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利用重组自交系高密度遗传图谱定位水稻芽期耐冷QTL 被引量:3
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作者 刘睿琦 邹安东 +8 位作者 吴光亮 王鹏 李才敬 张翔宇 程琴 王燕宁 黄诗颖 贺浩华 边建民 《农学学报》 2020年第7期7-14,共8页
为定位水稻芽期耐冷QTL,本实验以双季超级稻品种‘五丰优T025’的双亲‘五丰B’和‘昌恢T025’杂交衍生的重组自交系(recombinant inbred lines,RILs)群体为材料,对10℃低温处理的水稻幼芽的存活率、根数、根长和芽长进行了测定。利用QT... 为定位水稻芽期耐冷QTL,本实验以双季超级稻品种‘五丰优T025’的双亲‘五丰B’和‘昌恢T025’杂交衍生的重组自交系(recombinant inbred lines,RILs)群体为材料,对10℃低温处理的水稻幼芽的存活率、根数、根长和芽长进行了测定。利用QTL Icimapping v4.2软件,共检测到3个控制芽期耐冷性QTL:qRL1、qRL2和qBL6,分别位于第1、2、6染色体上,LOD值分别为2.98,2.51和5.26,分别解释表型变异的10.54%,8.67%和14.04%,其增效等位基因均来自于亲本‘昌恢T025’。这些QTL定位在6.75k^40.05 kb染色体区间,为后续利用这些QTL进行分子标记辅助,选育芽期耐冷籼稻新品种奠定了基础。此外,检测到13对影响水稻芽期耐冷上位性互作QTL,分布在所有12条染色体,其中第3染色体与第8染色体之间互作位点可解释的表型变异率达到21.77%,表明上位性互作QTL在调控水稻芽期耐冷过程中也发挥了重要作用。 展开更多
关键词 水稻 重组自交系 芽期 耐冷性 QTL分析
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利用染色体片段置换系群体定位和分析水稻粒重和粒型QTL 被引量:5
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作者 黄涛 王燕宁 +9 位作者 钟奇 程琴 杨朦朦 王鹏 吴光亮 黄诗颖 李才敬 余剑峰 贺浩华 边建民 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期159-170,共12页
【目的】挖掘水稻粒重和粒型相关性状QTL,对于解析水稻籽粒遗传机理具有重要作用。【方法】本研究以籼稻9311为受体、粳稻日本晴为供体构建的染色体片段置换系(Chromosome Segment Substitution Lines,CSSLs)群体为材料,在4个环境下对... 【目的】挖掘水稻粒重和粒型相关性状QTL,对于解析水稻籽粒遗传机理具有重要作用。【方法】本研究以籼稻9311为受体、粳稻日本晴为供体构建的染色体片段置换系(Chromosome Segment Substitution Lines,CSSLs)群体为材料,在4个环境下对控制稻谷与糙米的粒重和粒型QTL进行了定位分析。【结果】共检测到77个控制水稻粒重和粒型的QTL,贡献率为4.62%~51.01%,其中19个QTL的增效等位基因来自日本晴,58个QTL的增效等位基因来自9311。这些QTL分布在水稻10条染色体的46个区域,其中16个区域为多效性位点。在两个及两个以上环境中重复检测到的QTL有14个,其中qGW5.1和qLW5能够在4个环境中稳定表达,且位于同一染色体区域;qBRL3.2和qGL4.1为新鉴定的影响水稻粒重和粒型的QTL。【结论】本研究结果为后续克隆这些QTL和解析水稻粒重和粒型遗传机理奠定了基础。 展开更多
关键词 水稻 染色体片段置换系 粒重 粒型 QTL
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利用染色体片段置换系定位低温胁迫下水稻根数QTL
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作者 张翔宇 余镁霞 +9 位作者 谭景艾 王鹏 李才敬 吴光亮 程琴 王燕宁 蒋宁飞 黄诗颖 贺浩华 边建民 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2021年第3期83-89,共7页
