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基于Illumina高通量测序的泡桐转录组研究 被引量:15
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作者 邓敏捷 董焱鹏 +2 位作者 赵振利 张晓申 范国强 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第6期30-36,共7页
利用新一代高通量测序技术平台Illumina Solexa对泡桐进行转录组测序和数据denovo组装,并对得到的unigene进行功能注释、分类及代谢通路分析。结果表明,N50值为2278bp、平均长度为1410bp的泡桐unigene共有188019条,将其与NCBI的Nr和Swis... 利用新一代高通量测序技术平台Illumina Solexa对泡桐进行转录组测序和数据denovo组装,并对得到的unigene进行功能注释、分类及代谢通路分析。结果表明,N50值为2278bp、平均长度为1410bp的泡桐unigene共有188019条,将其与NCBI的Nr和Swiss-Prot数据库比对后发现,分别有120808条和85880条unigene与其他物种的基因具有同源性。利用COG数据库可将有关的41914条泡桐unigene分成25类,KEGG数据库分析发现共有43553个unigene参与215种代谢通路。找到与木质素合成相关的泡桐unigene。 展开更多
关键词 泡桐 转录组 Illumina高通量测序 从头组装
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5种四倍体泡桐生长特性的研究 被引量:4
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作者 王晓丹 赵振利 +3 位作者 范国强 张晓申 王安亭 李永生 《西部林业科学》 CAS 北大核心 2014年第4期72-77,共6页
以2年生5种四倍体泡桐为材料,研究其光合作用、材积生长量、接干长度、比叶重(SLW)等指标间的差异。结果表明,5种四倍体泡桐叶片的净光合速率(Pn)、气孔导度(Gs)、蒸腾速率(Tr)、胞间CO2浓度(Ci)光合因子的日变化规律相同。9月份叶片的P... 以2年生5种四倍体泡桐为材料,研究其光合作用、材积生长量、接干长度、比叶重(SLW)等指标间的差异。结果表明,5种四倍体泡桐叶片的净光合速率(Pn)、气孔导度(Gs)、蒸腾速率(Tr)、胞间CO2浓度(Ci)光合因子的日变化规律相同。9月份叶片的Pn、Gs、Tr、Ci日变化为单峰曲线,四倍体豫杂一号泡桐(TF4)的最大净光合速率高于其余4个种。此外,四倍体毛泡桐(T4)的树高生长量和接干高增长量、TF4的胸径生长量和比叶重增长量、四倍体南方泡桐(A4)的材积增长量最大。5种四倍体泡桐的树高、胸径、接干、材积的相关性表明,材积与胸径呈正相关关系,相关性显著;树高与比叶重呈正相关关系,但相关性不显著。 展开更多
关键词 泡桐 四倍体 光合特性 生长特性
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泡桐丛枝病发生过程中的蛋白质组学研究 被引量:2
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作者 赵振利 童琳琳 +2 位作者 邓敏捷 董焱鹏 范国强 《西南林业大学学报(自然科学)》 CAS 北大核心 2018年第4期22-28,共7页
为鉴定与泡桐丛枝病发生密切相关的蛋白质,以毛泡桐健康苗、患丛枝病苗、20 mg/L或60 mg/L甲基磺酸甲酯(MMS)处理的丛枝病苗为实验材料,用同位素标记相对与绝对定量(iTRAQ)技术检测毛泡桐幼苗4个样品的蛋白质表达变化,并进行比对分析。... 为鉴定与泡桐丛枝病发生密切相关的蛋白质,以毛泡桐健康苗、患丛枝病苗、20 mg/L或60 mg/L甲基磺酸甲酯(MMS)处理的丛枝病苗为实验材料,用同位素标记相对与绝对定量(iTRAQ)技术检测毛泡桐幼苗4个样品的蛋白质表达变化,并进行比对分析。结果表明:在鉴定到的1 622个蛋白质中,共得到35个与泡桐丛枝病发生相关的差异表达蛋白质。在这35个差异表达蛋白中景天庚酮糖-1,7-二磷酸酶(SBPase),质膜ATP酶和光合系统Ⅱ 10 kDa多肽等蛋白质表达差异显著,且主要参与了光合生物碳固定、光合作用和氧化磷酸化等生物学过程。 展开更多
关键词 泡桐丛枝病 MMS ITRAQ 蛋白质 差异表达
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泡桐NLR基因家族分析及其对植原体的响应 被引量:1
