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基于转录组测序的侧柏EST-SSR引物开发与鉴定分析
1
作者
李锦秋
毕楷杰
+3 位作者
王立成
柳俊明
李清泉
顾丽姣
《林业与生态科学》
2025年第3期239-246,共8页
为了评价和利用侧柏种质资源,基于转录组测序技术,以侧柏的根、茎、叶为材料开发EST-SSR引物,并以黄叶侧柏MC1的半同胞子代黄叶苗和绿叶苗为样本,评估引物在不同侧柏资源中的适用性和多态性。结果表明根器官转录组中SSR位点数大于茎器...
为了评价和利用侧柏种质资源,基于转录组测序技术,以侧柏的根、茎、叶为材料开发EST-SSR引物,并以黄叶侧柏MC1的半同胞子代黄叶苗和绿叶苗为样本,评估引物在不同侧柏资源中的适用性和多态性。结果表明根器官转录组中SSR位点数大于茎器官、叶器官。叶器官中SSR重复类型大于茎器官、根器官。3个器官中优势基序均为A/T、AG/CT、AAG/CTT。3个器官中10、15、18 bp长度的SSR数量最多。60对EST-SSR引物有效率为100%,多态性率为16.67%,不同引物PIC值的变化范围为0.322~0.722。利用10对多态性引物扩增产物数据将样本进行聚类分析和遗传分析,并推测MC1半同胞子代有50%属于异交子代,其余疑似为自交子代,在遗传距离为200时,异交子代群体和疑似自交子代群体被划分为13大类群。
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关键词
黄叶侧柏MC1
转录组
EST-SSR
子代鉴定
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职称材料
题名
基于转录组测序的侧柏EST-SSR引物开发与鉴定分析
1
作者
李锦秋
毕楷杰
王立成
柳俊明
李清泉
顾丽姣
机构
河北
农业大学林学院
河北省
林木种质资源与森林保护重点实验室
河北省满城苗圃场
出处
《林业与生态科学》
2025年第3期239-246,共8页
基金
河北农业大学引进人才科研专项(YJ2021011)。
文摘
为了评价和利用侧柏种质资源,基于转录组测序技术,以侧柏的根、茎、叶为材料开发EST-SSR引物,并以黄叶侧柏MC1的半同胞子代黄叶苗和绿叶苗为样本,评估引物在不同侧柏资源中的适用性和多态性。结果表明根器官转录组中SSR位点数大于茎器官、叶器官。叶器官中SSR重复类型大于茎器官、根器官。3个器官中优势基序均为A/T、AG/CT、AAG/CTT。3个器官中10、15、18 bp长度的SSR数量最多。60对EST-SSR引物有效率为100%,多态性率为16.67%,不同引物PIC值的变化范围为0.322~0.722。利用10对多态性引物扩增产物数据将样本进行聚类分析和遗传分析,并推测MC1半同胞子代有50%属于异交子代,其余疑似为自交子代,在遗传距离为200时,异交子代群体和疑似自交子代群体被划分为13大类群。
关键词
黄叶侧柏MC1
转录组
EST-SSR
子代鉴定
Keywords
yellow-leaved Platycladus orientalis cv.MC1
transcriptome
EST-SSR
zygote identification
分类号
S792.19 [农业科学—林木遗传育种]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于转录组测序的侧柏EST-SSR引物开发与鉴定分析
李锦秋
毕楷杰
王立成
柳俊明
李清泉
顾丽姣
《林业与生态科学》
2025
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