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浓香型白酒酒醅中总RNA提取方法评价
被引量：
2
1
作者
胡晓龙
王康丽
+7 位作者
宋丽丽
侯建光
曹振华
吴丽丽
牛广杰
马歌丽
赵书民
赵东
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期74-82,共9页
为探寻我国特有的复杂微生态环境——浓香型酒醅样品总RNA提取方法,本实验建立了一种改良的十二烷基硫酸钠(sodium dodecyl sulfate,SDS)-苯酚法,并从提取成本及耗时、RNA质量浓度和纯度、电泳结果、反转录效果及高通量测序分析5个方面...
为探寻我国特有的复杂微生态环境——浓香型酒醅样品总RNA提取方法,本实验建立了一种改良的十二烷基硫酸钠(sodium dodecyl sulfate,SDS)-苯酚法,并从提取成本及耗时、RNA质量浓度和纯度、电泳结果、反转录效果及高通量测序分析5个方面,比较其与试剂盒法、Trizol法、十六烷基三甲基溴化铵(hexadecyl trimethyl ammonium bromide,CTAB)法和月桂酸钠法提取酒醅样品总RNA的效果。结果表明,SDS-苯酚法和CTAB法成本较低,试剂盒法成本最高但耗时最短;试剂盒法提取的总RNA质量浓度最高,分别约为SDS-苯酚法、Trizol法、CTAB法和月桂酸钠法的1.84、2.33、19.14倍和3.09倍;SDS-苯酚法和试剂盒法提取样品总RNA的OD260 nm/OD280 nm和OD260 nm/OD230 nm均分别大于1.8和2.0;SDS-苯酚法电泳条带完整性优于其他方法,CTAB法无法检测到电泳条带。SDS-苯酚法、试剂盒法和Trizol法所提取的RNA能有效反转录为cDNA并将其用于高通量测序分析,3种方法所得优势微生物种属(Lactobacillus和Clostridium)及不同发酵节点酒醅之间的微生物群丰度变化情况基本一致,其中SDS-苯酚法获得的微生物群落多样性最高,且能较好地反映不同酒醅间微生物类群的差异;Trizol法和试剂盒法均能偏好性地多获得1个属,但其含量均很低(0.01%)。本研究系统地比较了5种常见的总RNA提取方法在浓香型酒醅RNA提取的应用效果,其中本研究建立的改良SDS-苯酚法具有一定的综合优势,为今后以RNA为基础的酒醅分子生物学研究提供理论依据,同时对其他富含糖、腐殖质及酚类等杂质的环境样品RNA提取具有较好的借鉴意义。
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关键词
浓香型白酒酒醅
宏转录组
总RNA提取
提取方法评价
微生物群落
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职称材料
基于高通量测序的窖泥原核微生物群落多样性在退化窖池中的空间异质性
被引量：
17
2
作者
胡晓龙
余苗
+7 位作者
曹振华
王康丽
田瑞杰
韩素娜
李华
李建民
曾田
李红
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021年第10期86-93,共8页
采用高通量测序技术结合网络分析及多元统计分析方法,研究退化窖池窖壁上层(PW-T)、中层(PW-M)、下层(PW-U)及窖底(PB)窖泥中原核微生物群落、菌群网络及影响微生物群落的理化因素。结果表明,窖泥微生物群落α及β多样性在退化窖池中均...
