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胃癌GEO芯片结合TCGA数据差异基因筛选、功能及通路研究
被引量：
1
1
作者
颜南
王润新
+3 位作者
王正东
刘洪
张珉
张忠
《中国医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期329-335,共7页
目的筛选影响胃癌发生发展过程的相关基因及其通路,以探讨其发病机制。方法从基因表达数据库(GEO)中筛选数据集,利用GEO2R分析胃癌组织和正常组织中显著差异表达基因。使用Bio venn获得两数据集共有差异基因,将胃癌两GEO芯片共有差异表...
目的筛选影响胃癌发生发展过程的相关基因及其通路,以探讨其发病机制。方法从基因表达数据库(GEO)中筛选数据集,利用GEO2R分析胃癌组织和正常组织中显著差异表达基因。使用Bio venn获得两数据集共有差异基因,将胃癌两GEO芯片共有差异表达基因数据与癌症基因组图谱(TCGA)数据库中筛选出的差异表达基因进行交集,并对其进行功能注释、KEGG富集、筛选核心互作基因,Kaplan-Meier plotter分析核心互作基因总体生存率。结果从GSE55696和GSE79973芯片中筛选出27个共有差异基因,与TCGA-STAD中有交集的差异表达基因有17个。涉及亨利恒等循环、葡萄糖的跨膜转运、胰岛素分泌的负调节和胆固醇生物合成等生物过程。主要存在于细胞外空隙、分泌颗粒内腔中,富集在金属羧肽酶活性功能方面。涉及PPAR信号通路、炎症介质对TRP通道的调节等39个通路,3个基因富集PPAR信号通路,7个基因互作关系较强,4个高表达基因生存曲线明显预后较差。结论核心基因SLC2A2、HMGCS2、APOA1、KNG1和PPAR信号通路可能是胃癌发生发展过程中的关键因素。
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关键词
胃癌
生物信息学分析
基因芯片
差异表达基因
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题名
胃癌GEO芯片结合TCGA数据差异基因筛选、功能及通路研究
被引量：
1
1
作者
颜南
王润新
王正东
刘洪
张珉
张忠
机构
沈阳
医学院
康复
教研室
沈阳
医学院
沈阳
医学院
解剖学
教研室
沈阳医学院计算机教研室
沈阳
医学院
病理学
教研室
出处
《中国医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期329-335,共7页
基金
辽宁省教育厅科学研究项目(SYYX202007,SYYX201901)。
文摘
目的筛选影响胃癌发生发展过程的相关基因及其通路,以探讨其发病机制。方法从基因表达数据库(GEO)中筛选数据集,利用GEO2R分析胃癌组织和正常组织中显著差异表达基因。使用Bio venn获得两数据集共有差异基因,将胃癌两GEO芯片共有差异表达基因数据与癌症基因组图谱(TCGA)数据库中筛选出的差异表达基因进行交集,并对其进行功能注释、KEGG富集、筛选核心互作基因,Kaplan-Meier plotter分析核心互作基因总体生存率。结果从GSE55696和GSE79973芯片中筛选出27个共有差异基因,与TCGA-STAD中有交集的差异表达基因有17个。涉及亨利恒等循环、葡萄糖的跨膜转运、胰岛素分泌的负调节和胆固醇生物合成等生物过程。主要存在于细胞外空隙、分泌颗粒内腔中,富集在金属羧肽酶活性功能方面。涉及PPAR信号通路、炎症介质对TRP通道的调节等39个通路,3个基因富集PPAR信号通路,7个基因互作关系较强,4个高表达基因生存曲线明显预后较差。结论核心基因SLC2A2、HMGCS2、APOA1、KNG1和PPAR信号通路可能是胃癌发生发展过程中的关键因素。
关键词
胃癌
生物信息学分析
基因芯片
差异表达基因
Keywords
gastric cancer
bioinformatics analysis
gene chips
differentially expressed gene
分类号
R736 [医药卫生—肿瘤]
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作者
出处
发文年
被引量
操作
1
胃癌GEO芯片结合TCGA数据差异基因筛选、功能及通路研究
颜南
王润新
王正东
刘洪
张珉
张忠
《中国医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
1
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