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作者 郎雅琴 翟晓巧 +1 位作者 曹喜兵 范国强 《西南林业大学学报(自然科学)》 CAS 北大核心 2024年第1期7-20,共14页
为研究PfNLR基因家族在白花泡桐抗丛枝病过程中的作用,运用生物信息学方法全面分析了白花泡桐NLR(PfNLR)家族成员的组成、理化性质、染色体定位、进化、结构、顺式作用元件和组织表达特异性,结合植原体侵染白花泡桐前后的miRNA和转录组... 为研究PfNLR基因家族在白花泡桐抗丛枝病过程中的作用,运用生物信息学方法全面分析了白花泡桐NLR(PfNLR)家族成员的组成、理化性质、染色体定位、进化、结构、顺式作用元件和组织表达特异性,结合植原体侵染白花泡桐前后的miRNA和转录组的表达量变化,筛选出与抗丛枝病相关的基因。结果表明:白花泡桐中的199个PfNLRs分属6个亚家族;91.9%的PfNLRs定位在白花泡桐18条染色体上,其中62.8%呈簇状分布,23个PfNLRs发生了10次染色体片段重复事件和1次染色体串联重复事件;PfNLR含激素类和胁迫类元件;miRNA和转录组的关联分析发现泡桐miRNA与PfNLR之间存在156对靶向关系;大多数PfNLRs在芽和根中表达;16个PfNLRs在白花泡桐感染植原体前后的表达水平显著差异。进一步分析发现,pf–miRNA482介导的PfNLR181在白花泡桐抗丛枝病中发挥作用,该结果可为解析白花泡桐NLR蛋白的功能提供理论依据。 展开更多
关键词 白花泡桐 NLR家族 植原体 miRNA 转录组
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抗生素对泡桐丛枝病植原体和发病相关蛋白质的影响 被引量:22
5
作者 范国强 张胜 +2 位作者 翟晓巧 刘飞 董占强 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第3期138-142,共5页
The effects of different concentrations of 5-fluorouracil, rifampicin and tetracycline on the phytoplasmas in the Paulownia tomentosa×Paulownia fortunei seedling and the pathogenic protein related to the witches... The effects of different concentrations of 5-fluorouracil, rifampicin and tetracycline on the phytoplasmas in the Paulownia tomentosa×Paulownia fortunei seedling and the pathogenic protein related to the witches’ broom symptom were studied with PCR based on 16S rRNA gene of the phytoplasmas and 2-dimensional electrophoresis of proteins. The results indicated that the plantlets in vitro culture treated with 0.5~300 mg·L -1 5-fluorouracil had little effect on the symptom remission, but those plantlets treated with 100 and 150 mg·L -1 rifampicin for 30 d showed obvious effect on the symptom remission respectively, and the phytoplasmas in the plantlets treated with 150 mg·L -1 rifampicin could not be detected with PCR of 16S rDNA of the phytoplasmas. Moreover, the protein (pI6.8,m 24 ku) which appeared in both the healthy seedling and diseases ones treated with 150 mg·L -1 rifampicin disappeared in the infected seedling and the those without the symptom after treating with rifampicin and tetracycline, and in which existed with phytoplasma through PCR detection. 展开更多
