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用于时态聚合范围查询的分布式时态索引
1
作者
孟繁珺
韩斌
+1 位作者
黄树成
梅向东
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2024年第6期1848-1854,共7页
在大数据与云计算时代,时态大数据的查询分析面临许多重要挑战。针对其中时态聚合范围查询性能不佳和不能有效利用索引等问题,提出一种用于时态聚合范围查询的分布式时态索引(DTI)。首先,采用随机或轮询策略对时态数据分区;其次,采用基...
在大数据与云计算时代,时态大数据的查询分析面临许多重要挑战。针对其中时态聚合范围查询性能不佳和不能有效利用索引等问题,提出一种用于时态聚合范围查询的分布式时态索引(DTI)。首先,采用随机或轮询策略对时态数据分区;其次,采用基于时间位数组前缀的分区内索引构造算法建立索引,同时记录包括时间跨度在内的分区统计信息;再次,利用谓词下推筛选时间跨度与查询时间区间重叠的数据分区,扫描索引进行预聚合;最后,将各分区得到的预聚合值按时间归并并聚合。实验结果表明,索引的分区内构造算法处理时间密度2400条每单位时间和0.001条每单位时间的数据的执行时间相近。索引的聚合查询算法相较于ParTime算法:在查询时间线前75%的数据时,每一步用时都至少减少22%;执行选择型聚合函数时,每一步用时都至少减少11%。因此,索引在多数时态聚合范围查询任务中具有更高的速度,它的分区内构造算法能解决数据稀疏问题且执行效率高。
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关键词
时态索引
时态数据
分布式
时态聚合
计数排序
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职称材料
基于CPU和GPU异构的蛋白质分子半柔性对接算法优化
被引量：
1
2
作者
陆旭峰
陆振宇
+2 位作者
梅向东
孔韧
常珊
《数据采集与处理》
CSCD
北大核心
2018年第4期603-610,共8页
分子对接是预测蛋白质复合物的有效手段。对于分子对接算法的优化旨在加速分子对接效率,降低计算成本,以及充分发挥计算资源的利用率。本文主要采用3个方案对半柔性对接算法进行优化:(1)方案一在CPU端进行优化;(2)方案二在方案一的基础...
分子对接是预测蛋白质复合物的有效手段。对于分子对接算法的优化旨在加速分子对接效率,降低计算成本,以及充分发挥计算资源的利用率。本文主要采用3个方案对半柔性对接算法进行优化:(1)方案一在CPU端进行优化;(2)方案二在方案一的基础上,利用CUFFT的移植工具CUFFTW为方案一提供部分GPU并行接口;(3)方案三利用GPU并行架构,通过CPU和GPU的协同处理,利用纯并行计算接口进行优化。3种方案对PDB code分别为1PEE,1B6C,4HX3和2SNI的测试蛋白进行结合态和自由态的对接,求得的最小均方根偏差L_(RMSD)小于5?,满足了复合物结构预测竞赛要求的中等精度结构标准,验证了对接结果的正确性。最后在保证结果正确性的前提下,测试了不同蛋白在不同方案下的运行速率;在保证不同蛋白对接效率相同的前提下,以1PPE为例,比较了不同方案下的对接速率。实验结果表明在同等旋转步长并保证程序运行结果正确性的前提下,最终的优化效果可提速近10倍,有效改进了半柔性对接算法的运行速率。
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关键词
蛋白质
半柔性
分子对接
CPU
GPU
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职称材料
题名
用于时态聚合范围查询的分布式时态索引
1
作者
孟繁珺
韩斌
黄树成
梅向东
机构
江苏
科技
大学计算机学院
江苏赞奇科技股份有限公司
出处
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2024年第6期1848-1854,共7页
基金
深海技术科学太湖实验室船舶总体性能创新研究开放基金资助项目(25422217)。
文摘
在大数据与云计算时代,时态大数据的查询分析面临许多重要挑战。针对其中时态聚合范围查询性能不佳和不能有效利用索引等问题,提出一种用于时态聚合范围查询的分布式时态索引(DTI)。首先,采用随机或轮询策略对时态数据分区;其次,采用基于时间位数组前缀的分区内索引构造算法建立索引,同时记录包括时间跨度在内的分区统计信息;再次,利用谓词下推筛选时间跨度与查询时间区间重叠的数据分区,扫描索引进行预聚合;最后,将各分区得到的预聚合值按时间归并并聚合。实验结果表明,索引的分区内构造算法处理时间密度2400条每单位时间和0.001条每单位时间的数据的执行时间相近。索引的聚合查询算法相较于ParTime算法:在查询时间线前75%的数据时,每一步用时都至少减少22%;执行选择型聚合函数时,每一步用时都至少减少11%。因此,索引在多数时态聚合范围查询任务中具有更高的速度,它的分区内构造算法能解决数据稀疏问题且执行效率高。
关键词
时态索引
时态数据
分布式
时态聚合
计数排序
Keywords
temporal index
temporal data
distributed
temporal aggregation
counting sort
分类号
TP311 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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职称材料
题名
基于CPU和GPU异构的蛋白质分子半柔性对接算法优化
被引量：
1
2
作者
陆旭峰
陆振宇
梅向东
孔韧
常珊
机构
江苏
理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所
江苏赞奇科技股份有限公司
出处
《数据采集与处理》
CSCD
北大核心
2018年第4期603-610,共8页
基金
NSFC-广东联合基金(第二期)超级计算科学应用研究专项资助项目
国家自然科学基金(11647146
+4 种基金
81603152)资助项目
江苏省六大人才高峰(2016-XYDXXJS-020)资助项目
江苏省产学研前瞻(BY2016030-06)资助项目
江苏省研究生科研与实践创新计划(SJCX17_0747)资助项目
江苏省研究生科研与实践创新计划(SJCX17_0748)资助项目
文摘
分子对接是预测蛋白质复合物的有效手段。对于分子对接算法的优化旨在加速分子对接效率,降低计算成本,以及充分发挥计算资源的利用率。本文主要采用3个方案对半柔性对接算法进行优化:(1)方案一在CPU端进行优化;(2)方案二在方案一的基础上,利用CUFFT的移植工具CUFFTW为方案一提供部分GPU并行接口;(3)方案三利用GPU并行架构,通过CPU和GPU的协同处理,利用纯并行计算接口进行优化。3种方案对PDB code分别为1PEE,1B6C,4HX3和2SNI的测试蛋白进行结合态和自由态的对接,求得的最小均方根偏差L_(RMSD)小于5?,满足了复合物结构预测竞赛要求的中等精度结构标准,验证了对接结果的正确性。最后在保证结果正确性的前提下,测试了不同蛋白在不同方案下的运行速率;在保证不同蛋白对接效率相同的前提下,以1PPE为例,比较了不同方案下的对接速率。实验结果表明在同等旋转步长并保证程序运行结果正确性的前提下,最终的优化效果可提速近10倍,有效改进了半柔性对接算法的运行速率。
关键词
蛋白质
半柔性
分子对接
CPU
GPU
Keywords
protein
semi flexible
molecular docking
CPU
GPU
分类号
TP301 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
用于时态聚合范围查询的分布式时态索引
孟繁珺
韩斌
黄树成
梅向东
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于CPU和GPU异构的蛋白质分子半柔性对接算法优化
陆旭峰
陆振宇
梅向东
孔韧
常珊
《数据采集与处理》
CSCD
北大核心
2018
1
在线阅读
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职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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