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Egfr基因启动子区的DNaseⅠ高敏感位点定位
被引量：
1
1
作者
李珊珊
李相辉
+4 位作者
李岩
赵博
张秀芳
王泽生
张玉祥
《首都医科大学学报》
CAS
北大核心
2009年第2期189-194,共6页
目的用一种新方法研究表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)基因启动子区脱氧核糖核酸酶Ⅰ高敏感位点(DNaseⅠhypersensitive site,DHS),找出确切DNaseⅠ酶切位点,进而预测可能与DHS相结合的转录因子,探索egfr基因...
目的用一种新方法研究表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)基因启动子区脱氧核糖核酸酶Ⅰ高敏感位点(DNaseⅠhypersensitive site,DHS),找出确切DNaseⅠ酶切位点,进而预测可能与DHS相结合的转录因子,探索egfr基因表达调控机制。方法本研究以宫颈癌细胞系HeLa(EGFR+)、乳腺癌细胞系MDA-MB-231(EGFR+)和阴性对照白血病细胞系K562(EGFR-)为模型,在用浓度为5kU/L、10kU/L DNaseⅠ消化细胞核中染色质后,采用连接介导PCR(ligation-mediatedPCR,LM-PCR)的方法,检测出egfr基因启动子区DHS,并进行测序。通过对测序结果进行分析,确定egfr基因启动子区DHS的具体位置。用生物信息学方法对所得DHS进行分析,预测与之结合的转录因子。结果对测序结果进行分析得到确切DNaseⅠ酶切位点。在egfr基因表达阳性的宫颈癌细胞系HeLa、乳腺癌细胞系MDA-MB-231中,DHS位于转录起始点上游300bp至500bp的启动子区内;而在egfr基因表达阴性的白血病细胞系K562中未发现DHS。运用生物信息学方法,用转录元件搜索软件(transcription element search software,TESS)对DHS进行分析,找到16个可能与egfr基因启动子区DHS序列相结合的转录因子。结论在egfr基因表达阳性的细胞系中,egfr基因启动子区存在DHS,可能是转录因子的结合区。这些实验结果为研究egfr基因启动子区空间构象、预测转录因子结合位点提供了部分实验依据。
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关键词
连接介导PCR
DNaseⅠ高敏感位点
EGFR基因
启动子
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职称材料
题名
Egfr基因启动子区的DNaseⅠ高敏感位点定位
被引量：
1
1
作者
李珊珊
李相辉
李岩
赵博
张秀芳
王泽生
张玉祥
机构
首都医科大学基础医学院生物化学与分子生物学系
河北
医科大学病原生物学教研室
河北青河人民医院妇产科
出处
《首都医科大学学报》
CAS
北大核心
2009年第2期189-194,共6页
基金
国家自然科学(30672422)基金
高等学校博士点专项科研(20050025006)
北京市教育委员会科技发展计划资助项目(KM2006-10025013)~~
文摘
目的用一种新方法研究表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)基因启动子区脱氧核糖核酸酶Ⅰ高敏感位点(DNaseⅠhypersensitive site,DHS),找出确切DNaseⅠ酶切位点,进而预测可能与DHS相结合的转录因子,探索egfr基因表达调控机制。方法本研究以宫颈癌细胞系HeLa(EGFR+)、乳腺癌细胞系MDA-MB-231(EGFR+)和阴性对照白血病细胞系K562(EGFR-)为模型,在用浓度为5kU/L、10kU/L DNaseⅠ消化细胞核中染色质后,采用连接介导PCR(ligation-mediatedPCR,LM-PCR)的方法,检测出egfr基因启动子区DHS,并进行测序。通过对测序结果进行分析,确定egfr基因启动子区DHS的具体位置。用生物信息学方法对所得DHS进行分析,预测与之结合的转录因子。结果对测序结果进行分析得到确切DNaseⅠ酶切位点。在egfr基因表达阳性的宫颈癌细胞系HeLa、乳腺癌细胞系MDA-MB-231中,DHS位于转录起始点上游300bp至500bp的启动子区内;而在egfr基因表达阴性的白血病细胞系K562中未发现DHS。运用生物信息学方法,用转录元件搜索软件(transcription element search software,TESS)对DHS进行分析,找到16个可能与egfr基因启动子区DHS序列相结合的转录因子。结论在egfr基因表达阳性的细胞系中,egfr基因启动子区存在DHS,可能是转录因子的结合区。这些实验结果为研究egfr基因启动子区空间构象、预测转录因子结合位点提供了部分实验依据。
关键词
连接介导PCR
DNaseⅠ高敏感位点
EGFR基因
启动子
Keywords
ligation-mediated PCR（LM-PCR）
DNaseⅠhypersensitive site
egfr gene
promoter
分类号
Q75 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
Egfr基因启动子区的DNaseⅠ高敏感位点定位
李珊珊
李相辉
李岩
赵博
张秀芳
王泽生
张玉祥
《首都医科大学学报》
CAS
北大核心
2009
1
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