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河南省首例输入性诺氏疟的诊断和分析 被引量:6
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作者 周瑞敏 李素华 +5 位作者 高丽君 钱丹 杨成运 刘颖 赵玉玲 张红卫 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2018年第5期610-613,共4页
目的:对河南省首例输入性诺氏疟病例进行诊断和分析。方法:收集患者流行病学资料、临床资料及血涂片和抗凝血样本,采用镜检、快速诊断实验(RDT)、巢式PCR及18S rRNA基因序列同源性比较等方法对样本进行实验室检测。结果和结论:患者2017... 目的:对河南省首例输入性诺氏疟病例进行诊断和分析。方法:收集患者流行病学资料、临床资料及血涂片和抗凝血样本,采用镜检、快速诊断实验(RDT)、巢式PCR及18S rRNA基因序列同源性比较等方法对样本进行实验室检测。结果和结论:患者2017年3月至9月在印度尼西亚从事木材加工工作,回国1周后出现发热、畏寒和出汗等症状,每天夜间发作。镜检血涂片可见典型的诺氏疟原虫形态,RDT阴性,巢式PCR扩增出与诺氏疟原虫序列一致的特异性条带。所得疟原虫18S rRNA基因序列与Gen Bank中基因序列(登录号为DQ350266.1、L07560.1和AY327554.1)的一致性达99%,确诊为河南省首例输入性诺氏疟原虫感染病例。给予患者磷酸氯喹和磷酸伯氨喹8 d疗法、服药后1周再给予双氢青蒿素磷酸哌喹片治疗,患者痊愈。 展开更多
关键词 诺氏疟原虫 输入性 诊断 河南省
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河南省2021年境外输入SARS-CoV-2全基因组测序分析 被引量:1
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作者 毋碧聪 宋云 +14 位作者 卢世栋 胡晓 朱琳 范威 李懿 张白帆 李东晓 卫海燕 李金月 潘静静 许玉玲 叶莹 黄学勇 郭万申 马红霞 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2023年第5期623-627,共5页
目的:分析河南省2021年境外输入新型冠状病毒SARS-CoV-2的全基因组特征和变异情况。方法:收集河南省2021年85份境外输入SARS-CoV-2阳性标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合二代测序技术进行全基因组测序,应用CLC Genomics Workbench... 目的:分析河南省2021年境外输入新型冠状病毒SARS-CoV-2的全基因组特征和变异情况。方法:收集河南省2021年85份境外输入SARS-CoV-2阳性标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合二代测序技术进行全基因组测序,应用CLC Genomics Workbench 20软件进行变异分析,应用进化分析在线平台,采用邻近法构建系统发育进化树。结果:共获得85株病毒,其中非关切变异株(VOC)、Alpha、Beta、Delta和Omicron变异株占比分别为4.71%、10.59%、2.35%、76.47%和5.88%,未发现Gamma变异株输入。非VOC、Alpha、Beta、Delta和Omicron病毒株累计核苷酸突变数和氨基酸突变数分别为59、77、36、288、72个和40、46、20、171、50个。85株均存在C241T、C3037T、C14408T、A23403G核苷酸突变和P4715L、D614G氨基酸突变。系统发育树显示,85株具有基因型多样性,各VOC型病毒株序列形成不同的进化分支,Delta病毒株可形成多种类型的亚分支,且入境来源具有明显的地域性。结论:2021年河南省境外输入的SARS-CoV-2以Delta病毒株为主,基因组突变呈现随机性和多样性。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 基因组序列分析 河南省
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新型冠状病毒抗原检测胶体金法与核酸检测实时荧光RT-PCR方法比较 被引量:12
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作者 许玉玲 王海霞 +2 位作者 李金月 夏向群 黄学勇 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2022年第7期791-794,共4页
