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白色杜洛克×二花脸资源家系猪血液性状的系统遗传学研究 被引量:3
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作者 徐盼 张震 +2 位作者 崔磊磊 杨斌 段艳宇 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期232-240,共9页
为揭示家猪血细胞性状的遗传基础,本研究整合白色杜洛克×二花脸猪F2资源家系肌肉血细胞性状eQTL和全基因关联分析结果,鉴别影响血细胞性状的候选基因。研究测定了1 149个个体的18种血常规和593个个体肌肉转录本表达水平,对1 020个... 为揭示家猪血细胞性状的遗传基础,本研究整合白色杜洛克×二花脸猪F2资源家系肌肉血细胞性状eQTL和全基因关联分析结果,鉴别影响血细胞性状的候选基因。研究测定了1 149个个体的18种血常规和593个个体肌肉转录本表达水平,对1 020个个体进行基因分型。转录组表达水平与血常规数据的关联性使用斯皮尔曼系数进行评估,将血细胞性状相关联的转录本进行eQTL定位并进行基因富集分析,结合前期本试验的GWAS结果进行综合分析。结果,当P<5×10-4时检测到血细胞相关的eQTLs有122个,其中有9个顺式eQTLs和63个反式eQTLs。通过eQTL定位确定SERPINB6为影响红细胞性状的候选基因,基因富集分析鉴别到影响红细胞性状的候选基因为PTPRC和ITGA8,GWAS和eQTL的综合分析发现影响红细胞性状相关的基因为TMED9、PCK1、TINAGL1和SORL1。本研究通过结合前期GWAS结果和肌肉转录本表达数据进行综合分析鉴别到7个与红细胞性状相关的基因,其中TMED9、PCK1、TINAGL1和SORL1是GWAS和eQTL共有的候选基因。 展开更多
关键词 血液性状 肌肉 表达数量性状位点 全基因组关联分析 候选基因
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野猪、松辽黑母猪及其杂交一代多性状功能基因分子遗传标记研究 被引量:6
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作者 杨广礼 章焕 +6 位作者 田慧月 刘志强 张志燕 孙家付 冯绍银 张树敏 李明 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第3期946-953,共8页
本研究旨在应用“中芯一号”家猪分子育种基因芯片了解试验猪群重要经济性状功能基因遗传变异,为选留优秀育种个体提供有效信息。选择影响猪脂肪沉积、肉质、生长、抗病和被毛表型等性状功能基因有效突变位点作为分子遗传选育标记,以野... 本研究旨在应用“中芯一号”家猪分子育种基因芯片了解试验猪群重要经济性状功能基因遗传变异,为选留优秀育种个体提供有效信息。选择影响猪脂肪沉积、肉质、生长、抗病和被毛表型等性状功能基因有效突变位点作为分子遗传选育标记,以野猪、松辽黑母猪及其杂交一代共计106头个体作为实验动物模型,通过“中芯一号”猪分子育种芯片检测,对试验猪不同性状功能基因有效突变位点进行统计分析。结果表明,猪脂肪沉积性状功能基因(SCD和MYH4)有效突变位点在试验猪群中全部是肌内脂肪沉积有利基因型(CC、TT);肉质性状功能基因(PHKG1、PRKAG3和RYR1)有效突变位点,除了21头猪携带有RYR1功能基因有效突变位点对肉质性状不利的等位基因T外(杂合基因型CT),其他个体全部为肉质性状有利基因型(CC、GG、CC);抗病性状功能基因MUC13有效突变位点的抗病有利等位基因纯合基因型(GG)所占比例高于杂合(GA)和不利等位基因纯合基因型(AA);生长性状功能基因(HMGA1、VRTN和CCKAR)有效突变位点检测发现,猪群中没有增加体长趋势的HMGA1突变位点的TT基因型个体,仅有1个杂合体;肋骨数功能基因VRTN有效突变位点T等位基因频率高,对个体的胸椎数有增加趋势;功能基因CCKAR有效突变位点全部是有利于增加采食及日增重的C等位基因纯合基因型;被毛表型性状KIT功能基因有效突变位点在所有检测猪个体呈现出GG基因型,说明研究猪群中不存在影响白色被毛表型的基因突变位点,与试验猪群被毛表型结果一致。以上结果为猪群进一步育种规划提供了有益信息。 展开更多
