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四倍体棉花GAE基因家族的鉴定及其在棉纤维发育中的表达分析
被引量：
3
1
作者
张松雨
王敬敬
+4 位作者
刘正文
张艳
杨君
马峙英
王省芬
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2019年第3期169-181,共13页
【目的】通过对陆地棉及海岛棉GAE基因家族进行全基因组分析,为深入研究GAE基因家族在棉纤维发育中的功能提供理论依据。【方法】利用生物信息学分析软件,对GAE基因家族进行全基因组鉴定,根据转录组数据分析在纤维发育过程中的表达规律...
【目的】通过对陆地棉及海岛棉GAE基因家族进行全基因组分析,为深入研究GAE基因家族在棉纤维发育中的功能提供理论依据。【方法】利用生物信息学分析软件,对GAE基因家族进行全基因组鉴定,根据转录组数据分析在纤维发育过程中的表达规律。【结果】陆地棉GhGAE家族包含21个成员,海岛棉GbGAE家族有22个成员,分为3个亚组,多数Gh GAEs和Gb GAEs基因没有内含子,共分布在12条染色体上。GAE氨基酸序列保守基序有4个,保守性较强,且GAE蛋白均定位于高尔基体膜。根据GAEs在陆地棉、海岛棉纤维发育不同时期的表达变化,将其分为纤维起始期高表达、纤维伸长期高表达、次生壁增厚期高表达、全时期低表达4类模式。其中GhGAE01、GhGAE02、Gh GAE11、Gh GAE12在陆地棉中高水平表达,GbGAE01、Gb GAE02、GbGAE11、Gb GAE12在海岛棉中高水平表达,推测这些基因可能在纤维发育过程中发挥着重要作用。【结论】上述结果为研究GAE基因家族在棉纤维发育中的功能提供了参考依据。
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关键词
陆地棉
海岛棉
葡糖醛酸异构酶
生物信息学
纤维发育
基因表达
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职称材料
题名
四倍体棉花GAE基因家族的鉴定及其在棉纤维发育中的表达分析
被引量：
3
1
作者
张松雨
王敬敬
刘正文
张艳
杨君
马峙英
王省芬
机构
河北农业大学/教育部华北作物种质资源重点实验室/河北省作物种质资源重点实验室
出处
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2019年第3期169-181,共13页
基金
国家转基因生物新品种培育科技重大专项(2016ZX08005-003)
河北农业大学作物学科梯队建设基金(TD2016C201)
文摘
【目的】通过对陆地棉及海岛棉GAE基因家族进行全基因组分析,为深入研究GAE基因家族在棉纤维发育中的功能提供理论依据。【方法】利用生物信息学分析软件,对GAE基因家族进行全基因组鉴定,根据转录组数据分析在纤维发育过程中的表达规律。【结果】陆地棉GhGAE家族包含21个成员,海岛棉GbGAE家族有22个成员,分为3个亚组,多数Gh GAEs和Gb GAEs基因没有内含子,共分布在12条染色体上。GAE氨基酸序列保守基序有4个,保守性较强,且GAE蛋白均定位于高尔基体膜。根据GAEs在陆地棉、海岛棉纤维发育不同时期的表达变化,将其分为纤维起始期高表达、纤维伸长期高表达、次生壁增厚期高表达、全时期低表达4类模式。其中GhGAE01、GhGAE02、Gh GAE11、Gh GAE12在陆地棉中高水平表达,GbGAE01、Gb GAE02、GbGAE11、Gb GAE12在海岛棉中高水平表达,推测这些基因可能在纤维发育过程中发挥着重要作用。【结论】上述结果为研究GAE基因家族在棉纤维发育中的功能提供了参考依据。
关键词
陆地棉
海岛棉
葡糖醛酸异构酶
生物信息学
纤维发育
基因表达
Keywords
Gossypium hirsutum
Gossypium barbadense
UDP-D-glucuronate 4-epimerase
bioinformatics
fiber development
gene expression
分类号
S562 [农业科学—作物学]
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作者
出处
发文年
被引量
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1
四倍体棉花GAE基因家族的鉴定及其在棉纤维发育中的表达分析
张松雨
王敬敬
刘正文
张艳
杨君
马峙英
王省芬
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2019
3
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