采用高通量测序技术结合网络分析及多元统计分析方法,研究退化窖池窖壁上层(PW-T)、中层(PW-M)、下层(PW-U)及窖底(PB)窖泥中原核微生物群落、菌群网络及影响微生物群落的理化因素。结果表明,窖泥微生物群落α及β多样性在退化窖池中均存在明显的空间异质性,且窖池退化是一个自上而下的退化过程。随窖池深度增加,窖泥微生物群落α多样性指数整体呈显著上升趋势,如Shannon指数由大到小依次为PW-U(3.38)>PB(2.51)>PW-M(1.09)>PW-T(0.33)(P<0.05);窖泥优势菌门由单一的厚壁菌门(Firmicutes)(PW-T和PW-M,约99%)增加至Firmicutes、拟杆菌门(Bacteroidetes)、广古菌门(Euryarchaeota)等6个门(PW-U)及PB的4个门。退化窖泥呈现低含水量(平均值32.7%)、低pH值(平均值4.42)及低有效磷(平均值259.27 mg/kg)"三低"的理化特征,其对窖泥微生物群落结构影响较大(冗余分析)。窖泥菌群网络中互呈正相关的微生物主要隶属于不同的纲(占总相关性的78.74%)。同现网络中9个枢纽总含量非常低(0%~2.84%),与窖泥p H值或含水量呈显著或极显著正相关(P<0.05或P<0.01);除互营单胞菌属(Syntrophomonas)外,其他枢纽均与乳酸杆菌属(Lactobacillus)呈极显著负相关(P<0.01)。窖泥p H值与多种理化因子呈显著正、负相关(P<0.05),且与群落Simpson指数呈显著正相关,表明p H值可作为一个综合指标用于窖泥质量的初步判断。本实验较系统地研究了窖泥原核微生物群落多样性在退化窖池中空间分布、微生物之间以及微生物和理化因子之间的相关性,为进一步揭示窖泥的退化机制、防治窖泥退化及人工优质窖泥的制作提供一定的理论支撑。
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关键词
窖泥退化
空间异质性
群落多样性
菌群网络
中国浓香型白酒
高通量测序
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职称材料
题名
浓香型白酒酒醅中总RNA提取方法评价
被引量：
2
1
作者
胡晓龙
王康丽
宋丽丽
侯建光
曹振华
吴丽丽
牛广杰
马歌丽
赵书民
赵东
机构
郑州轻工业大学食品与生物工程学院
河南仰韶酒业有限公司博士后研发基地
河南
宋河
酒
业股份
有限公司
河南
省寿
酒
有限公司
河南
省
酒
业协会
五粮液集团
有限公司
出处
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期74-82,共9页
基金
国家自然科学基金青年科学基金项目(31801535)
河南省重大科技专项(181100211400)
+1 种基金
中国轻工业浓香型白酒固态发酵重点实验室开放基金项目(2017JJ012,2018JJ017)
郑州轻工业学院博士科研启动基金项目(2016BSJJ018)。
文摘
为探寻我国特有的复杂微生态环境——浓香型酒醅样品总RNA提取方法,本实验建立了一种改良的十二烷基硫酸钠(sodium dodecyl sulfate,SDS)-苯酚法,并从提取成本及耗时、RNA质量浓度和纯度、电泳结果、反转录效果及高通量测序分析5个方面,比较其与试剂盒法、Trizol法、十六烷基三甲基溴化铵(hexadecyl trimethyl ammonium bromide,CTAB)法和月桂酸钠法提取酒醅样品总RNA的效果。结果表明,SDS-苯酚法和CTAB法成本较低,试剂盒法成本最高但耗时最短;试剂盒法提取的总RNA质量浓度最高,分别约为SDS-苯酚法、Trizol法、CTAB法和月桂酸钠法的1.84、2.33、19.14倍和3.09倍;SDS-苯酚法和试剂盒法提取样品总RNA的OD260 nm/OD280 nm和OD260 nm/OD230 nm均分别大于1.8和2.0;SDS-苯酚法电泳条带完整性优于其他方法,CTAB法无法检测到电泳条带。SDS-苯酚法、试剂盒法和Trizol法所提取的RNA能有效反转录为cDNA并将其用于高通量测序分析,3种方法所得优势微生物种属(Lactobacillus和Clostridium)及不同发酵节点酒醅之间的微生物群丰度变化情况基本一致,其中SDS-苯酚法获得的微生物群落多样性最高,且能较好地反映不同酒醅间微生物类群的差异;Trizol法和试剂盒法均能偏好性地多获得1个属,但其含量均很低(0.01%)。本研究系统地比较了5种常见的总RNA提取方法在浓香型酒醅RNA提取的应用效果,其中本研究建立的改良SDS-苯酚法具有一定的综合优势,为今后以RNA为基础的酒醅分子生物学研究提供理论依据,同时对其他富含糖、腐殖质及酚类等杂质的环境样品RNA提取具有较好的借鉴意义。
关键词
浓香型白酒酒醅
宏转录组
总RNA提取