为解析低温胁迫水稻根数的遗传机理,挖掘控制水稻耐冷QTL,以亲本9311(受体)/日本晴(供体)构建的染色体片段置换系群体为材料,15℃处理10 d再在25℃恢复7 d测定其根数并定位和分析其中影响根数的QTL。结果显示,亲本日本晴平均根数为4.50,... 为解析低温胁迫水稻根数的遗传机理,挖掘控制水稻耐冷QTL,以亲本9311(受体)/日本晴(供体)构建的染色体片段置换系群体为材料,15℃处理10 d再在25℃恢复7 d测定其根数并定位和分析其中影响根数的QTL。结果显示,亲本日本晴平均根数为4.50,9311平均根数为7.20,二者存在显著差异;置换系群体平均根数为4.84,存在超亲分离现象。共检测到2个低温胁迫影响水稻根数的主效QTL:qCSRN1.1和qCSRN3。这2个QTL分别分布在水稻的第1号染色体31.75~33.15 Mb区间和第3号染色体32.2~32.7 Mb区间,其LOD值分别为4.91和2.86,分别解释表型变异的16.27%和9.06%,其中qCSRN1.1增效等位基因来自亲本日本晴,qCSRN3增效等位基因来自亲本9311。候选基因分析显示qCSRN1.1区间有138个候选基因,其中68个与蛋白合成相关,42个与酶合成相关,3个为转录因子;qCSRN3区间有88个候选基因,其中62个与蛋白合成相关,9个与酶合成相关,3个为转录因子。此外,还检测到2个上位性QTLs,分布在第1号和第9号染色体上,其上位性效应为-0.34和-0.43,LOD值为5.60和5.75。结果表明,低温胁迫下,水稻根数的发育属于数量性状,同时受基因互作影响。这些根数QTL的定位为后期克隆受低温胁迫影响的根数基因,解析根数遗传机理奠定了基础。 展开更多
关键词 水稻 QTL 根数 冷胁迫 染色体
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水稻芽期响应镉胁迫的转录组分析 被引量:3
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作者 王燕宁 黄涛 +10 位作者 吴光亮 黄诗颖 钟奇 王鹏 杨朦朦 李才敬 程琴 贺浩华 金伟 郭凌 边建民 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2022年第5期25-35,共11页
为研究不同类型水稻对镉(Cd)胁迫差异的原因,以镉敏感籼稻恢复系昌恢891(CH891)和镉耐受粳稻品种02428为材料,选取种子萌发后,连续镉处理3 d的和未进行镉处理的幼芽,使用高通量Illumina HiSeq 4000测序技术进行RNA-Seq分析,共得到539524... 为研究不同类型水稻对镉(Cd)胁迫差异的原因,以镉敏感籼稻恢复系昌恢891(CH891)和镉耐受粳稻品种02428为材料,选取种子萌发后,连续镉处理3 d的和未进行镉处理的幼芽,使用高通量Illumina HiSeq 4000测序技术进行RNA-Seq分析,共得到539524490个有效读长,与参考基因组的比对率在94.81%~96.82%,GC含量均在49%以上。通过比较分析,共检测到7204个差异表达基因(DEGs),其中在CH891中特异表达的基因(SCR3)有849个,02428中特异表达的基因(RCR3)有676个,2个品种均有表达但表达量存在差异的基因(CCR3)有770个。KEGG和GO富集通路分析表明,异黄酮生物合成、磷酸肌醇代谢、黄酮类生物合成和花青素生物合成途径在SCR3中显著富集,细胞核、自噬调节和胰岛素抗性途径在RCR3中显著富集,α-亚麻酸代谢、吞噬体、柠檬烯和蒎烯降解和脂肪酸降解途径在CCR3中显著富集。结果表明,Cd处理后,次级代谢过程主要在CH891中富集,蛋白质代谢主要在02428中富集,综上所述,CH891和02428响应的代谢路径存在差异,控制这些代谢路径的分子机制可能是造成不同水稻镉胁迫差异的主要原因。 展开更多
关键词 籼稻 粳稻 镉胁迫 转录组 差异表达
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利用染色体片段置换系群体定位水稻芽期耐低温主效QTL 被引量:2
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作者 邓浩东 余镁霞 +5 位作者 吴光亮 罗鑫 宋贵庭 陈利平 贺浩华 边建民 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期1971-1978,共8页
水稻是世界上重要的粮食作物之一,低温胁迫影响水稻芽期生长,导致减产。为挖掘影响水稻芽期耐冷的基因,本研究以9311(受体)/日本晴(供体)染色体片段置换系群体为材料,将萌发的种子分别在7℃和15℃低温条件下处理7 d,再在28℃恢复生长3 d... 水稻是世界上重要的粮食作物之一,低温胁迫影响水稻芽期生长,导致减产。为挖掘影响水稻芽期耐冷的基因,本研究以9311(受体)/日本晴(供体)染色体片段置换系群体为材料,将萌发的种子分别在7℃和15℃低温条件下处理7 d,再在28℃恢复生长3 d,测定种子存活率并定位其中影响芽期耐低温数量性状位点(QTL)。7℃低温胁迫下,共检测到2个芽期耐低温主效QTL:qCS7T10和qCS7T11;两者分别位于水稻第10和第11号染色体上,LOD值分别为7.26和5.87,贡献率分别为18.85%和14.92%。15℃低温胁迫下,共检测到1个芽期耐低温主效QTL:qCS15T5,其位于水稻第5号染色体上,LOD值为7.61,贡献率为25.69%。结果表明不同低温处理下,控制水稻芽期耐低温QTL不同。本研究为今后育种聚合更多的耐低温QTL来提高水稻对不同低温的适应能力,降低低温胁迫对水稻芽期的影响奠定了一定的基础。 展开更多
关键词 水稻 芽期 QTL 低温处理 染色体片段置换系
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