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基于网络药理学和分子对接技术分析大黄蛰虫丸治疗糖尿病肾病的机制
1
作者 窦雪伟 崔文飞 +3 位作者 董浩洋 申雨澎 王瑾瑾 闫国立 《郑州大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第3期342-348,共7页
目的:通过网络药理学和分子对接技术预测大黄蛰虫丸(DHZCP)治疗糖尿病肾病(DKD)的潜在靶点及机制。方法:运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)以及中国知网、万方数据库、PubMed数据库等搜集DHZCP各药活性成分,利用PubChem、Swiss... 目的:通过网络药理学和分子对接技术预测大黄蛰虫丸(DHZCP)治疗糖尿病肾病(DKD)的潜在靶点及机制。方法:运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)以及中国知网、万方数据库、PubMed数据库等搜集DHZCP各药活性成分,利用PubChem、Swiss Target Prediction数据库获取各成分靶点,利用GeneCards、DisGeNet、OMIM及TTD数据库筛选DKD相关靶基因,取交集获得潜在治疗靶点。通过STRING平台构建蛋白-蛋白互作网络,并通过Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络图,筛选核心活性成分和靶点。利用David平台进行KEGG通路与GO功能富集分析。最后利用Autodock vina V1.2.0软件进行分子对接。结果:DHZCP各成分靶点1 102个,DKD相关靶点基因4 001个,DHZCP治疗DKD的潜在靶点641个。DHZCP治疗DKD的核心活性成分为甘草黄酮、甘草查尔酮B、β-谷甾醇、谷甾醇、山奈酚、豆甾醇,核心靶点为肿瘤蛋白P53(TP53)、非受体酪氨酸激酶(SRC)、AKT丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、磷酸肌醇3激酶调节亚基1(PIK3R1)、信号转导和转录激活因子3(STAT3)。GO功能富集显示,DHZCP治疗DKD涉及蛋白质磷酸化、对外源性刺激的反应等;KEGG通路富集显示关键信号通路包括血脂与动脉粥样硬化、糖尿症并发症中的糖基化终末产物-糖基化终末产物受体信号通路等。分子对接显示核心活性成分和核心靶点均结合稳定。结论:DHZCP可能通过甘草黄酮、甘草查尔酮B、β-谷甾醇、谷甾醇、山奈酚、豆甾醇等活性成分,作用于TP53、SRC、AKT1、PIK3CA、PIK3R1、STAT3等靶点及多条通路,发挥治疗DKD的作用。 展开更多
关键词 大黄蛰虫丸 糖尿病肾病 网络药理学 分子对接技术
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基于高通量测序技术构建糖尿病肾病小鼠lncRNA相关ceRNA调控网络 被引量：1
2
作者 王瑾瑾 段英奇 +2 位作者 崔文飞 牛钰琪 闫国立 《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2024年第5期607-612,共6页
目的:筛选糖尿病肾病(DKD)小鼠肾脏组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)、小RNA(miRNA),构建lncRNA相关竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络。方法:选取6只BKS-db/m雄性小鼠为对照组,6只BKS-db/db雄性小鼠为模型组,模型组构建DKD小鼠模型... 目的:筛选糖尿病肾病(DKD)小鼠肾脏组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)、小RNA(miRNA),构建lncRNA相关竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络。方法:选取6只BKS-db/m雄性小鼠为对照组,6只BKS-db/db雄性小鼠为模型组,模型组构建DKD小鼠模型。处死小鼠后取肾脏组织进行高通量测序,利用DESeq软件筛选两组差异表达的lncRNA、miRNA,使用Miranda软件进行差异表达的miRNA靶基因预测。构建lncRNA相关ceRNA调控网络并进行GO功能富集分析以及KEGG信号通路富集分析。结果:共筛选出DKD小鼠差异表达的lncRNA 1495个、差异表达的miRNA 72个。成功构建由MSTRG.7252.3、MSTRG.10465.2、MSTRG.16253.3等23个lncRNA、23个miRNA与2个mRNA组成,与lncRNA相关的ceRNA网络。GO功能富集分析显示,该网络主要涉及生物学过程、细胞组成和分子功能;KEGG信号通路富集显示,主要与PPAR信号通路、造血细胞谱系、细胞黏附分子、TNF信号通路等有关。结论:成功构建DKD小鼠lncRNA相关的ceRNA调控网络。 展开更多
关键词 竞争性内源RNA lncRNA 糖尿病肾病 高通量测序 生物信息学 小鼠
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基于网络药理学和分子对接技术探讨复方菖蒲益智汤治疗轻度认知功能障碍的作用机制
3
作者 崔文飞 窦雪伟 +4 位作者 牛羚 单雅琪 雷益铭 王瑾瑾 张明昊 《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2024年第4期469-475,共7页
目的:基于网络药理学和分子对接技术探究复方菖蒲益智汤治疗轻度认知功能障碍(MCI)的药理学作用机制。方法:通过TCMSP平台和PubChem、Swiss Target Prediction数据库获取复方菖蒲益智汤主要的6味中药的活性成分和作用靶点,从GeneCards、... 目的:基于网络药理学和分子对接技术探究复方菖蒲益智汤治疗轻度认知功能障碍(MCI)的药理学作用机制。方法:通过TCMSP平台和PubChem、Swiss Target Prediction数据库获取复方菖蒲益智汤主要的6味中药的活性成分和作用靶点,从GeneCards、DisGeNet、OMIM、TTD数据库获取MCI的相关基因。利用Venny 2.1.0平台将药物的成分靶点与MCI相关的靶基因取交集,利用Cytoscape 3.7.2进行“药物-成分-靶点-疾病”网络图的构建,并利用STRING平台构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络图,然后利用Metascape平台进行KEGG通路富集分析与GO功能富集分析。最后利用Autodock vina V1.2.0对核心作用靶点及主要药效成分进行分子对接,验证它们之间的紧密联系程度。结果:复方菖蒲益智汤治疗MCI的潜在靶基因共178种。PPI网络图筛选出AKT1、TNF、EGFR、CASP3、IL1B、VEGFA 6个关键核心靶点,涉及7NH5、6Q00、8A27等关键核心靶蛋白;KEGG通路富集分析结果表明,AKT1、TNF、IL1B、VEGFA 4个关键核心靶点在AGE-RAGE信号通路中。分子对接结果显示,复方菖蒲益智汤的有效成分与上述6个关键核心靶点的结合活性良好。结论:复方菖蒲益智汤中主要的6味中药的活性成分可作用于AKT1、TNF、IL1B等多个靶点,通过调控AGE-RAGE通路发挥治疗MCI的作用。 展开更多
关键词 复方菖蒲益智汤 轻度认知功能障碍 网络药理学 分子对接 富集分析
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