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山金柑GATA基因家族全基因组鉴定及在果实发育中的表达分析
1
作者
罗嗣芳
张祖铭
+5 位作者
谢丽芳
郭紫晶
陈兆星
杨月华
严翔
张洪铭
《生物技术通报》
北大核心
2025年第5期218-230,共13页
【目的】探究GATA转录因子基因家族在山金柑果实发育中的调控作用。【方法】采用生物信息学方法,对其山金柑GATA转录因子基因家族进行全基因组鉴定,并结合转录组数据和RT-qPCR,对其理化性质、基因结构、系统发育树和表达模式进行分析。...
【目的】探究GATA转录因子基因家族在山金柑果实发育中的调控作用。【方法】采用生物信息学方法,对其山金柑GATA转录因子基因家族进行全基因组鉴定,并结合转录组数据和RT-qPCR,对其理化性质、基因结构、系统发育树和表达模式进行分析。【结果】在山金柑中共鉴定到26个FhGATAs,不均匀分布在9条染色体上;理化性质分析表明,该家族蛋白都位于细胞核中,分子量在18019.89-60342.13Da范围,属于亲水性蛋白,pI介于4.62-10.33;与拟南芥同源基因进行聚类分析,FhGATA基因家族可分为4个亚家族,同一个亚家族的基序组成和分布模式相似,其中SubfamilyⅢ亚家族的一些基因在进化过程中缺失;共线性分析表明,山金柑中存在7个共线FhGATAs基因,拟南芥中有24个AtGATAs基因与FhGATAs基因同源,甜橙中有33个CsGATAs基因与FhGATAs基因同源;FhGATA基因的转录调控机制包含光响应和光的反应性元件,以及各种激素反应、胁迫反应和生长发育相关元件;组织表达分析显示,FhGATA基因家族的4个亚家族在根、茎、叶、花、果实和种子中表现不同程度的特异性表达,其中FhGATA24、FhGATA22、FhGATA26、FhGATA18、FhGATA12和FhGATA5在果实中高表达;进一步RT-qPCR分析表明,FhGATA基因与山金柑的单果重和横纵径密切相关,其中FhGATA22和FhGATA18在大果和小果山金柑的果实发育全过程均存在显著差异。【结论】山金柑含有26个FhGATAs基因,其中FhGATA22和FhGATA18可能是介导山金柑果实大小的调控因子。
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关键词
山金柑
GATA
转录因子
基因家族
果实发育
表达分析
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职称材料
赣南野生山金柑果实化学成分及其抗咽喉炎活性分析
2
作者
罗嗣芳
张洪铭
+7 位作者
陈兆星
张祖铭
赖圣炜
孙静贤
郭紫晶
曾春发
谢丽芳
严翔
《食品科学》
北大核心
2025年第15期246-255,共10页
使用超高效液相色谱-质谱联用技术检测赣南野生山金柑果实化学成分,运用网络药理学探讨其药用活性成分和作用机制,并通过实验和分子对接进行验证。研究结果表明,在4类赣南野生山金柑果实中共鉴定出101种化学成分,其中药用活性成分20种...
使用超高效液相色谱-质谱联用技术检测赣南野生山金柑果实化学成分,运用网络药理学探讨其药用活性成分和作用机制,并通过实验和分子对接进行验证。研究结果表明,在4类赣南野生山金柑果实中共鉴定出101种化学成分,其中药用活性成分20种、对应靶点376个、咽喉炎潜在靶点6 931个、共同作用靶点101个,并筛选出5个核心靶点(GRM5、GRK2、GABRA2、ABL1和OPRM1),涉及327个基因本体论条目和192个京都基因与基因组百科全书信号通路。通过构建SD大鼠模型与血清炎症因子检测发现,中、高浓度的赣南野生山金柑提取物对吡啶诱导的大鼠咽喉炎具有较好的抑制作用,且可促使大鼠咽部GRM5、GRK2、GABRA2、ABL1和OPRM1基因显著差异性表达。分子对接验证表明,米橘素、橙皮素、柚皮素、川陈皮黄素、枸橼苦素与GRM5、GRK2、GABRA2、ABL1和OPRM1结合效果较好,且较临床抗咽喉炎药物地塞米松和地喹氯铵具有分子对接优势。综上,本研究从赣南野生山金柑果实鉴定出多种药用活性成分,初步明确其通过多靶点、多通路来发挥抗咽喉炎作用,为赣南野生山金柑的药用价值提供了理论支撑。
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关键词
山金柑
化学成分
超高效液相色谱-质谱联用
抗炎活性
网络药理学
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职称材料
题名
山金柑GATA基因家族全基因组鉴定及在果实发育中的表达分析
1
作者
罗嗣芳
张祖铭
谢丽芳
郭紫晶
陈兆星
杨月华
严翔
张洪铭
机构
赣州市柑桔科学研究所
江西省柑橘种质资源圃
出处
《生物技术通报》
北大核心
2025年第5期218-230,共13页
基金
国家现代农业产业技术体系(CARS-26)
赣州市重点研发计划重点项目-现代农业产业(2022XM061209)
赣州市重点研发计划一般项目(赣市科发[2024]33号)。
