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鸡SNP多样性的比较研究与群体有效规模的估算 被引量:3
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作者 饶友生 王樟凤 +3 位作者 周敏 沈栩 夏梦娜 张细权 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期1083-1088,共6页
以红色原鸡(Red Jungle Fowl,RJF)、丝羽乌骨鸡(Taihe silk Chicken,TS)、隐性白洛克鸡(White Recessive Rock,WRR)为资源群,在鸡一号染色体的Contig.060226.1上选取了一个200kb的区域,比较研究了3个群体的SNP(single nucleotide polymo... 以红色原鸡(Red Jungle Fowl,RJF)、丝羽乌骨鸡(Taihe silk Chicken,TS)、隐性白洛克鸡(White Recessive Rock,WRR)为资源群,在鸡一号染色体的Contig.060226.1上选取了一个200kb的区域,比较研究了3个群体的SNP(single nucleotide polymorphism)多样性、估算了鸡的初始群体有效规模大小(effective size of population,Ne)。红色原鸡、丝羽乌骨鸡、隐性白洛克鸡3个群体的平均杂合度分别为0.28533±0.03475、0.32926±0.03919、0.30168±0.04038。显著性检验差异不显著(P=0.2368>0.05)。根据Latter和Nei的方法对鸡的群体有效规模进行了估算,鸡的初始群体有效规模大小为20000~150000。鸡在驯养的早期阶段经历过严厉的瓶颈效应,但瓶颈效应对鸡各品种SNP的多样性并未产生显著影响。笔者认为,鸡在驯养的早期阶段群体有效规模足够大,品种分化过程中群体迅速扩张,品种间的广泛杂交(特别是和红色原鸡之间)以及鸡基因组的高重组率等因素是导致家鸡和原鸡以及各家鸡品种间SNP多样性没有显著差别的重要原因。 展开更多
关键词 SNP 多样性 群体有效规模
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家鸡性早熟相关基因的研究进展 被引量:7
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作者 周敏 徐海平 +2 位作者 沈栩 刘满清 张细权 《中国家禽》 北大核心 2012年第4期45-50,共6页
性早熟是优质鸡特有的重要经济性状。性早熟在很大程度上与遗传密切相关,是一个由多基因决定的复杂性状。本文主要介绍了GnRH-1基因、NPY基因、FSHβ基因、FSHR基因、PRL基因、PRLR基因、VIP基因、VIPR-1基因、DRD1基因、DRD2基因、IGF-... 性早熟是优质鸡特有的重要经济性状。性早熟在很大程度上与遗传密切相关,是一个由多基因决定的复杂性状。本文主要介绍了GnRH-1基因、NPY基因、FSHβ基因、FSHR基因、PRL基因、PRLR基因、VIP基因、VIPR-1基因、DRD1基因、DRD2基因、IGF-1基因与STAT5B基因与家鸡性早熟的关系。 展开更多
关键词 家鸡 性早熟 基因
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VIPR-1基因5′调控区多态位点与鸡就巢性的关联分析 被引量:11
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作者 周敏 和俊 +3 位作者 谢袖娟 沈栩 徐海平 张细权 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期343-352,共10页