关键词 表型性状 功能基因 分子遗传标记 标记辅助选择
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玉山黑猪两种头型遗传机制的初步解析 被引量:1
3
作者 王成斌 王小鹏 +4 位作者 郑小明 陈浩 张俊杰 郭源梅 丁能水 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期1585-1593,共9页
旨在检测"马脸"型和"狮子头"型玉山黑猪在基因组上的遗传分化信号,结合全基因组关联分析(GWAS),鉴别影响玉山黑猪两种头型的候选基因并探寻其可能的形成机理。本研究选取玉山黑猪国家保种场的24头"马脸"... 旨在检测"马脸"型和"狮子头"型玉山黑猪在基因组上的遗传分化信号,结合全基因组关联分析(GWAS),鉴别影响玉山黑猪两种头型的候选基因并探寻其可能的形成机理。本研究选取玉山黑猪国家保种场的24头"马脸"型个体和12头"狮子头"型个体,利用Illumina猪60KSNP芯片对这些个体进行扫描和基因分型。基于60K SNP芯片数据,检测"马脸"型和"狮子头"型两个类群间的遗传分化系数(Fst)。同时,进行病例-对照的GWAS分析和连锁不平衡(LD)分析,根据Fst、GWAS和LD分析结果确定重要候选基因。结果表明,两个群体间最强的遗传分化信号位于猪10号染色体,GWAS同样在该区域检测到显著的关联位点。LD及单倍型分析将置信区间锁定在该染色体11.76~12.05 Mb的一段290kb的区域。本研究基于猪60K芯片数据,通过遗传分化分析、全基因组关联分析和连锁不平衡分析等手段,初步推测RAB3GAP2和IASR2为影响玉山黑猪头型的候选基因,该结果为进一步解析中国地方猪不同头型的形成机制奠定了基础。 展开更多
关键词 玉山黑猪 遗传分化信号 全基因组关联分析 头型 候选基因
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巴克夏和里岔黑猪不同杂交组合生产性能的比较研究 被引量:18
4
作者 李龙云 肖石军 +5 位作者 黄黎斌 黄智勇 涂金敏 熊秀萍 郭源梅 黄路生 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期26-35,共10页
旨在测定巴克夏和里岔黑猪这两个猪种的杂交性能,筛选出较为理想的杂交组合。本研究设计了巴克夏×陆川猪(巴陆,2 224头)、巴克夏×里岔黑猪(巴里,18 555头)、巴克夏×玉山黑猪(巴玉,660头)、巴克夏×圩猪(巴圩,366头)... 旨在测定巴克夏和里岔黑猪这两个猪种的杂交性能,筛选出较为理想的杂交组合。本研究设计了巴克夏×陆川猪(巴陆,2 224头)、巴克夏×里岔黑猪(巴里,18 555头)、巴克夏×玉山黑猪(巴玉,660头)、巴克夏×圩猪(巴圩,366头)、里岔黑猪×陆川猪(里陆,2 689头)、里岔黑猪×玉山黑猪(里玉,706头)和杜洛克×里岔黑猪(杜里,1 026头)7种杂交组合,并通过生长肥育、体尺和繁殖3大类16个性状的生产性能测定来比较它们的优劣。生产性能测定结果表明,杜里综合性能最好,除产仔数和臀宽表现一般外,其余性状都表现较好;巴里其次,除产仔数、肥育期的料肉比和100kg背膘厚表现一般外,其余性状表现较好;剩余5种杂交组合的综合性能较差,目前没有商业化应用价值。由于杜里和巴里猪综合性能较好,为了进一步了解它们的产肉性能,分别对杜里和巴里猪进行屠宰测定。巴里猪的产肉性能总体比杜里猪要好,除大理石纹和肌内脂肪含量不如杜里猪外,其余性状均优于杜里猪,尤其是胸椎数,巴里比杜猪里多1.33根,差异达到极显著水平(P=0.003)。除了生产性能外,商品猪体型外貌也很重要,尤其是毛色。巴里猪的毛色均为黑色,杜里猪有部分发生毛色分离。综合比较,配合力测定结果提示,巴里和杜里综合性能优于其它5种组合,巴里的市场前景比杜里更好。 展开更多
关键词 巴克夏 里岔黑猪 杂交 生产性能
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不同性别大白猪肌肉全基因组高分辨率单碱基甲基化差异分析 被引量:8
