河南
农业大学
动物
医学院
河南
融瑞祥制药有限公司
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2022年第2期435-442,共8页
基金
河南省自然科学基金项目(202300410189)
河南省科技攻关项目(212102110372)
+2 种基金
河南牧业经济学院预防兽医重点学科项目(mxk2016102)
河南牧业经济学院校科技创新团队项目(2018KYTD13)
河南牧业经济学院博士科研启动资金资助项目(2021HNUAHEDF004)。
文摘
【目的】研究河南某鸭场雏鸭发生急性死亡的致病菌及其系统发育地位。【方法】采集发病鸭场病死鸭肝脏、脾脏,进行细菌形态学观察、革兰氏染色、生化特性鉴定、16S rRNA基因的序列分析、药敏试验及致病性试验。【结果】分离菌在鲜血琼脂培养基上长出表面光滑,凸起,乳白色,呈α-溶血的革兰氏阳性球菌。生化试验结果表明,分离菌对麦芽糖、蔗糖、棉籽糖、硝酸盐还原反应、MP-VP试验、尿素、赖氨酸脱羧酶、鸟氨酸脱羧酶、七叶苷均为阳性,对木糖、乳糖、葡萄糖、山梨醇、硫化氢、枸橼酸盐、蛋白胨、甘露醇、苯丙氨酸、甲基红试验等均为阴性。16S rRNA基因测序及BLAST比对结果显示,分离菌16S rRNA基因序列与NCBI上已发布的绿色气球菌相似性性在94.8%~99.9%之间,其中与菌株Mnlv1、Mnlv2、W66等相似性最高,达99.9%;与菌株GXBL-1相似性最低,为94.8%。系统发育树分析表明,分离菌与绿色气球菌FL0915MS、Mnlv2等绿色气球菌在同一分支上,属于同一属群,其中与FL09亲缘关系最近。药敏试验结果显示,分离菌对磷霉素、氨苄西林、阿莫西林敏感;对青霉素、新生霉素、阿米卡星等中度敏感;对利福平、新霉素、杆菌肽、红霉素、恩诺沙星等耐药。致病性试验结果表明该菌具有致死性,并随着接种浓度增大而增强。【结论】本研究确定了河南某鸭场引起雏鸭急性死亡的病原菌是绿色气球菌,为该菌引起疾病的临床诊断和治疗提供了参考依据。
关键词
鸭
绿色气球菌
分离鉴定
16S
rRNA
遗传进化分析
Keywords
duck
Aerococcus viridans
isolation and identification
16S rRNA
genetic evolution
分类号
S852.611 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
作者
出处
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被引量
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1
鸭源马尿气球菌的鉴定及全基因组测序分析
张菡
舒静超
张晓静
董青
彭志锋
边传周
乔宏兴
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
3
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下载PDF
职称材料
2
鸭源绿色气球菌的分离鉴定及16S rRNA基因序列测定与遗传进化分析
乔宏兴
丁勇
张立恒
宋予震
董青
边传周
赵俊强
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2022
5
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