本研究旨在探索血管活性肠肽I型受体(Vasoacitve intestinal peptide type I receptor,VIPR-1)基因5′调控区(-496~-1bp)多态性及其单倍型效应对鸡就巢性的影响,寻找影响肉鸡就巢性的分子标记,为降低或者剔除肉鸡就巢行为的育种研究提... 本研究旨在探索血管活性肠肽I型受体(Vasoacitve intestinal peptide type I receptor,VIPR-1)基因5′调控区(-496~-1bp)多态性及其单倍型效应对鸡就巢性的影响,寻找影响肉鸡就巢性的分子标记,为降低或者剔除肉鸡就巢行为的育种研究提供相应依据。采用测序技术对498只清远麻鸡VIPR-1基因5′调控区进行多态性检测及基因型分析,利用最小二乘均数对VIPR-1基因5′调控区的多态位点与就巢性状进行相关分析,利用PHASE软件对多态位点进行单倍型分析。结果,VIPR-1基因5′调控区存在12个多态性位点,G-359T、G-266T、A-134G、A-94G、C-72G对18~43周龄的就巢持续天数影响达到显著水平(P<0.05),A-94G位点对18~54周龄的就巢率的影响达到显著水平(P<0.05);构建的单倍型对18~54周龄的就巢持续天数的影响达到极显著水平(P<0.01)。最小二乘分析结果表明,CCTGGGAAGCAG/TTGGGGAAGCAC型个体的就巢持续天数比其它单倍型个体极显著的延长(P<0.01)。结果表明,VIPR-1基因5′调控区(-496~-1bp)可能存在影响鸡就巢行为的分子标记,CCTGGGAAGCAG/TTGGGGAAGCAC型个体对鸡就巢性具有较大的遗传效应,可作为分子标记应用于家鸡就巢行为的筛选。 展开更多
关键词 血管活性肠肽I型受体基因 5′调控区 多态位点 单倍型 就巢性
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清远麻鸡VIPR-1基因C1704887T、C1715301T位点与繁殖性状的关联性分析 被引量:11
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作者 周敏 沈栩 +5 位作者 李莹 许佳俊 李晓鹏 梁少东 何丹林 聂庆华 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期117-122,共6页
家禽繁殖内分泌调控机制和血管活性肠肽I型受体(vasoactive intestinal peptide receptor-1,VIPR-1)基因的体内体外表达实验证明,VIPR-1基因参与了繁殖行为的调控。研究以鸡VIPR-1基因的C1704887T与C1715301T位点作为繁殖性状的候选标记... 家禽繁殖内分泌调控机制和血管活性肠肽I型受体(vasoactive intestinal peptide receptor-1,VIPR-1)基因的体内体外表达实验证明,VIPR-1基因参与了繁殖行为的调控。研究以鸡VIPR-1基因的C1704887T与C1715301T位点作为繁殖性状的候选标记,对512只清远麻鸡进行基因型检测并分析其与繁殖性状的相关性。研究表明:位于内含子6的位点C1704887T与40周龄、43周龄以及54周龄的总产蛋数和总正常蛋数显著相关(P<0.05),等位基因C有利于产蛋;位于内含子8的位点C1715301T与30周总畸形蛋数显著相关(P<0.05);这2个位点组成的二倍型与开产日龄呈显著的相关性(P<0.05),但这2个位点与开产性状无显著相关。研究结果提示:位点C1704887T可作为产蛋量的标记辅助选择的潜在分子标记。 展开更多
关键词 清远麻鸡 VIPR-1基因 C1704887T位点 C1715301T位点 繁殖性状
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下丘脑-垂体-性腺轴上基因多态性与鸡冠高和体重的相关性分析 被引量:10
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作者 徐海平 曾华 +3 位作者 周敏 方梅霞 沈栩 张细权 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期4-7,共4页
鸡冠高及体重是优质鸡早熟性选育过程中重要的参考指标,通过研究鸡多个侯选基因上突变位点与冠高和体重的相关性,寻找可作为该性状标记辅助选择的重要标记。在GnRH-I、GnRHR、NPY、DRD2、VIP、VIPR-1和PRL这7个侯选基因上共选取了10个... 鸡冠高及体重是优质鸡早熟性选育过程中重要的参考指标,通过研究鸡多个侯选基因上突变位点与冠高和体重的相关性,寻找可作为该性状标记辅助选择的重要标记。在GnRH-I、GnRHR、NPY、DRD2、VIP、VIPR-1和PRL这7个侯选基因上共选取了10个多态位点,采用PCR-RFLP方法对1 310只宁都三黄鸡进行了基因型检测,并对各位点与77、84、91日龄冠高和体重性状的相关性进行了分析。结果表明:NPY基因上的2个位点I31391359D及C31394761T可作为91日龄体重标记辅助选择的有效分子标记;VIPR-1基因上的位点A1661691G可作为77、84日龄冠高的有效分子标记。 展开更多
