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陆地棉XTH基因家族全基因组鉴定及在纤维发育过程的表达分析
被引量：
4
1
作者
安亚茹
杨君
+3 位作者
刘正文
张桂寅
马峙英
王省芬
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第6期1179-1192,共14页
本研究从陆地棉TM-1基因组中鉴定出72个XTH家族基因,编码木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH,xyloglucan endotransglycosylase/hydrolase),分别命名为Gh XTH01~Gh XTH72,分析了其基因结构、保守基序、系统进化、理化性质、亚细胞定位,并探...
本研究从陆地棉TM-1基因组中鉴定出72个XTH家族基因,编码木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH,xyloglucan endotransglycosylase/hydrolase),分别命名为Gh XTH01~Gh XTH72,分析了其基因结构、保守基序、系统进化、理化性质、亚细胞定位,并探究其在棉纤维发育不同时期的表达规律。结果表明,XTH家族基因分布在除At 07、Dt 07以外的24条棉花染色体上,根据系统发育树,将XTH家族基因分为3个亚组;XTH氨基酸序列有3个保守基序,保守性较强;多数XTH蛋白定位在细胞外。根据XTHs在纤维发育不同时期的表达量变化,将其分为4类。通过构建陆地棉与拟南芥XTH氨基酸序列进化树,推测Gh XTH15、Gh XTH28、Gh XTH36、Gh XTH49、Gh XTH59、Gh XTH62、Gh XTH63等基因在棉纤维发育过程中发挥重要作用。通过比较XTH家族基因在不同纤维品质陆地棉品种中的表达差异,推测在优质棉花品种中优势表达基因Gh XTH03、Gh XTH12、Gh XTH17、Gh XTH22、Gh XTH23、Gh XTH28、Gh XTH33、Gh XTH44、Gh XTH46、Gh XTH59等在纤维发育伸长过程中可能发挥着重要作用。上述结果为研究陆地棉XTH基因家族在棉纤维发育中的功能提供了参考依据。
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关键词
陆地棉
木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶家族
生物信息学分析
纤维发育
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题名
陆地棉XTH基因家族全基因组鉴定及在纤维发育过程的表达分析
被引量：
4
1
作者
安亚茹
杨君
刘正文
张桂寅
马峙英
王省芬
机构
河北农业大学/河北省作物种质资源重点实验室/教育部华北作物种质资源重点实验室
出处
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第6期1179-1192,共14页
基金
国家重点研发计划(2016YFD0101006)
文摘
本研究从陆地棉TM-1基因组中鉴定出72个XTH家族基因,编码木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH,xyloglucan endotransglycosylase/hydrolase),分别命名为Gh XTH01~Gh XTH72,分析了其基因结构、保守基序、系统进化、理化性质、亚细胞定位,并探究其在棉纤维发育不同时期的表达规律。结果表明,XTH家族基因分布在除At 07、Dt 07以外的24条棉花染色体上,根据系统发育树,将XTH家族基因分为3个亚组;XTH氨基酸序列有3个保守基序,保守性较强;多数XTH蛋白定位在细胞外。根据XTHs在纤维发育不同时期的表达量变化,将其分为4类。通过构建陆地棉与拟南芥XTH氨基酸序列进化树,推测Gh XTH15、Gh XTH28、Gh XTH36、Gh XTH49、Gh XTH59、Gh XTH62、Gh XTH63等基因在棉纤维发育过程中发挥重要作用。通过比较XTH家族基因在不同纤维品质陆地棉品种中的表达差异,推测在优质棉花品种中优势表达基因Gh XTH03、Gh XTH12、Gh XTH17、Gh XTH22、Gh XTH23、Gh XTH28、Gh XTH33、Gh XTH44、Gh XTH46、Gh XTH59等在纤维发育伸长过程中可能发挥着重要作用。上述结果为研究陆地棉XTH基因家族在棉纤维发育中的功能提供了参考依据。
关键词
陆地棉
木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶家族
生物信息学分析
纤维发育
表达量
Keywords
Gossypium hirsutum L.
XTH gene family
bioinformaties analysis
fiber development
expression
分类号
S562 [农业科学—作物学]
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作者
出处
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1
陆地棉XTH基因家族全基因组鉴定及在纤维发育过程的表达分析
安亚茹
杨君
刘正文
张桂寅
马峙英
王省芬
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017
4
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