关键词 泡桐 丛枝病 蛋白质 双向电泳 PCR
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白花泡桐同源四倍体的诱导 被引量:36
6
作者 范国强 曹艳春 +1 位作者 赵振利 杨志清 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第4期31-35,共5页
将预培养不同时间的白花泡桐组培苗叶片分别放置到含有不同浓度秋水仙素的双层(液体和固体)MS+NAA0·1mg·L-1+BA18mg·L-1培养基上进行染色体加倍试验,通过根尖染色体计数和叶片单细胞相对DNA含量测定进行变异植株的倍性... 将预培养不同时间的白花泡桐组培苗叶片分别放置到含有不同浓度秋水仙素的双层(液体和固体)MS+NAA0·1mg·L-1+BA18mg·L-1培养基上进行染色体加倍试验,通过根尖染色体计数和叶片单细胞相对DNA含量测定进行变异植株的倍性分析。结果表明:秋水仙素浓度对叶片存活率和芽诱导的影响达到极显著水平,对四倍体诱导的影响不显著;秋水仙素处理外植体时间对四倍体诱导率影响显著,外植体预培养时间对芽诱导率和四倍体诱导率的影响达到极显著水平。在9个试验组合中,用5mg·L-1秋水仙素处理预培养12d白花泡桐叶片72h时,四倍体诱导率最高可达20·0%。诱导出的四倍体植株叶片较二倍体增大、增厚,叶片单个气孔器变大,叶片气孔密度变小。 展开更多
关键词 白花泡桐 叶片 秋水仙素 四倍体
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土霉素对豫杂一号泡桐丛枝病幼苗形态和DNA甲基化水平的影响 被引量:14
7
作者 黎明 翟晓巧 +2 位作者 范国强 张变莉 刘飞 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第9期152-156,共5页
The effects of oxytetracycline on the morphology of the seedling with witches’ broom and global DNA methylation level of Paulownia tomentosa × Paulownia fortunei were investigated.The results indicated that the ... The effects of oxytetracycline on the morphology of the seedling with witches’ broom and global DNA methylation level of Paulownia tomentosa × Paulownia fortunei were investigated.The results indicated that the infected seedlings by phytoplasma recovered to normal morphology of the healthy seedlings after being treated with more than 20 mg L-1 oxytetracycline,and the pathogen could not be detected with PCR in the seedlings.The global DNA methylation level of diseased seedlings was lower than that of healthy one.The oxytetracycline treatment was able to increase the DNA methylation level,and the methylation level of the diseased seedlings increased with the dose of applied oxytetracycline.However the increased methylation of infected seedlings with oxytetracycline treatment could still not reach to level of healthy seedling(CK),even the seedlings treated with lethal oxytetracycline concentration. 展开更多
关键词 豫杂一号泡桐 丛枝病 幼苗形态 土霉素 DNA甲基化
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泡桐丛枝病发生相关蛋白质的电泳分析 被引量:25
8
作者 范国强 李有 +1 位作者 郑建伟 翟晓巧 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2003年第2期119-122,共4页