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作者 郭添福 张志燕 +3 位作者 陈冬 姚天雄 肖石军 黄路生 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期2326-2339,共14页
旨在通过不同性别大白猪的全基因组高分辨率单碱基甲基化差异分析,检测差异甲基化区域(DMR)和差异甲基化基因(DMG),为进一步解析公母猪骨骼肌发育差异奠定基础。本研究采用全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)技术分析了4头210日龄长白猪(公... 旨在通过不同性别大白猪的全基因组高分辨率单碱基甲基化差异分析,检测差异甲基化区域(DMR)和差异甲基化基因(DMG),为进一步解析公母猪骨骼肌发育差异奠定基础。本研究采用全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)技术分析了4头210日龄长白猪(公、母各半)背最长肌全基因组DNA的甲基化程度和差异甲基化区域,探讨性别间DNA甲基化水平的差异。结果表明,全基因组范围约有5%的胞嘧啶(C)发生了甲基化(mC);母猪和公猪的总体甲基化水平基本一致。共检测到1 629个DMRs和841个DMGs。母猪的DMRs平均甲基化水平明显高于公猪。通过基因本体分析(GO)和相关信号通路(KEGG)分析,共检测到171个GO条目和10个信号通路,显著富集在轴突导向、细胞连接、细胞粘附、ECM受体互作等相关过程中;筛选出5个与不同性别肌肉调节相关的候选基因。本研究绘制了不同性别大白猪的高分辨率单碱基全基因组甲基化图谱,为不同性别表观遗传研究以及肌肉发育和肉质相关候选基因的筛选提供了信息参考。 展开更多
关键词 性别 肌肉 全基因组 甲基化
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猪小体型相关受选择基因位点的研究 被引量:6
6
作者 李完波 朱亚玲 +1 位作者 艾华水 郭添福 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1977-1985,共9页
旨在通过对比大、小体型两组中国地方猪种在基因组上的遗传分化,检测出全基因组选择信号,以期能鉴别出影响猪体型大小的相关基因及可能的突变位点,解析小体型猪种形成的分子机制。本研究选用小体型的五指山猪和巴马香猪,以大体型的金华... 旨在通过对比大、小体型两组中国地方猪种在基因组上的遗传分化,检测出全基因组选择信号,以期能鉴别出影响猪体型大小的相关基因及可能的突变位点,解析小体型猪种形成的分子机制。本研究选用小体型的五指山猪和巴马香猪,以大体型的金华猪、二花脸、河套大耳猪为对照,基于全基因组重测序数据,使用两组猪群间的遗传分化系数(Fst)和小体型猪组内的杂合度(Heterozygosity)检测体型选择信号。Fst值较大而杂合度小的染色体区段作为体型相关的受选择候选区域。对这些候选区域所包含的基因进行基因功能及通路的注释分析、以及突变位点的搜寻,试图揭示与猪体型大小相关的可能受选择的基因和突变。结果,通过筛选全基因组重测序数据,我们得到32 475 218个高质量的SNPs,利用40kb的滑动窗口进行Fst和杂合度的计算。Fst值经Z转换(Z(Fst))后大于5的区段有242个。取杂合度最小值的前200个区间与242个Z(Fst)>5的区间的交集,确定了13个受选择候选区域,其中共包含28个基因。通过PANTHER进行基因注释,发现了17个与体型性状相关的候选基因,包括IGF1R、GUCY1A3等功能候选基因。本研究基于高通量测序数据,结合群体遗传学分析手段,确定了与体型大小相关的受选择区域,综合分析推测五指山和巴马香小体型猪的形成可能是由于处于非基因编码区域的一个或者多个突变造成。 展开更多
关键词 小型猪 全基因组重测序 选择信号 体型大小 候选基因
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猪血糖、血脂与脂肪沉积性状的关联性分析 被引量:9
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作者 季久秀 方绍明 +3 位作者 张震 曾治君 麻骏武 陈从英 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期686-692,共7页
