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题名应用主成分分析和聚类分析的水稻源库特性研究
被引量：5
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作者
赵宏亮
陈凯
张强
徐建龙
黎志康
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机构
沈阳农业大学水稻研究所/北方超级粳稻育种教育部重点实验室
中国农业科学院深圳农业基因组研究所
中国农业科学院作物科学研究所
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出处
《沈阳农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第2期135-141,共7页
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基金
引进国际先进农业科学技术计划(948计划)项目(2010-G2B)
全球水稻科学伙伴协作计划项目(DRPC2012)
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文摘
为明确水稻源库类型变化对产量的影响,在海南三亚、广东深圳和湖北荆州3个环境,考察引自国际水稻研究所的79份水稻种质资源的剑叶叶面积、倒2叶叶面积、比叶重、有效穗数、每穗总粒数、千粒重、结实率和单株产量等8个源库相关性状,对3个环境数据联合进行主成分分析和聚类分析。结果表明:主成分分析将8个源库相关性状简化为彼此互不相关的4个主成分,其所提供的信息量占全部信息量的82.14%;根据4个主成分的特征值及载荷矩阵,得出各主成分的得分表达式,并筛选出得分较高和较低的品种;利用所选取的4个主成分因子得分进行系统聚类,将79份水稻品种(系)划分为源小库小互作型、源限制型、库限制型、源库互作型4大类群,其中源库互作型的材料综合性状好,产量高,是水稻育种拓宽亲本多样性的首选种质材料。
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关键词
水稻
源库特性
主成分分析
聚类分析
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Keywords
rice
characteristics of source and sink
principle component analysis
cluster analysis
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分类号
S511.21
[农业科学—作物学]
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题名基于连锁不平衡水稻源库相关性状的关联分析
被引量：10
- 2
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作者
赵宏亮
陈凯
张强
徐正进
徐建龙
黎志康
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机构
沈阳农业大学水稻研究所/北方超级粳稻育种教育部重点实验室
中国农业科学院深圳农业基因组研究所
中国农业科学院作物科学研究所
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出处
《核农学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第4期674-684,共11页
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基金
引进国际先进农业科学技术计划("948"计划)项目(2010-G2B)
全球水稻科学伙伴协作计划"水稻适应性与产量表型组学"项目(DRPC2012)
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文摘
为挖掘水稻源库相关性状优异等位基因,利用分布于12条染色体的6 704个SNP标记与来自31个国家和地区的261份籼稻核心种质资源的剑叶长、剑叶宽、剑叶叶面积、倒2叶长、倒2叶宽、倒2叶叶面积、每穗粒数、千粒重、单株产量共9个源库相关性状进行群体结构、连锁不平衡状况和全基因组关联分析。结果表明,261份籼稻核心种质资源的9个源库相关性状的变异系数介于12.46%-26.21%,表型变异丰富。群体结构显示261份籼稻核心种质资源的最适亚群数为3。LD分析表明,SNP位点之间存在着一定程度的连锁不平衡,在显著水平-log P〉3（P〈10^-3）下,共检测到68个与9个水稻源库相关性状显著相关的QTL位点,其中与源性状相关的QTL位点55个,与库性状相关的QTL位点13个。在第2、第5和第11染色体上检测到同时影响源库性状的关联位点4个,可能对通过分子标记辅助育种改良品种的源库性状具有重要参考价值。
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关键词
水稻
SNP标记
连锁不平衡
关联分析
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Keywords
SNP marker
linkage disequilibrium
association analysis
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分类号
S511
[农业科学—作物学]
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