对毛泡桐和白花泡桐同龄、同方位的病株健叶、病株病叶和健株健叶蛋白质进行了单向和双向SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳分析研究。单向电泳结果表明 ,毛泡桐和白花泡桐病株健叶、病株病叶和健株健叶的蛋白质在种类和数量上存在一定的差异 ,其... 对毛泡桐和白花泡桐同龄、同方位的病株健叶、病株病叶和健株健叶蛋白质进行了单向和双向SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳分析研究。单向电泳结果表明 ,毛泡桐和白花泡桐病株健叶、病株病叶和健株健叶的蛋白质在种类和数量上存在一定的差异 ,其明显的蛋白质凝胶扫描谱带分别有 2 2、2 0和 1 7以及 2 7、2 1和 2 2条 ;双向电泳结果表明 ,毛泡桐与白花泡桐在健株健叶、病株健叶和病株病叶蛋白质变化方面具有一定相似性 ,即在两种泡桐健株健叶和病株健叶中存在的一种pI6.8、MW2 4KD蛋白多肽在病株病叶中观察不到。 展开更多
关键词 泡桐 丛枝病 蛋白质 电泳分析
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不同种泡桐叶片愈伤组织诱导及其植株再生 被引量:31
9
作者 范国强 翟晓巧 +1 位作者 蒋建平 刘心诚 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2002年第1期29-35,共7页
在确定 5种泡桐叶片诱导愈伤组织基本培养基为MS的基础上 ,筛选出了毛泡桐 (Paulowniatomen tosa)、南方泡桐 (Paulowniaaustralis)、白花泡桐 (Paulowniafortunei)、兰考泡桐 (Paulowniaelongata)和豫杂一号泡桐 (P .tomentosa×P ... 在确定 5种泡桐叶片诱导愈伤组织基本培养基为MS的基础上 ,筛选出了毛泡桐 (Paulowniatomen tosa)、南方泡桐 (Paulowniaaustralis)、白花泡桐 (Paulowniafortunei)、兰考泡桐 (Paulowniaelongata)和豫杂一号泡桐 (P .tomentosa×P .fortunei)叶片愈伤组织诱导的最适培养基 (分别为MS +0 .5NAA +4BA、MS +0 .3NAA +2BA、MS +0 .5NAA +4BA、MS +0 .3NAA +6BA和MS +0 .3NAA +8BA) ,然后 ,从 18个不同浓度NAA和BA组合的MS培养基中 ,找出了它们叶片愈伤组织诱导芽分化最适培养基 (分别为MS +0 .3NAA +12BA、MS +0 .3NAA +12BA、MS +0 .5NAA +12BA、MS +0 .5NAA +12BA和MS +0 .7NAA +12BA) ,最后 ,找出了 5种泡桐芽诱导根的最适培养基 (分别为 1 2MS +0 .1NAA、1 2MS +0 .1NAA、1 2MS、1 2MS +0 .3NAA和 1 2MS +0 .5NAA)。 展开更多
关键词 泡桐 愈伤组织诱导 再生植株 培养基 激素
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泡桐丛枝病发生特异相关蛋白质亚细胞定位及质谱鉴定 被引量:11
10
作者 范国强 曾辉 翟晓巧 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第4期83-86,175,共5页
借助胶体金免疫电镜和质谱分析技术,利用制备的专化性抗体,进行豫杂一号泡桐丛枝病发生特异相关蛋白质(m24ku,pI6.8)叶片和茎尖的亚细胞定位和质谱鉴定研究。结果显示:豫杂一号泡桐丛枝病发生特异相关蛋白质分布于健康苗叶片和茎尖细胞... 借助胶体金免疫电镜和质谱分析技术,利用制备的专化性抗体,进行豫杂一号泡桐丛枝病发生特异相关蛋白质(m24ku,pI6.8)叶片和茎尖的亚细胞定位和质谱鉴定研究。结果显示:豫杂一号泡桐丛枝病发生特异相关蛋白质分布于健康苗叶片和茎尖细胞的细胞壁、液泡和叶绿体部位,患病幼苗叶片和茎尖细胞相同亚细胞器部位未发现该蛋白质的存在,进一步表明植原体侵染阻断了此蛋白的合成。此外,基质辅助激光解吸飞行时间质谱仪(MALDI-TOF-MS)分析该特异蛋白后,通过查询MSDB数据库初步断定该特异相关蛋白为水稻叶绿体分子伴侣Q6K822-ORYSA的同源蛋白。 展开更多
关键词 泡桐 丛枝病特异相关蛋白质 胶体金免疫电镜 亚细胞定位 质谱鉴定
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甲基磺酸甲酯处理的豫杂一号泡桐丛枝病幼苗的生长及SSR分析 被引量:10
11