为了研究性别和品种对猪血液生化指标的影响,以及血糖、血脂与脂肪沉积性状的相关性,本试验对莱芜猪及苏太猪血液生化指标和脂肪沉积性状进行了测定。采用全自动血液生化分析仪,检测了251头莱芜猪和248头苏太猪6项血液生化指标。结果表... 为了研究性别和品种对猪血液生化指标的影响,以及血糖、血脂与脂肪沉积性状的相关性,本试验对莱芜猪及苏太猪血液生化指标和脂肪沉积性状进行了测定。采用全自动血液生化分析仪,检测了251头莱芜猪和248头苏太猪6项血液生化指标。结果表明,性别间仅莱芜阉公猪的低密度脂蛋白胆固醇极显著高于母猪(P〈0.01),其他血液生化指标差异不显著(P〉0.05);品种间莱芜猪血液葡萄糖、糖化血清蛋白、低密度脂蛋白胆固醇极显著高于苏太猪(P〈0.01),而高密度脂蛋白胆固醇极显著低于苏太猪(P〈0.01),其他两项血液生化指标品种间差异不显著;莱芜猪和苏太猪的血糖以及部分血脂指标与脂肪沉积性状有显著相关性,在莱芜猪中,总胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇与胸部(6~7肋)背膘厚呈极显著正相关(P〈0.01),低密度脂蛋白胆固醇与臀部背膘厚呈显著正相关(P〈0.05);在苏太猪中,血液葡萄糖、总胆固醇和高密度脂蛋白胆固醇与肩部背膘厚、胸部背膘厚、腰部背膘厚、臀部背膘厚呈显著或极显著正相关(P〈0.05或P〈0.01),糖化血清蛋白与臀部背膘厚呈显著正相关(P〈0.05),甘油三酯含量与肩部背膘厚、腰部背膘厚呈显著正相关(P〈0.05)。由此我们推测:性别对血液生化指标有一定影响,而品种间血液生化指标有显著差异,血糖、血脂与脂肪沉积性状存在显著相关性。 展开更多
关键词 莱芜猪 苏太猪 血糖 血脂 脂肪沉积性状
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影响猪采食行为的肠道微生物种类鉴别 被引量:4
8
作者 姜辉 杨慧 +2 位作者 方绍明 高军 陈从英 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期213-226,共14页
动物主要通过采食来获取能量和所需营养物质,探索肠道菌群对猪采食行为的影响并研究其潜在的作用机制,可以为后续通过调控肠道菌群来改善猪采食提供理论基础。以210头商业杜洛克猪为研究对象,使用自动喂料器记录包括平均日采食时间(ADET... 动物主要通过采食来获取能量和所需营养物质,探索肠道菌群对猪采食行为的影响并研究其潜在的作用机制,可以为后续通过调控肠道菌群来改善猪采食提供理论基础。以210头商业杜洛克猪为研究对象,使用自动喂料器记录包括平均日采食时间(ADET)、平均日采食次数(ADEV)、平均日采食量(ADFI)等采食行为指标。140日龄时于肛门处收集粪便样品,通过16S rRNA基因V3-V4区测序获得试验猪肠道微生物结构与组成概况,采用Two-part模型以及共丰度组(CAGs)鉴别与猪采食行为相关的肠道微生物种类。结果显示:1)表型间相关性分析结果表明,ADET分别与ADEV(r=0.41,P<0.05)、RFI(r=0.32,P<0.05)呈显著正相关,ADFI分别与RFI(r=0.56,P<0.05)、平均日增重(ADG)(r=0.63,P<0.05)呈显著正相关,另外,RFI与背膘厚呈显著正相关(r=0.16,P<0.05)。2)CAGs分析中,主要包括瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)、拟杆菌目(Bacteroidales)以及颤螺菌属(Oscillospira)等OTUs的CAG2与ADFI呈显著负相关(P<0.05)。而包含注释到柔嫩梭菌(Faecalibacterium prausnitzii)、两形真杆菌(Eubacterium biforme)和Asteroleplasma anaerobium等OTUs的CAG9则与ADFI显著正相关(P<0.05)。3)在相关性分析中,当FDR<0.05时,未鉴定到任何与采食行为显著关联的OTU,但鉴别到14、21、25个OTUs分别与ADET、ADEV、ADFI具有相关性趋势(P<0.01)。