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陆地棉抗坏血酸过氧化物酶基因家族全基因组生物信息学分析
被引量：
10
1
作者
刘娜
吴金华
+4 位作者
安亚茹
杨君
张艳
王省芬
马峙英
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2017年第1期17-28,共12页
【目的】抗坏血酸过氧化物酶(Ascorbate peroxidase,APX)是过氧化物酶家族中的1类成员,可以清除活性氧。APX家族的生物信息学分析有助于更好地了解该家族基因。【方法】利用生物信息学方法,从中国农业科学院棉花研究所提供的陆地棉序列...
【目的】抗坏血酸过氧化物酶(Ascorbate peroxidase,APX)是过氧化物酶家族中的1类成员,可以清除活性氧。APX家族的生物信息学分析有助于更好地了解该家族基因。【方法】利用生物信息学方法,从中国农业科学院棉花研究所提供的陆地棉序列中鉴定出14条APX基因家族序列,并对这14个成员的染色体定位、亚细胞定位、进化关系、理化性质、信号肽、保守基序以及其编码蛋白的结构特征进行了预测分析,并初步分析了部分基因的表达。【结果】APX基因分布广泛,分散在不同的染色体上;且大部分APX蛋白定位在细胞质,是亲水性脂溶蛋白;有3个保守基序,保守性较强;基因起源和进化比较复杂;二级结构的主要元件为α-螺旋和无规则卷曲。根据表达分析推测,第1亚组和第2亚组的基因在棉纤维发育的不同时期起作用。【结论】这些结果有望为APX家族成员的结构与功能挖掘提供参考。
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关键词
陆地棉
APX基因家族
生物信息学分析
纤维发育
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职称材料
题名
陆地棉抗坏血酸过氧化物酶基因家族全基因组生物信息学分析
被引量：
10
1
作者
刘娜
吴金华
安亚茹
杨君
张艳
王省芬
马峙英
机构
河北农业大学农学院/教育部华北作物种质资源研究与利用重点实验室/河北省作物种质资源重点实验室
河北农业大学
作物
学博士后科研流动站
出处
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2017年第1期17-28,共12页
基金
国家自然科学基金(31401426)
河北省自然科学基金(C2015204060)
河北农业大学作物学科梯队建设基金(TD2016C319)
文摘
【目的】抗坏血酸过氧化物酶(Ascorbate peroxidase,APX)是过氧化物酶家族中的1类成员,可以清除活性氧。APX家族的生物信息学分析有助于更好地了解该家族基因。【方法】利用生物信息学方法,从中国农业科学院棉花研究所提供的陆地棉序列中鉴定出14条APX基因家族序列,并对这14个成员的染色体定位、亚细胞定位、进化关系、理化性质、信号肽、保守基序以及其编码蛋白的结构特征进行了预测分析,并初步分析了部分基因的表达。【结果】APX基因分布广泛,分散在不同的染色体上;且大部分APX蛋白定位在细胞质,是亲水性脂溶蛋白;有3个保守基序,保守性较强;基因起源和进化比较复杂;二级结构的主要元件为α-螺旋和无规则卷曲。根据表达分析推测,第1亚组和第2亚组的基因在棉纤维发育的不同时期起作用。【结论】这些结果有望为APX家族成员的结构与功能挖掘提供参考。
关键词
陆地棉
APX基因家族
生物信息学分析
纤维发育
Keywords
Gossypium hirsutum L.
APX gene family, bioinformatics analysis
fiber development
分类号
S562 [农业科学—作物学]
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作者
出处
发文年
被引量
操作
1
陆地棉抗坏血酸过氧化物酶基因家族全基因组生物信息学分析
刘娜
吴金华
安亚茹
杨君
张艳
王省芬
马峙英
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2017
10
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