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基于近邻传播的时间序列基因表达谱聚类算法
1
作者
周运
徐久成
徐存拴
《河南师范大学学报(自然科学版)》
CAS
北大核心
2015年第6期134-140,共7页
聚类是识别基因表达数据蕴含的关键基因调控模块的一种有效方法,基因表达谱的相似性度量是聚类的关键问题.然而,一般的相似性度量方法不能刻画时间序列基因表达谱数据所蕴含的时间延迟、反向相关和局部相关等复杂的基因调控关系.针对时...
聚类是识别基因表达数据蕴含的关键基因调控模块的一种有效方法,基因表达谱的相似性度量是聚类的关键问题.然而,一般的相似性度量方法不能刻画时间序列基因表达谱数据所蕴含的时间延迟、反向相关和局部相关等复杂的基因调控关系.针对时间序列基因表达谱数据,提出一种基于近邻传播和动态规划的相似性度量方法和聚类算法.在大鼠再生肝细胞基因表达谱数据集上的聚类结果与基因功能富集分析结果高度一致,证明算法在时间序列基因表达谱数据聚类上的有效性.
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关键词
近邻传播
时间序列
反向相关
瞬时相关
基因表达谱
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职称材料
题名
基于近邻传播的时间序列基因表达谱聚类算法
1
作者
周运
徐久成
徐存拴
机构
河南师范大学
生命科学学院
河南师范大学省部共建细胞分化调控国家重点实验室培育基地
河南师范大学
计算机与信息工程学院
出处
《河南师范大学学报(自然科学版)》
CAS
北大核心
2015年第6期134-140,共7页
基金
国家973前期研究专项基金(2012CB722304)
河南省基础与前沿计划研究项目(122300410355)
文摘
聚类是识别基因表达数据蕴含的关键基因调控模块的一种有效方法,基因表达谱的相似性度量是聚类的关键问题.然而,一般的相似性度量方法不能刻画时间序列基因表达谱数据所蕴含的时间延迟、反向相关和局部相关等复杂的基因调控关系.针对时间序列基因表达谱数据,提出一种基于近邻传播和动态规划的相似性度量方法和聚类算法.在大鼠再生肝细胞基因表达谱数据集上的聚类结果与基因功能富集分析结果高度一致,证明算法在时间序列基因表达谱数据聚类上的有效性.
关键词
近邻传播
时间序列
反向相关
瞬时相关
基因表达谱
Keywords
affinity propagation
time-course
invert correlation
transient correlation
gene expression prolife
分类号
TP391.9 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于近邻传播的时间序列基因表达谱聚类算法
周运
徐久成
徐存拴
《河南师范大学学报(自然科学版)》
CAS
北大核心
2015
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