其中与ADFI具有正相关趋势的OTUs主要注释到普氏菌属(Prevotella)、瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)以及韦荣球菌科(Erysipelotrichaceae),具有负相关趋势的OTUs则注释到YRC22、伯克氏菌目(Burkholderiales)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)。4)肠道微生物功能预测分析发现,胰岛素信号通路(Insulin signaling pathway)和脂质代谢(Lipid metabolism)等生物学功能与ADFI值呈显著正相关,而鞘脂代谢(Sphingolipid metabolism)则与之呈显著负相关(P<0.05)。本研究表明,部分产SCFAs或乳酸的细菌,如伯克氏菌目(Burkholderiales)、瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)、克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)等可能在抑制猪采食量方面发挥重要作用,而普氏菌属(Prevotella)(尤其是Prevotella copri)具有增强宿主食欲的潜能,是调控宿主采食行为的关键微生物。 展开更多
关键词 采食行为 16S rRNA 肠道菌群 粪便 共丰度组
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山下黑猪与鲁莱黑猪正反交F_(1)代杂种优势的估计 被引量:2
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作者 晏敏 李龙云 +6 位作者 肖石军 郑浩 张则凯 黄黎斌 姚文武 涂金敏 郭源梅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期3030-3041,共12页
旨在估计山下黑猪和鲁莱黑猪正反交F1代杂种优势,筛选出合适的杂交方式,以提高优质肉猪的生产效率,满足人们对于优质猪肉的需求。本研究在山下黑猪(164头)和鲁莱黑猪(69头)及其正(6头山下黑猪♂×25头鲁莱黑猪♀)、反(3头鲁莱黑猪♂... 旨在估计山下黑猪和鲁莱黑猪正反交F1代杂种优势,筛选出合适的杂交方式,以提高优质肉猪的生产效率,满足人们对于优质猪肉的需求。本研究在山下黑猪(164头)和鲁莱黑猪(69头)及其正(6头山下黑猪♂×25头鲁莱黑猪♀)、反(3头鲁莱黑猪♂×35头山下黑猪♀)交4个群体中测定了生长肥育、体尺外貌(75~110 kg)、繁殖和胴体肉质(90~115 kg)4大类共43个性状,比较了这些性状在群体间的差异,并估计了正反交F1代的杂种优势。结果表明,山下黑猪的生长肥育和体尺性状较好,鲁莱黑猪的繁殖和肉质性状较好,正反交群体介于它们之间。正交群体的繁殖性能优于反交群体,但生长肥育性能比反交差。由于这4个群体的母猪都是纯种,因此繁殖性状没有表现出明显杂种优势。除膘厚、胸椎数、45 min pH和剪切力无显著的杂种优劣势外,大部分胴体性状和肉质性状有明显的杂种劣势。生长肥育性状的杂种优势在正反交群体中的表现不一致,反交群体表现出显著杂种优势,而正交则无明显的杂种优势。本研究估计了山下黑猪和鲁莱黑猪正反交的杂种优势,为筛选山下黑猪和鲁莱黑猪的最佳杂交方式奠定基础。 展开更多
关键词 山下黑猪 鲁莱黑猪 杂交优势 优质猪肉 生产性能
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不同粪菌悬液处理方式对猪粪菌移植过程中细菌活性及活菌组成的影响 被引量:3
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作者 刘敏 吴金鸳 陈从英 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期1040-1048,共9页
