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花生TCP家族基因鉴定及其在侧枝发育中的表达分析
1
作者
张靖男
韦丽君
+5 位作者
陈娟娟
杨鑫雷
穆国俊
侯名语
崔顺立
刘立峰
《河北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第3期25-33,共9页
TCP(Teosinte branched 1/Cycloidea/Proliferating cell factors)转录因子作为植物特有的一类转录因子,参与植物生长发育的多个重要进程。本研究利用生物信息学方法对花生TCP基因家族成员进行鉴定,结合花生侧枝转录组数据进行表达分析...
TCP(Teosinte branched 1/Cycloidea/Proliferating cell factors)转录因子作为植物特有的一类转录因子,参与植物生长发育的多个重要进程。本研究利用生物信息学方法对花生TCP基因家族成员进行鉴定,结合花生侧枝转录组数据进行表达分析。结果表明:在四倍体花生AABB、二倍体AA和BB基因组中分别鉴定获得30个AhTCPs、11个AduTCPs和10个AipTCPs,定位到14、6和5条染色体上;与拟南芥AtTCPs蛋白聚类分析发现,花生TCP蛋白可分为ClassⅠ和ClassⅡ(CYC/TB1和CIN)2个亚类;AhTCPs基因中含有1~6个数量不等的外显子和5个不同的motif;蛋白质长度为131~658个氨基酸,分子量为9.94~72.66 kD;大部分成员定位在细胞核上;家族基因启动子顺式作用元件分析发现,在AA、BB、AABB基因组分别获得77、75和94种顺式作用元件。转录组结果分析表明,24个AhTCPs在侧枝发育过程中存在不同程度的表达,大多数AhTCPs基因在2个品种(‘冀花5号’和‘M130’)6个时期中高表达。以上结果为进一步了解花生TCP家族的生物学功能提供理论基础。
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关键词
花生
TCP转录因子家族
生物信息学分析
表达分析
在线阅读
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职称材料
花生ahbZiP4基因克隆及其在侧枝发育中的表达分析
2
作者
韦丽君
苗鹏慧
+2 位作者
孙赛楠
李楚珩
杨鑫雷
《河北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第5期44-50,F0003,共8页
花生侧枝发育决定株型的建成,但有关花生侧枝发育的基因尚知之甚少。为探究AhbZIP4基因序列特征及在2种株型花生品种的组织器官中的表达模式,本研究从侧枝直立型花生‘冀花5号’(JH5)中克隆获得AhbZIP4基因(Arahy.CS824N.1)序列,并对其...
花生侧枝发育决定株型的建成,但有关花生侧枝发育的基因尚知之甚少。为探究AhbZIP4基因序列特征及在2种株型花生品种的组织器官中的表达模式,本研究从侧枝直立型花生‘冀花5号’(JH5)中克隆获得AhbZIP4基因(Arahy.CS824N.1)序列,并对其进行序列特征分析、亚细胞定位和不同株型品种组织器官表达分析。序列分析表明,该基因编码序列全长1182 bp,编码393个氨基酸,预测蛋白质分子质量为42.10 kD,蛋白质二、三级结构具典型的bZIP拉链,无跨膜域和信号肽;系统进化分析发现,AhbZIP4与大豆GBF2和GBF2A同源性最高;亚细胞定位显示,AhbZIP4位于细胞核和细胞膜中;表达量分析说明,JH5和匍匐型花生M130除在结荚期时的花中表达差异不显著,在其他生育期的不同组织中均呈现显著或极显著表达差异。其中,2个品种在侧枝发育的15~25 d之间,AhbZIP4表达差异极显著,推测该基因可能间接影响花生株型的分化。研究结果将为进一步揭示花生侧枝发育及株型建成的分子机制提供理论基础。
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关键词
花生
BZIP
基因克隆
亚细胞定位
表达分析
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职称材料
题名
花生TCP家族基因鉴定及其在侧枝发育中的表达分析
1
作者
张靖男
韦丽君
陈娟娟
杨鑫雷
穆国俊
侯名语
崔顺立
刘立峰
机构
河北农业大学华北作物改良与调控国家重点实验室/华北作物种质资源教育部重点实验室/河北省种质资源实验室
出处
《河北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第3期25-33,共9页
