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胃癌GEO芯片结合TCGA数据差异基因筛选、功能及通路研究
被引量：
1
1
作者
颜南
王润新
+3 位作者
王正东
刘洪
张珉
张忠
《中国医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期329-335,共7页
目的筛选影响胃癌发生发展过程的相关基因及其通路,以探讨其发病机制。方法从基因表达数据库(GEO)中筛选数据集,利用GEO2R分析胃癌组织和正常组织中显著差异表达基因。使用Bio venn获得两数据集共有差异基因,将胃癌两GEO芯片共有差异表...
目的筛选影响胃癌发生发展过程的相关基因及其通路,以探讨其发病机制。方法从基因表达数据库(GEO)中筛选数据集,利用GEO2R分析胃癌组织和正常组织中显著差异表达基因。使用Bio venn获得两数据集共有差异基因,将胃癌两GEO芯片共有差异表达基因数据与癌症基因组图谱(TCGA)数据库中筛选出的差异表达基因进行交集,并对其进行功能注释、KEGG富集、筛选核心互作基因,Kaplan-Meier plotter分析核心互作基因总体生存率。结果从GSE55696和GSE79973芯片中筛选出27个共有差异基因,与TCGA-STAD中有交集的差异表达基因有17个。涉及亨利恒等循环、葡萄糖的跨膜转运、胰岛素分泌的负调节和胆固醇生物合成等生物过程。主要存在于细胞外空隙、分泌颗粒内腔中,富集在金属羧肽酶活性功能方面。涉及PPAR信号通路、炎症介质对TRP通道的调节等39个通路,3个基因富集PPAR信号通路,7个基因互作关系较强,4个高表达基因生存曲线明显预后较差。结论核心基因SLC2A2、HMGCS2、APOA1、KNG1和PPAR信号通路可能是胃癌发生发展过程中的关键因素。
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关键词
胃癌
生物信息学分析
基因芯片
差异表达基因
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职称材料
Wnt/β&catenin信号通路参与马蹄内翻足畸形形成的研究
被引量：
2
2
作者
李汾杰
陈曦
+6 位作者
李洋杰
廖佳馨
李志富
刘桉茁
张月秋
颜南
王正东
《中国临床解剖学杂志》
CSCD
北大核心
2021年第5期575-578,585,共5页
目的探讨Sox9(sex determining region Y-box9)和β-catenin对先天性马蹄内翻足(congenital talipes equinovarus,CTE)的影响以及Wnt/β-catenin信号通路作用机制。方法将孕10 d的SD大鼠随机均分为实验组及对照组,以135 mg/kg全反式维...
目的探讨Sox9(sex determining region Y-box9)和β-catenin对先天性马蹄内翻足(congenital talipes equinovarus,CTE)的影响以及Wnt/β-catenin信号通路作用机制。方法将孕10 d的SD大鼠随机均分为实验组及对照组,以135 mg/kg全反式维甲酸溶于矿物油对实验组大鼠进行灌胃制作胎鼠CTE模型,对照组予以等量矿物油灌胃处理,取大鼠足踝部组织,通过免疫组化、RT-PCR、Western blot检测β-catenin、Sox9以及磷酸化β-catenin-S552的表达水平。结果与对照组相比,HE染色可见CTE模型组织中有较多的胶原组织沉积,免疫组化结果显示实验组标本Sox9与β-catenin表达增高,RTqPCR表明实验组Sox9与β-catenin的mRNA水平显著增高,Western blot结果显示实验组Sox9与β-catenin的表达增高而磷酸化β-catenin-S552表达降低。结论CTE大鼠的足踝部组织中Sox9高表达受Wnt/β-catenin信号通路调控,该通路参与先天性马蹄内翻足畸形的形成。
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关键词
先天性马蹄内翻足
SOX9
WNT信号通路
Β-CATENIN
P-β-catenin
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职称材料
题名
胃癌GEO芯片结合TCGA数据差异基因筛选、功能及通路研究
被引量：
1
1
作者
颜南
王润新
王正东
刘洪
张珉
张忠
机构
沈阳医学院康复教研室
沈阳
医学院
沈阳
医学院
解剖学
教研室