目的 对比分析新型冠状病毒抗原检测胶体金法与核酸检测实时荧光RT-PCR方法的检测结果,验证抗原检测胶体金法能否快速辅助诊断新型冠状病毒感染。方法 从河南省疾病预防控制中心生物资源库挑选2021年7-8月收集的新冠阳性和新冠阴性鼻拭... 目的 对比分析新型冠状病毒抗原检测胶体金法与核酸检测实时荧光RT-PCR方法的检测结果,验证抗原检测胶体金法能否快速辅助诊断新型冠状病毒感染。方法 从河南省疾病预防控制中心生物资源库挑选2021年7-8月收集的新冠阳性和新冠阴性鼻拭子各60份,口咽拭子各30份,所有样本用实时荧光RT-PCR方法检测新冠核酸ORF1ab和N基因,用抗原检测胶体金法检测抗原,选择13份阳性样本进行10倍和100倍稀释,两种方法检测,分析胶体金法与核酸检测RT-PCR法检测结果的阳性和阴性一致率,进行统计学Kappa分析。结果 180份样本抗原检测胶体金法与核酸检测RT-PCR法的阳性符合率为98.89%,阴性符合率为100.00%,Kappa=0.989,13个样本10倍和100稀释后胶体金法阳性符合率分别为100%、84.61%。结论 新型冠状病毒抗原检测胶体金法可作为早期辅助确诊新型冠状病毒感染的快速方法。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 抗原检测 胶体金法 实时荧光RT-PCR
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新型冠状病毒肺炎合并感染Ⅰ型单纯疱疹病毒的诊断 被引量:1
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作者 李幸乐 卢世栋 +4 位作者 马红霞 李懿 叶莹 黄学勇 郭万申 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2021年第5期731-733,共3页
目的:回顾新型冠状病毒(2019-nCoV)合并Ⅰ型单纯疱疹病毒(HSV-1)感染的诊断方法。方法:收集12例新型冠状病毒肺炎确诊病例的核酸阳性咽拭子样本,采用Vero和Vero E6细胞进行病毒分离,采用实时荧光定量PCR法进行2019-nCoV核酸检测,采用Mi... 目的:回顾新型冠状病毒(2019-nCoV)合并Ⅰ型单纯疱疹病毒(HSV-1)感染的诊断方法。方法:收集12例新型冠状病毒肺炎确诊病例的核酸阳性咽拭子样本,采用Vero和Vero E6细胞进行病毒分离,采用实时荧光定量PCR法进行2019-nCoV核酸检测,采用MiSeq测序技术测定分离株基因组序列,采用MicroSpectrum病原体鉴定分析软件分析非2019-nCoV毒株组分。结果:12例12份咽拭子样本中分离得到5株病毒,其中4株病毒各代培养物均呈2019-nCoV核酸阳性,HN03株在培养过程中观察到支原体感染表现并逐渐表现为2019-nCoV核酸阴性。MiSeq测序获得4株2019-nCoV全基因组序列,HN03株获得部分2019-nCoV基因序列。HN03株的三代培养物经宏基因组序列测定、分析,结果提示HN03株为HSV-1和猪鼻支原体双阳性。结论:HN03株源病例为2019-nCoV和HSV-1合并感染。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 Ⅰ型单纯疱疹病毒 合并感染 MiSeq测序
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两种高通量测序平台应用于不同SARS-CoV-2变异株的对比研究 被引量:3
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作者 李东晓 李懿 +6 位作者 朱琳 宋云 马红霞 王海峰 叶莹 黄学勇 郭万申 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期771-777,共7页
目的利用Illumina MiSeq和Oxford Nanopore高通量测序平台对河南省新型冠状病毒肺炎(COVID-19)确诊病例的上呼吸道样本进行全基因组测序,为新型冠状病毒(SARS-CoV-2)全基因组监测工作提供参考。方法收集河南省2021年6月至2022年1月共10... 目的利用Illumina MiSeq和Oxford Nanopore高通量测序平台对河南省新型冠状病毒肺炎(COVID-19)确诊病例的上呼吸道样本进行全基因组测序,为新型冠状病毒(SARS-CoV-2)全基因组监测工作提供参考。方法收集河南省2021年6月至2022年1月共10份COVID-19确诊病例的上呼吸道样本,分别采用二代和三代测序技术进行测序,获得SARS-CoV-2全基因组序列,运用生物信息学软件CLC Genomics Workbench(CLC)进行序列比对分析。结果与武汉参考株(Wuhan-Hu-1)相比,10份样本中3份属于Omicron(BA.1)变异株,核苷酸变异位点55个和61个;1份属于Alpha(B.1.1.7)变异株,核苷酸变异位点41个;6份属于Delta(B.1.617.2)变异株,核苷酸变异位点35个、42个和47个。二代测序识别碱基变异位点的准确率更高,6份样本的二代和三代测序变异位点100%同源,7份样本S基因编码区共享一致数目的变异位点。Ct值<33的样本,Illumina MiSeq平台和Oxford Nanopore平台均能获得较高的基因组覆盖度和测序深度。二代测序和三代测序覆盖度差异有统计学意义(t=-2.037,P<0.05);三代测序不同时间覆盖度差异无统计学意义(F=2.498,P>0.05)。结论两种高通量测序平台均能满足SARS-CoV-2变异株的检测需求,Illumina MiSeq平台对SARS-CoV-2变异位点识别更精准;Oxford Nanopore平台可用于SARS-CoV-2的快速鉴定分型。 展开更多
关键词 高通量测序 ILLUMINA NANOPORE 覆盖度 变异位点
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