关键词 候选基因 多态位点 冠高 体重
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DRD2基因14个多态位点与鸡产蛋性状的相关性 被引量:9
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作者 徐海平 周敏 +4 位作者 方梅霞 曾华 聂庆华 张德祥 张细权 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期944-950,共7页
本研究旨在分析DRD2基因与鸡产蛋性状的相关性,寻找可作为鸡产蛋性状的重要标记。在该基因上选取了14个多态位点,采用PCR-RFLP及PCR测序等方法在宁都三黄鸡母系644个个体中进行了鸡产蛋性状的关联分析。结果表明:位于该基因5′调控区的... 本研究旨在分析DRD2基因与鸡产蛋性状的相关性,寻找可作为鸡产蛋性状的重要标记。在该基因上选取了14个多态位点,采用PCR-RFLP及PCR测序等方法在宁都三黄鸡母系644个个体中进行了鸡产蛋性状的关联分析。结果表明:位于该基因5′调控区的4个突变位点G-38560C、T-38326G、T-32751C和A-16105G与鸡的开产日龄显著或极显著(P<0.05或P<0.01)相关,位点A-16105G还与300日龄总产蛋数显著相关(P<0.05);由G-38560C、G-38544A、I-38463D与T-38326G这4个位点组成的单倍型块与开产日龄呈极显著相关(P=0.006 5<0.01)。研究结果提示:G-38560C、T-38326G、T-32751C和A-16105G这4个突变位点以及由G-38560C、G-38544A、I-38463D与T-38326G组成的单倍型块可作为产蛋性状标记辅助选择的有效分子标记。 展开更多
关键词 DRD2基因 多态位点 单倍型 产蛋性状
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血管活性肠肽Ⅰ型受体基因多态位点与鸡冠高度和体重的相关性 被引量:9
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作者 周敏 刘满清 +4 位作者 徐海平 罗成龙 聂庆华 王谦 张细权 《中国家禽》 北大核心 2009年第20期17-20,共4页
以鸡VIPR-1基因作为鸡冠高度和体重的候选基因,选取了12个多态位点对586只宁都三黄鸡进行基因型检测并分析了其与这两个性状的相关性。研究表明:位于内含子2的位点C+598T与84日龄体重显著相关(P<0.05);位于内含子8的位点C+53327T与7... 以鸡VIPR-1基因作为鸡冠高度和体重的候选基因,选取了12个多态位点对586只宁都三黄鸡进行基因型检测并分析了其与这两个性状的相关性。研究表明:位于内含子2的位点C+598T与84日龄体重显著相关(P<0.05);位于内含子8的位点C+53327T与77日龄体重和91日龄体重呈极显著相关(P<0.01);等位基因C有利于增加体重;但这12个位点与不同日龄的鸡冠高度不相关。位点C+598T与C+53327T组成的单倍型块与91日龄体重显著相关(P<0.05)。 展开更多
关键词 VIPR-1 基因 多态位点 体重 冠高
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鸡Z染色体基因表达的密码子偏性 被引量:6
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作者 饶友生 梁菲菲 +2 位作者 王樟凤 柴学文 张细权 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期70-74,共5页
