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题名基于高通量测序的北柴胡根转录组SSR位点信息分析
被引量：4
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作者
王彬彬
高妍夏
郭欣慰
纪宏亮
王敬
王晖
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机构
河北省高校特产桑蚕应用技术研发中心
承德医学院蚕业研究所
中国医学科学院药用植物研究所
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出处
《西北农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期707-717,共11页
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基金
河北省自然科学基金(H2022406031)
河北省高等学校科学技术研究项目(QN2021005)
+3 种基金
河北省中医药管理局科研计划(2022160,2023138)
河北省科技厅大中学生科技创新能力培育专项(22E50267D,22E50270D)
承德医学院校级课题(202310)
河北省科技厅“技术创新引导专项-科技工作会商”。
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文摘
以北柴胡根为试材,采用高通量转录组测序方法,获得uingene序列信息,研究分析SSR分布、基元特征,设计、验证EST-SSR引物的有效性,为开发、丰富EST-SSR分子标记奠定基础。结果表明:从北柴胡根转录组中共筛选到31176个SSR位点,分布于21732条unigenes,出现的频率为20.08%,分布密度为3.20个/10 kb,主要重复基元类型以二核苷酸最为丰富,共21056个,占SSR位点总数的67.54%;其次是单核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR的19.05%和12.07%;四核苷酸~六核苷酸重复基元数量均较少。不同核苷酸基序类型共有131种基元,重复基元次数在5~11次的数量最多,占SSR总数的91.7%,且长度基本小于15 bp,其中AT/AT和AC/GT这两种基元在二核苷酸中出现频率最高。2064条和1004条含有SSR位点的unigenes分别注释到GO和KEGG通路,获得注释的基因功能主要与基础代谢相关。从22090对具有潜在多态性的EST-SSR引物中,随机挑选20对引物对3个北柴胡种质DNA进行PCR扩增,扩增成功率最高达85%。北柴胡根转录组SSR位点丰富、可用性较强,将促进柴胡的种质资源评价及分子标记辅助育种等工作。
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关键词
北柴胡
根
转录组
SSR
位点信息
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Keywords
Bupleurum chinense
Root
Transcriptome
SSR
Loci information
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分类号
S567.79
[农业科学—中草药栽培]
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