作者 翟晓巧 曹喜兵 范国强 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第12期176-181,共6页
DNA甲基化在基因表达、细胞分化以及系统发育中起着重要的调节作用(陆光远等,2005;Meyeret al.,1994;Ulian et al.,1996;Rossi et al.,1997)。在植物生长发育过程中,DNA甲基化水平过高或过低,都会导致植物形态发生异常。
关键词 豫杂一号泡桐 丛枝病 甲基磺酸甲酯 形态变化 SSR
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泡桐丛枝病发生与代谢组变化的关系(英文) 被引量:6
12
作者 曹亚兵 翟晓巧 +2 位作者 邓敏捷 赵振利 范国强 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第6期85-93,共9页
【目的】通过对泡桐健康苗和丛枝病苗进行代谢组分析,探讨代谢物变化与泡桐丛枝病发生的关系。【方法】利用非靶标的高效液相色谱-质谱联用技术(HPLC-MS)对长度为1.5 cm的健康和植原体感染的毛泡桐组培苗顶芽进行代谢组分析,将上机检测... 【目的】通过对泡桐健康苗和丛枝病苗进行代谢组分析,探讨代谢物变化与泡桐丛枝病发生的关系。【方法】利用非靶标的高效液相色谱-质谱联用技术(HPLC-MS)对长度为1.5 cm的健康和植原体感染的毛泡桐组培苗顶芽进行代谢组分析,将上机检测得到的质谱数据用主成分分析和偏最小二乘判别分析法进行分析得到最终差异的荷质比,并将其比对到KEGG代谢物数据库中,通过分析找到植原体感染的毛泡桐组培苗与健康组培苗之间代谢物含量和种类的差异。【结果】毛泡桐病苗和健康苗中有1 612种代谢物发生变化。与健康苗相比,在病苗中有765种代谢物含量下降,847种代谢物含量增多。KEGG代谢通路分析表明,这些代谢物中有460种代谢物参与111个代谢途径,其中变化显著的3个代谢途径为"异喹啉生物碱合成"、"双萜类生物合成"和"黄酮生物合成"。另外,病苗中参与植物激素信号转导的代谢物也发生明显变化。其中在植原体感染的毛泡桐病苗中玉米素、玉米素核苷、赤霉素、二氢玉米素核苷、花葵素、黄芩素和花青色素等含量发生明显变化,表明这些代谢物含量的变化可能与丛枝病发生有一定关系。【结论】通过比较健康苗和病苗中代谢物含量和种类的变化,找出可能与丛枝病发生密切相关的代谢物及其相应的代谢通路,该结果有助于进一步阐明泡桐和其他植物丛枝病发生分子机制,并为泡桐丛枝病有效防治奠定基础。 展开更多
关键词 毛泡桐 代谢组 丛枝病 植物激素 花青素
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豫杂一号泡桐二倍体及其同源四倍体的AFLP和MSAP分析 被引量:3
13
作者 张晓申 范国强 +4 位作者 赵振利 曹喜兵 赵改丽 邓敏捷 董焱鹏 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第10期167-172,共6页
植物多倍化既是对自然环境适应的结果,也是推动其进化和物种形成的重要因素。自然界大约70%的被子植物在进化史中经历过一次或多次多倍化过程(Masterson,1994;Wendel,2000)。多倍体植物具有器官和生物量增大的特征及较强适应生物和非... 植物多倍化既是对自然环境适应的结果,也是推动其进化和物种形成的重要因素。自然界大约70%的被子植物在进化史中经历过一次或多次多倍化过程(Masterson,1994;Wendel,2000)。多倍体植物具有器官和生物量增大的特征及较强适应生物和非生物胁迫的能力(Hilu,1993;Liu et al.,2002)。植物多倍化过程中,在染色体结构(Swapna et al., 展开更多
关键词 豫杂一号泡桐 二倍体 同源四倍体 AFLP MSAP
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甲基磺酸甲酯对毛泡桐丛枝病苗DNA甲基化的影响 被引量:2
14
作者 曹喜兵 赵振利 +2 位作者 范国强 邓敏捷 董焱鹏 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第3期99-108,共10页