从NCBI数据库(http:∥www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mapview/map)下载鸡Z染色体上全部基因完整的cDNA,最终共有626个基因的CDS序列纳入统计分析.使用CodonW(1.4.2)进行密码子偏性分析,确定了CGG、AGC、UGC等26个密码子为Z染色体基因... 从NCBI数据库(http:∥www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mapview/map)下载鸡Z染色体上全部基因完整的cDNA,最终共有626个基因的CDS序列纳入统计分析.使用CodonW(1.4.2)进行密码子偏性分析,确定了CGG、AGC、UGC等26个密码子为Z染色体基因表达的"最优"密码子.对应分析表明,影响鸡Z染色体基因表达的密码子偏性的主要因素分别为GC3s、基因的表达丰度、GC含量、CDS长度及氨基酸的疏水性.鸡Z染色体基因表达的密码子用法受到了核苷酸组成偏好的显著影响,这种核苷酸组成偏好很可能是突变偏畸、固定偏畸及基因转换导致的.对于鸡这种群体有效规模较大的群体,密码子的偏性更有可能是核苷酸组成偏好及选择等因素综合作用的结果. 展开更多
关键词 Z染色体 密码子 偏性
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4个鸡品种VIPR-1基因遗传多样性分析 被引量:4
9
作者 周敏 刘满清 +4 位作者 康乐 徐海平 罗成龙 梁勇 张细权 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期156-161,共6页
采用PCR-RFLP方法,对茶花鸡、泰和丝羽乌骨鸡、固始鸡和隐性白洛克鸡VIPR-1基因的20个位点的遗传多样性进行研究。结果表明,20个位点的基因频率在这4个群体中分布差异很大,绝大部分的SNP最小等位基因频率均大于5%。独立χ2分析显示,除位... 采用PCR-RFLP方法,对茶花鸡、泰和丝羽乌骨鸡、固始鸡和隐性白洛克鸡VIPR-1基因的20个位点的遗传多样性进行研究。结果表明,20个位点的基因频率在这4个群体中分布差异很大,绝大部分的SNP最小等位基因频率均大于5%。独立χ2分析显示,除位点C1704887T外,其他19个位点基因型分布在不同鸡品种间存在显著或极显著差异(P<0.05、P<0.01)。茶花鸡、泰和丝羽乌骨鸡、固始鸡与隐性白洛克鸡4个群体的平均多样性分别为0.3658(±0.0238)、0.3609(±0.0315)、0.3836(±0.0299)和0.3598(±0.0401),显著性检验差异均不显著。单倍型分析发现,在所研究的区域,泰和丝羽乌骨鸡有2个单倍型块,固始鸡有4个单倍型块,茶花鸡和隐性白洛克鸡有5个单倍型块。研究发现鸡VIPR-1基因中5个位点,单倍型块C1660256T~A1660309G以及G1680779T~C1693306T的12kb区域可能与早期生长速度有关。 展开更多
关键词 VIPR-1基因 遗传多样性 单倍型比较
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家禽就巢行为的分子遗传基础 被引量:5
10
作者 周敏 张细权 《中国家禽》 北大核心 2007年第20期32-34,共3页
  在现代养禽业中,就巢行为已成为制约禽类繁殖性能和饲养效益的重要因素.因此,减少和消除就巢行为已成为重要的育种目标之一.结合本实验室多年来的研究工作,笔者对家禽就巢行为的分子遗传机制进行了综述与展望.……
关键词 就巢 繁殖性能 育种目标 饲养效益 分子遗传 PRLR 丝羽乌骨鸡 养禽业 催乳素受体 候选基因
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珠颈斑鸠的核型分析
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作者 饶友生 隆岩 +3 位作者 周敏 王樟凤 柴学文 郑怀宇 《中国家禽》 北大核心 2007年第24期16-18,22,共4页
通过对珠颈斑鸠的核型进行分析,与已报道的几种鸽形目禽类相比较,发现其核型基本一致。珠颈斑鸠染色体的核型公式为2N=80=12m+2st+64t+Zm+Wm,包括10对大染色体(8对常染色体及Z、W染色体),30对小染色体。珠颈斑鸠的染色体核型与山斑鸠、... 通过对珠颈斑鸠的核型进行分析,与已报道的几种鸽形目禽类相比较,发现其核型基本一致。珠颈斑鸠染色体的核型公式为2N=80=12m+2st+64t+Zm+Wm,包括10对大染色体(8对常染色体及Z、W染色体),30对小染色体。珠颈斑鸠的染色体核型与山斑鸠、灰斑鸠及家鸽一样都具有3对最大的常染色体,Z、W染色体为中央着丝粒(m)染色体。Z染色体的相对长度位于第4号,W染色体的相对长度位于第5和第6号之间。这种特征为大多数鸟类核型所共有,表明它们的染色体具有显著的同源性和相当的保守性。 展开更多
关键词 珠颈斑鸠 染色体 核型
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