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灰葡萄孢全基因组效应因子的预测与分析
1
作者
翟思琪
牛树启
+5 位作者
付媛
李白
王嘉琳
曹宏哲
邢继红
张康
《河北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期78-84,共7页
为了对灰葡萄孢全基因组效应因子进行预测筛选,本研究利用SignaIP 5.0、TMHMM、ProtComp 9.0等软件和预测程序对已经公布的灰葡萄孢全基因组筛选出具有分泌功能的蛋白;再对筛选出的分泌蛋白的半胱氨酸含量、信号肽长度及冗余性进行分析...
为了对灰葡萄孢全基因组效应因子进行预测筛选,本研究利用SignaIP 5.0、TMHMM、ProtComp 9.0等软件和预测程序对已经公布的灰葡萄孢全基因组筛选出具有分泌功能的蛋白;再对筛选出的分泌蛋白的半胱氨酸含量、信号肽长度及冗余性进行分析,最后使用EffectorP 3.0进行最终预测和表达差异分析,结果表明,从灰葡萄孢中筛选出109个候选效应因子和101个分泌蛋白。为了进一步探究筛选的候选效应因子的功能,本研究利用SMART预测109个候选效应蛋白的功能结构域以及侵染转录组数据分析,结果发现,候选效应因子均有信号肽,并选出持续高表达的候选效应基因Bcin04g03920和Bcin02g04350,验证发现其具有分泌功能。本研究从灰葡萄孢全基因组筛选获得了效应蛋白和分泌蛋白,为揭示灰葡萄孢的侵染机制奠定了重要基础。
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关键词
灰葡萄孢
全基因组
候选效应因子
胞外蛋白
生物信息学
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题名
灰葡萄孢全基因组效应因子的预测与分析
1
作者
翟思琪
牛树启
付媛
李白
王嘉琳
曹宏哲
邢继红
张康
机构
河北省
植物生理与分子病理学重点实验室/
河北
农业大学生命科学学院
河北省保定市园林绿化中心
出处
《河北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期78-84,共7页
基金
国家自然科学基金(31972217,32072369)
河北省自然科学基金(C2022204040)
+1 种基金
中央引导地方科技发展资金(236Z6301G)
河北省高等学校科学技术研究项目(BJK2022006).
文摘
为了对灰葡萄孢全基因组效应因子进行预测筛选,本研究利用SignaIP 5.0、TMHMM、ProtComp 9.0等软件和预测程序对已经公布的灰葡萄孢全基因组筛选出具有分泌功能的蛋白;再对筛选出的分泌蛋白的半胱氨酸含量、信号肽长度及冗余性进行分析,最后使用EffectorP 3.0进行最终预测和表达差异分析,结果表明,从灰葡萄孢中筛选出109个候选效应因子和101个分泌蛋白。为了进一步探究筛选的候选效应因子的功能,本研究利用SMART预测109个候选效应蛋白的功能结构域以及侵染转录组数据分析,结果发现,候选效应因子均有信号肽,并选出持续高表达的候选效应基因Bcin04g03920和Bcin02g04350,验证发现其具有分泌功能。本研究从灰葡萄孢全基因组筛选获得了效应蛋白和分泌蛋白,为揭示灰葡萄孢的侵染机制奠定了重要基础。
关键词
灰葡萄孢
全基因组
候选效应因子
胞外蛋白
生物信息学
Keywords
Botrytis cinerea
genome-wide
candidate effector factors
extracellular proteins
bioinformatics
分类号
S432.1 [农业科学—植物病理学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
灰葡萄孢全基因组效应因子的预测与分析
翟思琪
牛树启
付媛
李白
王嘉琳
曹宏哲
邢继红
张康
《河北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
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