旨在探究不同粪菌液处理方法对其菌群活性及存活菌群物种组成的影响,为猪粪菌移植(FMT)的优化应用提供参考。本研究共设置7个试验组制备粪菌液:静置制备新鲜粪菌液组(FS)、静置制备粪菌液于-80℃冷冻1周组(FFS)、离心制备新鲜粪菌液组(... 旨在探究不同粪菌液处理方法对其菌群活性及存活菌群物种组成的影响,为猪粪菌移植(FMT)的优化应用提供参考。本研究共设置7个试验组制备粪菌液:静置制备新鲜粪菌液组(FS)、静置制备粪菌液于-80℃冷冻1周组(FFS)、离心制备新鲜粪菌液组(FC)、离心制备粪菌液于-80℃冷冻1周组(FFC)、液氮冷冻粪便24 h静置制备粪菌液组(NS)、甘油+液氮冷冻粪便24 h静置制备粪菌液组(GNS)和液氮冷冻粪便24 h静置制备粪菌液于-80℃冷冻1周组(NFS),在37℃厌氧培养箱中平板培养48 h后,进行菌落计数。从FS、FFS、FC和FFC 4组中根据菌落形态随机挑取87个单菌落纯化后进行16S rRNA基因全长测序。结果表明,静置和离心两种方法制备新鲜粪菌液时,粪菌活性存在显著差异,离心组显著低于静置组(P<0.05)。但冷冻粪便使用静置和离心两种方法制备的菌悬液,其粪菌活性无显著差异(P>0.05)。无论是静置还是离心方法制备粪菌液,新鲜和冷冻两种不同处理方式下的粪菌活性均无显著差异(P>0.05),且对活菌的组成也无显著影响。使用静置法制备粪菌液时,FS、NS、GNS和NFS组间粪菌活性无显著差异(P>0.05)。综上表明,静置方法制备粪菌液时,超低温冷冻保存对粪菌活性及其活菌组成均无显著影响,这为大样本、长距离猪粪菌移植技术的应用提供了重要试验参考。 展开更多
关键词 粪菌移植 肠道菌群 细菌培养 粪菌活性
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空心村、撂荒地养猪模式的探讨
11
作者 郭添福 苏州 《猪业科学》 2017年第10期84-84,共1页
由干自然条件严酷、农村生产条件差、农村人口大量外迁、劳动力严重不足以及农产品价格的持续低迷,耕地撂荒面积与日俱增,江西农田撂荒面积在65万亩以上。随着经济的发展,农村掀起了盖新房热潮。干是,批少占多、批新不交旧的现象时... 由干自然条件严酷、农村生产条件差、农村人口大量外迁、劳动力严重不足以及农产品价格的持续低迷,耕地撂荒面积与日俱增,江西农田撂荒面积在65万亩以上。随着经济的发展,农村掀起了盖新房热潮。干是,批少占多、批新不交旧的现象时有发生。致使有些村庄急速向外扩张,村庄内形成了连片“空心”旧房,许多闲置无人居住,严重浪费了土地资源。 展开更多
关键词 撂荒地 空心村 养猪模式 农村人口 农产品价格 生产条件 土地资源 劳动力
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利用犬170 K高密度SNP芯片检测16个中国地方犬种全基因组拷贝数变异 被引量:1
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作者 刘晨龙 杨前勇 +2 位作者 陈浩 黄晓畅 陈从英 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期1017-1027,共11页
旨在解析中国地方犬全基因组拷贝数变异(CNV)分布情况,为分析CNV对犬表型变异的影响提供前期基础。本研究采集了16个来自中国不同地方犬品种和9头罗威纳犬共计185头犬的血液样品,使用血液DNA提取试剂盒提取DNA,利用犬170KSNP芯片和Penn... 旨在解析中国地方犬全基因组拷贝数变异(CNV)分布情况,为分析CNV对犬表型变异的影响提供前期基础。本研究采集了16个来自中国不同地方犬品种和9头罗威纳犬共计185头犬的血液样品,使用血液DNA提取试剂盒提取DNA,利用犬170KSNP芯片和PennCNV软件对中国地方犬进行全基因组范围内的CNV分析。参照Illumina芯片标准操作流程进行芯片扫描和基因分型。将质控后的SNP参考PennCNV软件使用说明书,设定分析参数进行CNV检测分析。从分析结果中随机挑选8个CNV区间(CNVRs)使用实时定量PCR进行验证。利用BioMart以及DAVID软件进行基因和功能注释分析。结果表明,在185个个体中共发现了477个CNV,这些CNV随机分布在38条常染色体上,合并后可以得到220个CNVR,总长度约占犬整个基因组序列的1.25%,平均长度为142.24kb。在220个CNVR中,115个为缺失,74个为重复,31个为缺失/重复CNVR。此外,笔者发现53个CNVR为潜在的中国地方犬品种特异性CNVR。在基因和功能注释中,本研究共发现162个基因位于所检测到的CNVR内,这些基因主要富集的功能类别是嗅觉受体活动,嗅觉的感知,对化学刺激物的感知,感官知觉和神经系统过程。这些结果解析了中国地方犬基因组结构变异分布情况,将有助于进一步研究CNV与犬表型变异的关联性。 展开更多
