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基于RNA-seq技术的萍乡红鲫雌雄性腺转录组比较分析
1
作者
黄文星
侯佳浩
+5 位作者
吴海军
李琳洁
夏涛涛
周希程
黄培荧
赵大显
《江西农业大学学报》
北大核心
2025年第4期1078-1092,共15页
【目的】旨在探明萍乡红鲫(Carassius auratus var.pingxiangnensis)雌雄生长差异的分子机制,通过对性腺进行转录组比较分析,以期筛选获得性别和生长相关差异基因。【方法】以10月龄萍乡红鲫为试验材料,随机测量比较分析雌雄个体生长差...
【目的】旨在探明萍乡红鲫(Carassius auratus var.pingxiangnensis)雌雄生长差异的分子机制,通过对性腺进行转录组比较分析,以期筛选获得性别和生长相关差异基因。【方法】以10月龄萍乡红鲫为试验材料,随机测量比较分析雌雄个体生长差异,采用Illumina NovaSeq 6000转录组测序技术分别对雌雄性腺组织进行RNA-seq测序和生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR(qPCR)技术进行基因功能验证。【结果】(1)10月龄萍乡红鲫雌性个体质量、全长、体长、体宽和体高均极显著高于雄性(P<0.01)。(2)精巢和卵巢转录组共筛选获得25949个差异表达基因(DEGs),相对于卵巢,精巢中表达上调DEGs 14644个(占56.4%),表达下调DEGs 11305个(占43.6%)。(3)GO和KEGG分析表明,83、162和138个DEGs分别富集到生长(growth)、繁殖(reproduction)和繁殖过程(reproductive process);131、151、176和185个DEGs分别富集到TGF-β信号通路(TGF-βsignaling pathway)、GnRH信号通路(GnRH signaling pathway)、FoxO信号通路(FoxO signaling pathway)和胰岛素信号通路(Insulin signaling pathway)。(4)筛选获得32个与性别相关DEGs和15个与生长相关DEGs,进一步基因相关性分析发现,生长相关基因fgf4与性别相关基因foxl2b和bmp8a、生长相关基因fgfr1a与性别相关基因dmrt2a和bmp15、生长相关基因igfbp1b与性别相关基因gdf9和bmp8a,以及生长相关基因gh2与性别相关基因hsd17b1均存在极显著正相关(P<0.01)。(5)随机选取9个DEGs进行qPCR验证发现,其mRNA表达趋势均与转录组分析的表达趋势一致。【结论】萍乡红鲫雌雄生长差异可能与其性腺中bmp2a、gdf6a、gdf9、hsd17b1、foxl2b和dmrt2a等性别相关基因的差异表达相关。
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关键词
萍乡红鲫
性腺
转录组
性别
生长
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职称材料
水稻特大粒材料lg1和lg2粒形基因的功能变异位点分析
2
作者
汪欲鹏
杜一帆
+4 位作者
陈慧珍
王智权
李昕雨
邓梓阳
吴自明
《江西农业大学学报》
北大核心
2025年第1期1-9,共9页
【目的】水稻的粒长、粒宽和千粒质量是重要的品质与产量性状,特殊粒形材料的研究可为水稻品种粒形的遗传改良提供重要的基因资源。【方法】以常规粳稻品种日本晴和籼稻品种黄华占为参考,对2个水稻特大粒材料lg1和lg2基因组中9个粒形主...
【目的】水稻的粒长、粒宽和千粒质量是重要的品质与产量性状,特殊粒形材料的研究可为水稻品种粒形的遗传改良提供重要的基因资源。【方法】以常规粳稻品种日本晴和籼稻品种黄华占为参考,对2个水稻特大粒材料lg1和lg2基因组中9个粒形主效基因(qGL3、GS3、qLGY3、GS9、GW2、GW5、GW8、TGW3、TGW6)的功能变异位点进行了分析。【结果】与日本晴相比,lg1和lg2中粒长基因GS3和粒宽基因GW2分别在编码区第165位和第382位发生单碱基替换,其中突变分别导致了GS3翻译提前终止和GW2功能减弱,而GW8在5'非翻译区存在10 bp的插入,导致其功能减弱;此外,lg2中qLGY3发生了31 bp的缺失,导致其编码区发生了移码,其他粒形基因没有检测到功能发生明显变化的变异。与黄华占相比,在lg1和lg2中除检测到GW2和qLGY3的功能变异位点外,还在2个材料的GW5编码区上游检测到了950 bp的片段缺失。【结论】lg1基因组聚合了GS3、GW2、GW5、GW8的功能缺失或减弱的变异位点,lg2基因组中聚合了GS3、GW2、GW5、GW8、qLGY3的功能缺失或减弱的变异位点,研究结果为粒形基因的遗传互作及特大粒材料lg1和lg2粒形形成的机制解析提供依据。
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关键词
水稻
粒形
千粒质量
大粒材料
粒形基因
遗传变异
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职称材料
题名
基于RNA-seq技术的萍乡红鲫雌雄性腺转录组比较分析
1
作者
黄文星
侯佳浩
吴海军
李琳洁
夏涛涛
周希程
黄培荧
赵大显
机构
南昌大学生命
科学
学院/水产种质创新与利用
江西省
重点实验室
江西省萍乡市农业科学研究中心
出处
《江西农业大学学报》
北大核心
2025年第4期1078-1092,共15页
基金
国家重点研发计划专项(2023YFD2401800)