文摘
【目的】探究GATA转录因子基因家族在山金柑果实发育中的调控作用。【方法】采用生物信息学方法,对其山金柑GATA转录因子基因家族进行全基因组鉴定,并结合转录组数据和RT-qPCR,对其理化性质、基因结构、系统发育树和表达模式进行分析。【结果】在山金柑中共鉴定到26个FhGATAs,不均匀分布在9条染色体上;理化性质分析表明,该家族蛋白都位于细胞核中,分子量在18019.89-60342.13Da范围,属于亲水性蛋白,pI介于4.62-10.33;与拟南芥同源基因进行聚类分析,FhGATA基因家族可分为4个亚家族,同一个亚家族的基序组成和分布模式相似,其中SubfamilyⅢ亚家族的一些基因在进化过程中缺失;共线性分析表明,山金柑中存在7个共线FhGATAs基因,拟南芥中有24个AtGATAs基因与FhGATAs基因同源,甜橙中有33个CsGATAs基因与FhGATAs基因同源;FhGATA基因的转录调控机制包含光响应和光的反应性元件,以及各种激素反应、胁迫反应和生长发育相关元件;组织表达分析显示,FhGATA基因家族的4个亚家族在根、茎、叶、花、果实和种子中表现不同程度的特异性表达,其中FhGATA24、FhGATA22、FhGATA26、FhGATA18、FhGATA12和FhGATA5在果实中高表达;进一步RT-qPCR分析表明,FhGATA基因与山金柑的单果重和横纵径密切相关,其中FhGATA22和FhGATA18在大果和小果山金柑的果实发育全过程均存在显著差异。【结论】山金柑含有26个FhGATAs基因,其中FhGATA22和FhGATA18可能是介导山金柑果实大小的调控因子。
关键词
山金柑
GATA
转录因子
基因家族
果实发育
表达分析
Keywords
Fortunella hindsii
GATA
transcription factor
gene family
fruit development
expression analysis
分类号
S666.9 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
赣南野生山金柑果实化学成分及其抗咽喉炎活性分析
2
作者
罗嗣芳
张洪铭
陈兆星
张祖铭
赖圣炜
孙静贤
郭紫晶
曾春发
谢丽芳
严翔
机构
赣州市柑桔科学研究所
出处
《食品科学》
北大核心
2025年第15期246-255,共10页
基金
国家现代农业产业技术体系建设专项(CARS-26)
赣州市重点研发计划重点项目(2022XM061209)
赣州市重点研发计划一般项目(赣市科发[2024]33号)。
文摘
使用超高效液相色谱-质谱联用技术检测赣南野生山金柑果实化学成分,运用网络药理学探讨其药用活性成分和作用机制,并通过实验和分子对接进行验证。研究结果表明,在4类赣南野生山金柑果实中共鉴定出101种化学成分,其中药用活性成分20种、对应靶点376个、咽喉炎潜在靶点6 931个、共同作用靶点101个,并筛选出5个核心靶点(GRM5、GRK2、GABRA2、ABL1和OPRM1),涉及327个基因本体论条目和192个京都基因与基因组百科全书信号通路。通过构建SD大鼠模型与血清炎症因子检测发现,中、高浓度的赣南野生山金柑提取物对吡啶诱导的大鼠咽喉炎具有较好的抑制作用,且可促使大鼠咽部GRM5、GRK2、GABRA2、ABL1和OPRM1基因显著差异性表达。分子对接验证表明,米橘素、橙皮素、柚皮素、川陈皮黄素、枸橼苦素与GRM5、GRK2、GABRA2、ABL1和OPRM1结合效果较好,且较临床抗咽喉炎药物地塞米松和地喹氯铵具有分子对接优势。综上,本研究从赣南野生山金柑果实鉴定出多种药用活性成分,初步明确其通过多靶点、多通路来发挥抗咽喉炎作用,为赣南野生山金柑的药用价值提供了理论支撑。
关键词
山金柑
化学成分
超高效液相色谱-质谱联用
抗炎活性
网络药理学
Keywords
Fortunella hindsii
chemical composition
ultra-high performance liquid chromatography-mass spectrometry
anti-inflammatory activity
network pharmacology
分类号
S666.9 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
山金柑GATA基因家族全基因组鉴定及在果实发育中的表达分析
罗嗣芳
张祖铭
谢丽芳
郭紫晶
陈兆星
杨月华
严翔
张洪铭
《生物技术通报》
北大核心
2025
0
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职称材料
2
赣南野生山金柑果实化学成分及其抗咽喉炎活性分析
罗嗣芳
张洪铭
陈兆星
张祖铭
赖圣炜
孙静贤
郭紫晶
曾春发
谢丽芳
严翔
《食品科学》
北大核心
2025
0
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职称材料
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