沈阳
医学院
计算机
教研室
沈阳
医学院
病理学
教研室
出处
《中国医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期329-335,共7页
基金
辽宁省教育厅科学研究项目(SYYX202007,SYYX201901)。
文摘
目的筛选影响胃癌发生发展过程的相关基因及其通路,以探讨其发病机制。方法从基因表达数据库(GEO)中筛选数据集,利用GEO2R分析胃癌组织和正常组织中显著差异表达基因。使用Bio venn获得两数据集共有差异基因,将胃癌两GEO芯片共有差异表达基因数据与癌症基因组图谱(TCGA)数据库中筛选出的差异表达基因进行交集,并对其进行功能注释、KEGG富集、筛选核心互作基因,Kaplan-Meier plotter分析核心互作基因总体生存率。结果从GSE55696和GSE79973芯片中筛选出27个共有差异基因,与TCGA-STAD中有交集的差异表达基因有17个。涉及亨利恒等循环、葡萄糖的跨膜转运、胰岛素分泌的负调节和胆固醇生物合成等生物过程。主要存在于细胞外空隙、分泌颗粒内腔中,富集在金属羧肽酶活性功能方面。涉及PPAR信号通路、炎症介质对TRP通道的调节等39个通路,3个基因富集PPAR信号通路,7个基因互作关系较强,4个高表达基因生存曲线明显预后较差。结论核心基因SLC2A2、HMGCS2、APOA1、KNG1和PPAR信号通路可能是胃癌发生发展过程中的关键因素。
关键词
胃癌
生物信息学分析
基因芯片
差异表达基因
Keywords
gastric cancer
bioinformatics analysis
gene chips
differentially expressed gene
分类号
R736 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
Wnt/β&catenin信号通路参与马蹄内翻足畸形形成的研究
被引量：
2
2
作者
李汾杰
陈曦
李洋杰
廖佳馨
李志富
刘桉茁
张月秋
颜南
王正东
机构
沈阳
医学院
基础
医学院
沈阳医学院康复教研室
沈阳
医学院
解剖学
教研室
出处
《中国临床解剖学杂志》
CSCD
北大核心
2021年第5期575-578,585,共5页
基金
辽宁省大学生创新创业训练计划(S202010164003)。
文摘
目的探讨Sox9(sex determining region Y-box9)和β-catenin对先天性马蹄内翻足(congenital talipes equinovarus,CTE)的影响以及Wnt/β-catenin信号通路作用机制。方法将孕10 d的SD大鼠随机均分为实验组及对照组,以135 mg/kg全反式维甲酸溶于矿物油对实验组大鼠进行灌胃制作胎鼠CTE模型,对照组予以等量矿物油灌胃处理,取大鼠足踝部组织,通过免疫组化、RT-PCR、Western blot检测β-catenin、Sox9以及磷酸化β-catenin-S552的表达水平。结果与对照组相比,HE染色可见CTE模型组织中有较多的胶原组织沉积,免疫组化结果显示实验组标本Sox9与β-catenin表达增高,RTqPCR表明实验组Sox9与β-catenin的mRNA水平显著增高,Western blot结果显示实验组Sox9与β-catenin的表达增高而磷酸化β-catenin-S552表达降低。结论CTE大鼠的足踝部组织中Sox9高表达受Wnt/β-catenin信号通路调控,该通路参与先天性马蹄内翻足畸形的形成。
关键词
先天性马蹄内翻足
SOX9
WNT信号通路
Β-CATENIN
P-β-catenin
Keywords
Congenital talipes equinovarus
Sox9
Wnt signaling pathway
β-catenin
Phosphorylated-β-catenin
分类号
R363.2 [医药卫生—病理学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
胃癌GEO芯片结合TCGA数据差异基因筛选、功能及通路研究
颜南
王润新
王正东
刘洪
张珉
张忠
《中国医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
Wnt/β&catenin信号通路参与马蹄内翻足畸形形成的研究
李汾杰
陈曦
李洋杰
廖佳馨
李志富
刘桉茁
张月秋
颜南
王正东
《中国临床解剖学杂志》
CSCD
北大核心
2021
2
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