关键词 SNP芯片 拷贝数变异 基因组 拷贝数变异基因
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编辑PFF细胞的P53基因及其信号通路中重要基因的表达分析
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作者 乔传民 刘为伟 +3 位作者 杨强 江浩筠 黄路生 幸宇云 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期2215-2225,共11页
旨在编辑PFF细胞的P53基因,并分析其信号通路中重要基因的表达。本研究首先将设计好的两条sgRNAs装载入PX459 V2.0质粒中,订购两条携带241W、242S、266H突变位点的单链寡核苷酸(SSODN)作为供体DNA(一条带有前两个突变,另一条带有266H突... 旨在编辑PFF细胞的P53基因,并分析其信号通路中重要基因的表达。本研究首先将设计好的两条sgRNAs装载入PX459 V2.0质粒中,订购两条携带241W、242S、266H突变位点的单链寡核苷酸(SSODN)作为供体DNA(一条带有前两个突变,另一条带有266H突变),利用电转法将打靶载体和SSODNs共转染到PFF细胞中,筛选单克隆细胞后检测打靶区域的编辑情况,并检测编辑细胞中信号通路重要基因(MDM2、FAS、WIP1、BAX、P21和DD1α)的表达及检测编辑细胞的增殖能力。结果表明,在筛选到的107个单克隆细胞中,分别有4个为两个位点(R241和R242)纯合子和杂合子编辑型,1个为R266位点纯合子编辑型、63个纯合子缺失型、11个序列倒置型、11个纯合子点插入型、3个杂合子缺失型(或混合克隆)和10个野生型,未获得3个位点同时被编辑的细胞。RT-PCR和Western blotting结果显示,纯合子缺失型细胞中P53几乎不表达;RT-PCR检测显示,在纯合子缺失型细胞和双位点编辑型细胞中MDM2、FAS、BAX、P21基因的表达量极显著下降(P<0.01或P<0.001);Western blotting结果显示,在纯合子缺失型细胞中,未检测到P21基因的表达蛋白,MDM2的表达量也较明显地下降。CCK-8检测试验表明,编辑型细胞的增殖能力显著(P<0.05)或极显著(P<0.01或P<0.001)高于野生型细胞。综上所述,本试验成功地将PFF细胞中P53基因的两个野生型位点编辑成与人肿瘤发生相关的位点,P53基因被编辑后显著影响了其信号通路中部分重要基因的表达,本试验所获得双位点编辑细胞,为下一步研制P53点编辑模型猪奠定了重要的基础。 展开更多
关键词 CRISPR-Cas9 P53 单链寡核苷酸 基因编辑
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采用不同菌种发酵对脐橙残次果饲料真蛋白含量的影响 被引量:2
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作者 张强 陈荣强 +3 位作者 孔智伟 钟如意 刘瑞平 郭添福 《猪业科学》 2017年第9期56-58,共3页
通过采用单一菌种、双菌组合发酵,旨在提高脐橙残次果中真蛋白含量,开发畜禽发酵饲料,解决脐橙残次果未经处理对环境污染和畜牧业面临的优质植物蛋白饲料资源紧缺问题。结果表明:采用枯草芽孢杆菌和乳酸菌组合的优选菌种配伍并添加纤维... 通过采用单一菌种、双菌组合发酵,旨在提高脐橙残次果中真蛋白含量,开发畜禽发酵饲料,解决脐橙残次果未经处理对环境污染和畜牧业面临的优质植物蛋白饲料资源紧缺问题。结果表明:采用枯草芽孢杆菌和乳酸菌组合的优选菌种配伍并添加纤维素酶,发酵产物中真蛋白含量最高达到15.59%,与对照组相比提高了12.15%。 展开更多
关键词 脐橙残次果 菌种 发酵饲料 真蛋白
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