基金
国家自然科学基金(31701459)
河北省青年拔尖人才资助项目
河北农业大学科研发展基金计划项目(JY2021019)。
文摘
TCP(Teosinte branched 1/Cycloidea/Proliferating cell factors)转录因子作为植物特有的一类转录因子,参与植物生长发育的多个重要进程。本研究利用生物信息学方法对花生TCP基因家族成员进行鉴定,结合花生侧枝转录组数据进行表达分析。结果表明:在四倍体花生AABB、二倍体AA和BB基因组中分别鉴定获得30个AhTCPs、11个AduTCPs和10个AipTCPs,定位到14、6和5条染色体上;与拟南芥AtTCPs蛋白聚类分析发现,花生TCP蛋白可分为ClassⅠ和ClassⅡ(CYC/TB1和CIN)2个亚类;AhTCPs基因中含有1~6个数量不等的外显子和5个不同的motif;蛋白质长度为131~658个氨基酸,分子量为9.94~72.66 kD;大部分成员定位在细胞核上;家族基因启动子顺式作用元件分析发现,在AA、BB、AABB基因组分别获得77、75和94种顺式作用元件。转录组结果分析表明,24个AhTCPs在侧枝发育过程中存在不同程度的表达,大多数AhTCPs基因在2个品种(‘冀花5号’和‘M130’)6个时期中高表达。以上结果为进一步了解花生TCP家族的生物学功能提供理论基础。
关键词
花生
TCP转录因子家族
生物信息学分析
表达分析
Keywords
peanut
TCP transcription factor family
bioinformatics analysis
expression analysis
分类号
S664.1 [农业科学—果树学]
在线阅读
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职称材料
题名
花生ahbZiP4基因克隆及其在侧枝发育中的表达分析
2
作者
韦丽君
苗鹏慧
孙赛楠
李楚珩
杨鑫雷
机构
河北农业大学华北作物改良与调控国家重点实验室/华北作物种质资源教育部重点实验室/河北省种质资源实验室
/农学院
出处
《河北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第5期44-50,F0003,共8页
基金
国家自然科学基金项目(31701459)
河北省青年拔尖人才资助项目
+1 种基金
河北农业大学科研发展基金计划项目(JY2021019)
华北作物改良与调控国家重点实验室自主课题项目(NCCIR2022ZZ-6).
文摘
花生侧枝发育决定株型的建成,但有关花生侧枝发育的基因尚知之甚少。为探究AhbZIP4基因序列特征及在2种株型花生品种的组织器官中的表达模式,本研究从侧枝直立型花生‘冀花5号’(JH5)中克隆获得AhbZIP4基因(Arahy.CS824N.1)序列,并对其进行序列特征分析、亚细胞定位和不同株型品种组织器官表达分析。序列分析表明,该基因编码序列全长1182 bp,编码393个氨基酸,预测蛋白质分子质量为42.10 kD,蛋白质二、三级结构具典型的bZIP拉链,无跨膜域和信号肽;系统进化分析发现,AhbZIP4与大豆GBF2和GBF2A同源性最高;亚细胞定位显示,AhbZIP4位于细胞核和细胞膜中;表达量分析说明,JH5和匍匐型花生M130除在结荚期时的花中表达差异不显著,在其他生育期的不同组织中均呈现显著或极显著表达差异。其中,2个品种在侧枝发育的15~25 d之间,AhbZIP4表达差异极显著,推测该基因可能间接影响花生株型的分化。研究结果将为进一步揭示花生侧枝发育及株型建成的分子机制提供理论基础。
关键词
花生
BZIP
基因克隆
亚细胞定位
表达分析
Keywords
peanut
bZIP
gene clone
subcellular localization
expression pattern
分类号
S664.1 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
花生TCP家族基因鉴定及其在侧枝发育中的表达分析
张靖男
韦丽君
陈娟娟
杨鑫雷
穆国俊
侯名语
崔顺立
刘立峰
《河北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
花生ahbZiP4基因克隆及其在侧枝发育中的表达分析
韦丽君
苗鹏慧
孙赛楠
李楚珩
杨鑫雷
《河北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
0
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