分别采用扩增片段长度多态性(AFLP)和甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术,研究不同浓度甲基磺酸甲酯(MMS)处理毛泡桐丛枝病幼苗后DNA碱基序列及其甲基化的变化,并对发病相关特异DNA片段对应蛋白的功能进行预测。结果表明:健康和丛枝病幼苗... 分别采用扩增片段长度多态性(AFLP)和甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术,研究不同浓度甲基磺酸甲酯(MMS)处理毛泡桐丛枝病幼苗后DNA碱基序列及其甲基化的变化,并对发病相关特异DNA片段对应蛋白的功能进行预测。结果表明:健康和丛枝病幼苗及MMS处理后丛枝病幼苗的DNA碱基序列在AFLP水平上相同。随着MMS浓度的升高,处理后丛枝病幼苗的总DNA甲基化水平逐渐升高,但最大浓度(100 mg·L-1)MMS处理后的DNA甲基化水平仍低于健康苗。与毛泡桐丛枝病幼苗相比,MMS处理后丛枝病幼苗的DNA去甲基化多态性皆低于DNA甲基化多态性。序列同源性功能分析结果表明特异DNA甲基化片段对应蛋白功能可能涉及物质和能量代谢、转录和转运、信号转导及致病相关。毛泡桐丛枝病发生可能与其DNA甲基化水平降低和DNA甲基化模式变化密切相关。 展开更多
关键词 毛泡桐 丛枝病 甲基磺酸甲酯 DNA甲基化 AFLP MSAP
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泡桐离体开花培养系统的建立 被引量:3
15
作者 刘飞 范国强 董占强 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第12期56-63,共8页
为了缩短泡桐营养生长周期,给泡桐杂交育种提供便利条件,以3种泡桐实生组织培养苗为材料,研究培养基中植物激素、蔗糖浓度及培养温度对南方泡桐、白花泡桐和兰考泡桐离体开花的影响。结果表明:南方泡桐和白花泡桐在温度15℃、蔗糖浓度50... 为了缩短泡桐营养生长周期,给泡桐杂交育种提供便利条件,以3种泡桐实生组织培养苗为材料,研究培养基中植物激素、蔗糖浓度及培养温度对南方泡桐、白花泡桐和兰考泡桐离体开花的影响。结果表明:南方泡桐和白花泡桐在温度15℃、蔗糖浓度50g·L-1、培养基分别为MS+0.9mg·L-1NAA+12mg·L-1ZT和MS+1.2mg·L-1NAA+10mg·L-1ZT条件下,离体开花率最高,分别达90%、95%;兰考泡桐在温度25℃、蔗糖浓度50g·L-1、培养基为MS+1.2mg·L-1NAA+10mg·L-1ZT条件下达到93.3%。 展开更多
关键词 泡桐 离体开花 外植体 培养基
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泡桐新品种‘白四泡桐1号’ 被引量:1
16
作者 赵振利 范国强 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第12期168-168,共1页
‘白四泡桐1号’是以白花泡桐为亲本,通过化学诱变和组织培养方法获得的泡桐新品种。该品种在生长量、木材理化性质、自然接干和抗逆性等方面均优于白花泡桐,可通过组织培养、埋根等方法繁育苗木,适合在白花泡桐的自然分布区和栽培区推广。
关键词 白花泡桐 新品种 四倍体 白四泡桐1号
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白花泡桐TCP家族分析及其对丛枝病和干旱的响应 被引量:3
17
作者 韩建霞 曹喜兵 +1 位作者 刘海芳 范国强 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2022年第4期337-345,共9页
为探究白花泡桐TCP家族在调控丛枝病和干旱胁迫响应中的作用,对白花泡桐全基因组TCP家族成员进行生物信息学分析。结果表明:白花泡桐TCP家族有35个基因;所有家族成员分布在14条染色体上,每条染色体的基因数量有1~5个;同时,所有成员均包... 为探究白花泡桐TCP家族在调控丛枝病和干旱胁迫响应中的作用,对白花泡桐全基因组TCP家族成员进行生物信息学分析。结果表明:白花泡桐TCP家族有35个基因;所有家族成员分布在14条染色体上,每条染色体的基因数量有1~5个;同时,所有成员均包含基序1;顺式作用元件表明PfTCPs主要参与激素和光响应;结合丛枝病和干旱处理前后白花泡桐TCP的转录组分析,最终发现PfTCP17和PfTCP27可能在调控丛枝病发生和干旱胁迫中发挥重要作用。该结果为进一步培育白花泡桐抗生物和非生物胁迫新品种提供了依据。 展开更多
关键词 白花泡桐 TCP家族鉴定 转录组 丛枝病 干旱胁迫
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泡桐丛枝病相关lncRNAs的表达和调控 被引量:2
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作者 李文杨 李永生 +3 位作者 曹亚兵 王哲 闫丽君 范国强 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2019年第2期181-187,共7页