提取方法评价
微生物群落
Keywords
fermented grains of Chinese strong-flavor Baijiu
metatranscriptome
total RNA extraction
evaluation of extraction methods
microbial community
分类号
TS261 [轻工技术与工程—发酵工程]
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职称材料
题名
基于高通量测序的窖泥原核微生物群落多样性在退化窖池中的空间异质性
被引量：
17
2
作者
胡晓龙
余苗
曹振华
王康丽
田瑞杰
韩素娜
李华
李建民
曾田
李红
机构
郑州轻工业大学食品与生物工程学院
河南
宋河
酒
业股份
有限公司
河南仰韶酒业有限公司博士后研发基地
五粮液集团
有限公司
出处
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021年第10期86-93,共8页
基金
国家自然科学基金青年科学基金项目(31801535)
河南省重大科技专项(181100211400)
+1 种基金
中国轻工业浓香型白酒固态发酵重点实验室开放基金项目(2018JJ017)
郑州轻工业学院博士科研启动基金项目(2016BSJJ018)。
文摘
采用高通量测序技术结合网络分析及多元统计分析方法,研究退化窖池窖壁上层(PW-T)、中层(PW-M)、下层(PW-U)及窖底(PB)窖泥中原核微生物群落、菌群网络及影响微生物群落的理化因素。结果表明,窖泥微生物群落α及β多样性在退化窖池中均存在明显的空间异质性,且窖池退化是一个自上而下的退化过程。随窖池深度增加,窖泥微生物群落α多样性指数整体呈显著上升趋势,如Shannon指数由大到小依次为PW-U(3.38)>PB(2.51)>PW-M(1.09)>PW-T(0.33)(P<0.05);窖泥优势菌门由单一的厚壁菌门(Firmicutes)(PW-T和PW-M,约99%)增加至Firmicutes、拟杆菌门(Bacteroidetes)、广古菌门(Euryarchaeota)等6个门(PW-U)及PB的4个门。退化窖泥呈现低含水量(平均值32.7%)、低pH值(平均值4.42)及低有效磷(平均值259.27 mg/kg)"三低"的理化特征,其对窖泥微生物群落结构影响较大(冗余分析)。窖泥菌群网络中互呈正相关的微生物主要隶属于不同的纲(占总相关性的78.74%)。同现网络中9个枢纽总含量非常低(0%~2.84%),与窖泥p H值或含水量呈显著或极显著正相关(P<0.05或P<0.01);除互营单胞菌属(Syntrophomonas)外,其他枢纽均与乳酸杆菌属(Lactobacillus)呈极显著负相关(P<0.01)。窖泥p H值与多种理化因子呈显著正、负相关(P<0.05),且与群落Simpson指数呈显著正相关,表明p H值可作为一个综合指标用于窖泥质量的初步判断。本实验较系统地研究了窖泥原核微生物群落多样性在退化窖池中空间分布、微生物之间以及微生物和理化因子之间的相关性,为进一步揭示窖泥的退化机制、防治窖泥退化及人工优质窖泥的制作提供一定的理论支撑。
关键词
窖泥退化
空间异质性
群落多样性
菌群网络
中国浓香型白酒
高通量测序
Keywords
degradation of pit mud
spatial heterogeneity
microbial community diversity
microbial community network
Chinese strong-flavor Baijiu
high-throughput sequencing technology
分类号
TS261 [轻工技术与工程—发酵工程]
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职称材料
题名
作者
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1
浓香型白酒酒醅中总RNA提取方法评价
胡晓龙
王康丽
宋丽丽
侯建光
曹振华
吴丽丽
牛广杰
马歌丽
赵书民
赵东
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
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职称材料
2
基于高通量测序的窖泥原核微生物群落多样性在退化窖池中的空间异质性
胡晓龙
余苗
曹振华
王康丽
田瑞杰
韩素娜
李华
李建民
曾田
李红
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021
17
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