江西省现代农业产业技术体系(JXARS-15)。
文摘
【目的】旨在探明萍乡红鲫(Carassius auratus var.pingxiangnensis)雌雄生长差异的分子机制,通过对性腺进行转录组比较分析,以期筛选获得性别和生长相关差异基因。【方法】以10月龄萍乡红鲫为试验材料,随机测量比较分析雌雄个体生长差异,采用Illumina NovaSeq 6000转录组测序技术分别对雌雄性腺组织进行RNA-seq测序和生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR(qPCR)技术进行基因功能验证。【结果】(1)10月龄萍乡红鲫雌性个体质量、全长、体长、体宽和体高均极显著高于雄性(P<0.01)。(2)精巢和卵巢转录组共筛选获得25949个差异表达基因(DEGs),相对于卵巢,精巢中表达上调DEGs 14644个(占56.4%),表达下调DEGs 11305个(占43.6%)。(3)GO和KEGG分析表明,83、162和138个DEGs分别富集到生长(growth)、繁殖(reproduction)和繁殖过程(reproductive process);131、151、176和185个DEGs分别富集到TGF-β信号通路(TGF-βsignaling pathway)、GnRH信号通路(GnRH signaling pathway)、FoxO信号通路(FoxO signaling pathway)和胰岛素信号通路(Insulin signaling pathway)。(4)筛选获得32个与性别相关DEGs和15个与生长相关DEGs,进一步基因相关性分析发现,生长相关基因fgf4与性别相关基因foxl2b和bmp8a、生长相关基因fgfr1a与性别相关基因dmrt2a和bmp15、生长相关基因igfbp1b与性别相关基因gdf9和bmp8a,以及生长相关基因gh2与性别相关基因hsd17b1均存在极显著正相关(P<0.01)。(5)随机选取9个DEGs进行qPCR验证发现,其mRNA表达趋势均与转录组分析的表达趋势一致。【结论】萍乡红鲫雌雄生长差异可能与其性腺中bmp2a、gdf6a、gdf9、hsd17b1、foxl2b和dmrt2a等性别相关基因的差异表达相关。
关键词
萍乡红鲫
性腺
转录组
性别
生长
Keywords
Carassius auratus var.pingxiangnensis
gonads
transcriptome
gender
growth
分类号
S917 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
水稻特大粒材料lg1和lg2粒形基因的功能变异位点分析
2
作者
汪欲鹏
杜一帆
陈慧珍
王智权
李昕雨
邓梓阳
吴自明
机构
江西
农业
大学农学院/教育部作物生理生态与遗传育种实验室
江西省萍乡市农业科学研究中心
江西省
农业
科学
院水稻
研究
所
出处
《江西农业大学学报》
北大核心
2025年第1期1-9,共9页
基金
国家重点研发计划项目(2023YFD2301301)
江西省重点研发计划项目(20232BBF60001)
江西省“稻稻油”农业科技项目(JXNK202302-02)。
文摘
【目的】水稻的粒长、粒宽和千粒质量是重要的品质与产量性状,特殊粒形材料的研究可为水稻品种粒形的遗传改良提供重要的基因资源。【方法】以常规粳稻品种日本晴和籼稻品种黄华占为参考,对2个水稻特大粒材料lg1和lg2基因组中9个粒形主效基因(qGL3、GS3、qLGY3、GS9、GW2、GW5、GW8、TGW3、TGW6)的功能变异位点进行了分析。【结果】与日本晴相比,lg1和lg2中粒长基因GS3和粒宽基因GW2分别在编码区第165位和第382位发生单碱基替换,其中突变分别导致了GS3翻译提前终止和GW2功能减弱,而GW8在5'非翻译区存在10 bp的插入,导致其功能减弱;此外,lg2中qLGY3发生了31 bp的缺失,导致其编码区发生了移码,其他粒形基因没有检测到功能发生明显变化的变异。与黄华占相比,在lg1和lg2中除检测到GW2和qLGY3的功能变异位点外,还在2个材料的GW5编码区上游检测到了950 bp的片段缺失。【结论】lg1基因组聚合了GS3、GW2、GW5、GW8的功能缺失或减弱的变异位点,lg2基因组中聚合了GS3、GW2、GW5、GW8、qLGY3的功能缺失或减弱的变异位点,研究结果为粒形基因的遗传互作及特大粒材料lg1和lg2粒形形成的机制解析提供依据。
关键词
水稻
粒形
千粒质量
大粒材料
粒形基因
遗传变异
Keywords
rice
grain shape
1000-grain weight
big grain germplasm
grain shape genes
genetic variation
分类号
S511.032 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于RNA-seq技术的萍乡红鲫雌雄性腺转录组比较分析
黄文星
侯佳浩
吴海军
李琳洁
夏涛涛
周希程
黄培荧
赵大显
《江西农业大学学报》
北大核心
2025
0
在线阅读
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职称材料
2
水稻特大粒材料lg1和lg2粒形基因的功能变异位点分析
汪欲鹏
杜一帆
陈慧珍
王智权
李昕雨
邓梓阳
吴自明
《江西农业大学学报》
北大核心
2025
0
在线阅读
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职称材料
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