为揭示与泡桐丛枝病相关的长链非编码RNA(lncRNA),探讨其调控模式,利用高通量测序平台Illumina HiseqTM2000对泡桐的健康苗、丛枝病苗和利福平处理的丛枝病苗进行测序,筛选出差异表达的lncRNAs和靶基因,并对靶基因进行基因本体论(GO)功... 为揭示与泡桐丛枝病相关的长链非编码RNA(lncRNA),探讨其调控模式,利用高通量测序平台Illumina HiseqTM2000对泡桐的健康苗、丛枝病苗和利福平处理的丛枝病苗进行测序,筛选出差异表达的lncRNAs和靶基因,并对靶基因进行基因本体论(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集性分析。结果表明:共鉴定出的3 237个候选lncRNAs,其中PT/PTI、PT/PTIL-100和PTI/PTIL-100中差异表达并且相同的lncRNAs有147个,靶基因富集于40个GO和119条代谢通路。通过比较分析,发现72个lncRNAs可能与泡桐丛枝病发生相关,其靶基因主要参与的KEGG代谢途径有磷脂酶D信号通路、Wnt信号通路、ABC转运、糖基磷脂酰肌醇(GPI)-锚定生物合成途径、次生代谢产物的生物合成、泛素介导的蛋白水解、玉米素生物合成、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢等。预测lncRNAs(TCONS_00009507、TCONS_00019521、TCONS_00012917、TCONS_00030963和TCONS_0002705)调控靶基因参与泡桐丛枝植原体与泡桐互作和影响细胞周期改变泡桐形态建成,为泡桐丛枝病发生机理的研究奠定基础。 展开更多
关键词 泡桐 丛枝病 植原体 长链非编码RNA
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泡桐E2基因家族分析及对丛枝植原体的响应 被引量:1
19
作者 江小羊 曹喜兵 +2 位作者 赵振利 邓敏捷 范国强 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2022年第2期174-183,共10页
泛素结合酶(UBC)E2是泛素蛋白酶体系统的组成部分,在植物生长发育、形态建成和病原互作中扮演着重要角色。为研究E2基因家族在泡桐丛枝病幼苗形态变化中的作用,利用生物信息学方法对白花泡桐E2基因进行家族成员鉴定、染色体定位及分析... 泛素结合酶(UBC)E2是泛素蛋白酶体系统的组成部分,在植物生长发育、形态建成和病原互作中扮演着重要角色。为研究E2基因家族在泡桐丛枝病幼苗形态变化中的作用,利用生物信息学方法对白花泡桐E2基因进行家族成员鉴定、染色体定位及分析其在泡桐丛枝病发生过程中的作用。结果表明,白花泡桐基因组中含有56个E2基因家族成员,分别属于17个亚族。56个E2基因家族成员均含有外显子,而55个基因家族成员都含有内含子;53个基因家族成员都含有光响应元件、胁迫响应元件和激素响应元件;56个基因家族成员参与了28个基因重复事件,与拟南芥之间有41个共线性事件;PfUBC44、PfUBC45和PfUBC51可能与白花泡桐丛枝病发生相关。该结果对研究白花泡桐E2基因家族在泡桐丛枝病发生过程中的作用具有重要意义。 展开更多
关键词 白花泡桐 泛素结合酶 丛枝植原体 家族进化分析 E2基因
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泡桐丛枝病相关microRNAs测序及其靶基因预测 被引量:2
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作者 王利美 邓敏捷 +3 位作者 张艳芳 程智远 李熙尧 范国强 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2021年第2期180-187,共8页
为探讨microRNAs(miRNAs)在泡桐丛枝病发生过程中的作用,选取白花泡桐、毛泡桐及豫杂一号泡桐的健康苗、丛枝病苗和甲基磺酸甲酯(MMS)处理恢复健康状态的丛枝病苗作为试验材料,利用高通量测序平台及生物信息学分析技术,筛选与泡桐丛枝... 为探讨microRNAs(miRNAs)在泡桐丛枝病发生过程中的作用,选取白花泡桐、毛泡桐及豫杂一号泡桐的健康苗、丛枝病苗和甲基磺酸甲酯(MMS)处理恢复健康状态的丛枝病苗作为试验材料,利用高通量测序平台及生物信息学分析技术,筛选与泡桐丛枝病发生相关的miRNAs及其靶基因。结果共鉴定出546个miRNAs,并筛选出11个差异表达且与泡桐丛枝病发生相关的miRNAs,降解组测序发现其中7个miRNAs调控29个靶基因。由蛋白互作网络分析可知,这些泡桐丛枝病发生相关miRNAs协同发挥作用,参与泡桐的防御反应、光合作用和激素合成等生物学过程。研究结果为揭示miRNAs在泡桐丛枝病发生过程中的作用机制提供了一定的研究基础。 展开更多
关键词 泡桐 泡桐丛枝病 MICRORNAS 高通量测序 靶基因
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